СЭД-МЛ - SED-ML

Моделирование Эксперимент Описание Язык разметки
Логотип SED-ML
Расширение имени файла
.xml
изначальный выпуск25 марта 2011 г.; 9 лет назад (2011-03-25)
Последний релиз
Уровень 1 Версия 2, Выпуск 1
(2 декабря 2013 г.; 6 лет назад (2013-12-02))
Тип форматаЯзык разметки
Расширен сXML
Открытый формат ?да
Интернет сайтsed-ml.org

В Язык разметки описания эксперимента по моделированию (SED-ML) это формат представления, основанный на XML, для кодирования и обмена описаниями моделирования на вычислительные модели биологических систем.[1] Это бесплатный и открытый проект развития сообщества.

SED-ML Уровень 1 Версия 1,[2] первая версия SED-ML, позволяет описывать эксперименты по моделированию хода времени.

Структура

Формат SED-ML состоит из пяти основных блоков:

  • Сущность Model используется для ссылки на модели, используемые в имитационном эксперименте, и для определения процедур предварительной обработки этих моделей перед симуляцией. Модели должны быть в стандартных форматах представления (например, SBML, CellML, NeuroML ). Примерами предварительной обработки являются, например, изменение значения наблюдаемого, вычисление изменения значения с использованием математики или общие изменения в любом элементе XML представления модели.
  • Сущность Simulation содержит всю информацию о настройках симуляции и шагах, предпринятых во время симуляции, например, конкретный тип симуляции и алгоритм, используемый для выполнения симуляции. Алгоритм моделирования задается Онтология алгоритма кинетического моделирования срок.
  • Сущность Task применяет одно из определенных имитаций к одной из ссылочных моделей за раз.
  • Сущность DataGenerator кодирует процедуры постобработки, которые необходимо применить к результату моделирования перед выводом, например, нормализация данных.
  • Сущность Output определяет выходные данные моделирования, например, конкретные графики, которые должны отображаться.

Более подробная информация о структуре SED-ML доступна на домашней странице SED-ML.[1] и справочное издание.[3]

История

Идея разработки стандартного формата кодирования имитационного эксперимента родилась в Европейский институт биоинформатики (EMBL-EBI). В 2007 году Дагмар Вальтемат и Николя Ле Новер начали разрабатывать такой формат во время стажировки Дагмар, финансируемой Мари-Кюри, в группе вычислительной неврологии в EMBL-EBI.[4]

Впервые проект SED-ML публично обсуждался на 12-м заседании форума SBML в 2007 году в Лонг-Бич (США). Первая версия SED-ML была затем представлена ​​на «Супер-хакатоне» стандартов и онтологий системной биологии »» на Окинаве в 2008 году. Тогда язык назывался MIASE-ML (в соответствии с MIASE руководящие указания). На Окинаве многие исследователи проявили большой интерес к формату, и дискуссии были жизненно необходимы. MIASE стала руководством по минимальной информации для имитационных экспериментов. MIASE-ML был переименован в "Язык разметки описания экспериментов моделирования" (SED-ML).

Версия 1 SED-ML уровня 1 официально появилась в марте 2011 года, но SED-ML была представлена, обсуждена и дополнительно уточнена на нескольких встречах сообщества в период между ними, включая объединенный семинар «CellML-SBGN-SBO-BioPAX-MIASE» в 2009 году, или «Хакатон SBML-BioModels.net 2010».

С тех пор SED-ML был разработан в сотрудничестве с сообществами, формирующими «вычислительную сеть моделирования в биологии». ОБЪЕДИНЕНИЕ. Помимо специальных сессий на различных собраниях, разработка SED-ML выигрывает от взаимодействия с сообществом в списке рассылки SED-ML-Disc.[5]

Сообщество SED-ML

SED-ML является частью Совместное моделирование в сети биологии (COMBINE). Разработка формата координируется редакционной коллегией, избираемой сообществом.[6] Обсуждения проходят на SED-ML-Discussion.[5]

Рекомендации

  1. ^ а б "Язык разметки описания эксперимента". СЭД-МЛ. Получено 6 июля 2017.
  2. ^ Д. Вальтемат, Ф. Т. Бергманн, Р. Адамс, Н. Ле Новер (2011). «Язык разметки описания эксперимента по моделированию (SED-ML): уровень 1, версия 1». Природа предшествует. Дои:10.1038 / npre.2011.5846.1.CS1 maint: использует параметр авторов (связь)
  3. ^ Д. Уолтемат, Р. Адамс, Ф. Бергманн, М. Гука, Ф. Колпаков, А.К. Миллер, И. Морару, Д. Никерсон, Дж.Л. Сноп, Н. Ле Новер (2011). "Воспроизводимые эксперименты по вычислительной биологии с SED-ML - язык разметки описания экспериментов моделирования". BMC Systems Biology. 5. п. 198. Дои:10.1186/1752-0509-5-198.CS1 maint: использует параметр авторов (связь)
  4. ^ «Группа компьютерных систем нейробиологии». EMBL-EBI. 1 октября 2012 г.. Получено 24 апреля 2014.
  5. ^ а б "Информационная страница SED-ML-обсуждения". СЭД-МЛ. Получено 6 июля 2017.
  6. ^ "Текущие редакторы SED-ML". СЭД-МЛ. Получено 6 июля 2017.