Перепрограммирование - Reprogramming

Эта статья об эпигенетическом феномене. Для написания компьютерного кода см. компьютерное программирование.

В биологии перепрограммирование относится к стиранию и переделке эпигенетический марки, такие как Метилирование ДНК, во время развития млекопитающих или в культуре клеток.[1] Такой контроль также часто связан с альтернативными ковалентными модификациями гистоны.

Перепрограммирование, которое является как крупномасштабным (от 10% до 100% эпигенетических меток), так и быстрым (от часов до нескольких дней), происходит на трех этапах жизни млекопитающих. Почти 100% эпигенетических меток перепрограммируются за два коротких периода на ранней стадии развития после оплодотворение из яйцеклетка по сперма. Кроме того, почти 10% Метилирование ДНК в нейронах гиппокампа может быстро изменяться при формировании сильной памяти о страхе.

После оплодотворения у млекопитающих Метилирование ДНК паттерны в значительной степени стираются, а затем восстанавливаются во время раннего эмбрионального развития. Стираются почти все метилирования родителей, сначала эмбриогенез, и снова в гаметогенез, причем каждый раз происходит деметилирование и реметилирование. Деметилирование в раннем эмбриогенезе происходит в доимплантационном периоде. После оплодотворения спермой яйцеклетка сформировать зигота, быстрый Деметилирование ДНК отцовской ДНК и более медленное деметилирование материнской ДНК происходит до образования морула который практически не имеет метилирования. После бластоциста может начаться метилирование, а с образованием эпибласт Затем происходит волна метилирования до стадии имплантации эмбриона. Другой период быстрого и почти полного деметилирования происходит во время гаметогенеза в пределах первобытного человека. стволовые клетки (PGC). В отличие от PGCs, на стадии после имплантации паттерны метилирования в соматических вызовах зависят от стадии и ткани с изменениями, которые предположительно определяют каждый индивидуальный тип клеток и сохраняются стабильно в течение длительного времени.[2]

Эмбриональное развитие

Уровни метилирования во время раннего эмбрионального развития мышей.

Мышь сперма геном составляет 80–90% метилированный на своем CpG сайты в ДНК, насчитывающая около 20 миллионов метилированных сайтов.[3] После оплодотворение, отцовская хромосома почти полностью деметилированный через шесть часов при активном процессе до репликации ДНК (синяя линия на рисунке). В зрелом ооцит, около 40% его CpG-сайтов метилированы. Деметилирование материнской хромосомы в основном происходит за счет блокирования действия метилирующих ферментов на ДНК материнского происхождения и за счет разведения метилированной материнской ДНК во время репликации (красная линия на рисунке). В морула (на стадии 16 клеток), имеет лишь небольшое количество Метилирование ДНК (черная линия на рисунке). Метилирование начинает усиливаться через 3,5 дня после оплодотворения в бластоциста, а затем большая волна метилирования происходит на 4,5–5,5 дни в эпибласт, переходя от 12% до 62% метилирования и достигая максимального уровня после имплантации в матку.[4] К седьмому дню после оплодотворения новообразованная первичные половые клетки (PGC) в имплантированном эмбрион отделить от остальных соматические клетки. На данный момент PGCs имеют примерно такой же уровень метилирования, что и соматические клетки.

Вновь образованные примордиальные половые клетки (PGC) в имплантированном эмбрионе происходят от соматических клеток. На данный момент PGC имеют высокий уровень метилирования. Эти клетки мигрируют от эпибласта к гонадный гребень. Теперь клетки быстро размножаются и начинают деметилирование двумя волнами. В первой волне деметилирование происходит путем репликативного разбавления, но во второй волне деметилирование происходит в активном процессе. Вторая волна приводит к деметилированию определенных локусов. В этот момент геномы PGC демонстрируют самые низкие уровни метилирования ДНК среди любых клеток за весь жизненный цикл [в эмбриональный день 13,5 (E13.5), см. Второй рисунок в этом разделе].[5]

Динамика метилирования ДНК во время эмбрионального развития мыши

После оплодотворения некоторые клетки новообразованного эмбриона мигрируют к зародышевому гребню и в конечном итоге становятся стволовые клетки (сперма и ооциты) следующего поколения. Из-за явления геномный импринтинг, материнский и отцовский геномы по-разному помечены и должны быть правильно перепрограммированы каждый раз, когда они проходят через зародышевую линию. Поэтому в процессе гаметогенез первичные половые клетки должны иметь свои исходные двупородные Метилирование ДНК паттерны стираются и восстанавливаются в зависимости от пола передающего родителя.

