Pseudomonas putida - Pseudomonas putida

Pseudomonas putida
Научная классификация редактировать
Домен:Бактерии
Тип:Протеобактерии
Учебный класс:Гаммапротеобактерии
Заказ:Pseudomonadales
Семья:Pseudomonadaceae
Род:Псевдомонады
Группа видов:Pseudomonas putida группа
Разновидность:
P. putida
Биномиальное имя
Pseudomonas putida
Тревизан, 1889 г.
Тип штамма
ATCC 12633

CCUG 12690
CFBP 2066
DSM 291
ГАМБИ 7
JCM 13063 и 20120
LMG 2257
NBRC 14164
NCAIM B.01634
NCCB 72006 и 68020
NCTC 10936

Синонимы

Bacillus fluorescens putidus " Flügge 1886
Bacillus putidus Тревизан 1889
Pseudomonas eisenbergii Мигула 1900
Псевдомонада выпуклая Честер 1901
Pseudomonas incognita Честер 1901
Pseudomonas ovalis Честер 1901
Pseudomonas rugosa (Райт 1895) Честер 1901
Pseudomonas striata Честер 1901
Pseudomonas mildenbergii Bergey, и другие.
Arthrobacter siderocapsulatus Дубинина и Жданов 1975
Pseudomonas arvilla О. Хаяиси
Pseudomonas barkeri Родос
Псевдомонас цианогена Молоток

Pseudomonas putida это Грамотрицательный, стержневидный, сапротрофный почва бактерия.

На базе 16S рРНК анализ, P. putida был таксономически подтвержден как Псевдомонады разновидность (Sensu stricto) и помещен вместе с несколькими другими видами в P. putida группа, которой она дает свое название[1]. Однако недавний филогеномный анализ [2] 494 полных геномов со всей Псевдомонады род ясно показал, что геномы, названные P. putida не образовывали монофилетическую кладу, но были рассредоточены и образовали более широкую эволюционную группу (группа putida), которая включала также другие виды, такие как Псевдомонас алкилфенолия, синегнойная палочка, синегнойная палочка, синегнойная палочка, синегнойная палочка, псевдомонас энтомофила, синегнойная палочка. и Pseudomonas plecoglossicida.

Разнообразие P. putida, называемые мультиплазмидными разлагающими углеводороды Псевдомонады, это первый в мире запатентованный организм. Поскольку это живой организм, патент был оспорен и передан в Верховный суд США в историческом судебном деле. Даймонд против Чакрабарти, который изобретатель, Ананда Мохан Чакрабарти, выиграл. Он демонстрирует очень разнообразный метаболизм, включая способность разлагать органические растворители, такие как толуол.[3] Эта способность была использована в биоремедиация, или использование микроорганизмов для разложения загрязнителей окружающей среды. Использование P. putida предпочтительнее других Псевдомонады виды, способные к такой деградации, так как это безопасный вид бактерий, в отличие от P. aeruginosa, например, который является условно-патогенным микроорганизмом человека.

Геномика

Количество белка и содержание GC в геномах (63), принадлежащих к P. putida более широкая эволюционная группа (как определено филогеномным анализом 494 полных геномов из всех Псевдомонады род) колеблется между 3748–6780 (среднее: 5197) и между 58,7–64,4% (среднее: 62,3%), соответственно. [2]. Ядровый протеом проанализированных 63 геномов (из P. putida группа) состояла из 1724 белков, из которых только 1 коровый белок был специфическим для этой группы, что означает, что он отсутствовал во всех других проанализированных Псевдомонады [2].

Использует

Биоремедиация

Разнообразный метаболизм штаммов дикого типа P. putida может использоваться для биоремедиации; например, в лаборатории было показано, что он действует как почвенный модификатор к исправлению нафталин -загрязненные почвы.[4]

Pseudomonas putida способен преобразовывать стирол масло в биоразлагаемый пластик PHA.[5][6] Это может быть полезно в эффективном переработка отходов из полистирол пена, которая в противном случае не считается биоразлагаемой.

