Рибопереключатель SAM-II - SAM-II riboswitch
| Рибопереключатель SAM (альфа-протеобактерии) | |
|---|---|
 Предсказанный вторичная структура и сохранение последовательности SAM_alpha | |
| Идентификаторы | |
| Символ | SAM_alpha |
| Рфам | RF00521 |
| Прочие данные | |
| РНК тип | Снг; рибопереключатель |
| Домен (ы) | Бактерии |
| ИДТИ | Термин GO должен начинаться с GO: |
| ТАК | ТАК: 0000035 |
| PDB структуры | PDBe |
В ЗРК-II рибопереключатель это Элемент РНК обнаруживается преимущественно в альфа-протеобактерии это связывает S-аденозил метионин (СЭМ).[1] Его структура и последовательность, похоже, не связаны с Рибопереключатель SAM нашел в Грамположительные бактерии. Этот рибопереключатель SAM расположен выше генов metA и metC в Agrobacterium tumefaciens, и другие метионин и гены биосинтеза SAM у других альфа-протеобактерий. Как и другие рибопереключатели SAM, он, вероятно, отключает экспрессию этих генов в ответ на повышенные уровни SAM. Значимый вариант рибопереключателей SAM-II был обнаружен в Пелагибактер убик и связанные морской бактерии и называется ЗРК-В.[2] Кроме того, как и многие структурированные РНК, рибопереключатели SAM-II могут допускать длинные петли между своими стеблями.[3]
Структура
Рибопереключатель SAM-II короткий, менее 70 нуклеотиды и относительно прост в конструкции, состоит из одного заколка для волос и псевдоузел.
Смотрите также
- Рибопереключатель SAM-I
- Рибопереключатель SAM-III
- Рибопереключатель SAM-IV
- Рибопереключатель SAM-V
- Рибопереключатель SAM-VI
Рекомендации
- ^ Корбино К.А., Баррик Дж. Э., Лим Дж. И др. (2005). «Доказательства второго класса рибопереключателей S-аденозилметионина и других регуляторных мотивов РНК у альфа-протеобактерий». Геном Биол. 6 (8): R70. Дои:10.1186 / gb-2005-6-8-r70. ЧВК 1273637. PMID 16086852.
- ^ Пойата Э., Мейер М.М., Эймс Т.Д., Брейкер Р.Р. (ноябрь 2009 г.). «Вариант класса аптамеров рибопереключателя для S-аденозилметионина, распространенного у морских бактерий». РНК. 15 (11): 2046–2056. Дои:10.1261 / rna.1824209. ЧВК 2764483. PMID 19776155.
- ^ Вайнберг З., Ван Дж. Х, Бог Дж. И др. (Март 2010 г.). «Сравнительная геномика выявила 104 кандидата структурированных РНК из бактерий, архей и их метагеномов». Геном Биол. 11 (3): R31. Дои:10.1186 / gb-2010-11-3-r31. ЧВК 2864571. PMID 20230605.
внешняя ссылка
 | Этот молекулярный или же клеточная биология статья - это заглушка. Вы можете помочь Википедии расширяя это. |