Rsa РНК - Rsa RNA

Rsa РНК находятся некодирующие РНК найдено в бактерии Золотистый стафилококк. Общее имя происходит от их открытия и не подразумевает гомология. Биоинформатика сканирование идентифицировало 16 семейств Rsa РНК, названных RsaA-K и RsaOA-OG.^[1][2] Другие, RsaOH-OX, были обнаружены благодаря RNomic подходу.^[3] Хотя РНК демонстрировали различные паттерны экспрессии, было показано, что многие из недавно открытых РНК Hfq -независимый и самый несущий C -богатый мотив (UCCC).^[1]

RsaA

Подавляет трансляцию регулятора транскрипции MgrA за счет связывания с его мРНК, усиливает образование биопленок и снижает вирулентность бактерий.^[4] Другие мРНК: включая SsaA-подобные ферменты, участвующие в метаболизме пептидогликана, и секретируемый противовоспалительный белок FLIPr были подтверждены как прямые мишени для RsaA.^[5]

RsaE

Консенсусная вторичная структура RsaI (позже переименованная в RsaOG), показывающая его псевдоузел. Границы определялись Отображение RACE в Золотистый стафилококк N315. Взято из Марше и другие., 2010^[6] создано в Варне.^[7]

RsaE встречается и у других представителей рода Стафилококк такие как Эпидермальный стафилококк и Staphylococcus saprophyticus и является единственной Rsa РНК, обнаруженной за пределами этого рода, в Macrococcus caseolyticus и Бациллы. В Bacillus subtilis, RsaE ранее был идентифицирован как ncr22.^[8][9] RsaE также постоянно находится ниже по течению PepF какие коды для олигоэндопептидаза F. Функция RsaE была обнаружена с использованием нокаут гена анализ и сверхэкспрессия гена - было обнаружено, что он регулирует выражение нескольких ферментов, участвующих в метаболизм через антисмысловой связывание их мРНК.^[1][3]

Было показано, что RsaE регулируется присутствием оксида азота (NO). В Bacillus subtilis он контролирует экспрессию генов с функциями, связанными с окислительным стрессом и окислительно-восстановительными реакциями, и был переименован в RoxS (для связанных с окислительным стрессом).^[10]

RsaF

В S.aureus вид RsaF расположен в той же межгенной области, что и RsaE, и перекрывается с 3'-концом RsaE примерно на 20 п.н. В отличие от RsaE, RsaF и его вышестоящий ген были идентифицированы только в Виды S.aureus.^[1]

РСАК

РСАК находится в лидерная последовательность из glcA мРНК, которая кодирует фермент участвует в специфическом для глюкозы фосфотрансферазная система. RsaK также содержит консервативный рибонуклеиновый антитерминатор система, признанная белком GclT.^[11]

RsaI

RsaOG^[2] также переименован в RsaI^[1] считается, что тонко настраивает регуляцию токсинов или механизмов инвазии в S. aureus через трансакционный механизмы. это вторичная структура содержит псевдоузел образована между двумя высококонсервативными непарными последовательностями.^[6]

Паттерны выражения

Было обнаружено, что RsaD, EH и я сильно экспрессируются в S. aureus. Уровни экспрессии других Rsa РНК варьировали в различных условиях окружающей среды, например, RsaC индуцировался холодный шок и RsaA индуцируется в ответ на осмотический стресс.^[1][2][3]

Гены RsaE и RsaF перекрываются в S.aureus видов, но, по-видимому, имеют противоположные образцы экспрессии.^[1] Транскрипционная интерференция из-за перекрытия между σ^А мотив узнавания и потенциал σ^B сайт связывания предлагается как механизм, вызывающий дифференциальную экспрессию двух транскриптов^[1][12]