После оплодотворения отцовский и материнский геномы деметилируются, чтобы стереть их эпигенетические сигнатуры и приобрести тотипотентность. Здесь наблюдается асимметрия: мужской пронуклеус быстро и активно деметилируется. Тем временем женский пронуклеус пассивно деметилируется во время последовательных делений клеток. Процесс Деметилирование ДНК вовлекает базовая эксцизионная пластика и, вероятно, другие механизмы, основанные на репарации ДНК.[6] Несмотря на глобальный характер этого процесса, существуют определенные последовательности, которые его избегают, например: дифференциально метилированные области (DMRS), связанный с импринтированными генами, ретротранспозоны и центромерный гетерохроматин. Повторное метилирование необходимо для дифференциации эмбриона в полноценный организм.[7]

В пробирке манипуляции с предимплантационными эмбрионами нарушают паттерны метилирования в импринтированных локусах[8] и играет решающую роль в клонированных животных.[9]

Обучение и память

Области мозга, участвующие в формировании памяти

Обучение и память имеют уровни постоянства, отличающиеся от других психических процессов, таких как мышление, язык и сознание, которые временны по своей природе. Обучение и память могут накапливаться медленно (таблица умножения) или быстро (прикосновение к горячей плите), но однажды их можно использовать для сознательного использования на долгое время. Крысы подверглись одному случаю контекстуальная обусловленность страха создать особенно сильную долговременную память. Через 24 ч после тренировки было обнаружено, что 9,17% генов в геномах нейронов гиппокампа крыс являются дифференциально метилированный. Это включало более 2000 дифференциально метилированных генов через 24 часа после тренировки, причем более 500 генов были деметилированы.[10] В области гиппокампа мозга сначала сохраняются контекстные воспоминания о страхе (см. Рисунок мозга в этом разделе), но это хранилище временное и не сохраняется в гиппокампе. У крыс условное кондиционирование страха отменяется, когда гиппокамп подвергается гиппокампэктомии всего через 1 день после кондиционирования, но крысы сохраняют значительную долю контекстного страха, когда между временем кондиционирования и временем гиппокампэктомии вводится длительная задержка (28 дней).[11]

Молекулярные стадии

Для перепрограммирования Метилом ДНК. Этап 1: Набор. Ферменты, необходимые для репрограммирования, привлекаются к участкам генома, которые требуют деметилирования или метилирования. Этап 2: Реализация. Происходят начальные ферментативные реакции. В случае метилирования это короткий этап, который приводит к метилированию цитозина до 5-метилцитозина. Этап 3: эксцизионная репарация ДНК. Промежуточные продукты деметилирования катализируются специфическими ферментами пути репарации ДНК с вырезанием оснований, которые в конечном итоге восстанавливают цистозин в последовательности ДНК.

