SEC13 - SEC13

SEC13
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 3BG0, 3BG1, 5A9Q
Идентификаторы
Псевдонимы	SEC13, D3S1231E, SEC13L1, SEC13R, npp-20, гомолог SEC13, ядерная пора и компонент комплекса оболочки COPII
Внешние идентификаторы	OMIM: 600152 MGI: 99832 ГомолоГен: 6479 Генные карты: SEC13
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 3 (человек)[1] Группа 3п25.3 Начните 10,293,131 бп[1] Конец 10,321,112 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 6 (мышь)[2] Группа 6 E3 | 6 52,84 см Начните 113,728,062 бп[2] Конец 113,740,743 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • GO: 0001948 связывание с белками • идентичное связывание с белками • структурная молекулярная активность Сотовый компонент • мембрана эндоплазматического ретикулума • внутриклеточная мембраносвязанная органелла • мембрана • ядерная оболочка • ядерная пора • нуклеоплазма • ГАТОР2 комплекс • внешнее кольцо ядерной поры • эндоплазматический ретикулум • От ER к мембране транспортных пузырьков Гольджи • внеклеточная экзосома • цитоплазматический пузырек • ядро клетки • кинетохора • Мембрана Гольджи • лизосома • лизосомальная мембрана • Покрытие везикул COPII • цитозоль • клетка-хозяин Биологический процесс • транспорт мРНК • процессинг антигена и презентация экзогенного пептидного антигена через MHC класса II • процессинг антигена и презентация пептидного антигена через MHC класса I • Покрытие везикул COPII • транспорт белка • внутриклеточный транспорт белка • везикулярный транспорт • положительное регулирование передачи сигналов TOR • сцепление сестринских хроматид • загрузка груза в везикулу, покрытую COPII • транспорт • выход белка из эндоплазматического ретикулума • Почкование пузырьков, покрытых COPII • положительная регуляция передачи сигналов TORC1 • регулирование гликолитического процесса • экспорт мРНК из ядра • экспорт тРНК из ядра • GO: 0022415 вирусный процесс • вирусная транскрипция • регуляция сайленсинга генов с помощью miRNA • GO: 0046795 внутриклеточный транспорт вируса • регуляция клеточного ответа на тепло Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Виды	Человек	Мышь
Entrez	6396	110379
Ансамбль	ENSG00000157020	ENSMUSG00000030298
UniProt	P55735	Q9D1M0
RefSeq (мРНК)	NM_001136026 NM_001136232 NM_001278946 NM_030673 NM_183352	NM_024206
RefSeq (белок)	NP_001129498 NP_001129704 NP_001265875 NP_109598 NP_899195	NP_077168
Расположение (UCSC)	Chr 3: 10.29 - 10.32 Мб	Chr 6: 113,73 - 113,74 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Гомолог белка SEC13 это белок что у людей кодируется SEC13 ген.^[5][6]

Белок, кодируемый этим геном, принадлежит к семейству белков WD-повторов SEC13. Имеет сходство с дрожжами SEC13 и SEC31 белки, которые необходимы для биогенеза везикул из эндоплазматического ретикулума во время транспорта белков.^[6]

использованная литература

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000157020 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000030298 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Сваруп А., Ян-Фэн Т.Л., Лю В., Гизер Л., Барроу Л.Л., Чен К.С., Агарвал Н., Мейслер М.Х., Смит Д.И. (январь 1995 г.). «Молекулярная характеристика нового гена человека, SEC13R, связанного с геном секреторного пути дрожжей SEC13, и сопоставление с консервативной группой сцепления на хромосоме 3p24-p25 человека и хромосоме 6 мыши». Хум Мол Генет. 3 (8): 1281–6. Дои:10.1093 / hmg / 3.8.1281. PMID  7987303.
6. «Ген Entrez: SEC13 гомолог SEC13 (S. cerevisiae)».

