SPOP - SPOP

Значение: мультсериал см. Ше-Ра: принцесса силы.

О сингапурском конкурсе певцов см. SPOP Sing!

SPOP
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 2CR2, 3HQH, 3HQI, 3HQL, 3HQM, 3HTM, 3HU6, 3IVB, 3IVQ, 3IVV, 4EOZ, 4HS2, 4J8Z, 4O1V
Идентификаторы
Псевдонимы	SPOP, BTBD32, TEF2, белок BTB / POZ спекл-типа, NEDMIDF, NSDVS1, NSDVS2, NEDMACE
Внешние идентификаторы	OMIM: 602650 MGI: 1343085 ГомолоГен: 68354 Генные карты: SPOP
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 17 (человек)[1] Группа 17q21.33 Начните 49,598,884 бп[1] Конец 49,678,163 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 11 (мышь)[2] Группа 11 D | 11 59,01 см Начните 95,414,080 бп[2] Конец 95,493,406 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • GO: 0001948 связывание с белками • связывание убиквитин-протеин-лигазы • Связывание фактора транскрипции РНК-полимеразы II Сотовый компонент • Cul3-RING убиквитинлигазный комплекс • ядерное пятнышко • ядро клетки • нуклеоплазма • цитоплазма • SCF убиквитин-лигазный комплекс Биологический процесс • убиквитинирование белков • регулирование протеолиза • отрицательная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • гомеостаз глюкозы • протеасомный убиквитин-зависимый белковый катаболический процесс • отрицательная регуляция активности специфичного для последовательности ДНК связывающего фактора транскрипции • положительная регуляция внутреннего апоптотического сигнального пути, вызванного стрессом эндоплазматического ретикулума • положительная регуляция процесса апоптоза клеток поджелудочной железы типа B • убиквитин-зависимый белковый катаболический процесс Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Виды	Человек	Мышь
Entrez	8405	20747
Ансамбль	ENSG00000121067	ENSMUSG00000057522
UniProt	O43791	Q6ZWS8
RefSeq (мРНК)	NM_001007226 NM_001007227 NM_001007228 NM_001007229 NM_001007230 NM_003563 NM_001370730 NM_001370731 NM_001370732	NM_025287 NM_001359107
RefSeq (белок)	NP_001007227 NP_001007228 NP_001007229 NP_001007230 NP_001007231 NP_003554 NP_001357659 NP_001357660 NP_001357661	NP_079563 NP_001346036
Расположение (UCSC)	Chr 17: 49,6 - 49,68 Мб	Chr 11: 95.41 - 95.49 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

POZ-белок спекл-типа это белок что у людей кодируется SPOP ген.^[5][6][7]

Этот ген кодирует белок которые могут модулировать активность репрессии транскрипции ассоциированного со смертью белка 6 (DAXX ), который взаимодействует с гистоновая деацетилаза, ядро гистоны и другие гистон-ассоциированные белки. У мыши кодируемый белок связывается с предполагаемым лейциновая молния домен macroH2A1.2, вариант гистона H2A, который обогащен инактивированными Х-хромосомами. Домен BTB / POZ этого белка, как было показано, в других белках опосредует репрессию транскрипции и взаимодействует с компонентами корепрессорных комплексов гистондеацетилазы. Альтернативная сварка этого гена приводит к множественным вариантам транскрипта, кодирующим один и тот же белок.^[7]

Клиническая значимость

Мутации в SPOP приводят к типу опухоли простаты, на которую, как считается, вовлечено около 15% всех рак простаты.^[8][9]

