Привязанное движение частицы - Tethered particle motion

Привязанное движение частицы (TPM) - это биофизический метод, который используется для изучения различных полимеры Такие как ДНК и их взаимодействие с другими объектами, такими как белки.

TPM - шарик диффундирует в растворе, но из-за привязки может двигаться только в ограниченном объеме.

Метод позволяет наблюдателям измерять различные физические свойства веществ, а также определять свойства биохимических взаимодействий с другими веществами, такими как белки и ферменты. эксперимент с одной молекулой метод.

История

TPM был впервые представлен Schafer, Gelles, Sheetz и Landick в 1991 году.^[1] В своих исследованиях они приложили РНК-полимераза к поверхности, а к одному концу молекул ДНК прикрепляли золотые бусинки. Вначале РНК-полимераза «захватывает» ДНК возле золотой бусинки. Вовремя транскрипция ДНК «скользит» по РНК-полимеразе, поэтому расстояние между РНК-полимеразой и золотой бусиной (длина привязи) увеличивается. Используя оптический микроскоп была обнаружена область, в которой движется шарик. Скорость транскрипции была извлечена из данных.
С тех пор было проведено множество экспериментов с TPM, и этот метод был улучшен во многих отношениях, таких как типы гранул, методы биохимии, визуализация (более быстрые камеры, различные методы микроскопии и т. Д.), Анализ данных и комбинация с другими методами одиночных молекул ( например, оптический или магнитный пинцет).

Принцип метода

Один конец полимера прикреплен к небольшому шарику (от десятков до сотен нанометров), а другой конец прикреплен к поверхности. Полимер и шарик остаются в водной среде, поэтому шарик перемещается внутрь Броуновское движение. Из-за привязи движение ограничено. Используя оптический микроскоп и CCD камера, можно отслеживать положение борта во временном ряду. Хотя бусинка обычно меньше, чем предел дифракции, поэтому изображение представляет собой пятно размером больше, чем сама бусинка (функция разброса точки ) центр пятна представляет собой проекцию на плоскость X-Y конца полимера (сквозной вектор ). Анализ распределения положения гранул может рассказать нам много информации о полимере.

Моделирование TPM. Моделирование выполнено MATLAB, с использованием цепь со свободными сочленениями модель полимеры. Зеленые точки представляют собой проекцию сквозного вектора полимера на плоскость XY.

Номер экскурсии

Для того, чтобы в движении преобладали полимеры, а не шарики, следует заметить, что число экскурсии, N_р,^[2] будет меньше 1:

${displaystyle N_{R}equiv {frac {r}{sqrt {Lcdot {l_{p}/3}}}}<1}$

куда ${displaystyle r}$ - радиус борта, ${displaystyle L}$ это длина контура полимера и ${displaystyle l_{p}}$ это продолжительность настойчивости (50 нм в физиологических условиях) полимера. (Можно работать и тогда, когда ${displaystyle N_{R}>1}$, но к нему следует относиться осторожно.)

Типы бусин

Металлические шарики (обычно золотые) рассеивают свет с высокой интенсивностью, поэтому можно использовать очень маленькие шарики (диаметром ~ 40 нм) и при этом получить хорошее изображение. С другой стороны, металлические бусины не подходят для оптический пинцет эксперименты.

Полистирольные шарики рассеивают свет слабее, чем металлические (для того, чтобы получить такую ​​же интенсивность, как от золотого шарика 40 нм, шарик полистирола должен иметь длину ~ 125 нм!^[3]), но он имеет то преимущество, что его можно комбинировать с экспериментами с оптическим пинцетом.

Главное преимущество флуоросфер состоит в том, что возбуждение длина волны и длина волны излучения не совпадают, поэтому дихроичный фильтр может использоваться для более четкого сигнала. Недостатком флуоросфер является фотообесцвечивание.

Все типы и диаметры бусинок (с биохимическим маркером, смотрите раздел сборки троса) производятся коммерческими компаниями и могут быть легко приобретены.

Сборка чипа и троса

Чип в сборе

Чип можно сделать из двух покровных стекол. В одном из них необходимо просверлить два отверстия, позволяющих вводить реагенты в проточную ячейку. Слайды следует очистить от грязи. Соникатор для ванны - хороший инструмент для этого, 15 минут в изопропаноле должны помочь. Далее следует создать канал. Один из способов сделать это - разрезать парафильм в центре, оставив рамку из парафильма, которая будет использоваться в качестве разделителя между слайдами. Слайды должны быть собраны друг на друга с разрезанным парафильмом между ними. Последний шаг - нагреть чип, чтобы парафильм расплавился, и склеил слайды.

Сборка троса

Во-первых, чип должен быть пассивирован, чтобы полимер не прилипал к стеклу, доступно множество блокирующих реагентов (BSA, альфа-казеин и т. Д.), И нужно найти то, что лучше всего подходит для конкретной ситуации. поверхность должна быть покрыта антителом или другой реактивной молекулой (например, анти-дигоксигенин ), который будет связываться с антигеном (дигоксигенин ) на одном конце полимера. После инкубации в течение примерно 45 минут избыток антител необходимо смыть. После промывания избытка антител полимер следует ввести в чип и инкубировать примерно такое же время. Полимер ранее был модифицирован на концах. Один конец имеет хвост биотина, а другой хвост дигоксигенина. После инкубации несвязанный полимер необходимо вымыть из клетки. Затем анти-биотин покрытые шарики следует ввести в проточную кювету и инкубировать около 30-45 мин. Лишние бисеринки следует промыть.

Анализ данных

Воспроизвести медиа

Видео взято из эксперимента TPM с использованием микроскопа темного поля. Бусины в зеленой рамке - это привязанные бусинки, а в красной рамке - неподвижные бусинки.

