Одночастичное слежение - Single-particle tracking - Wikipedia

Принцип отслеживания отдельных частиц: прямоугольники представляют собой временные кадры с полученного изображения. т = 0, 1, 2, ... Отслеживаемые частицы представлены красными кружками, а в последнем кадре восстановленные траектории показаны синими линиями.

Одночастичное слежение (SPT) - наблюдение движения отдельных частиц в среде. Временной ряд координат, который может быть двухмерным (Икс, у) или в трех измерениях (Икс, у, z), называется траектория. Траектория обычно анализируется с использованием статистических методов для извлечения информации о базовой динамике частицы.[1][2][3] Эта динамика может раскрыть информацию о типе наблюдаемого переноса (например, тепловой или активный), среде, в которой движется частица, и взаимодействиях с другими частицами. В случае случайного движения можно использовать анализ траектории для измерения коэффициент диффузии.

Приложения

В науках о жизни отслеживание отдельных частиц широко используется для количественной оценки динамики молекул / белков в живых клетках (бактерий, дрожжей, клеток млекопитающих и живых клеток). Дрозофила эмбрионы).[4][5][6][7] Он широко используется для изучения динамики факторов транскрипции в живых клетках.[8][9][10] Кроме того, экзогенные частицы используются в качестве зондов для оценки механических свойств среды - метод, известный как пассивный микрореология.[11] Этот метод был применен для исследования движения липидов и белков внутри мембран,[12][13] молекулы в ядре [14] и цитоплазма,[15] органеллы и молекулы в них,[16] липидные гранулы,[17][18][19] везикулы и частицы, внесенные в цитоплазму или ядро. Кроме того, трекинг одиночных частиц широко использовался при исследовании восстановленных липидных бислоев,[20] прерывистая диффузия между 3D и любым 2D (например, мембрана) [21] или одномерные (например, полимер ДНК) фазы и синтетические запутанные актиновые сети.[22][23]

Методы

Наиболее распространенный тип частиц, используемых для отслеживания одиночных частиц, основан либо на рассеиватели, например, полистирольные шарики или золото наночастицы которые можно отследить с помощью яркого полевого освещения, или флуоресцентный частицы. За флуоресцентные метки, есть много разных вариантов со своими достоинствами и недостатками, в том числе квантовые точки, флуоресцентные белки, органический флуорофоры, и цианиновые красители.

На фундаментальном уровне после получения изображений отслеживание отдельных частиц представляет собой двухэтапный процесс. Сначала обнаруживаются частицы, а затем локализованные различные частицы соединяются для получения индивидуальных траекторий.

Помимо выполнения отслеживания частиц в 2D, существует несколько режимов визуализации для отслеживания 3D-частиц, в том числе микроскопия мультифокальной плоскости,[24] микроскопия с функцией рассеяния точки двойной спирали,[25] и введение астигматизма через цилиндрическую линзу или адаптивную оптику.