использованная литература

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000121067 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск ансамбля 89: ENSMUSG00000057522 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Нагай Ю., Кодзима Т., Муро Ю., Хачия Т., Нисизава Ю., Вакабаяси Т., Хагивара М. (ноябрь 1997 г.). «Идентификация нового ядерного белка спекл-типа, SPOP». Письма FEBS. 418 (1–2): 23–6. Дои:10.1016 / S0014-5793 (97) 01340-9. PMID  9414087. S2CID  32204506.
6. Сапата Дж. М., Павловски К., Хаас Э., Уэр К. Ф., Годзик А., Рид Дж. К. (июнь 2001 г.). «Разнообразное семейство белков, содержащих домены факторов, связанных с рецептором фактора некроза опухоли». Журнал биологической химии. 276 (26): 24242–52. Дои:10.1074 / jbc.M100354200. PMID  11279055.
7. «Энтрез Ген: белок POZ спекл-типа SPOP».
8. Хайди Эванс (20 мая 2012 г.). «Ученые открыли новый тип рака простаты - открытие может привести к индивидуальному лечению». New York Daily News. Получено 20 мая 2012.
9. Барбьери К.Э., Бака С.К., Лоуренс М.С., Демикелис Ф., Блаттнер М., Теуриллат Дж. П., Уайт Т.А., Стоянов П., Ван Аллен Е., Странски Н., Никерсон Е., Чае С.С., Бойсен Дж., Оклер Д., Онофрио Р.К., Парк К., Китабаяси N, Макдональд Т.Ю., Шейх К., Вуонг Т., Гвидуччи К., Цибульскис К., Сиваченко А., Картер С.Л., Саксена Г., Воет Д., Хуссейн В.М., Рамос А.Х., Винклер В., Редман М.С., Ардли К., Тевари А.К., Москера Дж. М., Рупп Н., Уайлд П.Дж., Мох Х., Моррисси С., Нельсон П.С., Кантофф П.В., Габриэль С.Б., Голуб Т.Р., Мейерсон М., Ландер Э.С., Гетц Дж., Рубин М.А., Гарравэй, Лос-Анджелес (июнь 2012 г.). «Секвенирование экзома выявляет повторяющиеся мутации SPOP, FOXA1 и MED12 при раке простаты». Природа Генетика. 44 (6): 685–9. Дои:10,1038 / нг.2279. ЧВК  3673022. PMID  22610119.

