Саповирус - Sapovirus

Вирус Саппоро
Просвечивающая электронная микрофотография вирусов Саппоро
Просвечивающая электронная микрофотография вирусов Саппоро
Классификация вирусов е
(без рейтинга):Вирус
Область:Рибовирия
Королевство:Орторнавиры
Тип:Писувирикота
Учебный класс:Pisoniviricetes
Заказ:Пикорнавиралес
Семья:Caliciviridae
Род:Саповирус
Разновидность:
Вирус Саппоро

Саповирус генетически разнообразный род одноцепочечных позитивно-смысловая РНК, без оболочки вирусы в семье Caliciviridae.[1][2] Вместе с норовирус, саповирусы являются наиболее частой причиной острых гастроэнтерит (обычно называемый «желудочный грипп», хотя он не связан с грипп ) у человека и других животных.[3] Это монотипный таксон, содержащий только один вид, Вирус Саппоро.[4]

Естественными хозяевами вируса являются люди и свиньи. Вирус передается через оральный / фекальный контакт. Саповирус чаще всего встречается у детей и младенцев и поэтому часто распространяется в яслях и детских садах; однако он был обнаружен в учреждениях длительного ухода.[5] Это могло быть связано с отсутствием мер личной гигиены и санитарии. Симптомы чаще всего включают диарею и рвоту.[6] Саповирус был первоначально обнаружен во время вспышки гастроэнтерита в детском доме в г. Саппоро, Япония, 1977.[7]

Маршрут передачи и восприимчивость хоста

Саповирус распространяется фекально-оральным путем. Зараженные люди высылают более частицы / грамм фекалий или рвоты. Частицы инфицированного человека остаются жизнеспособными в течение многих лет, а инфекционная доза может составлять всего 10 частиц.

Загрязнение рабочих поверхностей, рук и т. Д. Может вызвать огромное количество новых инфекций. Заражение может произойти при вдыхании частиц, например, когда частицы распыляются при рвоте инфицированного человека или когда унитаз смывается после рвоты инфицированного человека. Другие формы передачи включают чрезмерное обращение с продуктами питания инфицированным человеком (чаще всего это происходит в ресторане), потребление моллюсков, обитающих в водах, загрязненных инфицированными фекалиями, и употребление загрязненной воды.[8]

Симптомы

После инкубационного периода продолжительностью 1–4 дня начинают появляться признаки болезни. Симптомы саповируса очень похожи на симптомы норовируса. Наиболее частые симптомы - рвота и диарея; однако могут возникнуть дополнительные симптомы. К ним относятся: озноб, тошнота, головная боль, спазмы в животе и миалгия - лихорадка бывает очень редко. Хотя у пациентов чаще всего появляются симптомы после 1–4-дневного инкубационного периода, были случаи, когда у человека не было симптомов. Хотя у человека нет симптомов, он все же способен распространять вирус обычным путем, орально-фекальным путем.[3]

Профилактика

Общая санитарная гигиена - важнейший метод профилактики саповирусов. Это можно сделать, тщательно вымыв руки после посещения туалета и перед едой / приготовлением пищи. Загрязненные поверхности следует очищать дезинфицирующим средством или растворами, содержащими отбеливатель. Другие профилактические меры включают избегание контакта и совместное использование напитков / еды с инфицированными людьми.

В больничных условиях

  • Пострадавшие пациенты должны быть изолированы, а инфицированные сотрудники отстранены от работы.
  • Машины для мытья посуды должны быть осведомлены и обучены, чтобы работать с осторожностью.
  • Если произойдет серьезная вспышка болезни, «возможно, придется закрыть палаты для новых госпитализаций».
  • «Передвижение персонала из пораженных в здоровые палаты должно быть запрещено - групповая деятельность прекращена, а посещения детьми не поощряются».[8]

Уход

Специальных лекарств для людей, инфицированных саповирусом, не существует. Саповирус нельзя лечить антибиотиками, потому что это не бактериальная инфекция. Лечение включает поддержку симптомов, например, регидратацию человека.[8]