Броуновская диффузия

Основная статья: Броуновское движение

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Мецлер, Ральф; Чон, Джэ-Хён; Черствый, Андрей Г .; Баркай, Эли (2014). «Модели аномальной диффузии и их свойства: нестационарность, неэргодичность и старение к столетию отслеживания одиночных частиц». Phys. Chem. Chem. Phys. 16 (44): 24128–24164. Bibcode:2014PCCP ... 1624128M. Дои:10.1039 / c4cp03465a. ISSN  1463-9076. PMID  25297814.
  2. ^ Манзо, Карло; Гарсиа-Парахо, Мария Ф (2015-10-29). «Обзор прогресса в отслеживании отдельных частиц: от методов до биофизических идей». Отчеты о достижениях физики. 78 (12): 124601. Bibcode:2015РПФ ... 78л4601М. Дои:10.1088/0034-4885/78/12/124601. ISSN  0034-4885. PMID  26511974.
  3. ^ Энтони, Стивен; Чжан, Лянфан; Граник, Стив (2006). «Методы отслеживания траекторий одиночных молекул». Langmuir. 22 (12): 5266–5272. Дои:10.1021 / la060244i. ISSN  0743-7463. PMID  16732651.
  4. ^ Хёфлинг, Феликс; Франош, Томас (2013-03-12). «Аномальный транспорт в перенаселенном мире биологических клеток». Отчеты о достижениях физики. 76 (4): 046602. arXiv:1301.6990. Bibcode:2013RPPh ... 76d6602H. Дои:10.1088/0034-4885/76/4/046602. ISSN  0034-4885. PMID  23481518.
  5. ^ Баркай, Эли; Гарини, Юваль; Мецлер, Ральф (2012). «Странная кинетика одиночных молекул в живых клетках». Физика сегодня. 65 (8): 29–35. Bibcode:2012ФТ .... 65ч..29Б. Дои:10.1063 / pt.3.1677. ISSN  0031-9228.
  6. ^ Мир, Мустафа; Реймер, Армандо; Стадлер, Майкл; Тангара, Астоу; Hansen, Anders S .; Хоккемейер, Дирк; Эйзен, Майкл Б .; Гарсия, Эрнан; Дарзак, Ксавье (2018), Любченко, Юрий Л. (редактор), "Визуализация отдельных молекул в живых эмбрионах с использованием решетчатой ​​световой микроскопии", Наноразмерная визуализация: методы и протоколы, Методы молекулярной биологии, Springer, New York, 1814, стр. 541–559, Дои:10.1007/978-1-4939-8591-3_32, ISBN  978-1-4939-8591-3, ЧВК  6225527, PMID  29956254
  7. ^ Болл, Дэвид А .; Mehta, Gunjan D .; Саломон-Кент, Ронит; Мацца, Давиде; Морисаки, Тацуя; Мюллер, Флориан; МакНелли, Джеймс Дж .; Карпова, Татьяна Сергеевна (01.12.2016). «Отслеживание одной молекулы Ace1p в Saccharomyces cerevisiae определяет характерное время пребывания для неспецифических взаимодействий факторов транскрипции с хроматином». Исследования нуклеиновых кислот. 44 (21): e160. Дои:10.1093 / нар / gkw744. ISSN  0305-1048. ЧВК  5137432. PMID  27566148.
  8. ^ Mehta, Gunjan D .; Болл, Дэвид А .; Эрикссон, Питер Р .; Череджи, Разван В .; Кларк, Дэвид Дж .; МакНелли, Джеймс Дж .; Карпова, Татьяна С. (06.12.2018). «Анализ одиночных молекул выявляет связанные циклы ремоделирования хроматина RSC и связывания фактора транскрипции Ace1p в дрожжах». Молекулярная клетка. 72 (5): 875–887.e9. Дои:10.1016 / j.molcel.2018.09.009. ISSN  1097-2765. ЧВК  6289719. PMID  30318444.
  9. ^ Морисаки, Тацуя; Müller, Waltraud G .; Голоб, Николь; Мацца, Давиде; МакНелли, Джеймс Г. (18 июля 2014 г.). «Одномолекулярный анализ связывания факторов транскрипции на сайтах транскрипции в живых клетках». Nature Communications. 5 (1): 4456. Bibcode:2014 НатКо ... 5,4456 млн. Дои:10.1038 / ncomms5456. ISSN  2041-1723. ЧВК  4144071. PMID  25034201.
  10. ^ Пресман, Диего М .; Болл, Дэвид А .; Паакинахо, Вилле; Гримм, Джонатан Б .; Лавис, Люк Д .; Карпова, Татьяна С .; Хагер, Гордон Л. (2017-07-01). «Количественная оценка динамики связывания фактора транскрипции на уровне одной молекулы в живых клетках». Методы. 4-мерный нуклеом. 123: 76–88. Дои:10.1016 / j.ymeth.2017.03.014. HDL:11336/64420. ISSN  1046-2023. ЧВК  5522764. PMID  28315485.
  11. ^ Вирц, Денис (2009). «Микрореология живых клеток с отслеживанием частиц: принципы и применение». Ежегодный обзор биофизики. 38 (1): 301–326. CiteSeerX  10.1.1.295.9645. Дои:10.1146 / annurev.biophys.050708.133724. ISSN  1936-122X. PMID  19416071.
  12. ^ Сакстон, Майкл Дж; Джейкобсон, Кен (1997). «Отслеживание отдельных частиц: приложения к мембранной динамике». Ежегодный обзор биофизики и структуры биомолекул. 26: 373–399. Дои:10.1146 / annurev.biophys.26.1.373. PMID  9241424.
