SMG5 - SMG5

SMG5
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 2HWY
Идентификаторы
Псевдонимы	SMG5, EST1B, LPTS-RP1, LPTSRP1, SMG-5, нонсенс-опосредованный фактор распада мРНК, нонсенс-опосредованный фактор распада мРНК SMG5
Внешние идентификаторы	OMIM: 610962 MGI: 2447364 ГомолоГен: 9095 Генные карты: SMG5
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 1 (человек)[1] Группа 1q22 Начните 156,249,224 бп[1] Конец 156,282,825 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 3 (мышь)[2] Группа 3 | 3 F1 Начните 88,336,260 бп[2] Конец 88,362,338 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • связывание протеинфосфатазы 2А • связывание гистондеацетилазы • GO: 0001948 связывание с белками • связывание теломерной ДНК • связывание убиквитин-протеин-лигазы • рибонуклеазная активность • связывание рибонуклеопротеинового комплекса • связывание теломеразной РНК Сотовый компонент • цитоплазма • цитозоль • ядро клетки • теломеразный холоферментный комплекс Биологический процесс • регулирование дефосфорилирования • ядерно-транскрибируемый катаболический процесс мРНК, нонсенс-опосредованный распад • экспорт мРНК из ядра • регуляция поддержания теломер • регуляция поддержания теломер через теломеразу • регуляция стабильности РНК • Гидролиз фосфодиэфирной связи РНК • поддержание теломер через теломеразу Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	23381	229512
Ансамбль	ENSG00000198952	ENSMUSG00000001415
UniProt	Q9UPR3	Q6ZPY2
RefSeq (мРНК)	NM_015327 NM_001323614 NM_001323615 NM_001323616 NM_001323617	NM_173188 NM_178246
RefSeq (белок)	NP_001310543 NP_001310544 NP_001310545 NP_001310546 NP_056142	NP_839977
Расположение (UCSC)	Chr 1: 156.25 - 156.28 Мб	Chr 3: 88.34 - 88.36 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Белок SMG5 это белок что у людей кодируется SMG5 ген.^[5][6][7] Этот белок содержит PIN-домен который, по-видимому, изменил остатки в активном сайте.^[8]

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000198952 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск ансамбля 89: ENSMUSG00000001415 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. «Ссылка на Mouse PubMed:». Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Райхенбах П., Хосс М., Аззалин К.М., Набхольц М., Бухер П., Лингнер Дж. (Апрель 2003 г.). «Человеческий гомолог дрожжевого Est1 связывается с теломеразой и раскрывает концы хромосом при сверхэкспрессии». Curr Biol. 13 (7): 568–74. Дои:10.1016 / S0960-9822 (03) 00173-8. PMID  12676087.
6. Сноу Б.Е., Эрдманн Н., Крукшанк Дж., Голдман Н., Гилл Р.М., Робинсон М.О., Харрингтон Л. (апрель 2003 г.). «Функциональное сохранение белка теломеразы Est1p у человека». Curr Biol. 13 (8): 698–704. Дои:10.1016 / S0960-9822 (03) 00210-0. PMID  12699629.
7. «Ген Entrez: SMG5 Smg-5 гомолог, нонсенс-опосредованный фактор распада мРНК (C. elegans)».
8. Главан Ф, Бем-Ансман I, Изаурральде Э, Конти Э (ноябрь 2006 г.). «Структуры PIN-доменов SMG6 и SMG5 выявляют нуклеазу в комплексе наблюдения за мРНК». EMBO J. 25 (21): 5117–25. Дои:10.1038 / sj.emboj.7601377. ЧВК  1630413. PMID  17053788.

дальнейшее чтение

• Накадзима Д., Окадзаки Н., Ямакава Н. и др. (2003). «Конструирование готовых к экспрессии клонов кДНК для генов KIAA: ручное культивирование 330 клонов кДНК KIAA». ДНК Res. 9 (3): 99–106. Дои:10.1093 / днарес / 9.3.99. PMID  12168954.
• Кикуно Р., Нагасе Т., Исикава К. и др. (1999). «Прогнозирование кодирующих последовательностей неидентифицированных генов человека. XIV. Полные последовательности 100 новых клонов кДНК из мозга, которые кодируют большие белки in vitro». ДНК Res. 6 (3): 197–205. Дои:10.1093 / днарес / 6.3.197. PMID  10470851.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК  139241. PMID  12477932.
• Охниши Т., Ямасита А., Кашима И. и др. (2004). «Фосфорилирование hUPF1 индуцирует образование комплексов наблюдения мРНК, содержащих hSMG-5 и hSMG-7». Мол. Клетка. 12 (5): 1187–200. Дои:10.1016 / S1097-2765 (03) 00443-X. PMID  14636577.
• Ота Т., Сузуки Ю., Нисикава Т. и др. (2004). «Полное секвенирование и характеристика 21 243 полноразмерных кДНК человека». Nat. Genet. 36 (1): 40–5. Дои:10,1038 / ng1285. PMID  14702039.
• Герхард Д.С., Вагнер Л., Фейнгольд Е.А. и др. (2004). «Статус, качество и расширение проекта NIH полноразмерной кДНК: Коллекция генов млекопитающих (MGC)». Genome Res. 14 (10B): 2121–7. Дои:10.1101 / гр.2596504. ЧВК  528928. PMID  15489334.
• Унтерхольцнер Л., Изаурральде Э. (2005). «SMG7 действует как молекулярное звено между наблюдением за мРНК и распадом мРНК». Мол. Клетка. 16 (4): 587–96. Дои:10.1016 / j.molcel.2004.10.013. PMID  15546618.
• Фукухара Н., Эберт Дж., Унтерхольцнер Л. и др. (2005). «SMG7 представляет собой 14-3-3-подобный адаптер в нонсенс-опосредованном пути распада мРНК». Мол. Клетка. 17 (4): 537–47. Дои:10.1016 / j.molcel.2005.01.010. PMID  15721257.
• Аззалин CM, Лингнер Дж (2006). «Фактор надзора за РНК человека UPF1 необходим для прогрессирования S-фазы и стабильности генома». Curr. Биол. 16 (4): 433–9. Дои:10.1016 / j.cub.2006.01.018. PMID  16488880.
• Грегори С.Г., Барлоу К.Ф., Маклей К.Э. и др. (2006). «Последовательность ДНК и биологическая аннотация хромосомы 1 человека». Природа. 441 (7091): 315–21. Дои:10.1038 / природа04727. PMID  16710414.
• Ли Х., Сенгупта Н., Виллагра А. и др. (2006). «Гистоновая деацетилаза 8 защищает белок человеческих все более коротких теломер 1B (hEST1B) от убиквитин-опосредованной деградации». Мол. Cell. Биол. 26 (14): 5259–69. Дои:10.1128 / MCB.01971-05. ЧВК  1592721. PMID  16809764.