SMARCA5 - SMARCA5

SMARCA5
Идентификаторы
Псевдонимы	SMARCA5, ISWI, SNF2H, WCRF135, hISWI, hSNF2H, связанный с SWI / SNF, связанный с матриксом, актин-зависимый регулятор хроматина, подсемейство a, член 5
Внешние идентификаторы	OMIM: 603375 MGI: 1935129 ГомолоГен: 55764 Генные карты: SMARCA5
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 4 (человек)[1] Группа 4q31.21 Начните 143,513,702 бп[1] Конец 143,557,486 бп[1]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • связывание нуклеотидов • GO: 0008026 геликазная активность • связывание гистонов • гидролазная активность, действующая на ангидриды кислот, в фосфорсодержащих ангидридах • GO: 0001948 связывание с белками • связывание нуклеиновой кислоты • связывание нуклеосом • гидролазная активность • Связывание ДНК • Связывание АТФ • АТФазная активность • GO: 0001200, GO: 0001133, GO: 0001201 Активность ДНК-связывающего фактора транскрипции, специфично для РНК-полимеразы II • ДНК-зависимая активность АТФазы Сотовый компонент • RSF комплекс • вилка ядерной репликации • нуклеоплазма • конденсированная хромосома • ядро клетки • фибриллярный центр • НУРФ комплекс • комплекс подавления хроматина • Комплекс типа ISWI Биологический процесс • положительная регуляция экспрессии генов, эпигенетическая • регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • позиционирование нуклеосом • CENP-A-содержащая сборка нуклеосом • АТФ-зависимое ремоделирование хроматина • ДНК-шаблонная транскрипция, инициация • сборка нуклеосом • ремоделирование хроматина • подавление хроматина на рДНК • сборка или разборка хроматина • позитивная регуляция транскрипции, ДНК-шаблон • клеточный ответ на фактор ингибирования лейкемии • организация хроматина • положительная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Виды	Человек	Мышь
Entrez	8467	93762
Ансамбль	ENSG00000153147	ENSMUSG00000031715
UniProt	O60264	Q91ZW3
RefSeq (мРНК)	NM_003601	NM_053124
RefSeq (белок)	NP_003592	NP_444354
Расположение (UCSC)	Chr 4: 143,51 - 143,56 Мб	н / д
PubMed поиск	[2]	[3]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Связанный с SJQ / SMB матрикс-зависимый актин-зависимый регулятор хроматина, член подсемейства A 5 это белок что у людей кодируется SMARCA5 ген.^[4][5]

Функция

Белок, кодируемый этим геном, является членом семейства белков SWI / SNF. Члены этого семейства обладают активностью геликазы и АТФазы и, как полагают, регулируют транскрипцию определенных генов, изменяя структуру хроматина вокруг этих генов. Белок, кодируемый этим геном, является компонентом фактора ремоделирования хроматина и спейсинга RSF, посредника транскрипции генов класса II с помощью РНК-полимеразы II. Кодируемый белок аналогичен по последовательности белку ремоделирования хроматина ISWI дрозофилы.^[5]

Взаимодействия

SMARCA5 был показан взаимодействовать с участием RAD21,^[6] Гистоновая деацетилаза 2,^[6] ПОЛЮС 3,^[7] SATB1^[8] и BAZ1A.^{[6][7][8][9][10]}

