Рибопереключатель SAM-V - SAM-V riboswitch
| ЗРК-В | |
|---|---|
 Консервированная вторичная структура рибопереключателя SAM-V. | |
| Идентификаторы | |
| Символ | ЗРК-В |
| Рфам | RF01826 |
| Прочие данные | |
| РНК тип | Снг; Riboswitch; |
| Домен (ы) | Морской метагеном |
| PDB структуры | PDBe |
Рибопереключатель SAM-V пятый известный рибопереключатель связывать S-аденозил метионин (СЭМ). Впервые он был обнаружен в морская бактерия Candidatus Pelagibacter ubique а также можно найти в морских метагеномы.[1] SAM-V имеет аналогичный консенсусная последовательность и вторичная структура как место связывания Рибопереключатель SAM-II, но биоинформатика сканирует кластер два аптамеры независимо. Эти похожие карманы для крепления предполагают, что два рибопереключателя подверглись конвергентная эволюция.[2]
SAM-связывание было подтверждено с использованием равновесный диализ. Рибопереключатель был охарактеризован как «тандемный рибопереключатель» - он может регулировать оба перевод и транскрипция. Когда SAM присутствует в высокой концентрации, SAM-II будет связывать его лиганд и сформировать терминатор ствол, чтобы остановить транскрипцию. Если SAM существует в более низких концентрациях, SAM-V будет транскрибироваться, и, если концентрация SAM должна увеличиться, он может связывать SAM и закупорить Последовательность Шайна-Далгарно нижнего течения открытая рамка чтения. Этот регламент контролирует части обмен серы из морские бактерии.[2]
Решена кристаллическая структура рибопереключателя (PDB 6FZ0). Он содержит псевдоузел.[3]
Смотрите также
- Рибопереключатель SAM-I
- Рибопереключатель SAM-II
- Рибопереключатель SAM-III
- Рибопереключатель SAM-IV
- Рибопереключатель SAM-VI
Рекомендации
- ^ Мейер М.М., Эймс Т.Д., Смит Д.П. и др. (2009). «Идентификация кандидатных структурированных РНК в морском организме Candidatus Pelagibacter ubique.'". BMC Genomics. 10: 268. Дои:10.1186/1471-2164-10-268. ЧВК 2704228. PMID 19531245.
- ^ а б Пойата Э., Мейер М.М., Эймс Т.Д., Брейкер Р.Р. (ноябрь 2009 г.). «Вариант класса аптамеров рибопереключателя для S-аденозилметионина, распространенного у морских бактерий». РНК. 15 (11): 2046–2056. Дои:10.1261 / rna.1824209. ЧВК 2764483. PMID 19776155.
- ^ Хуанг, Линь; Лилли, Дэвид М. Дж. (27 июля 2018 г.). «Структура и связывание лиганда рибопереключателя SAM-V». Исследования нуклеиновых кислот. 46 (13): 6869–6879. Дои:10.1093 / нар / gky520. ISSN 0305-1048. ЧВК 6061858. PMID 29931337.
дальнейшее чтение
- Казанов М.Д., Витрещак А.Г., Гельфанд М.С. (2007). «Изобилие и функциональное разнообразие рибопереключателей в микробных сообществах». BMC Genomics. 8: 347. Дои:10.1186/1471-2164-8-347. ЧВК 2211319. PMID 17908319.
- Чжу Й., Пулуккунат Д.К., Ли Й. (2007). «Расшифровка структурного разнообразия РНК и систематической филогении из микробных метагеномов». Нуклеиновые кислоты Res. 35 (7): 2283–2294. Дои:10.1093 / нар / гкм057. ЧВК 1874661. PMID 17389640. Получено 2010-08-26.
- Винклер WC, Breaker RR (2005). «Регулирование экспрессии бактериальных генов с помощью рибопереключателей». Анну. Rev. Microbiol. 59: 487–517. Дои:10.1146 / annurev.micro.59.030804.121336. PMID 16153177.
- Мандал М., Ли М., Баррик Дж. Э. и др. (Октябрь 2004 г.). «Глицин-зависимый рибопереключатель, который использует кооперативное связывание для контроля экспрессии генов». Наука. 306 (5694): 275–279. Дои:10.1126 / science.1100829. PMID 15472076.
- Юзеф С., Саттон Дж., Руш Д. Б. и др. (Март 2007 г.). «Экспедиция по отбору проб мирового океана Sorcerer II: расширение вселенной белковых семейств». PLoS Biol. 5 (3): e16. Дои:10.1371 / journal.pbio.0050016. ЧВК 1821046. PMID 17355171.