Субъединица B4 РНК-полимеразы II - RNA polymerase II subunit B4

POLR2D
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 2C35, 5IYD, 5IY8, 5IYC, 5IY6, 5IY7, 5IYA, 5IY9, 5IYB
Идентификаторы
Псевдонимы	POLR2D, HSRBP4, HSRPB4, RBP4, RPB16, субъединица B4 РНК-полимеразы II, субъединица D полимеразы (РНК) II, субъединица D РНК-полимеразы II, RPB4
Внешние идентификаторы	OMIM: 606017 MGI: 1916491 ГомолоГен: 37968 Генные карты: POLR2D
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 2 (человек)[1] Группа 2q14.3 Начинать 127,843,553 бп[1] Конец 127,858,155 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 18 (мышь)[2] Группа 18 | 18 B1 Начинать 31,789,159 бп[2] Конец 31,796,701 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • связывание нуклеотидов • ДНК-направленная активность 5'-3 'РНК-полимеразы • связывание одноцепочечной ДНК • каталитическая активность • связывание одноцепочечной РНК • связывание фактора инициации трансляции Сотовый компонент • П-боди • ДНК-направленная РНК-полимераза II, основной комплекс • ядро клетки • нуклеоплазма • цитозоль • ядерное пятнышко • ядерный ДНК-направленный комплекс РНК-полимеразы • РНК-полимеразный комплекс Биологический процесс • Сплайсинг мРНК через сплайсосомы • рекрутирование 3'-концевых процессинговых факторов в холоферментный комплекс РНК-полимеразы II • элонгация транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • Кеппинг мРНК 7-метилгуанозина • транскрипция с промотора РНК-полимеразы II • ядерно-транскрибируемый катаболический процесс мРНК, зависимый от деаденилирования распад • клеточный метаболизм • транскрипционно-связанная эксцизионная репарация нуклеотидов • инициация транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • положительное регулирование инициации трансляции • Экспорт мРНК из ядра в ответ на тепловой стресс • сигнальный путь рецептора фактора роста фибробластов • транскрипция мяРНК с промотора РНК-полимеразы II • Метаболический процесс РНК • регуляция сайленсинга генов с помощью miRNA • ДНК-шаблонная транскрипция, инициация • транскрипция, ДНК-шаблон • поддержание популяции соматических стволовых клеток • положительная регуляция вирусной транскрипции Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	5433	69241
Ансамбль	ENSG00000144231	ENSMUSG00000024258
UniProt	O15514	Q9D7M8
RefSeq (мРНК)	NM_004805	NM_027002 NM_001357480
RefSeq (белок)	NP_004796	NP_081278 NP_001344409
Расположение (UCSC)	Chr 2: 127,84 - 127,86 Мб	Chr 18: 31,79 - 31,8 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

ДНК-направленная субъединица РНК-полимеразы II RPB4 является фермент что у людей кодируется POLR2D ген.^[5]

Этот ген кодирует четвертую по величине субъединицу РНК-полимеразы II, полимеразы, ответственной за синтез информационной РНК у эукариот. У дрожжей эта субъединица полимеразы связана с полимеразой в субоптимальных условиях роста и может играть роль защиты от стресса. Последовательность рибосомного псевдогена содержится в 3'-нетранслируемой области транскрипта этого гена.^[6]

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000144231 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск ансамбля 89: ENSMUSG00000024258 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. «Ссылка на Mouse PubMed:». Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Khazak V, Estojak J, Cho H, Majors J, Sonoda G, Testa JR, Golemis EA (май 1998 г.). «Анализ взаимодействия новой субъединицы РНК-полимеразы II (pol II) hsRPB4 с ее партнером hsRPB7 и с pol II». Mol Cell Biol. 18 (4): 1935–45. Дои:10.1128 / mcb.18.4.1935. ЧВК  121423. PMID  9528765.
6. «Ген Entrez: полипептид D полимеразы (РНК) II (ДНК-направленный) POLR2D».