Деметилирование 5-метилцитозина. Деметилирование 5-метилцитозина (5mC) в ДНК нейрона. Согласно обзору 2018 года,[12] в нейронах мозга 5mC окисляется диоксигеназой TET с образованием 5-гидроксиметилцитозин (5hmC). В последовательных стадиях фермент TET дополнительно гидроксилирует 5hmC с образованием 5-формилцитозина (5fC) и 5-карбоксилцитозина (5caC). Тимин-ДНК-гликозилаза (TDG) распознает промежуточные основания 5fC и 5caC и расщепляет гликозидную связь, в результате чего образуется апиримидиновый сайт (AP-сайт). В альтернативном пути окислительного дезаминирования 5hmC может подвергаться окислительному дезаминированию с помощью комплекса редактирования мРНК цитидиндезаминазы / аполипопротеина B (AID / APOBEC), индуцируемого активностью, с образованием 5-гидроксиметилурацила (5hmU). 5mC также можно преобразовать в тимин (Thy). 5hmU может быть расщеплен TDG, одноцепочечной монофункциональной урацил-ДНК-гликозилазой 1 (SMUG1), Nei-подобной ДНК-гликозилазой 1 (NEIL1) или метил-CpG-связывающим белком 4 (MBD4). AP-сайты и несовпадения T: G затем восстанавливаются ферментами эксцизионной репарации оснований (BER) с образованием цитозина (Cyt).

Рисунок в этом разделе указывает на центральную роль транслокации десять-одиннадцать. метилцитозиндиоксигеназы (ТЭЦ) в деметилировании 5-метилцитозина с образованием цитозина.[13] Согласно обзору 2018 года,[13] 5mC очень часто первоначально окисляется диоксигеназами TET с образованием 5-гидроксиметилцитозин (5hmC). На последовательных этапах (см. Рисунок) ферменты ТЕТ дополнительно гидроксилируют 5hmC с образованием 5-формилцитозина (5fC) и 5-карбоксилцитозина (5caC). Тимин-ДНК гликозилаза (TDG) распознает промежуточные основания 5fC и 5caC и удаляет гликозидную связь, что приводит к апиримидиновый сайт (Сайт AP). В альтернативном пути окислительного дезаминирования 5hmC может быть окислительно дезаминировано посредством АПОБЕК (AID / APOBEC) дезаминазы с образованием 5-гидроксиметилурацила (5hmU) или 5mC могут быть преобразованы в тимин (Твое). 5hmU может быть расщеплен TDG, SMUG1, NEIL1, или же MBD4. AP-сайты и несовпадения T: G затем восстанавливаются ферментами эксцизионной репарации оснований (BER) с образованием цитозина (Cyt).

Семья ТЕТ

Изоформы Ферменты TET включают по крайней мере две изоформы TET1, одну из TET2 и три изоформы TET3.[14][15] Полноразмерная каноническая изоформа TET1, по-видимому, фактически ограничена ранними эмбрионами, эмбриональными стволовыми клетками и примордиальными зародышевыми клетками (PGC). Доминирующая изоформа TET1 в большинстве соматических тканей, по крайней мере, у мышей, возникает в результате использования альтернативного промотора, который приводит к короткому транскрипту и усеченному белку, обозначенному TET1. Изоформы TET3 - это полноразмерная форма TET3FL, короткий вариант сплайсинга TET3s и форма, которая встречается в ооцитах и ​​нейронах, обозначенная TET3o. TET3o создается путем использования альтернативного промотора и содержит дополнительный первый N-концевой экзон, кодирующий 11 аминокислот. TET3o встречается только в ооцитах и ​​нейронах и не экспрессируется в эмбриональных стволовых клетках или в клетках любого другого типа или в тканях взрослых мышей. В то время как экспрессия TET1 едва ли может быть обнаружена в ооцитах и ​​зиготах, а TET2 экспрессируется только умеренно, вариант TET3o TET3 демонстрирует чрезвычайно высокие уровни экспрессии в ооцитах и ​​зиготах, но почти отсутствует на стадии 2 клеток. Возможно, что TET3o с высоким содержанием нейронов, ооцитов и зигот на одноклеточной стадии является основным ферментом TET, который используется, когда в этих клетках происходит очень крупномасштабное быстрое деметилирование.