Классификация вирусов

Структура и геном

Саповирус - это вирус с одноцепочечной РНК без оболочки, имеющий положительный смысл, размером около 7,7 килобайт. Вирус имеет поли (A) хвост с 3'-конца, но не 5'-концевую часть. Саповирус имеет икосаэдр структура, содержащая 180 субъединиц (Т = 3). Диаметр капсида составляет 27-40 нм.[9] Как и у других калицивирусов, капсид саповируса имеет круглые заострения на своей поверхности. Однако морфология поверхности «звезды Давида» отличает его от других калицивирусов.[3]

Геном саповирусов состоит из двух (возможно, трех) хорошо известных открытые рамки для чтения (ORF). ORF1 кодирует неструктурные белки и VP1, основной белок капсида. VP1 имеет два стандартных домена: оболочку (S) и выступающую (P). Функция белка S состоит в том, чтобы «формировать каркас вокруг нуклеиновой кислоты», тогда как белок P играет важную роль в образовании «гомодимера с рецепторами».[10] ORF2 кодирует минорные структурные полипротеины, VP2. Хотя были предсказания относительно третьей ORF (ORF3), нет никаких доказательств того, какова ее функция.[3]

Уже был проанализирован и идентифицирован как минимум 21 полный геном саповирусов, все из которых можно разделить на пять категорий (GI-GV), которые в дальнейшем можно разделить на различные генетические кластеры. Четыре из пяти групп (GI, GII, GIV, GV) могут инфицировать людей, и эти четыре группы соответствуют четырем антигенно различающимся штаммам саповирусов: Саппоро, Хьюстон, Лондон и Стокгольм.[8] Хотя существует как минимум 21 генотип этого вируса, новые продолжают регистрироваться в Америке, Азии и Европе.[11]

РодСтруктураСимметрияКапсидГеномное расположениеГеномная сегментация
СаповирусИкосаэдрТ = 3Без оболочкиЛинейныйОдночастный

Лабораторная диагностика

Методы обнаружения нуклеиновых кислот

ПЦР с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР ) является наиболее часто используемым средством обнаружения саповирусов из-за его широкой реактивности, чувствительности, скорости и специфичности. Из-за разнообразия саповирусов были разработаны сотни праймеров для специфической нацеливания и амплификации РНК-зависимой РНК-полимеразы. Это может быть использовано для «частичной характеристики саповируса и исследования сходства обнаруженного саповируса».[3]

Обнаружение вирусных частиц

«Саповирусы морфологически отличаются от других возбудителей гастроэнтерита (например, норовируса, ротавируса, астровируса или аденовируса) по их типичной морфологии поверхности« Звезды Давида »под электронным микроскопом. Однако это имеет низкую чувствительность по сравнению с методами обнаружения нуклеиновых кислот».[3]

Методы обнаружения антигенов

Иммуноферментные анализы (ELISA ) были использованы для обнаружения саповируса человека из клинических образцов. Хотя ELISA можно использовать для обнаружения антигенов саповируса человека, он обычно не используется. Разнообразие множества штаммов саповирусов затрудняет обнаружение широкого спектра антигенов, которые могут присутствовать - поскольку существует так много возможных антигенов, ELISA не так точен и чувствителен, как методы обнаружения нуклеиновых кислот.[3]

Цикл репликации

Точный цикл репликации саповируса не определен; однако считается, что он имеет такой же или аналогичный цикл цитоплазматической репликации, что и другие калицивирусы. Цикл цитоплазматической репликации следующий:

  1. Проникновение в клетку-хозяин достигается путем прикрепления к рецепторам хозяина, которые опосредуют эндоцитоз вируса в клетку-хозяин.
  2. Удаление оболочки и высвобождение вирусной геномной РНК в цитоплазму.
  3. VPg удаляется из вирусной РНК, которая затем транслируется в процессированный полипротеин ORF1 с получением белков репликации.
  4. Репликация происходит на вирусных фабриках. Геном дцРНК синтезируется из геномной оцРНК (+).
  5. Геном дцРНК транскрибируется / реплицируется, обеспечивая таким образом вирусные мРНК / новые геномы оцРНК (+).
  6. Трансляция субгеномной РНК дает белок капсида и VP2.
  7. Сборка новых вирусных частиц и высвобождение путем лизиса клеток ».[9]