использованная литература

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000153147 - Ансамбль, Май 2017
2. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
3. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. Айхара Т., Миёси Ю., Кояма К., Судзуки М., Такахаши Е., Монден М., Накамура И. (октябрь 1998 г.). «Клонирование и картирование SMARCA5, кодирующего hSNF2H, нового человеческого гомолога Drosophila ISWI». Криогенетика и клеточная генетика. 81 (3–4): 191–3. Дои:10.1159/000015027. PMID  9730600. S2CID  46768416.
5. «Ген Entrez: SMARCA5, связанный с SWI / SNF, связанный с матриксом, актин-зависимый регулятор хроматина, подсемейство а, член 5».
6. Хакими М.А., Бочар Д.А., Шмизинг Дж.А., Донг Й., Барак О.Г., Спайчер Д.В., Йокомори К., Шихаттар Р. (август 2002 г.). «Комплекс ремоделирования хрома, который загружает когезин на хромосомы человека». Природа. 429 (6901): 994–8. Дои:10.1038 / природа01024. PMID  12198550. S2CID  4344470.
7. Poot RA, Dellaire G, Hülsmann BB, Grimaldi MA, Corona DF, Becker PB, Bickmore WA, Varga-Weisz PD (июль 2000 г.). «HuCHRAC, комплекс ремоделирования хрома ISWI человека, содержащий hACF1 и два новых гистоновых белка». Журнал EMBO. 17 (12): 3377–87. Дои:10.1093 / emboj / 19.13.3377. ЧВК  313940. PMID  10880450.
8. Ясуи Д., Мияно М., Цай С., Варга-Вайс П., Кохви-Шигемацу Т. (октябрь 2002 г.). «SATB1 нацелен на ремоделирование хрома, чтобы регулировать гены на больших расстояниях». Природа. 419 (6907): 641–5. Дои:10.1038 / природа01084. PMID  12374985. S2CID  25822700.
9. Бочар Д.А., Савард Дж., Ван В., Лафлер Д.В., Мур П., Коте Дж., Шихаттар Р. (февраль 2000 г.). «Семейство факторов ремоделирования хрома, связанных с фактором транскрипции синдрома Вильямса». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 97 (3): 1038–43. Дои:10.1073 / pnas.97.3.1038. ЧВК  15513. PMID  10655480.
10. Боженок Л., Уэйд П.А., Варга-Вайс П. (май 2002 г.). «Комплекс ремоделирования хрома WSTF-ISWI нацелен на очаги гетерохроматической репликации». Журнал EMBO. 21 (9): 2231–41. Дои:10.1093 / emboj / 21.9.2231. ЧВК  125993. PMID  11980720.