Смотрите также

• RsaOG

использованная литература

1. Гейссманн Т., Шевалье С., Крос М.Дж., Буассе С., Фехтер П., Нуаро С., Шренцель Дж., Франсуа П., Ванденеш Ф., Гаспин С., Ромби П. (ноябрь 2009 г.). «Поиск малых некодирующих РНК в Staphylococcus aureus обнаруживает консервативный мотив последовательности для регуляции». Исследования нуклеиновых кислот. 37 (21): 7239–7257. Дои:10.1093 / nar / gkp668. ЧВК  2790875. PMID  19786493.
2. Марше А., Навиль М., Бон С., Булок П., Готере Д. (июнь 2009 г.). «Однопроходная классификация всех некодирующих последовательностей в бактериальном геноме с использованием филогенетических профилей». Геномные исследования. 19 (6): 1084–1092. Дои:10.1101 / гр.089714.108. ЧВК  2694484. PMID  19237465.
3. Bohn C, Rigoulay C, Chabelskaya S, Sharma CM, Marchais A, Skorski P, Borezée-Durant E, Barbet R, Jacquet E, Jacq A, Gautheret D, Felden B., Vogel J, Bouloc P (октябрь 2010 г.). «Экспериментальное открытие малых РНК в Staphylococcus aureus раскрывает риборегулятор центрального метаболизма». Исследования нуклеиновых кислот. 38 (19): 6620–6636. Дои:10.1093 / nar / gkq462. ЧВК  2965222. PMID  20511587.
4. Romilly C, Lays C, Tomasini A, Caldelari I, Benito Y, Hammann P, Geissmann T, Boisset S, Romby P, Vandenesch F (март 2014 г.). «Некодирующая РНК способствует устойчивости бактерий и снижает вирулентность, регулируя регулятор в Staphylococcus aureus». PLoS Патогены. 10 (3): e1003979. Дои:10.1371 / journal.ppat.1003979. ЧВК  3961350. PMID  24651379.
5. Tomasini A, Moreau K, Chicher J, Geissmann T., Vandenesch F, Romby P, Marzi S, Caldelari I (июнь 2017 г.). «РНК-таргетом некодирующей РНК RsaA Staphylococcus aureus: влияние на свойства поверхности клетки и защитные механизмы». Исследования нуклеиновых кислот. 45 (11): 6746–6760. Дои:10.1093 / нар / gkx219. ЧВК  5499838. PMID  28379505.
6. Марше А., Бон С., Булок П., Готере Д. (март 2010 г.). «RsaOG, новое семейство стафилококков высокотранскрибируемой некодирующей РНК». РНК Биология. 7 (2): 116–119. Дои:10.4161 / rna.7.2.10925. PMID  20200491.
7. Дарти К., Дениз А., Понти И. (август 2009 г.). «ВАРНА: Интерактивное рисование и редактирование вторичной структуры РНК». Биоинформатика. 25 (15): 1974–1975. Дои:10.1093 / биоинформатика / btp250. ЧВК  2712331. PMID  19398448.
8. Расмуссен С., Нильсен Х. Б., Джармер Х. (сентябрь 2009 г.). «Транскрипционно активные области в геноме Bacillus subtilis». Молекулярная микробиология. 73 (6): 1043–1057. Дои:10.1111 / j.1365-2958.2009.06830.x. ЧВК  2784878. PMID  19682248.
9. Ирнов I, Шарма CM, Vogel J, Winkler WC (октябрь 2010 г.). «Идентификация регуляторных РНК в Bacillus subtilis». Исследования нуклеиновых кислот. 38 (19): 6637–6651. Дои:10.1093 / nar / gkq454. ЧВК  2965217. PMID  20525796.
10. Дюран С., Браун Ф., Лиолиу Э., Ромилли С., Хелфер А.С., Кун Л., Квитто Н., Николас П., Ромби П., Кондон С. (февраль 2015 г.). «Малая РНК, регулируемая оксидом азота, контролирует экспрессию генов, участвующих в окислительно-восстановительном гомеостазе у Bacillus subtilis». PLoS Genetics. 11 (2): e1004957. Дои:10.1371 / journal.pgen.1004957. ЧВК  4409812. PMID  25643072.
11. Langbein I, Bachem S, Stülke J (ноябрь 1999 г.). «Специфическое взаимодействие РНК-связывающего домена транскрипционного антитерминатора GlcT bacillus subtilis с его РНК-мишенью, RAT». Журнал молекулярной биологии. 293 (4): 795–805. Дои:10.1006 / jmbi.1999.3176. PMID  10543968.
12. Ширвин К.Е., Каллен Б.П., Иган Дж.Б. (июнь 2005 г.). «Транскрипционное вмешательство - ускоренный курс». Тенденции в генетике. 21 (6): 339–345. Дои:10.1016 / j.tig.2005.04.009. ЧВК  2941638. PMID  15922833.