История

С помощью электронная микроскопия Саповирус был впервые обнаружен в образцах диареи в стуле в Соединенном Королевстве в 1977 году и вскоре стал известен как возбудитель гастроэнтерита. В то время как вирус был впервые обнаружен в Великобритании, «штамм-прототип этого рода Саповирус произошла от другой вспышки в Саппоро, Япония, в 1982 г. "[3] Первый полный геном саповируса был интерпретирован из манчестерского штамма в Соединенном Королевстве в 1993 году. Раньше саповирусы назывались «саповирусы»; однако в 2002 г. они были заменены на вирус вида Sapporo, род Саповирус, в семье Caliciviridae. "В настоящее время семья Caliciviridae состоит из пяти установленных родов, Саповирус, Норовирус, Лаговирус, Везивирус, и Небовирус ».[3]

Вспышки

Декабрь 2013

Один положительный результат на саповирусную инфекцию был подтвержден в больнице Гисборн в Новой Зеландии. Два дополнительных случая были обнаружены у сотрудников, а еще пять пациентов были изолированы. Персонал больницы принял меры предосторожности, используя средства индивидуальной защиты при входе в палаты.[7]

Июнь 2007 г.

У 55 преподавателей колледжа в округе Тайбэй была диагностирована саповирусная инфекция.

Учреждения длительного ухода 2002–2009 гг.

«Используя данные департаментов здравоохранения Орегона и Миннесоты, исследователи расследовали 2161 вспышку гастроэнтерита в период с 2002 по 2009 год. Из них 142 вспышки (7 процентов) оказались отрицательными по норовирусу, а 93 из них были дополнительно протестированы на другие желудочно-кишечные вирусы. включая саповирус, астровирус, аденовирус и ротавирус. Саповирус был выявлен в 21 вспышке (23 процента), причем 66 процентов из них произошли в учреждениях длительного ухода. Почти половина этих случаев произошла только в 2007 году ». Исследователи также объясняют, что, хотя доля саповирусов, встречающихся в учреждениях долгосрочного ухода, высока, это, вероятно, является артефактом юридически обязательной отчетности о вспышках.[5]

Сопутствующие заболевания

Норовирус чаще всего ассоциируется с саповирусом. Геномы норовируса и саповируса очень тесно связаны, различие между ними может быть сделано только из различий в их стратегии кодирования и рамках считывания. Норовирусы (наряду с саповирусами) являются наиболее частой причиной гастроэнтерита и поэтому проявляют те же симптомы, что и друг друга.[12]

Астровирусподобно саповирусу, вызывает гастроэнтерит у детей и пожилых людей, особенно у лиц с ослабленным иммунитетом. В то время как саповирус имеет две ОРС, астровирус имеет три, а также 6 рекомбинантных штаммов. Астровирусы реплицируются в цитоплазме и легко размножаются в желудочно-кишечном тракте.[8]

Ротавирус, как и норовирус, астровирус и саповирус, вызывает гастроэнтерит. Однако ротавирус гораздо более смертоносен, вызывая 37% случаев смерти детей от диареи и 215 000 случаев смерти во всем мире.[13]

Вирусы животных

Саповирусы были идентифицированы в летучие мыши, Калифорния морские львы, собаки, свиньи и норка.[14][15]