дальнейшее чтение

• Диршерл СС, Кребс Дж. Э. (август 2004 г.). «Функциональное разнообразие комплексов ISWI». Биохимия и клеточная биология. 82 (4): 482–9. Дои:10.1139 / o04-044. PMID  15284901.
• LeRoy G, Orphanides G, Lane WS, Reinberg D (декабрь 1998 г.). «Требование RSF и FACT для транскрипции матриц хроматина in vitro». Наука. 282 (5395): 1900–4. Дои:10.1126 / science.282.5395.1900. PMID  9836642.
• Бочар Д.А., Савард Дж., Ван В., Лафлер Д.В., Мур П., Коте Дж., Шихаттар Р. (февраль 2000 г.). «Семейство факторов ремоделирования хроматина, связанных с фактором транскрипции синдрома Вильямса». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 97 (3): 1038–43. Дои:10.1073 / pnas.97.3.1038. ЧВК  15513. PMID  10655480.
• Poot RA, Dellaire G, Hülsmann BB, Grimaldi MA, Corona DF, Becker PB, Bickmore WA, Varga-Weisz PD (июль 2000 г.). «HuCHRAC, комплекс ремоделирования хроматина человека ISWI, содержащий hACF1 и два новых гистоновых белка». Журнал EMBO. 19 (13): 3377–87. Дои:10.1093 / emboj / 19.13.3377. ЧВК  313940. PMID  10880450.
• Стопка Т., Закова Д., Фукс О., Куброва О., Блафкова Дж., Елинек Дж., Некас Е., Живный Дж. (Июл 2000 г.). «Ген ремоделирования хроматина SMARCA5 не регулируется в примитивных гелиотопоэтических клетках острого лейкоза». Лейкемия. 14 (7): 1247–52. Дои:10.1038 / sj.leu.2401807. PMID  10914549.
• Aalfs JD, Narlikar GJ, Kingston RE (сентябрь 2001 г.). «Функциональные различия между человеческими АТФ-зависимыми белками ремоделирования нуклеосом BRG1 и SNF2H». Журнал биологической химии. 276 (36): 34270–8. Дои:10.1074 / jbc.M104163200. PMID  11435432.
• Стронер Р., Немет А., Янса П., Хофманн-Рорер Ю., Санторо Р., Ленгст Г., Груммт I. (сентябрь 2001 г.). "NoRC - новый член ISWI-содержащих машин ремоделирования хроматина млекопитающих". Журнал EMBO. 20 (17): 4892–900. Дои:10.1093 / emboj / 20.17.4892. ЧВК  125270. PMID  11532953.
• Боженок Л., Уэйд П.А., Варга-Вайс П. (май 2002 г.). «Комплекс ремоделирования хроматографии WSTF-ISWI нацелен на очаги гетерохроматической репликации». Журнал EMBO. 21 (9): 2231–41. Дои:10.1093 / emboj / 21.9.2231. ЧВК  125993. PMID  11980720.
• Левин С.С., Вайс А., Эрдджумент-Бромаж Х, Шао З., Темпст П., Кингстон РЭ (сентябрь 2002 г.). «Ядро репрессивного комплекса polycomb композиционно и функционально консервативно у мух и людей». Молекулярная и клеточная биология. 22 (17): 6070–8. Дои:10.1128 / MCB.22.17.6070-6078.2002. ЧВК  134016. PMID  12167701.
• Hakimi MA, Bochar DA, Schmiesing JA, Dong Y, Barak OG, Speicher DW, Yokomori K, Shiekhattar R (август 2002 г.). «Комплекс ремоделирования хроматина, который загружает когезин на хромосомы человека». Природа. 418 (6901): 994–8. Дои:10.1038 / природа01024. PMID  12198550. S2CID  4344470.
• Ясуи Д., Мияно М., Цай С., Варга-Вайс П., Кохви-Шигемацу Т. (октябрь 2002 г.). «SATB1 нацелен на ремоделирование хроматина, чтобы регулировать гены на больших расстояниях». Природа. 419 (6907): 641–5. Дои:10.1038 / природа01084. PMID  12374985. S2CID  25822700.
• Коллинз Н., Поот Р.А., Кукимото И., Гарсия-Хименес К., Деллер Дж., Варга-Вайс П.Д. (декабрь 2002 г.). «Комплекс, ремоделирующий хроматин ACF1-ISWI, необходим для репликации ДНК через гетерохроматин». Природа Генетика. 32 (4): 627–32. Дои:10,1038 / ng1046. PMID  12434153. S2CID  22545162.
• Лойола А., Хуанг Дж.Й., Лерой Дж., Ху С., Ван Й.Х., Доннелли Р.Дж., Лейн В.С., Ли С.К., Рейнберг Д. (октябрь 2003 г.). «Функциональный анализ субъединиц фактора сборки хроматина RSF». Молекулярная и клеточная биология. 23 (19): 6759–68. Дои:10.1128 / MCB.23.19.6759-6768.2003. ЧВК  193931. PMID  12972596.
• Шу Х, Чен С., Би К., Мамби М., Бреккен Д.Л. (март 2004 г.). «Идентификация фосфопротеинов и их сайтов фосфорилирования в клеточной линии лимфомы WEHI-231 B». Молекулярная и клеточная протеомика. 3 (3): 279–86. Дои:10.1074 / mcp.D300003-MCP200. PMID  14729942.
• Обусе С., Ян Х., Нодзаки Н., Гото С., Окадзаки Т., Йода К. (февраль 2004 г.). «Протеомический анализ центромерного комплекса из интерфазных клеток HeLa: поврежденный УФ излучением ДНК-связывающий белок 1 (DDB-1) является компонентом CEN-комплекса, в то время как BMI-1 временно совмещен с центромерной областью в интерфазе». Гены в клетки. 9 (2): 105–20. Дои:10.1111 / j.1365-2443.2004.00705.x. PMID  15009096. S2CID  21813024.
• Geiman TM, Sankpal UT, Робертсон AK, Zhao Y, Zhao Y, Robertson KD (май 2004 г.). «DNMT3B взаимодействует с ферментом ремоделирования хроматина hSNF2H, HDAC 1 и 2, а также с компонентами системы метилирования гистонов». Сообщения о биохимических и биофизических исследованиях. 318 (2): 544–55. Дои:10.1016 / j.bbrc.2004.04.058. PMID  15120635.
• Гейман Т.М., Санкпал Ю.Т., Робертсон А.К., Чен Й., Мазумдар М., Хил Дж. Т., Шмизинг Дж. А., Ким В., Йокомори К., Чжао Ю., Робертсон К. Д. (2004). «Выделение и характеристика нового комплекса ДНК-метилтрансферазы, связывающего DNMT3B с компонентами механизма конденсации митотических хромосом». Исследования нуклеиновых кислот. 32 (9): 2716–29. Дои:10.1093 / нар / гх589. ЧВК  419596. PMID  15148359.