RegulonDB - RegulonDB
 | |
|---|---|
| Содержание | |
| Описание | Транскрипционная регуляция Escherichia coli K-12 |
| Организмы | Кишечная палочка К-12 |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | Centro de Ciencias Genómicas, Universidad Nacional Autónoma de México |
| Авторы | Гама-Кастро и др. |
| Основное цитирование | Гама-Кастро и др. (2015)[1] |
| Дата выхода | 2017 |
| Доступ | |
| Интернет сайт | http://regulondb.ccg.unam.mx/ |
| Разное | |
| Версия | 9.4 |
RegulonDB это база данных регулирующая сеть экспрессии генов в кишечная палочка К-12.[1][2] RegulonDB также моделирует организацию генов в транскрипция единицы, опероны и регулоны. Всего 120 мРНК с 231 общими взаимодействиями, которые все вместе регулируют 192 гена, также включены. RegulonDB была основана в 1998 году и также предоставляет данные в EcoCyc база данных.
Факторы транскрипции и единицы сенсорного ответа
В бактерии, Такие как Кишечная палочка, гены, регулируются последовательность элементы в промоутеры и связанные сайты связывания). RegulonDB предоставляет базу данных таких регуляторных элементов, их сайтов связывания и факторов транскрипции, которые связываются с этими сайтами в Кишечная палочка. RegulonDB 9.0 включает 184 экспериментально определенных факторы транскрипции (TF), а также 120 вычисленных TF, то есть всего 304.
Полный репертуар 189 г. генетические сенсорные ответные единицы (Единицы GENSOR), объединяя их сигналы, регуляторные взаимодействия и метаболические пути. Четыре компонента выделены для 78 блоков GENSOR; 119 включают генетический переключатель и ответ, а 2 содержат только генетический переключатель.
В общей сложности 103 ТФ имеют известный эффектор в RegulonDB, в том числе 25 двухкомпонентные системы. Было достаточно сайтов, чтобы построить мотив для 93 TF, чтобы вывести 16 207 предсказанных сайтов связывания TF. Этот набор предсказанных сайтов связывания соответствует 12 574 TF → регуляторным взаимодействиям генов; это представляет собой восстановление 52% из 1592 аннотированных регуляторных взаимодействий в базе данных для 93 TF, для которых RegulonDB имеет матрица веса-положения (ШИМ). Если принимать во внимание только TF с качественной PWM, общее количество предсказанных взаимодействий TF → ген составляет 8 714, восстанавливая 672 (57%) аннотированных взаимодействий для этого подмножества TF. Полуавтоматическое курирование произвело в общей сложности 3195 регуляторных взаимодействий для 199 TF.
Определения
Проверьте глоссарий на наличие всех определений.
Блок транскрипции (ЕД)
А блок транскрипции представляет собой набор из одного или нескольких генов, транскрибируемых с одного промотора. TU может также включать сайты связывания регуляторных белков, влияющие на этот промотор и терминатор. А сложный оперон с несколькими промоторами содержит, следовательно, несколько единиц транскрипции. Единица транскрипции должна включать все гены оперона.
Промоутеры и терминаторы
А промоутер определяется в RegulonDB как нуклеотидная последовательность на 60 оснований выше и 20 оснований ниже точного начала транскрипции или +1. Терминаторы регионы, где заканчивается транскрипция, и РНК-полимераза отвязывает от ДНК.
Сайт привязки
Сайты связывания TF представляют собой физические сайты ДНК, распознаваемые факторами транскрипции в геноме, включая усилитель, активатор восходящего потока (UAS) и сайты операторов, которые могут связывать репрессоры или же активаторы.
Графическое отображение в RegulonDB
Графическое отображение оперон содержит все гены различных единиц транскрипции, а также все регуляторные элементы, участвующие в транскрипции и регуляции этих TU. Оперон здесь понимается как структурная единица, охватывающая все гены и регуляторные элементы. Оперон с несколькими промоторами, расположенными рядом друг с другом, также может иметь двойные сайты связывания, что указывает на то, что такой сайт может активировать один конкретный промотор, но репрессировать второй. На той же странице набор различных TU отображается под опероном. Графическое изображение оперона содержит все гены его различных единиц транскрипции, а также все регуляторные элементы, участвующие в транскрипции и регуляции этих TU. Графическое изображение TU всегда будет содержать только один промотор, если он известен, с сайты связывания, регулирующие его активность, за которыми следуют транскрибируемые гены. Обратите внимание, что двойные сайты часто отображаются в TU как репрессоры или активаторы. Это связано с тем, что сайт будет иметь особое влияние на промоутера этой ЕП.
Рекомендации
- ^ а б Gama-Castro S, Salgado H, Peralta-Gil M, Santos-Zavaleta A, Muñiz-Rascado L, Solano-Lira H, Jimenez-Jacinto V, Weiss V, García-Sotelo JS, López-Fuentes A, Porrón-Sotelo L , Alquicira-Hernández S, Medina-Rivera A, Martínez-Flores I, Alquicira-Hernández K, Martínez-Adame R, Bonavides-Martínez C, Miranda-Ríos J, Huerta AM, Mendoza-Vargas A, Collado-Torres L, Taboza-Vargas A, Collado-Torres L. B, Вега-Альварадо Л., Ольвера М., Ольвера Л., Гранде Р., Моретт Е., Колладо-Видес Дж. (Январь 2011 г.). «RegulonDB версии 7.0: регуляция транскрипции Escherichia coli K-12, интегрированная в единицы генетического сенсорного ответа (Gensor Units)». Нуклеиновые кислоты Res. Англия. 39 (Проблема с базой данных): D98-105. Дои:10.1093 / нар / gkq1110. ЧВК 3013702. PMID 21051347.
- ^ Гама-Кастро, Сокорро; Сальгадо, Хеладия; Сантос-Завалета, Альберто; Ледезма-Техейда, Даниэла; Муньис-Раскадо, Луис; Гарсия-Сотело, Хаир Сантьяго; Алькисира-Эрнандес, Кевин; Мартинес-Флорес, Ирма; Панье, Люсия (4 января 2016 г.). «RegulonDB версии 9.0: высокий уровень интеграции регуляции генов, коэкспрессии, кластеризации мотивов и не только». Исследования нуклеиновых кислот. 44 (D1): D133–143. Дои:10.1093 / нар / gkv1156. ISSN 1362-4962. ЧВК 4702833. PMID 26527724.