Биоконтроль

Pseudomonas putida продемонстрировал потенциал биоконтроль свойства, как эффективный антагонист демпфирования заболеваний, таких как Пифий[7] и Фузариум.[8]

Сигнатуры использования олигонуклеотидов P. putida KT2440 геном

Ди- к пентануклеотид использование и список наиболее распространенных окта- и тетрадекануклеотидов являются полезными показателями бактериального геномный подпись. В P. putida Хромосома KT2440 характеризуется симметрией цепи и внутрицепочечной четностью комплементарных олигонуклеотидов. Каждый тетрануклеотид встречается с одинаковой частотой на двух цепях. Использование тетрануклеотидов обусловлено содержанием G + C и физико-химическими ограничениями, такими как энергия накопления оснований, угол поворота пропеллера динуклеотида или изгибаемость тринуклеотида. 105 регионов с нетипичными олигонуклеотид состав может быть дифференцирован по типам использования олигонуклеотидов в категории горизонтально приобретенных генных островов, многодоменных генов или древних регионов, таких как гены рибосомных белков и РНК. Видоспецифический экстрагенный палиндромная последовательность является наиболее частым повторением в геноме, который можно использовать для типирования P. putida штаммы. В кодовой последовательности P. putida, LLL - самый распространенный трипептид.[9]

Органический синтез

Pseudomonas putida's Подверженность генетическим манипуляциям позволила использовать его в синтезе множества органических фармацевтических и сельскохозяйственных соединений из различных субстратов.[10]

CBB5 и потребление кофеина

Pseudomonas putida CBB5, непроработанный сорт дикого типа, встречающийся в почве, может жить на кофеин и было замечено, что кофеин расщепляется на диоксид углерода и аммиак.[11][12]

Рекомендации

  1. ^ Анзай; Kim, H; Парк, JY; Вакабаяси, H; Ояйдзу, H; и другие. (Июль 2000 г.). «Филогенетическая принадлежность псевдомонад на основе последовательности 16S рРНК». Int J Syst Evol Microbiol. 50 (4): 1563–89. Дои:10.1099/00207713-50-4-1563. PMID  10939664.
  2. ^ а б c Николаидис, Мариос; Моссиалос, Димитрис; Оливер, Стивен Дж .; Амуциас, Григориос Д. (24.07.2020). «Сравнительный анализ основных протеомов среди основных эволюционных групп Pseudomonas выявляет видоспецифические адаптации для Pseudomonas aeruginosa и Pseudomonas chlororaphis». Разнообразие. 12 (8): 289. Дои:10.3390 / d12080289. ISSN  1424-2818.
  3. ^ Маркес, Сильвия; Рамос, Хуан Л. (1993). «Транскрипционный контроль катаболических путей плазмиды Pseudomonas putida TOL». Молекулярная микробиология. 9 (5): 923–9. Дои:10.1111 / j.1365-2958.1993.tb01222.x. PMID  7934920.
  4. ^ Гомеш, Северная Каролина; Кошелева И.А.; Авраам, WR; Смолла, К. (2005). «Влияние штамма инокулянта Pseudomonas putida KT2442 (pNF142) и загрязнения нафталином на бактериальное сообщество почвы». FEMS Microbiology Ecology. 54 (1): 21–33. Дои:10.1016 / j.femsec.2005.02.005. PMID  16329969.
  5. ^ Пенополистирол Immortal встречает своего врага | LiveScience
  6. ^ Уорд, PG; Гофф, М; Доннер, М; Каминский, З; О'Коннор, KE (2006). «Двухступенчатое химико-биотехнологическое преобразование полистирола в биоразлагаемый термопласт». Экологические науки и технологии. 40 (7): 2433–7. Дои:10.1021 / es0517668. PMID  16649270.
  7. ^ Amer, Джорджия; Утхеде, RS (2000). «Разработка рецептур биологических агентов для борьбы с корневой гнилью салата-латука и огурца». Канадский журнал микробиологии. 46 (9): 809–16. Дои:10.1139 / w00-063. PMID  11006841.
  8. ^ Валидов, С; Камилова, Ф; Ци, S; Стефан, D; Ван, JJ; Макарова, Н; Лугтенберг, Б. (2007). «Селекция бактерий, способных управлять Fusarium oxysporum f. Sp. Radicis-lycopersici в субстрате из каменной ваты». Журнал прикладной микробиологии. 102 (2): 461–71. Дои:10.1111 / j.1365-2672.2006.03083.x. PMID  17241352.
  9. ^ Корнелис П. (редактор). (2008). Псевдомонады: геномика и молекулярная биология (1-е изд.). Caister Academic Press. ISBN  1-904455-19-0.
  10. ^ https://www.researchgate.net/publication/221847539_Industrial_biotechnology_of_Pseudomonas_putida_and_related_species
  11. ^ http://blogs.scientificamerican.com/observations/2011/05/24/newly-discovered-bacteria-lives-on-caffeine
  12. ^ Саммерс, РМ; Луи, TM; Ю, КЛ; Субраманиан, М. (2011). «Характеристика негемовой железной N-деметилазы с широкой специфичностью из Pseudomonas putida CBB5, способной использовать несколько пуриновых алкалоидов в качестве единственного источника углерода и азота». Микробиология. 157 (Pt 2): 583–92. Дои:10.1099 / мик. 0,043612-0. PMID  20966097.

внешняя ссылка