rpoN - rpoN - Wikipedia

РНК-полимераза фактор сигма-54
Идентификаторы
Организм?
СимволRpoN
UniProtP24255

Ген rpoN (рNA poлимераза, ограничение азота N) кодирует фактор сигма сигма-54 (σ54, сигма N или RpoN), белок в кишечная палочка и другие виды бактерий. RpoN противодействует сигма-факторам RpoS.[1]

Биологическая роль

Первоначально идентифицированный как регулятор генов, участвующих в метаболизме и ассимиляции азота в условиях ограничения азота,[2] Кишечная палочка С тех пор было показано, что σ54 играет важную регуляторную роль во множестве других клеточных процессов. Сходным образом гомологи σ54 у других видов регулируют широкий спектр процессов, включая синтез жгутиков и вирулентность.[3]

Специфичность последовательности и механизм действия

Фактор сигма-54, активатор взаимодействующий домен
Идентификаторы
СимволSigma54_AID
PfamPF00309
ИнтерПроIPR000394
PROSITEPS50044

Элементы промотора σ54 состоят из консервативных нуклеотидов, расположенных в точках -12 и -24 по отношению к сайту начала транскрипции.[4] Это контрастирует с членами семейства σ70, которые распознают консервативные промоторные элементы, расположенные примерно на -10 и -35 по отношению к сайту начала транскрипции.[5] В отличие от членов семейства σ70, белки σ54 связывают промоторную ДНК независимо от ядерной РНКП.in vitro.[6] Другой отличительной особенностью белков σ54 является их абсолютная потребность в белках-активаторах, известных как бактериальные энхансерные связывающие белки (bEBP), для инициации транскрипции.[4][7] Таким образом, как активные, так и неактивные формы RNAP: σ54 связываются на промоторах.[8]

Промоторные элементы, регулируемые RpoN, имеют следующую консенсусную последовательность: TTGGCACGGTTTTTGCT.[9]

использованная литература

  1. ^ Донг Т., Ю. Р., Шеллхорн Х (январь 2011 г.). «Антагонистическая регуляция подвижности и экспрессии транскриптома с помощью RpoN и RpoS в Escherichia coli». Молекулярная микробиология. 79 (2): 375–86. Дои:10.1111 / j.1365-2958.2010.07449.x. PMID  21219458.
  2. ^ Хант Т.П., Магасаник Б (декабрь 1985 г.). «Транскрипция glnA очищенными компонентами Escherichia coli: ядерной РНК-полимеразой и продуктами glnF, glnG и glnL». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 82 (24): 8453–7. Дои:10.1073 / пнас.82.24.8453. ЧВК  390934. PMID  2867543.
  3. ^ Цанг Дж., Гувер Т.Р. (2014). «Темы и вариации: регуляция RpoN-зависимых жгутиковых генов у различных видов бактерий». Scientifica. 2014: 681754. Дои:10.1155/2014/681754. ЧВК  3930126. PMID  24672734.
  4. ^ а б Wigneshweraraj S, Bose D, Burrows PC, Joly N, Schumacher J, Rappas M, Pape T, Zhang X, Stockley P, Severinov K, Buck M (май 2008 г.). «Порядок работы бактериальной РНК-полимеразы, содержащей фактор специфичности промотора sigma54». Молекулярная микробиология. 68 (3): 538–46. Дои:10.1111 / j.1365-2958.2008.06181.x. PMID  18331472.
  5. ^ Грубер TM, Гросс CA (2003). «Множественные сигма-субъединицы и разделение бактериального транскрипционного пространства». Ежегодный обзор микробиологии. 57: 441–66. Дои:10.1146 / annurev.micro.57.030502.090913. PMID  14527287.
  6. ^ Бак М., Кэннон В. (июль 1992 г.). «Специфическое связывание фактора транскрипции сигма-54 с промоторной ДНК». Природа. 358 (6385): 422–4. Дои:10.1038 / 358422a0. PMID  1641025.
  7. ^ Шинглер V (май 2011 г.). «Сигнальные сенсорные системы, влияющие на σ⁵⁴-зависимую транскрипцию». Обзор микробиологии FEMS. 35 (3): 425–40. Дои:10.1111 / j.1574-6976.2010.00255.x. PMID  21054445.
  8. ^ Бонокора Р.П., Смит К., Лапьер П., Уэйд Дж. Т. (октябрь 2015 г.). «Картирование в масштабе генома Escherichia coli σ54 выявляет широко распространенное консервативное внутригенное связывание». PLoS Genetics. 11 (10): e1005552. Дои:10.1371 / journal.pgen.1005552. ЧВК  4591121. PMID  26425847.
  9. ^ Леанг С., Крушкал Дж., Уэки Т., Пульджич М., Сан Дж., Хуарес К., Нуньес К., Регера Дж., ДиДонато Р., Постье Б., Адкинс Р.М., Ловли Д.Р. (июль 2009 г.). «Полногеномный анализ регулона RpoN в Geobacter sulfurereducens». BMC Genomics. 10: 331. Дои:10.1186/1471-2164-10-331. ЧВК  2725144. PMID  19624843.