Редкий функциональный вариант - Rare functional variant

А редкий функциональный вариант это генетический вариант который изменяет функцию генов, и который возникает при низком уровне частота в популяции. Редкие варианты могут играть важную роль в комплексном заболевании, а также в некоторых Менделевский условия. Редкие варианты могут быть причиной отсутствия части наследственность сложных заболеваний. Теоретический аргумент в пользу значительной роли редких вариантов заключается в том, что аллели которые сильно предрасполагают человека к заболеванию, будут удерживаться на низких частотах в популяциях за счет очищающий отбор.[1] Редкие варианты все чаще изучаются, как следствие весь экзом и полногеномное секвенирование усилия. Хотя эти варианты индивидуально нечасты в популяциях, их много в человеческих популяциях, и они могут быть уникальными для определенных популяций. Они скорее будут вредный чем обычные варианты, в результате быстрого роста популяции и слабого очищающего отбора.[2] Их подозревали в действии независимо или вместе с общие варианты вызывать болезненные состояния.[3]

Методы открытия

Некоторые методы, такие как тесты генетической нагрузки, были специально разработаны для изучения генетической ассоциации редких вариантов.[4] Эти методы объединяют редкие варианты по генетическим областям, таким как гены или целые пути, и оценивают кумулятивные эффекты нескольких генетических вариантов. Эти методы могут повысить эффективность, когда несколько вариантов в регионе связаны с заболеванием или признаком. Кроме того, по сравнению с исследование ассоциации всего генома, тест на основе региона или гена выполняет гораздо меньше тестов, что приводит к менее строгой коррекции множественных гипотез, чем общегеномное значение.[5] Некоторые примеры этих методов: СКАТ,[6] СКАТ-О,[4] Тест ARIEL[7] , aSUM[8] и STAAR.[9] Аннотации SNP помогают расставить приоритеты в отношении редких функциональных вариантов, а включение этих аннотаций может эффективно повысить мощность генетической ассоциации анализа редких вариантов весь экзом и полногеномное секвенирование исследования.[9]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Гольдштейн, ДБ; Аллен, А; Киблер, Дж; Маргулис, EH; Петру, S; Петровский, С; Сюняев, С (июль 2013). «Секвенирование исследований в генетике человека: дизайн и интерпретация». Природа Обзоры Генетика. 14 (7): 460–70. Дои:10.1038 / nrg3455. ЧВК  4117319. PMID  23752795.
  2. ^ Nelson, M. R .; Wegmann, D .; Ehm, M. G .; Кесснер, Д .; St. Jean, P .; Verzilli, C .; Shen, J .; Tang, Z .; Bacanu, S.-A .; Fraser, D .; Warren, L .; Aponte, J .; Завистовский, М .; Лю, X .; Zhang, H .; Zhang, Y .; Li, J .; Li, Y .; Li, L .; Woollard, P .; Topp, S .; Холл, M.D .; Nangle, K .; Wang, J .; Abecasis, G .; Cardon, L.R .; Zollner, S .; Whittaker, J.C .; Chissoe, S.L .; Novembre, J .; Мозер, В. (17 мая 2012 г.). «Множество редких функциональных вариантов в 202 генах-мишенях для лекарств, секвенированных у 14 002 человек». Наука. 337 (6090): 100–104. Bibcode:2012Научный ... 337..100N. Дои:10.1126 / science.1217876. ЧВК  4319976. PMID  22604722.
  3. ^ Panoutsopoulou, K .; Tachmazidou, I .; Зеггини, Э. (6 августа 2013 г.). «В поисках низкочастотных и редких вариантов, затрагивающих сложные признаки». Молекулярная генетика человека. 22 (R1): R16 – R21. Дои:10.1093 / hmg / ddt376. ЧВК  3782074. PMID  23922232.
