SF3A3 - SF3A3

SF3A3
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 2DT7
Идентификаторы
Псевдонимы	SF3A3, PRP9, PRPF9, SAP61, SF3a60, фактор сплайсинга 3a субъединица 3
Внешние идентификаторы	OMIM: 605596 MGI: 1922312 ГомолоГен: 4949 Генные карты: SF3A3
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 1 (человек)[1] Группа 1п34,3 Начните 37,956,975 бп[1] Конец 37,990,075 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 4 (мышь)[2] Группа 4 | 4 D2.2 Начните 124,714,776 бп[2] Конец 124,732,460 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • связывание ионов цинка • GO: 0001948 связывание с белками • связывание ионов металлов • связывание нуклеиновой кислоты • Связывание РНК Сотовый компонент • ядерное пятнышко • каталитическая стадия 2 сплайсосомы • сплайсосомальный комплекс • ядро клетки • нуклеоплазма • U2 snRNP • Предкаталитическая сплайсосома типа U2 Биологический процесс • Сплайсинг РНК посредством реакций переэтерификации • Сплайсинг мРНК через сплайсосомы • обработка мРНК • Узнавание сайта 3'-сплайсинга мРНК • Сплайсинг РНК • Сборка пресплицеосом типа U2 Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Виды	Человек	Мышь
Entrez	10946	75062
Ансамбль	ENSG00000183431	ENSMUSG00000028902
UniProt	Q12874	Q9D554
RefSeq (мРНК)	NM_006802 NM_001320830	NM_029157
RefSeq (белок)	NP_001307759 NP_006793	NP_083433
Расположение (UCSC)	Chr 1: 37.96 - 37.99 Мб	Chr 4: 124,71 - 124,73 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Фактор сплайсинга 3А субъединица 3 это белок что у людей кодируется SF3A3 ген.^[5][6][7]

Этот ген кодирует субъединицу 3 белкового комплекса фактора сплайсинга 3a. Гетеротример с фактором сплайсинга 3a включает субъединицы 1, 2 и 3 и необходим для in vitro превращения мяРНП 15S U2 в активную частицу 17S, которая выполняет сплайсинг пре-мРНК. Субъединица 3 взаимодействует с субъединицей 1 через свой амино-конец, в то время как домен цинкового пальца субъединицы 3 играет роль в ее связывании с мяРНП 15S U2. Этот ген имеет псевдоген на 20 хромосоме.^[7]

Взаимодействия

SF3A3 показал себя взаимодействовать с участием SF3A1.^[6][8]

использованная литература

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000183431 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000028902 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Kramer A; Legrain P; Mulhauser F; Groning K; Brosi R; Бильбе Дж. (Февраль 1995 г.). «Фактор сплайсинга SF3a60 является гомологом PRP9 S.cerevisiae у млекопитающих: консервативный мотив, подобный цинковому пальцу, функционально обменивается in vivo». Нуклеиновые кислоты Res. 22 (24): 5223–8. Дои:10.1093 / nar / 22.24.5223. ЧВК  332064. PMID  7816610.
6. Кьяра MD; Чемпион-Арно П; Буволи М; Надаль-Жинар Б; Рид Р. (август 1994 г.). «Специфические белок-белковые взаимодействия между основными белками, ассоциированными со сплайсосомами млекопитающих, SAP 61 и SAP 114». Proc Natl Acad Sci U S A. 91 (14): 6403–7. Bibcode:1994PNAS ... 91.6403C. Дои:10.1073 / пнас.91.14.6403. ЧВК  44210. PMID  8022796.
7. «Ген Entrez: фактор сплайсинга SF3A3 3a, субъединица 3, 60 кДа».
8. Несич, Д; Кремер А. (октябрь 2001 г.). «Домены в человеческих факторах сплайсинга SF3a60 и SF3a66, необходимые для связывания с SF3a120, сборки 17S U2 snRNP и образования пресплицеосом». Мол. Cell. Биол. Соединенные Штаты. 21 (19): 6406–17. Дои:10.1128 / MCB.21.19.6406-6417.2001. ISSN  0270-7306. ЧВК  99788. PMID  11533230.