дальнейшее чтение

• Джанг К.Т. (1998). «Tat, Tat-ассоциированная киназа и транскрипция». J. Biomed. Наука. 5 (1): 24–7. Дои:10.1007 / BF02253352. PMID  9570510.
• Янкулов К, Бентли Д (1998). «Транскрипционный контроль: кофакторы Tat и удлинение транскрипции». Curr. Биол. 8 (13): R447–9. Дои:10.1016 / S0960-9822 (98) 70289-1. PMID  9651670. S2CID  15480646.
• Романо Дж., Кастен М., Де Фалько Дж. И др. (2000). «Регуляторные функции Cdk9 и циклина T1 в экспрессии гена пути трансактивации tat ВИЧ». J. Cell. Биохим. 75 (3): 357–68. Дои:10.1002 / (SICI) 1097-4644 (19991201) 75: 3 <357 :: AID-JCB1> 3.0.CO; 2-K. PMID  10536359.
• Марчелло А., Зоппе М., Джакка М. (2002). «Множественные способы регуляции транскрипции трансактиватором HIV-1 Tat». IUBMB Life. 51 (3): 175–81. Дои:10.1080/152165401753544241. PMID  11547919. S2CID  10931640.
• Стивенс М., Де Клерк Э., Бальзарини Дж. (2007). «Регуляция транскрипции ВИЧ-1: молекулярные мишени для химиотерапевтического вмешательства». Med Res Rev. 26 (5): 595–625. Дои:10.1002 / med.20081. ЧВК  7168390. PMID  16838299.
• Харрич Д., Макмиллан Н., Муньос Л. и др. (2007). «Приведут ли разнообразные взаимодействия Tat к новым мишеням для антиретровирусных препаратов?». Текущие цели в отношении лекарств. 7 (12): 1595–606. Дои:10.2174/138945006779025338. PMID  17168834.
• Като Х., Сумимото Х., Погнонек П. и др. (1992). «ВИЧ-1 Tat действует как фактор процессивности in vitro в сочетании с факторами клеточного удлинения». Genes Dev. 6 (4): 655–66. Дои:10.1101 / gad.6.4.655. PMID  1559613.
• Саутгейт С., Запп М.Л., Грин М.Р. (1990). «Активация транскрипции с помощью белка Tat ВИЧ-1, связанного с формирующейся РНК через другой белок». Природа. 345 (6276): 640–2. Bibcode:1990Натура.345..640С. Дои:10.1038 / 345640a0. PMID  2190099. S2CID  4233742.
• Ву-Баер Ф, Сигман Д., Гейнор РБ (1995). «Специфическое связывание РНК-полимеразы II с РНК трансактивирующей области вируса иммунодефицита человека регулируется клеточными кофакторами и Tat». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 92 (16): 7153–7. Bibcode:1995PNAS ... 92.7153W. Дои:10.1073 / пнас.92.16.7153. ЧВК  41297. PMID  7638159.
• Herrmann CH, Rice AP (1995). «Белки Tat лентивируса специфически связываются с клеточной протеинкиназой TAK, которая гиперфосфорилирует карбоксиконцевой домен большой субъединицы РНК-полимеразы II: кандидат в кофактор Tat». Дж. Вирол. 69 (3): 1612–20. Дои:10.1128 / JVI.69.3.1612-1620.1995. ЧВК  188757. PMID  7853496.
• Кин Нью-Джерси, Гейт MJ, Карн Дж (1996). «Вирус иммунодефицита человека типа 1 Tat является неотъемлемым компонентом активированного комплекса транскрипции-элонгации». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 93 (6): 2505–10. Bibcode:1996PNAS ... 93.2505K. Дои:10.1073 / пнас.93.6.2505. ЧВК  39827. PMID  8637904.
• Ян X, Herrmann CH, Rice AP (1996). «Белки Tat вируса иммунодефицита человека специфически связываются с TAK in vivo и требуют для функционирования карбоксиконцевого домена РНК-полимеразы II». Дж. Вирол. 70 (7): 4576–84. Дои:10.1128 / JVI.70.7.4576-4584.1996. ЧВК  190394. PMID  8676484.
• Агостини I, Наварро Дж. М., Рей Ф. и др. (1996). «Трансактиватор Vpr вируса иммунодефицита человека типа 1: взаимодействие с промоторными активаторными доменами и связывание с TFIIB». J. Mol. Биол. 261 (5): 599–606. Дои:10.1006 / jmbi.1996.0485. PMID  8800208.
• Чжоу Q, Шарп PA (1996). «Tat-SF1: кофактор для стимуляции элонгации транскрипции с помощью Tat ВИЧ-1». Наука. 274 (5287): 605–10. Bibcode:1996Sci ... 274..605Z. Дои:10.1126 / science.274.5287.605. PMID  8849451. S2CID  13266489.
• Окамото Х., Шелин С.Т., Корден Дж.Л. и др. (1996). «Для трансактивации белком Tat вируса иммунодефицита человека требуется С-концевой домен РНК-полимеразы II». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 93 (21): 11575–9. Bibcode:1996PNAS ... 9311575O. Дои:10.1073 / пнас.93.21.11575. ЧВК  38099. PMID  8876177.
• Чун РФ, Чжан К.Т. (1996). «Требования к карбоксиконцевому домену РНК-полимеразы II для активированной транскрипции ретровирусов человека, лимфотропного вируса I Т-клеток человека и ВИЧ-1». J. Biol. Chem. 271 (44): 27888–94. Дои:10.1074 / jbc.271.44.27888. PMID  8910388.
• Parada CA, Roeder RG (1996). «Повышенная процессивность РНК-полимеразы II, вызванная Tat-индуцированным фосфорилированием ее карбоксиконцевого домена». Природа. 384 (6607): 375–8. Bibcode:1996Натура.384..375P. Дои:10.1038 / 384375a0. PMID  8934526. S2CID  4278432.
• Гарсиа-Мартинес Л.Ф., Иванов Д., Гейнор РБ (1997). «Ассоциация Tat с очищенными комплексами преинициации транскрипции ВИЧ-1 и ВИЧ-2». J. Biol. Chem. 272 (11): 6951–8. Дои:10.1074 / jbc.272.11.6951. PMID  9054383.
• Cujec TP, Cho H, Maldonado E, et al. (1997). «Трансактиватор вируса иммунодефицита человека Tat взаимодействует с холоферментом РНК-полимеразы II». Мол. Клетка. Биол. 17 (4): 1817–23. Дои:10.1128 / mcb.17.4.1817. ЧВК  232028. PMID  9121429.
• Гарсиа-Мартинес Л.Ф., Маванкал Г., Невеу Дж. М. и др. (1997). «Очистка киназы, связанной с Tat, выявляет комплекс TFIIH, который модулирует транскрипцию ВИЧ-1». EMBO J. 16 (10): 2836–50. Дои:10.1093 / emboj / 16.10.2836. ЧВК  1169892. PMID  9184228.