  4. ^ а б Ли, Сынгын; Эмонд, Мэри Дж .; Бамшад, Майкл Дж .; Барнс, Кэтлин С .; Ридер, Марк Дж .; Никерсон, Дебора А .; Кристиани, Дэвид С .; Wurfel, Mark M .; Линь, Сихун (август 2012 г.). «Оптимальный единый подход к тестированию ассоциации с редкими вариантами с приложением к исследованиям секвенирования целого экзома с использованием небольших выборок и контроля». Американский журнал генетики человека. 91 (2): 224–237. Дои:10.1016 / j.ajhg.2012.06.007. ISSN  0002-9297. ЧВК  3415556. PMID  22863193.
  5. ^ Ли, Сынгын; Abecasis, Gonçalo R .; Бёнке, Майкл; Линь, Сихун (июль 2014 г.). «Редко-вариантный анализ ассоциации: планы исследований и статистические тесты». Американский журнал генетики человека. 95 (1): 5–23. Дои:10.1016 / j.ajhg.2014.06.009. ISSN  0002-9297. ЧВК  4085641. PMID  24995866.
  6. ^ Ву, Майкл С .; Ли, Сынгын; Цай, Тяньси; Ли, Юнь; Бёнке, Майкл; Линь, Сихун (июль 2011 г.). «Тестирование редких вариантов ассоциации для данных секвенирования с помощью теста ассоциации ядра последовательности». Американский журнал генетики человека. 89 (1): 82–93. Дои:10.1016 / j.ajhg.2011.05.029. ISSN  0002-9297. ЧВК  3135811. PMID  21737059.
  7. ^ Asimit, Jennifer L .; Дэй-Уильямс, Аарон Дж .; Моррис, Эндрю П .; Зеггини, Элефтерия (2012). «ARIEL и AMELIA: тестирование для накопления редких вариантов с использованием данных секвенирования следующего поколения». Человеческая наследственность. 73 (2): 84–94. Дои:10.1159/000336982. ISSN  1423-0062. ЧВК  3477640. PMID  22441326.
  8. ^ Хан, Фанг; Пан, Вэй (июнь 2010 г.). «Суммарный тест с адаптацией к данным для определения ассоциации заболевания с множеством распространенных или редких вариантов». Человеческая наследственность. 70 (1): 42–54. Дои:10.1159/000288704. ISSN  0001-5652. ЧВК  2912645. PMID  20413981.
  9. ^ а б Ли, Сихао; Ли, Зилин; Чжоу, Хуфэн; Гейнор, Шейла М .; Лю, Яову; Чен, Хан; Солнце, Райан; Дей, Рунак; Арнетт, Донна К .; Аслибекян Стелла; Баллантайн, Кристи М .; Bielak, Лоуренс Ф .; Бланжеро, Джон; Бурвинкль, Эрик; Боуден, Дональд У .; Брум, Джай Джи; Conomos, Мэтью П.; Корреа, Адольфо; Каплс, Л. Адриенн; Curran, Joanne E .; Фридман, Барри I .; Го, Сюцин; Хинди, Джордж; Ирвин, Маргарита Р .; Кардиа, Шэрон Л. Р .; Катиресан, Секар; Хан, Алина Т .; Куперберг, Чарльз Л .; Лори, Кэти С.; Лю, X. Ширли; Махани, Майкл С .; Manichaiku, Ani W .; Мартин, Лиза В .; Матиас, Расика А .; МакГарви, Стивен Т .; Mitchell, Braxton D .; Montasser, May E .; Мур, Джилл Э .; Morrison3, Alanna C .; О’Коннелл, Джеффри Р .; Palmer, Nicholette D .; Пампана, Ахил; Перальта, Хуан М .; Пейзер, Патрисия А .; Псати, Брюс М .; Redline, Сьюзен; Райс, Кеннет М .; Рич, Стивен С .; Смит, Дженнифер А .; Tiwari, Hemant K .; Цай, Майкл Ю .; Vasan, Ramachandran S .; Ван, Фэй Фэй; Weeks, Daniel E .; Вен, Чжипин; Уилсон, Джеймс Дж .; Янек, Лиза Р .; Консорциум NHLBI Trans-Omics for Precision Medicine (TOPMed); Рабочая группа TOPMed Lipids; Нил, Бенджамин М .; Сюняев, Шамиль Р .; Abecasis, Gonçalo R .; Роттер, Джером I .; Виллер, Кристен Дж .; Peloso, Gina M .; Натараджан, Прадип; Линь, Сихун (сентябрь 2020 г.). «Динамическое включение нескольких in silico функциональных аннотаций дает возможность проводить анализ ассоциации редких вариантов в крупных масштабных исследованиях секвенирования всего генома». Природа Генетика. 52 (9): 969–983. Дои:10.1038 / s41588-020-0676-4. ISSN  1061-4036. ЧВК  7483769. PMID  32839606.

дальнейшее чтение