дальнейшее чтение

• Маруяма К; Сугано С (1994). «Олиго-кэппинг: простой метод замены кэп-структуры эукариотических мРНК олигорибонуклеотидами». Ген. 138 (1–2): 171–4. Дои:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID  8125298.
• Bonaldo MF; Lennon G; Соареш МБ (1997). «Нормализация и вычитание: два подхода для облегчения открытия генов». Genome Res. 6 (9): 791–806. Дои:10.1101 / гр.6.9.791. PMID  8889548.
• Судзуки Ю., Ёситомо-Накагава К., Маруяма К. и др. (1997). «Создание и характеристика полноразмерной библиотеки кДНК, обогащенной по 5'-концу». Ген. 200 (1–2): 149–56. Дои:10.1016 / S0378-1119 (97) 00411-3. PMID  9373149.
• Neubauer G, King A, Rappsilber J и др. (1998). «Масс-спектрометрия и поиск в базе данных EST позволяют охарактеризовать мультибелковый сплайсосомный комплекс». Nat. Genet. 20 (1): 46–50. Дои:10.1038/1700. PMID  9731529.
• Das R; Чжоу З; Рид Р. (2000). «Функциональная ассоциация U2 snRNP с АТФ-независимым сплайсосомным комплексом E». Мол. Ячейка. 5 (5): 779–87. Дои:10.1016 / S1097-2765 (00) 80318-4. PMID  10882114.
• Будет CL, Schneider C, MacMillan AM и др. (2001). «Новый белок snRNP U2 и U11 / U12, который связывается с участком разветвления пре-мРНК». EMBO J. 20 (16): 4536–46. Дои:10.1093 / emboj / 20.16.4536. ЧВК  125580. PMID  11500380.
• Несич Д; Кремер А (2001). «Домены в человеческих факторах сплайсинга SF3a60 и SF3a66, необходимые для связывания с SF3a120, сборки 17S U2 snRNP и образования пресплицеосом». Мол. Cell. Биол. 21 (19): 6406–17. Дои:10.1128 / MCB.21.19.6406-6417.2001. ЧВК  99788. PMID  11533230.
• Юрица М.С., Ликлидер Л.Дж., Гиги С.Р. и др. (2002). «Очистка и характеристика нативных сплайсосом, пригодных для трехмерного структурного анализа». РНК. 8 (4): 426–39. Дои:10.1017 / S1355838202021088. ЧВК  1370266. PMID  11991638.
• Будет CL, Urlaub H, Achsel T, et al. (2002). «Характеристика новых белков snRNP SF3b и 17S U2, включая гомолог человеческого Prp5p и белок DEAD-бокса SF3b». EMBO J. 21 (18): 4978–88. Дои:10.1093 / emboj / cdf480. ЧВК  126279. PMID  12234937.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Bibcode:2002ПНАС ... 9916899М. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК  139241. PMID  12477932.
• Дюбуа Т; Земличкова Е; Howell S; Эйткен А (2003). «Центаурин-альфа 1 связывает in vitro и in vivo с нуклеолином». Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 301 (2): 502–8. Дои:10.1016 / S0006-291X (02) 03010-3. PMID  12565890.
• Ли Дж., Хокинс И.К., Харви С.Д. и др. (2003). «Регулирование альтернативного сплайсинга с помощью SRrp86 и взаимодействующих с ним белков». Мол. Cell. Биол. 23 (21): 7437–47. Дои:10.1128 / MCB.23.21.7437-7447.2003. ЧВК  207616. PMID  14559993.
• Несич Д; Танацкович Г; Кремер А (2005). «Роль тел Кахаля на последних этапах биогенеза U2 snRNP». J. Cell Sci. 117 (Pt 19): 4423–33. Дои:10.1242 / jcs.01308. PMID  15316075.
• Лин КТ; Лу РМ; Tarn WY (2004). «Белки, содержащие домен WW, взаимодействуют с ранней сплайсосомой и участвуют в сплайсинге пре-мРНК in vivo». Мол. Cell. Биол. 24 (20): 9176–85. Дои:10.1128 / MCB.24.20.9176-9185.2004. ЧВК  517884. PMID  15456888.
• Герхард Д.С., Вагнер Л., Фейнгольд Е.А. и др. (2004). «Статус, качество и расширение проекта NIH полноразмерной кДНК: Коллекция генов млекопитающих (MGC)». Genome Res. 14 (10B): 2121–7. Дои:10.1101 / гр.2596504. ЧВК  528928. PMID  15489334.
• Раш Дж., Мориц А., Ли К.А. и др. (2005). «Иммуноаффинное профилирование фосфорилирования тирозина в раковых клетках». Nat. Биотехнология. 23 (1): 94–101. Дои:10.1038 / nbt1046. PMID  15592455.
• Андерсен Дж. С., Лам Ю. В., Леунг А. К. и др. (2005). «Динамика нуклеолярного протеома». Природа. 433 (7021): 77–83. Bibcode:2005Натура 433 ... 77А. Дои:10.1038 / природа03207. PMID  15635413.
• Танацкович Г; Кремер А (2005). «Человеческий фактор сплайсинга SF3a, но не SF1, необходим для сплайсинга пре-мРНК in vivo». Мол. Биол. Ячейка. 16 (3): 1366–77. Дои:10.1091 / mbc.E04-11-1034. ЧВК  551499. PMID  15647371.