Сигнатурный мутагенез - Signature-tagged mutagenesis

Сигнатурный мутагенез (СТМ) это генетический техника, используемая для изучения ген функция. Последние достижения в секвенирование генома позволили нам каталогизировать большое количество геномов организмов, но функция содержащихся в них генов до сих пор в значительной степени неизвестна. Используя STM, можно сделать вывод о функции продукта определенного гена, отключив его и наблюдая за воздействием на организм. Первоначальное и наиболее распространенное использование STM - обнаружение генов в возбудитель участвуют в вирулентность в его хозяин, чтобы помочь разработка новых медицинских терапий / лекарств.

Основное помещение

Рассматриваемый ген инактивирован инсерционный мутация; а транспозон используется, который вставляется в последовательность гена. Когда этот ген записано и переведено в белок, вставка транспозона влияет на структуру белка и (теоретически) препятствует его функционированию. В STM мутанты создаются путем случайной вставки транспозонов, и каждый транспозон содержит различную последовательность «меток», которая однозначно его идентифицирует. Если инсерционная мутантная бактерия обнаруживает фенотип представляющих интерес, таких как восприимчивость к антибиотик это было раньше стойкий до, его геном можно секвенировать и искать (с помощью компьютера) любой из тегов, использованных в эксперименте. Когда метка находится, то таким образом оказывается и ген, который она нарушает (он будет находиться где-то между началом и остановкой. кодон которые отмечают границы гена).

STM можно использовать для определения того, какие гены имеют решающее значение для вирулентности патогена, путем введения «пула» различных случайных мутантов в модель животных (например, модель инфекции мыши) и наблюдение, какие из мутантов выживают и размножаются в организме хозяина. Те патогены-мутанты, которые не выжить в хозяине должен иметь инактивированный ген, необходимый для вирулентности. Следовательно, это пример метода отрицательного отбора.

Рекомендации

• Saenz HL, Dehio C (октябрь 2005 г.). «Сигнатурный мутагенез: технические достижения в методе отрицательной селекции для идентификации генов вирулентности». Curr. Мнение. Микробиол. 8 (5): 612–9. Дои:10.1016 / j.mib.2005.08.013. PMID  16126452.