Вербовка TET в ДНК

В Ферменты TET не привязывать к 5-метилцитозин кроме случаев приема на работу. Без рекрутирования или нацеливания TET1 преимущественно связывается с высокими промоторами CG и островками CpG (CGI) по всему геному за счет своего домена CXXC, который может распознавать неметилированный CGI.[16] TET2 не имеет сродства к 5-метилцитозину в ДНК.[17] Домен CXXC полноразмерного TET3, который является преобладающей формой, экспрессируемой в нейронах, наиболее сильно связывается с CpG, где C был преобразован в 5-карбоксицитозин (5caC). Однако он также привязан к неметилированные CpG.[15]

Инициирование деметилирования ДНК при CpG сайт. Во взрослых соматических клетках метилирование ДНК обычно происходит в контексте динуклеотидов CpG (CpG сайты ), образуя 5-метилцитозин -pG, (5 мКПГ). Активные формы кислорода (АФК) могут атаковать гуанин в динуклеотидном сайте, образуя 8-гидрокси-2'-дезоксигуанозин (8-OHdG), что приводит к динуклеотидному сайту 5mCp-8-OHdG. В базовая эксцизионная пластика фермент OGG1 нацеливается на 8-OHdG и связывается с поражением без немедленного удаления. OGG1, присутствующий на сайте 5mCp-8-OHdG, рекрутирует TET1 и TET1 окисляет 5mC, соседний с 8-OHdG. Это инициирует деметилирование 5mC[18] как показано на предыдущем рисунке.

Для Фермент TET чтобы инициировать деметилирование, он должен сначала быть задействован в метилированном CpG сайт в ДНК. Два белка, которые, как было показано, привлекают фермент TET к метилированному цитозину в ДНК, являются OGG1 (см. рисунок Инициирование демилирования ДНК)[18] и EGR1.[19]

OGG1

Оксогуанингликозилаза (OGG1) катализирует первую стадию эксцизионной репарации основания окислительно поврежденного основания 8-OHdG. OGG1 находит 8-OHdG, скользя по линейной ДНК на 1000 пар оснований ДНК за 0,1 секунды.[20] OGG1 очень быстро находит 8-OHdG. Белки OGG1 связываются с ДНК, поврежденной окислением, с половинным максимальным временем около 6 секунд.[21] Когда OGG1 находит 8-OHdG, он меняет конформацию и образует комплексы с 8-OHdG в связывающем кармане OGG1.[22] OGG1 не сразу удаляет 8-OHdG. Половина максимального удаления 8-OHdG в клетках HeLa занимает около 30 минут. in vitro,[23] или около 11 минут в печени облученных мышей.[24] Окисление ДНК реактивными формами кислорода предпочтительно происходит по гуанину в метилированном CpG-сайте из-за пониженного потенциала ионизации оснований гуанина, соседних с 5-метилцитозином.[25] TET1 связывает (рекрутируется) OGG1, связанный с 8-OHdG (см. Рисунок).[18] Это, вероятно, позволяет TET1 деметилировать соседний метилированный цитозин. Когда эпителиальные клетки молочной железы человека (MCF-10A) обрабатывали H2О2, 8-OHdG увеличился в ДНК в 3,5 раза, и это вызвало крупномасштабное деметилирование 5-метилцитозина примерно до 20% от его исходного уровня в ДНК.[18]

EGR1

Ген белок 1 реакции раннего роста (EGR1 ) является немедленный ранний ген (IEG). Определяющей характеристикой ИЭГ является быстрое и временное повышение - в течение нескольких минут - уровней их мРНК, независимо от синтеза белка.[26] EGR1 может быстро индуцироваться нейрональной активностью.[27] В зрелом возрасте EGR1 широко экспрессируется в головном мозге, поддерживая исходные уровни экспрессии в нескольких ключевых областях мозга, включая медиальную префронтальную кору, полосатое тело, гиппокамп и миндалевидное тело.[26] Это выражение связано с контролем познания, эмоциональной реакцией, социальным поведением и чувствительностью к вознаграждению.[26] EGR1 связывается с ДНК в сайтах с мотивами 5'-GCGTGGGCG-3 'и 5'-GCGGGGGCGG-3', и эти мотивы встречаются в основном в промоторных областях генов.[27] Короткая изоформа TET1s экспрессируется в головном мозге. EGR1 и TET1 образуют комплекс, опосредованный C-концевыми областями обоих белков, независимо от ассоциации с ДНК.[27] EGR1 рекрутирует TET1 в области генома, фланкирующие сайты связывания EGR1.[27] В присутствии EGR1, TET1s способны к локус-специфическому деметилированию и активации экспрессии нижележащих генов, регулируемых EGR1.[27]