  13. ^ Крапф, Диего (2015), «Механизмы, лежащие в основе аномальной диффузии в плазменной мембране», Липидные домены, Актуальные темы в мембранах, 75, Elsevier, стр. 167–207, Дои:10.1016 / bs.ctm.2015.03.002, ISBN  9780128032954, PMID  26015283, получено 2018-08-20
  14. ^ Болл, Д. А; Mehta, G.D; Salomon-Kent, R; Mazza, D; Морисаки, Т; Мюллер, Ф; McNally, J.G; Карпова, Т. С (2016). «Отслеживание одной молекулы Ace1p в Saccharomyces cerevisiae определяет характерное время пребывания для неспецифических взаимодействий факторов транскрипции с хроматином». Исследования нуклеиновых кислот. 44 (21): e160. Дои:10.1093 / нар / gkw744. ЧВК  5137432. PMID  27566148.
  15. ^ Голдинг, Идо (2006). «Физическая природа бактериальной цитоплазмы». Письма с физическими проверками. 96 (9): 098102. Bibcode:2006PhRvL..96i8102G. Дои:10.1103 / PhysRevLett.96.098102. PMID  16606319.
  16. ^ Никсон-Абель, Джонатон; Обара, Кристофер Дж .; Weigel, Aubrey V .; Ли, Донг; Легант, Уэсли Р .; Xu, C. Shan; Пазолли, Х. Амалия; Харви, Кирстен; Гесс, Харальд Ф. (2016-10-28). «Повышенное пространственно-временное разрешение выявляет высокодинамичные плотные трубчатые матрицы в периферической ER». Наука. 354 (6311): aaf3928. Дои:10.1126 / science.aaf3928. ISSN  0036-8075. ЧВК  6528812. PMID  27789813.
  17. ^ Толич-Норреликке, Ива Мария (2004). «Аномальная диффузия в живых дрожжевых клетках». Письма с физическими проверками. 93 (7): 078102. Bibcode:2004ПхРвЛ..93г8102Т. Дои:10.1103 / PhysRevLett.93.078102. PMID  15324280.
  18. ^ Чон, Джэ-Хён (2011). "In vivo аномальная диффузия и слабое нарушение эргодичности липидных гранул". Письма с физическими проверками. 106 (4): 048103. arXiv:1010.0347. Bibcode:2011PhRvL.106d8103J. Дои:10.1103 / PhysRevLett.106.048103. PMID  21405366.
  19. ^ Чен, Ю; Рис, Томас В; Цзи, Лянньянь; Чао, Хуэй (2018). «Отслеживание динамики митохондрий комплексами иридия (III)». Современное мнение в области химической биологии. 43: 51–57. Дои:10.1016 / j.cbpa.2017.11.006. ISSN  1367-5931. PMID  29175532.
  20. ^ Knight, Jefferson D .; Фальке, Джозеф Дж. (2009). «Исследования флуоресценции одиночных молекул в области PH: новый взгляд на реакцию стыковки мембран». Биофизический журнал. 96 (2): 566–582. Bibcode:2009BpJ .... 96..566K. Дои:10.1016 / j.bpj.2008.10.020. ISSN  0006-3495. ЧВК  2716689. PMID  19167305.
  21. ^ Кампаньола, Грейс; Непал, Канти; Schroder, Bryce W .; Peersen, Olve B .; Крапф, Диего (07.12.2015). «Супердиффузионное движение нацеленных на мембрану доменов C2». Научные отчеты. 5 (1): 17721. arXiv:1506.03795. Bibcode:2015НатСР ... 517721C. Дои:10.1038 / srep17721. ISSN  2045-2322. ЧВК  4671060. PMID  26639944.
  22. ^ Вонг, И.Ю. (2004). "Динамика микроструктуры аномальных диффузионных зондов запутанных сетей F-актина". Письма с физическими проверками. 92 (17): 178101. Bibcode:2004PhRvL..92q8101W. Дои:10.1103 / PhysRevLett.92.178101. PMID  15169197.
  23. ^ Ван, Бо; Энтони, Стивен М .; Пэ, Сунг Чул; Граник, Стив (2009-09-08). "Аномальный, но броуновский". Труды Национальной академии наук. 106 (36): 15160–15164. Bibcode:2009PNAS..10615160W. Дои:10.1073 / pnas.0903554106. ЧВК  2776241. PMID  19666495.
  24. ^ Рам, Шрипад; Прабхат, Прашант; Чао, Джерри; Салли Уорд, E .; Обер, Раймунд Дж. (2008). «Высокоточная трехмерная квантовая микроскопия в дофокальной плоскости для исследования быстрой внутриклеточной динамики в живых клетках». Биофизический журнал. 95 (12): 6025–6043. Bibcode:2008BpJ .... 95.6025R. Дои:10.1529 / biophysj.108.140392. ЧВК  2599831. PMID  18835896.
  25. ^ Badieirostami, M .; Lew, M.D .; Томпсон, М. А .; Моернер, В. Э. (2010). «Точность трехмерной локализации функции рассеяния точки двойной спирали в сравнении с астигматизмом и бипланом». Письма по прикладной физике. 97 (16): 161103. Bibcode:2010АпФЛ..97п1103Б. Дои:10.1063/1.3499652. ЧВК  2980550. PMID  21079725.

внешняя ссылка