Proser1 - Proser1 - Wikipedia

Proser1
Идентификаторы
Псевдонимы2810046L04Rik9330161F11 богатые пролином и серином 1
Внешние идентификаторыГомолоГен: 13463 Генные карты: [1]
Расположение гена (человек)
Хромосома 3 (человек)
Chr.Хромосома 3 (человек)
Хромосома 3 (человек)
Геномное расположение Proser1
Геномное расположение Proser1
Группа3 | 3 СНачинать53,463,666 бп
Конец53,481,755 бп
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

212127

н / д

Ансамбль

ENSMUSG00000049504

н / д

UniProt

Q5PRE5

н / д

RefSeq (мРНК)

NM_173382

н / д

RefSeq (белок)

NP_775558

н / д

Расположение (UCSC)Chr 3: 53,46 - 53,48 Мбн / д
PubMed поиск[1]н / д
Викиданные
Просмотр / редактирование человека

PROSER1 это белок что у человека кодируется PROSER1 ген.[2]

Номенклатура

PROSER1 имеет несколько псевдонимов: C13orf23, KIAA2032 и протеин 1, богатый пролином и серином.[3][4]

Ген

Расположение PROSER1 на 13 хромосоме.

Место расположения

PROSER1 расположен на отрицательной (обратной) цепи хромосома 13 в позиции 13q13.3. Он охватывает от 39 009 865 пар оснований от pter до 39 038 095 пар оснований от pter с размером 28 231 оснований.[5] PROSER1 имеет в общей сложности 13 экзонов в своей первичной несплайсированной мРНК транскрипта размером 5185 п.н. Существуют 2 изоформы PROSER1, обе в диапазоне 5000 п.н.[6]

Джин соседство

Гены STOML3 и NHLRC3 соседствуют с PROSER1 на 13 хромосоме.[7]

Распределение тканей

Диаграмма, изображающая уровень экспрессии PROSER1 в различных частях человеческого тела.

Картирование экспрессии маркеров последовательности экспрессии PROSER1 показывает, что он имеет особенно высокую экспрессию в лимфатических, эмбриональных тканях, тимусе и матке. Он умеренно экспрессируется в яичках, гортани, нервах, крови и жировой ткани.[8]Согласно Атласу белков человека, PROSER1 имеет общую цитоплазматическую экспрессию и экспрессируется во всех категориях тканей РНК.[9]

Гомология

Паралоги

PROSER1 не имеет паралогов.[10]

Ортологи

PROSER1 высоко консервативен среди млекопитающих. Он менее консервативен, хотя был обнаружен у рыб, птиц и некоторых беспозвоночных. Он не экспрессируется в бактериях, растениях или грибах.[11] Ниже представлена ​​таблица ортологов, составленная из NCBI.

Латинское названиеРаспространенное имяДата расхождения (с Х. сапиенс)Регистрационный номерДлина последовательности белкаИдентичность последовательностиСходство последовательностей
Homo sapiensЧеловек-NP_079414.3944 аминокислоты--
Горилла гориллаГорилла8,9 миллиона лет назадXP_004054459994 года назад99%99%
Colobus angolensis palliatus Ангольский колобус29,1 млн летXP_011798372947 лет назад97%97%
Nannospalax galiliСпалакс90,9 млн летXP_008847583916 лет назад80%85%
Cricetulus griseusКитайский хомяк90,9 млн летXP_007626898912 лет назад79%84%
Panthera tigris altaicaСибирский тигр97,5 млн летXP_007097793665 лет назад85%89%
Acinonyx jubatusГепард97,5 млн летXP_014926409770 лет назад79%83%
Tursiops truncatusОбыкновенный дельфин афалина97,5 млн летXP_0043323671064 аа77%83%
Орниторинхус анатинусУтконос179,2 млн летXP_007666895888 аа69%74%
Chelonia mydasЗеленая морская черепаха320,5 млн летXP_007070970936 лет назад75%83%
Pygoscelis adeliaeПингвин Адели320,5 млн летXP_009318201938 лет назад75%83%
Калидрис (филомах) пугнаксЕрш320,5 млн летXP_014821534899 лет назад74%83%
Chrysemys picta belliiНарисованная черепаха320,5 млн летXP_008175998825 лет назад73%82%
Aquila chrysaetos CanadensisЗолотой Дигл320,5 млн летXP_011579121916 лет назад73%81%
Аллигатор китайскийКитайский аллигатор320,5 млн летXP_014376376940 лет назад72%81%
Gekko japonicusЯпонский геккон320,5 млн летXP_0152818371053 а.65%75%
Питон бивиттатусБирманский питон320,5 млн летXP_007438154924 года назад65%75%
Анолис каролиненсисКаролина Аноль320,5 млн летXP_008124125920 лет назад64%75%
Xenopus tropicalisЗападная когтистая лягушка355,7 млн. ЛетXP_012813331944 года назад51%63%
Lepisosteus oculatusПятнистый Гар429,6 млн летXP_015197497885 лет назад47%58%
Callorhinchus miliiАвстралийская акула-призрак482,9 млн. ЛетXP_007889503965 лет назад64%75%

Протеин

Общие свойства

Транслируемый белок PROSER1 имеет длину 944 аминокислоты. Его прогнозируемая молекулярная масса составляет 95,7 кДал.[12] PROSER1 имеет изоэлектрическую точку 9.[13] Предполагается, что он будет локализован в ядре.[14]

Сочинение

Последовательность богата пролином и серином и не особенно низка по каким-либо другим аминокислотам.

Домены

PROSER1 содержит один домен с неизвестной функцией, DUF 4476, часть pfam14771. DUF охватывает от 26 до 121 аминокислот.[2]Молекулярная масса DUF 4476 составляет 11,1 кдал.

Подробное расположение DUF 4476 на PROSER1.

Вторичная структура

PROSER1 состоит в основном из альфа-спиралей, бета-листов и катушек. Белок в значительной степени свернут. DUF состоит в основном из альфа-спиралей и катушек. У него немного меньше бета-листов по сравнению с белком в целом.[15]

Рекомендации

  1. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  2. ^ «Генные карты». База данных генов человека.
  3. ^ «БиоСравнение». BioCompare.
  4. ^ "Ансамбль". Ensembl.
  5. ^ «Генные карты». База данных генов человека.
  6. ^ "NCBI Gene". NCBI.
  7. ^ "NCBI Gene". NCBI.
  8. ^ «Юнипрот». Uniprot.
  9. ^ «Атлас тканей». Атлас человеческого белка.
  10. ^ "Ансамбль". Ensembl.
  11. ^ "Ансамбль". Ensembl.
  12. ^ «Юнипрот». Uniprot.
  13. ^ "Expasy". Expasy.
  14. ^ «Прогноз PSORT II». PSORT II.
  15. ^ "SDSC Biology Workbench". SDSC.