В системах клеточных культур

Перепрограммирование также можно вызвать искусственно путем введения экзогенных факторов, обычно факторы транскрипции. В этом контексте это часто относится к созданию индуцированные плюрипотентные стволовые клетки из зрелых клеток, таких как взрослые фибробласты. Это позволяет производить стволовые клетки за биомедицинские исследования, например, исследование лечение стволовыми клетками, без использования эмбрионов. Осуществляется трансфекция генов, связанных со стволовыми клетками, в зрелые клетки с использованием вирусные векторы такие как ретровирусы.

История

Первым, кто успешно продемонстрировал перепрограммирование, был Джон Гэрдон, который в 1962 году продемонстрировал, что дифференцированные соматические клетки могут быть перепрограммированы обратно в эмбриональное состояние, когда ему удалось получить плавающих головастиков после переноса дифференцированных кишечных эпителиальных клеток в энуклеированные яйца лягушки.[28] За это достижение он получил 2012 год. Нобелевская премия по медицине рядом Шинья Яманака.[29] Яманака был первым, кто продемонстрировал (в 2006 г.), что этот процесс переноса ядра соматической клетки или процесс репрограммирования на основе ооцитов (см. Ниже), открытый Гурдоном, может быть повторен (у мышей) определенными факторами (4 октября, Sox2, Klf4, и c-Myc ) чтобы генерировать индуцированные плюрипотентные стволовые клетки (ИПСК).[30] Также использовались другие комбинации генов.[31]

Изменчивость

Свойства клеток, полученных после репрограммирования, могут значительно различаться, в частности, среди ИПСК.[32] Факторы, ведущие к вариациям в выполнении репрограммирования и функциональных характеристиках конечных продуктов, включают генетический фон, источник ткани, стехиометрию фактора репрограммирования и стрессоры, связанные с культурой клеток.[32]

Перенос ядра соматической клетки

Смотрите также: клонирование

An ооцит может перепрограммировать взрослое ядро ​​в эмбриональное состояние после перенос ядра соматической клетки, так что из такой клетки можно развить новый организм.[33]

Перепрограммирование отличается от развития соматический эпитип,[34] поскольку соматические эпитипы потенциально могут быть изменены после того, как организм вышел из стадии развития.[35] Во время переноса ядра соматической клетки ооцит выключает тканеспецифические гены в ядре соматической клетки и снова включает гены, специфичные для эмбриона.