дальнейшее чтение

• Пишон С., Фельден Б. (октябрь 2005 г.). «Гены малых РНК, экспрессируемые с островков генома и патогенности Staphylococcus aureus со специфической экспрессией среди патогенных штаммов». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 102 (40): 14249–14254. Дои:10.1073 / pnas.0503838102. ЧВК  1242290. PMID  16183745.
• Altuvia S (июнь 2007 г.). «Идентификация бактериальных малых некодирующих РНК: экспериментальные подходы». Текущее мнение в микробиологии. 10 (3): 257–261. Дои:10.1016 / j.mib.2007.05.003. PMID  17553733.
• Морфельд Э., Тейлор Д., фон Габайн А., Арвидсон С. (сентябрь 1995 г.). «Активация трансляции альфа-токсина в Staphylococcus aureus с помощью транскодированной антисмысловой РНК, РНКIII». Журнал EMBO. 14 (18): 4569–4577. Дои:10.1002 / j.1460-2075.1995.tb00136.x. ЧВК  394549. PMID  7556100.
• Робертс К., Андерсон К.Л., Мерфи Е., Проян С.Дж., Маунтс В., Херлберт Б., Смелтцер М., Овербек Р., Дис Т., Данман П.М. (апрель 2006 г.) «Характеристика действия регулятора фактора вирулентности Staphylococcus aureus, SarA, на период полужизни мРНК в логарифмической фазе». Журнал бактериологии. 188 (7): 2593–2603. Дои:10.1128 / JB.188.7.2593-2603.2006. ЧВК  1428411. PMID  16547047.
• Андерсон К.Л., Робертс К., Дисз Т., Вонштейн В., Хванг К., Овербек Р., Олсон П.Д., Проян С.Дж., Данман П.М. (октябрь 2006 г.). «Характеристика теплового шока, холодового шока, строгих реакций Staphylococcus aureus и SOS и их влияния на лог-фазу оборота мРНК». Журнал бактериологии. 188 (19): 6739–6756. Дои:10.1128 / JB.00609-06. ЧВК  1595530. PMID  16980476.
• Ханцингер Э., Буассе С., Савяну С., Бенито Ю., Гейссманн Т., Намане А., Лина Дж., Этьен Дж., Эресманн Б., Эресманн С., Жакье А., Ванденеш Ф., Ромби П. (февраль 2005 г.). «РНК III Staphylococcus aureus и эндорибонуклеаза III координированно регулируют экспрессию гена spa». Журнал EMBO. 24 (4): 824–835. Дои:10.1038 / sj.emboj.7600572. ЧВК  549626. PMID  15678100.
• Новик Р.П., Росс Х.Ф., Проян С.Дж., Корнблюм Дж., Крейсвирт Б., Могхазе С. (октябрь 1993 г.). «Синтез факторов вирулентности стафилококков контролируется регуляторной молекулой РНК». Журнал EMBO. 12 (10): 3967–3975. Дои:10.1002 / j.1460-2075.1993.tb06074.x. ЧВК  413679. PMID  7691599.
• Бон С., Ригулай С., Булок П. (февраль 2007 г.). «Отсутствие заметного эффекта от отсутствия РНК-связывающего белка Hfq у Staphylococcus aureus». BMC Microbiology. 7: 10. Дои:10.1186/1471-2180-7-10. ЧВК  1800855. PMID  17291347.