Рекомендации

  1. ^ Vinjé, J; Эстес, МК; Esteves, P; Грин, Кентукки; Катаяма, К. Ноулз, штат Нью-Джерси; L'Homme, Y; Мартелла, V; Vennema, H; Белый, PA; Консорциум отчетов ICTV (ноябрь 2019 г.). "Профиль таксономии вирусов ICTV: Caliciviridae". Журнал общей вирусологии. 100 (11): 1469–1470. Дои:10.1099 / jgv.0.001332. ЧВК  7011698. PMID  31573467.
  2. ^ "Отчет ICTV о Caliciviridae".
  3. ^ а б c d е ж грамм час я Ока, Томоичиро; Ван, Цюхун; Катаяма, Кадзухико; Саиф, Линда Дж. (1 января 2015 г.). «Комплексный обзор саповирусов человека». Обзоры клинической микробиологии. 28 (1): 32–53. Дои:10.1128 / CMR.00011-14. ISSN  0893-8512. ЧВК  4284302. PMID  25567221.
  4. ^ «Таксономия вирусов: выпуск 2018b». Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV). Март 2019 г.. Получено 1 мая 2019.
  5. ^ а б Ли, Lore E .; Cebelinski, Elizabeth A .; Фуллер, Кэндис; Кин, Уильям Э .; Смит, Кирк; Винже, Ян; Бессер, Джон М. (2012). «Вспышки саповируса в учреждениях долгосрочного ухода, Орегон и Миннесота, США, 2002–2009 гг.». Возникающие инфекционные заболевания. 18 (5): 873–876. Дои:10.3201 / eid1805.111843. ЧВК  3358050. PMID  22516204.
  6. ^ «Страница вирусов». web.stanford.edu. Получено 5 ноября 2017.
  7. ^ а б «Промед-почта». www.promedmail.org. Получено 2 ноября 2017.
  8. ^ а б c d е Барер, Майк (17 января 2011 г.). «Калицивирусы и астровирусы». В Гринвуде, Дэвид (ред.). Медицинская микробиология: руководство по микробным инфекциям: патогенез, иммунитет, лабораторная диагностика и контроль. С. 579–586.
  9. ^ а б «Вирусная зона». ExPASy. Получено 15 июн 2015.
  10. ^ Миядзаки, Наоюки; Тейлор, Дэвид В .; Hansman, Grant S .; Мурата, Кадзуёси (1 марта 2016 г.). "Анализ структуры химерного саповируса с помощью антигенной и криоэлектронной микроскопии". Журнал вирусологии. 90 (5): 2664–2675. Дои:10.1128 / JVI.02916-15. ISSN  0022-538X. ЧВК  4810723. PMID  26699644.
  11. ^ Цинда, Эммануэль Кагнинг; Маласао, Рунгнапа; Фурусэ, Юки; Гилман, Роберт Х .; Лю, Сяофан; Апаза, Соня; Эспетия, Сьюзен; Кама, Виталиано; Оситани, Хитоши (26 октября 2017 г.). «Полные кодирующие последовательности генома необычных штаммов саповируса GII.8, идентифицированные в образцах диареи, собранных у перуанских детей». Анонсы генома. 5 (43): e01137–17. Дои:10.1128 / genomeA.01137-17. ISSN  2169-8287. ЧВК  5658493. PMID  29074655.
  12. ^ Фаркас, Т .; Чжун, В. М .; Jing, Y .; Huang, P.W .; Espinosa, S.M .; Martinez, N .; Morrow, A. L .; Руис-Паласиос, Г. М .; Пикеринг, Л. К. (1 июля 2004 г.). «Генетическое разнообразие саповирусов». Архив вирусологии. 149 (7): 1309–1323. Дои:10.1007 / s00705-004-0296-9. ISSN  0304-8608. PMID  15221533. S2CID  35990669.
  13. ^ Тейт, Жаклин Э .; Бертон, Энтони Х .; Боски-Пинто, Синтия; Parashar, Umesh D .; Всемирная организация здравоохранения - Глобальная сеть эпиднадзора за ротавирусами (1 мая 2016 г.). «Глобальные, региональные и национальные оценки детской смертности от ротавирусов». Клинические инфекционные заболевания. 62 Приложение 2: S96 – S105. Дои:10.1093 / cid / civ1013. ISSN  1537-6591. PMID  27059362.
  14. ^ Мэн XJ (январь 2012 г.). «Новые и вновь появляющиеся вирусы свиней». Трансграничные и новые болезни. 59: 85–102. Дои:10.1111 / j.1865-1682.2011.01291.x. PMID  22225855.
  15. ^ Tse H, Chan WM, Li KS, Lau SK, Woo PC, Yuen KY (2012) Открытие и геномная характеристика нового саповируса летучих мышей с необычными геномными особенностями и филогенетическим положением PLoS One 7 (4): e34987.

внешняя ссылка