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Рейк В., Дин В., Уолтер Дж. (Август 2001 г.). «Эпигенетическое репрограммирование в развитии млекопитающих». Наука (Обзор). 293 (5532): 1089–93. Дои:10.1126 / science.1063443. PMID  11498579.
  2. ^ Кедр H, Бергман Y (июль 2012 г.). «Программирование паттернов метилирования ДНК». Ежегодный обзор биохимии. 81: 97–117. Дои:10.1146 / annurev-biochem-052610-091920. PMID  22404632.
  3. ^ "Деметилирование в раннем эмбриональном развитии и памяти | IntechOpen".
  4. ^ Оклер Г, Гвиберт С, Бендер А, Вебер М (2014). «Онтогенез метилирования CpG-островков и специфичность метилтрансфераз DNMT3 во время эмбрионального развития у мышей». Геном Биол. 15 (12): 545. Дои:10.1186 / s13059-014-0545-5. ЧВК  4295324. PMID  25476147.
  5. ^ Цзэн Ю., Чен Т. (март 2019 г.). «Перепрограммирование метилирования ДНК во время развития млекопитающих». Гены (Базель). 10 (4). Дои:10.3390 / гены10040257. ЧВК  6523607. PMID  30934924.
  6. ^ Ladstätter S, Tachibana-Konwalski K (декабрь 2016 г.). «Механизм наблюдения обеспечивает восстановление повреждений ДНК во время зиготического репрограммирования». Клетка. 167 (7): 1774–1787.e13. Дои:10.1016 / j.cell.2016.11.009. ЧВК  5161750. PMID  27916276.
  7. ^ Зайзенбергер С., Торф Дж. Р., Хор Т.А., Сантос Ф., Дин В., Рейк В. (январь 2013 г.). «Перепрограммирование метилирования ДНК в жизненном цикле млекопитающих: создание и преодоление эпигенетических барьеров». Философские труды Лондонского королевского общества. Серия B, Биологические науки. 368 (1609): 20110330. Дои:10.1098 / rstb.2011.0330. ЧВК  3539359. PMID  23166394.
  8. ^ Манн М.Р., Чунг Ю.Г., Нолен Л.Д., Верона Р.И., Латам К.Е., Бартоломей М.С. (сентябрь 2003 г.). «Нарушение метилирования и экспрессии импринтированного гена в клонированных эмбрионах мыши на стадии доимплантации». Биология размножения. 69 (3): 902–14. Дои:10.1095 / биолрепрод.103.017293. PMID  12748125.
  9. ^ Wrenzycki C, Niemann H (декабрь 2003 г.). «Эпигенетическое репрограммирование в раннем эмбриональном развитии: эффекты производства in vitro и соматического переноса ядер». Обзор. Репродуктивная биомедицина онлайн. 7 (6): 649–56. Дои:10.1016 / с1472-6483 (10) 62087-1. PMID  14748963.
  10. ^ Duke CG, Kennedy AJ, Gavin CF, Day JJ, Sweatt JD (июль 2017 г.). «Зависящая от опыта эпигеномная реорганизация в гиппокампе». Учить. Mem. 24 (7): 278–288. Дои:10.1101 / пог.м.045112.117. ЧВК  5473107. PMID  28620075.
  11. ^ Ким Дж.Дж., Юнг М.В. (2006). «Нейронные цепи и механизмы, участвующие в формировании условного рефлекса страха по Павлову: критический обзор». Neurosci Biobehav Rev. 30 (2): 188–202. Дои:10.1016 / j.neubiorev.2005.06.005. ЧВК  4342048. PMID  16120461.
  12. ^ Байрактар ​​Г., Кройц М.Р. (2018). «Роль зависимого от активности деметилирования ДНК в мозге взрослого человека и при неврологических расстройствах». Границы молекулярной неврологии. 11: 169. Дои:10.3389 / fnmol.2018.00169. ЧВК  5975432. PMID  29875631.
  13. ^ а б Байрактар ​​Г., Кройц М.Р. (2018). «Роль зависимого от активности деметилирования ДНК в мозге взрослого человека и при неврологических расстройствах». Front Mol Neurosci. 11: 169. Дои:10.3389 / fnmol.2018.00169. ЧВК  5975432. PMID  29875631.