дальнейшее чтение

• Шайвиц Д.А., Орчи Л., Раваццола М. и др. (1995). «Человеческий SEC13Rp функционирует в дрожжах и располагается на транспортных пузырьках, отрастающих от эндоплазматического ретикулума». J. Cell Biol. 128 (5): 769–77. Дои:10.1083 / jcb.128.5.769. ЧВК  2120388. PMID  7876304.
• Маруяма К., Сугано С. (1994). «Олиго-кэппинг: простой метод замены кэп-структуры эукариотических мРНК олигорибонуклеотидами». Ген. 138 (1–2): 171–4. Дои:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID  8125298.
• Андерссон Б., Вентланд М.А., Рикафренте Д.Ю. и др. (1996). «Метод« двойного адаптера »для улучшения конструкции библиотеки дробовиков». Анальный. Биохим. 236 (1): 107–13. Дои:10.1006 / abio.1996.0138. PMID  8619474.
• Ю. В., Андерссон Б., Уорли К. С. и др. (1997). «Крупномасштабное конкатенационное секвенирование кДНК». Genome Res. 7 (4): 353–8. Дои:10.1101 / гр. 7.4.353. ЧВК  139146. PMID  9110174.
• Судзуки Ю., Ёситомо-Накагава К., Маруяма К. и др. (1997). «Создание и характеристика полноразмерной библиотеки кДНК, обогащенной по 5'-концу». Ген. 200 (1–2): 149–56. Дои:10.1016 / S0378-1119 (97) 00411-3. PMID  9373149.
• Маммото А., Сасаки Т., Ким И., Такай Ю. (2000). «Физическое и функциональное взаимодействие рабфилина-11 с белком Sec13 млекопитающих. Участие в переносе везикул». J. Biol. Chem. 275 (18): 13167–70. Дои:10.1074 / jbc.C000096200. PMID  10747849.
• Тан Б.Л., Чжан Т., Лоу Д.Й. и др. (2000). «Гомологи дрожжей sec31p у млекопитающих. Повсеместно экспрессируемая форма локализована в местах выхода эндоплазматического ретикулума (ER) и важна для транспорта ER-Golgi». J. Biol. Chem. 275 (18): 13597–604. Дои:10.1074 / jbc.275.18.13597. PMID  10788476.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК  139241. PMID  12477932.
• Геваерт К., Геталс М., Мартенс Л. и др. (2004). «Изучение протеомов и анализ процессинга белков с помощью масс-спектрометрической идентификации отсортированных N-концевых пептидов». Nat. Биотехнология. 21 (5): 566–9. Дои:10.1038 / nbt810. PMID  12665801. S2CID  23783563.
• Эннинга Дж, Левай А., Фонтура Б.М. (2003). «Sec13 перемещается между ядром и цитоплазмой и стабильно взаимодействует с Nup96 в комплексе ядерных пор». Мол. Cell. Биол. 23 (20): 7271–84. Дои:10.1128 / MCB.23.20.7271-7284.2003. ЧВК  230331. PMID  14517296.
• Ота Т., Сузуки Ю., Нисикава Т. и др. (2004). «Полное секвенирование и характеристика 21 243 полноразмерных кДНК человека». Nat. Genet. 36 (1): 40–5. Дои:10,1038 / ng1285. PMID  14702039.
• Бауместер Т., Баух А., Раффнер Х. и др. (2004). «Физическая и функциональная карта пути передачи сигнала TNF-альфа / NF-каппа B человека». Nat. Cell Biol. 6 (2): 97–105. Дои:10.1038 / ncb1086. PMID  14743216. S2CID  11683986.
• Loïodice I, Alves A, Rabut G, et al. (2005). «Весь комплекс Nup107-160, включая трех новых членов, нацелен как единое целое на кинетохоры в митозе». Мол. Биол. Ячейка. 15 (7): 3333–44. Дои:10.1091 / mbc.E03-12-0878. ЧВК  452587. PMID  15146057.
• Герхард Д.С., Вагнер Л., Фейнгольд Е.А. и др. (2004). «Статус, качество и расширение проекта NIH полноразмерной кДНК: Коллекция генов млекопитающих (MGC)». Genome Res. 14 (10B): 2121–7. Дои:10.1101 / гр.2596504. ЧВК  528928. PMID  15489334.
• Руал Дж. Ф., Венкатесан К., Хао Т. и др. (2005). «К карте протеомного масштаба сети взаимодействия белок-белок человека». Природа. 437 (7062): 1173–8. Дои:10.1038 / природа04209. PMID  16189514. S2CID  4427026.
• Stagg SM, Gürkan C, Fowler DM, et al. (2006). "Структура защитной клетки Sec13 / 31 COPII". Природа. 439 (7073): 234–8. Дои:10.1038 / природа04339. PMID  16407955. S2CID  2426465.