Рибопереключатель PreQ1-II - PreQ1-II riboswitch

рибопереключатель preQ1-II (pre quuosine)
Вторичная структура PreQ1-II.jpg
Идентификаторы
СимволpreQ1-II
Альт. СимволыCOG4708
РфамRF01054
Прочие данные
РНК типСнг; рибопереключатель
Домен (ы)Бактерии
ТАКSO: 0005836
PDB структурыPDBe

Рибопереключатели PreQ1-II сформировать класс рибопереключатели которые специфически связывают пре-кевозин1 (PreQ1), предшественник модифицированного нуклеозида Queuosine.[1] Они встречаются у некоторых видов Стрептококк и Лактококк, и первоначально были идентифицированы как консервативная вторичная структура РНК, названная «мотив COG4708».[2] Все известные представители этого класса рибопереключателей, по-видимому, контролируют членов генов COG4708. Предполагается, что эти гены кодируют мембрано-связанные белки и предположительно являются переносчиками preQ.1, или родственный метаболит, в зависимости от их связи с preQ1-обвязка рибопереключателей.[1] Рибопереключатели PreQ1-II не имеют очевидного сходства по последовательности или структуре с рибопереключатели preQ1-I, ранее обнаруженный класс preQ1-обвязка рибопереключателей. PreQ1 таким образом присоединяется S-аденозилметионин в качестве второго обнаруженного метаболита, который является лигандом более чем одного класса рибопереключателей.

Консенсусная вторичная структура PreQ1-II рибопереключатели. Компоновка аналогична той, что использовалась в ранее опубликованных изображениях.[2][1]

использованная литература

  1. ^ а б c Мейер М.М., Рот А., Червин С.М., Гарсия Г.А., Брейкер Р.Р. (2008). «Подтверждение наличия второго природного класса аптамеров preQ1 в бактериях Streptococcaceae». РНК. 14 (4): 685–695. Дои:10.1261 / rna.937308. ЧВК  2271366. PMID  18305186.
  2. ^ а б Вайнберг З., Баррик Дж. Э., Яо З. и др. (2007). «Идентификация 22 кандидатных структурированных РНК в бактериях с использованием системы сравнительной геномики CMfinder». Нуклеиновые кислоты Res. 35 (14): 4809–4819. Дои:10.1093 / нар / гкм487. ЧВК  1950547. PMID  17621584.

внешние ссылки