  14. ^ Jin SG, Zhang ZM, Dunwell TL, Harter MR, Wu X, Johnson J, Li Z, Liu J, Szabó PE, Lu Q, Xu GL, Song J, Pfeifer GP (январь 2016 г.). «Tet3 считывает 5-карбоксилцитозин через свой домен CXXC и является потенциальным защитником от нейродегенерации». Сотовый представитель. 14 (3): 493–505. Дои:10.1016 / j.celrep.2015.12.044. ЧВК  4731272. PMID  26774490.
  15. ^ а б Меламед П., Йосефзон Й, Дэвид С., Цукерман А., Пнуели Л. (2018). «Ферменты Tet, варианты и различное влияние на функцию». Front Cell Dev Biol. 6: 22. Дои:10.3389 / fcell.2018.00022. ЧВК  5844914. PMID  29556496.
  16. ^ Чжан В., Ся В., Ван Ц., Тауэрс А.Дж., Чен Дж., Гао Р, Чжан И, Йен К.А., Ли А.Й., Ли И, Чжоу Ц., Лю К., Чжан Дж, Гу ТП, Чен Х, Чанг З., Люн Д. , Гао С., Цзян Ю. Х., Се В. (декабрь 2016 г.). «Переключатель изоформы TET1 регулирует деметилирование ДНК и развитие мышей». Мол. Клетка. 64 (6): 1062–1073. Дои:10.1016 / j.molcel.2016.10.030. PMID  27916660.
  17. ^ Деплюс Р., Делатт Б., Швинн М.К., Дефранс М., Мендес Дж., Мерфи Н., Доусон М.А., Фолькмар М., Путманс П., Калонн Е., Ши А.Х., Левин Р.Л., Бернард О., Мершер Т., Солари Е., Урх М., Дэниэлс Д.Л. , Фукс Ф (март 2013 г.). «TET2 и TET3 регулируют GlcNAcylation и метилирование H3K4 через OGT и SET1 / COMPASS». EMBO J. 32 (5): 645–55. Дои:10.1038 / emboj.2012.357. ЧВК  3590984. PMID  23353889.
  18. ^ а б c d Чжоу X, Чжуан З., Ван В., Хэ Л., Ву Х, Цао И, Пань Ф, Чжао Дж., Ху З., Секхар С., Го З. (сентябрь 2016 г.). «OGG1 необходим для деметилирования ДНК, вызванного окислительным стрессом». Cell. Сигнал. 28 (9): 1163–71. Дои:10.1016 / j.cellsig.2016.05.021. PMID  27251462.
  19. ^ Sun Z, Xu X, He J, Murray A, Sun MA, Wei X, Wang X, McCoig E, Xie E, Jiang X, Li L, Zhu J, Chen J, Morozov A, Pickrell AM, Theus MH, Xie H (Август 2019 г.). «EGR1 задействует TET1 для формирования метилома мозга во время развития и при нейронной активности». Nat Commun. 10 (1): 3892. Дои:10.1038 / s41467-019-11905-3. PMID  31467272.
  20. ^ Blainey PC, van Oijen AM, Banerjee A, Verdine GL, Xie XS (апрель 2006 г.). «Белок репарации ДНК с вырезанием оснований находит внутриспиральные основания поражения за счет быстрого скольжения в контакте с ДНК». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 103 (15): 5752–7. Дои:10.1073 / pnas.0509723103. ЧВК  1458645. PMID  16585517.
  21. ^ Абду И., Пуарье Г.Г., Хендзель М.Дж., Вайнфельд М. (январь 2015 г.). «ДНК-лигаза III действует как датчик разрыва цепи ДНК в клеточной оркестровке репарации разрыва цепи ДНК». Нуклеиновые кислоты Res. 43 (2): 875–92. Дои:10.1093 / нар / gku1307. ЧВК  4333375. PMID  25539916.
  22. ^ ван дер Кемп PA, Charbonnier JB, Audebert M, Boiteux S (2004). «Каталитические и ДНК-связывающие свойства человеческой Ogg1 ДНК N-гликозилазы / AP-лиазы: биохимическое исследование H270, Q315 и F319, трех аминокислот из кармана, связывающего 8-оксогуанин». Нуклеиновые кислоты Res. 32 (2): 570–8. Дои:10.1093 / нар / гх224. ЧВК  373348. PMID  14752045.
  23. ^ Лан Л., Накадзима С., Оохата И., Такао М., Окано С., Масутани М., Уилсон С.Х., Ясуи А. (сентябрь 2004 г.). «Анализ in situ процессов восстановления окислительного повреждения ДНК в клетках млекопитающих». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 101 (38): 13738–43. Дои:10.1073 / pnas.0406048101. ЧВК  518826. PMID  15365186.