дальнейшее чтение

• Маруяма К., Сугано С. (январь 1994 г.). «Олиго-кэппинг: простой метод замены кэп-структуры эукариотических мРНК олигорибонуклеотидами». Ген. 138 (1–2): 171–4. Дои:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID  8125298.
• Боналду М.Ф., Леннон Г., Соарес МБ (сентябрь 1996 г.). «Нормализация и вычитание: два подхода для облегчения открытия генов». Геномные исследования. 6 (9): 791–806. Дои:10.1101 / гр.6.9.791. PMID  8889548.
• Судзуки Ю., Ёситомо-Накагава К., Маруяма К., Суяма А., Сугано С. (октябрь 1997 г.). «Создание и характеристика полноразмерной библиотеки кДНК, обогащенной по 5'-концу». Ген. 200 (1–2): 149–56. Дои:10.1016 / S0378-1119 (97) 00411-3. PMID  9373149.
• Ву Дж., Сонг Й., Баккер А.Б., Бауэр С., Шпионы Т., Ланье Л.Л., Филлипс Дж. Х. (июль 1999 г.). «Активирующий иммунорецепторный комплекс, образованный NKG2D и DAP10». Наука. 285 (5428): 730–2. Дои:10.1126 / наука.285.5428.730. PMID  10426994.
• Хартли Дж. Л., Темпл Г. Ф., Браш Массачусетс (ноябрь 2000 г.). «Клонирование ДНК с использованием сайт-специфической рекомбинации in vitro». Геномные исследования. 10 (11): 1788–95. Дои:10.1101 / гр.143000. ЧВК  310948. PMID  11076863.
• Сапата Дж. М., Павловски К., Хаас Э., Уэр К. Ф., Годзик А., Рид Дж. К. (июнь 2001 г.). «Разнообразное семейство белков, содержащих домены факторов, связанных с рецептором фактора некроза опухоли». Журнал биологической химии. 276 (26): 24242–52. Дои:10.1074 / jbc.M100354200. PMID  11279055.
• Такахаши И., Камеока Ю., Хашимото К. (август 2002 г.). «MacroH2A1.2 связывает ядерный белок Spop». Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Исследование молекулярных клеток. 1591 (1–3): 63–8. Дои:10.1016 / S0167-4889 (02) 00249-5. PMID  12183056.
• Gilfillan S, Ho EL, Cella M, Yokoyama WM, Colonna M (декабрь 2002 г.). «NKG2D привлекает два разных адаптера для запуска активации и костимуляции NK-клеток». Иммунология природы. 3 (12): 1150–5. Дои:10.1038 / ni857. PMID  12426564. S2CID  5859797.
• Дифенбах А., Томаселло Е., Лукас М., Джеймисон А. М., Хсиа Дж. К., Вивье Е., Раулет Д.Х. (декабрь 2002 г.). «Избирательные ассоциации с сигнальными белками определяют стимулирующую, а не костимулирующую активность NKG2D». Иммунология природы. 3 (12): 1142–9. Дои:10.1038 / ni858. PMID  12426565. S2CID  14901451.
• Billadeau DD, Upshaw JL, Schoon RA, Dick CJ, Leibson PJ (июнь 2003 г.). «NKG2D-DAP10 запускает опосредованное человеческими NK-клетками уничтожение посредством Syk-независимого регуляторного пути». Иммунология природы. 4 (6): 557–64. Дои:10.1038 / ni929. PMID  12740575. S2CID  7699074.
• Лю А., Десаи Б.М., Стофферс Д.А. (май 2004 г.). «Идентификация PCIF1, белка домена POZ, который ингибирует транскрипционную активность PDX-1 (MODY4)». Молекулярная и клеточная биология. 24 (10): 4372–83. Дои:10.1128 / MCB.24.10.4372-4383.2004. ЧВК  400448. PMID  15121856.
• Ла М, Ким К., Пак Дж., Вон Дж., Ли Дж. Х., Фу Ю. М., Медоуз Г. Г., Джо Колорадо (июль 2004 г.). «Daxx-опосредованная репрессия транскрипции гена MMP1 обращена SPOP». Сообщения о биохимических и биофизических исследованиях. 320 (3): 760–5. Дои:10.1016 / j.bbrc.2004.06.022. PMID  15240113.
• Wiemann S, Arlt D, Huber W., Wellenreuther R, Schleeger S, Mehrle A, Bechtel S, Sauermann M, Korf U, Pepperkok R, Sültmann H, Poustka A (октябрь 2004 г.). «От ORFeome к биологии: конвейер функциональной геномики». Геномные исследования. 14 (10B): 2136–44. Дои:10.1101 / гр.2576704. ЧВК  528930. PMID  15489336.
• Эрнандес-Муньос И., Лунд А.Х., ван дер Ступ П., Баутсма Э., Муйрерс И., Верховен Э., Нусинов Д.А., Паннинг Б., Марахренс И., ван Лохуизен М. (май 2005 г.). «Стабильная инактивация Х-хромосомы включает комплекс PRC1 Polycomb и требует гистона MACROH2A1 и лигазы убиквитина E3 CULLIN3 / SPOP». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 102 (21): 7635–40. Дои:10.1073 / pnas.0408918102. ЧВК  1140410. PMID  15897469.
• Руал Дж. Ф., Венкатесан К., Хао Т., Хирозане-Кишикава Т., Дрикот А., Ли Н., Беррис Г. Ф., Гиббонс Ф. Д., Дрезе М., Айви-Гедехуссу Н., Клитгорд Н., Саймон К., Боксем М., Мильштейн С., Розенберг Дж., Голдберг DS, Zhang LV, Wong SL, Franklin G, Li S, Albala JS, Lim J, Fraughton C, Llamosas E, Cevik S, Bex C, Lamesch P, Sikorski RS, Vandenhaute J, Zoghbi HY, Smolyar A, Bosak S, Sequerra R, Doucette-Stamm L, Cusick ME, Hill DE, Roth FP, Vidal M (октябрь 2005 г.). «К карте протеомного масштаба сети взаимодействия белка и белка человека». Природа. 437 (7062): 1173–8. Дои:10.1038 / природа04209. PMID  16189514. S2CID  4427026.
• Мехрле А., Розенфельдер Х., Шупп И., дель Валь С., Арльт Д., Хане Ф., Бектель С., Симпсон Дж., Хофманн О., Хиде В., Глаттинг К. Х., Хубер В., Пепперкок Р., Поустка А., Виманн С. (январь 2006 г.). «База данных LIFEdb в 2006 году». Исследования нуклеиновых кислот. 34 (Проблема с базой данных): D415-8. Дои:10.1093 / nar / gkj139. ЧВК  1347501. PMID  16381901.