  24. ^ Гамильтон М.Л., Го З., Фуллер С.Д., Ван Реммен Х., Уорд В.Ф., Остад С.Н., Тройер Д.А., Томпсон I, Ричардсон А. (2001). «Надежная оценка уровней 8-оксо-2-дезоксигуанозина в ядерной и митохондриальной ДНК с использованием метода йодида натрия для выделения ДНК». Нуклеиновые кислоты Res. 29 (10): 2117–26. Дои:10.1093 / nar / 29.10.2117. ЧВК  55450. PMID  11353081.
  25. ^ Мин Х, Материя Б, Сонг М, Велиат Э, Шенли Р., Джонс Р., Третьякова Н. (март 2014 г.). «Картирование структурно определенных продуктов окисления гуанина вдоль дуплексов ДНК: влияние локального контекста последовательности и эндогенного метилирования цитозина». Варенье. Chem. Soc. 136 (11): 4223–35. Дои:10.1021 / ja411636j. ЧВК  3985951. PMID  24571128.
  26. ^ а б c Дюкло Ф, Каббадж М (2017). «Роль реакции раннего роста 1 (EGR1) в пластичности мозга и нейропсихиатрических расстройствах». Front Behav Neurosci. 11: 35. Дои:10.3389 / fnbeh.2017.00035. ЧВК  5337695. PMID  28321184.
  27. ^ а б c d е Sun Z, Xu X, He J, Murray A, Sun MA, Wei X, Wang X, McCoig E, Xie E, Jiang X, Li L, Zhu J, Chen J, Morozov A, Pickrell AM, Theus MH, Xie H (Август 2019 г.). «EGR1 задействует TET1 для формирования метилома мозга во время развития и при нейронной активности». Nat Commun. 10 (1): 3892. Дои:10.1038 / s41467-019-11905-3. ЧВК  6715719. PMID  31467272.
  28. ^ Гурдон Дж. Б. (декабрь 1962 г.). «Способность к развитию ядер, взятых из клеток кишечного эпителия кормящихся головастиков». Журнал эмбриологии и экспериментальной морфологии. 10: 622–40. PMID  13951335.
  29. ^ "Нобелевская премия по физиологии и медицине - пресс-релиз 2012 г.". Nobel Media AB. 8 октября 2012 г.
  30. ^ Такахаши К., Яманака С (Август 2006 г.). «Индукция плюрипотентных стволовых клеток из культур эмбриональных и взрослых фибробластов мыши с помощью определенных факторов» (PDF). Клетка. 126 (4): 663–76. Дои:10.1016 / j.cell.2006.07.024. PMID  16904174.
  31. ^ Бейкер М (2007-12-06). «Взрослые клетки перепрограммированы до плюрипотентности, без опухолей». Природа сообщает о стволовых клетках. Дои:10.1038 / stemcells.2007.124.
  32. ^ а б Паулл Д., Севилья А., Чжоу Х., Хан А. К., Ким Х., Наполитано К., Цанков А., Шан Л., Крумхольц К., Ягадисан П., Вудард С. М., Сан Б., Вилбоу Т., Циммер М., Фореро Е., Морозевич Д. Н., Мартинес Х. , Malicdan MC, Weiss KA, Vensand LB, Dusenberry CR, Polus H, Sy KT, Kahler DJ, Gahl WA, Solomon SL, Chang S, Meissner A, Eggan K, Noggle SA (сентябрь 2015 г.). «Автоматизированное высокопроизводительное получение, характеристика и дифференциация индуцированных плюрипотентных стволовых клеток». Природные методы. 12 (9): 885–92. Дои:10.1038 / nmeth.3507. PMID  26237226.
  33. ^ Hochedlinger K, Jaenisch R (июнь 2006 г.). «Ядерное перепрограммирование и плюрипотентность». Природа. 441 (7097): 1061–7. Bibcode:2006 Натур.441.1061H. Дои:10.1038 / природа04955. PMID  16810240.
  34. ^ Лахири Д.К., Мэлони Б. (2006). «Гены - не наша судьба: соматический эпитип связывает генотип и фенотип». Обзоры природы Неврология. 7 (12): 976. Дои:10.1038 / nrn2022-c1.
  35. ^ Mathers JC (июнь 2006 г.). «Пищевая модуляция старения: геномный и эпигенетический подходы». Механизмы старения и развития. 127 (6): 584–9. Дои:10.1016 / j.mad.2006.01.018. PMID  16513160.