Отслеживание

Как упоминалось выше, изображение показывает не сам бусинку, а более крупное пятно в соответствии с PSF (Функция распределения точки ). В дополнение пиксель размер на камере может снизить разрешение измерения. Чтобы извлечь точное положение шарика (которое соответствует вектору от конца до конца), центр пятна должен быть найден как можно точнее. Это можно сделать с хорошим разрешением, используя два разных метода, основанных на характеристиках пятна. Интенсивность света в фокальная плоскость распространяется как воздушный диск, и имеет круговую симметрию.

2-мерный Функция Гаусса хорошее приближение для воздушный диск. Подгоняя эту функцию к месту, можно найти параметры ${displaystyle x_{0}}$ и ${displaystyle y_{0}}$ это координаты центра пятна и сквозного вектора.

Второй метод - найти центр интенсивности,^[4] используя определение центр массы:

${displaystyle {vec {R}}_{cm}={frac {1}{I_{tot}}}cdot sum _{k=1}^{N}I_{k}cdot {vec {r}}_{k}}$

куда ${displaystyle {vec {R}}_{cm}}$ - координата центра масс, ${displaystyle extstyle I_{tot}}$ - общая интенсивность пятна, а ${displaystyle extstyle I_{k}}$ и ${displaystyle extstyle {vec {r}}_{k}}$ - интенсивность и координата k-й пиксель. Из-за круговой симметрии координата центра интенсивности является координатой центра шарика.
Оба метода дают нам координату сквозного вектора с разрешением лучше, чем размер пикселя.

Дрейф TPM: верх: Зеленый график - это данные эксперимента TPM, черная кривая - сглаживание данных (дрейф). Нижний: Вычитание дрейфа из данных.

Коррекция дрейфа

Обычно во время измерения дрейфует вся система. Существует несколько методов исправления дрейфа, обычно их можно разделить на 3 группы:

Частота броуновского движения намного больше частоты дрейфа, поэтому можно использовать фильтр высоких частот чтобы убрать выколотку. Подобного эффекта можно добиться с помощью сглаживания данных и вычитания сглаженного из данных (см. Рисунок).

Если в кадре показано несколько бусинок, потому что каждая бусинка движется случайным образом, усреднение по их положению для каждого кадра должно дать нам дрейф (его следует вычесть из данных для получения чистых данных).

Если в кадре показан неподвижный шарик, мы можем принять его положение за эталон и скорректировать данные по положению неподвижного шарика. (Еще одним преимуществом изучения неподвижной бусинки является тот факт, что ее движение может сказать нам о точности измерения.)
Конечно, можно использовать более одного метода.

Характеристики полимеров

Обычно подходит случайная прогулка статистику сквозного вектора полимера.^[5] Для одномерного мы получим Нормальное распределение, а для двумерного Распределение Рэлея:

${displaystyle P_{1D}(x)dx={sqrt {frac {3}{4{pi }Ll_{p}}}}exp {left(-{frac {3x^{2}}{4Ll_{p}}}ight)}dx,,,;,,,,,,P_{2D}(R)dR=2{pi }R{frac {3}{4{pi }Ll_{p}}}exp {left(-{frac {3R^{2}}{4Ll_{p}}}ight)}dR}$

куда ${displaystyle L}$ - длина контура и ${displaystyle l_{p}}$ - это длительность сохранения.
После сбора данных временных рядов следует подобрать гистограмма данных в функцию распределения (одно- или двумерную). Если контурная длина полимера известна, единственным подходящим параметром является длина стойкости.

Постоянная пружины

Из-за энтропийная сила полимер действует как Гуковская пружина. В соответствии с Распределение Больцмана, распределение пропорционально экспоненте отношения между упругая энергия и тепловая энергия:

${displaystyle P(x)propto exp {left(-{frac {{frac {1}{2}}kx^{2}}{K_{B}T}}ight)}}$

куда ${displaystyle k}$ это жесткость пружины, ${displaystyle K_{B}}$ является Постоянная Больцмана и ${displaystyle T}$ это температура. Взяв логарифм распределения ${displaystyle P(x)}$ и приспособить его к парабола формы, можно получить жесткость полимера:^[6]

${displaystyle displaystyle k=2{alpha }K_{B}T}$

куда ${displaystyle alpha }$ коэффициент при ${displaystyle x^{2}}$ по параболе.

Преимущества и недостатки

Преимущества включают простую настройку, стоимость, тот факт, что наблюдения проводятся в естественной среде полимера (не используются внешние силы), он подходит для различных методов микроскопии (например, TIRFM, темное поле, дифференциальная интерференционно-контрастная микроскопия и т. д.), его можно комбинировать и манипулировать другими методами, и существует большое разнообразие приложений.^{[нужна цитата ]} К недостаткам можно отнести низкое пространственное разрешение (~ 30 нм) и то, что оно подходит для in vitro только эксперименты.^{[нужна цитата ]}

Смотрите также

• Одночастичное слежение
• Одномолекулярный эксперимент

Рекомендации

1. Шафер Д.А. и др., Транскрипция одиночными молекулами РНК-полимеразы под световой микроскопией. Природа, 1991. 352: п. 444-448.
2. Segall, D.E .; и другие. (2006). «Эффекты исключения объема в экспериментах с привязанными частицами: размер гранул имеет значение». Письма с физическими проверками. 96 (8): 088306. arXiv:q-bio / 0508028. Bibcode:2006ПхРвЛ..96х8306С. Дои:10.1103 / PhysRevLett.96.088306. ЧВК  3261840. PMID  16606235.
3. Пол Р. Селвин, Таэкджип Ха, Методы одиночной молекулы (Глава 19), Лабораторная пресса Колд-Спринг-Харбор, 2008 г.
4. Блумберг, С. и др., Трехмерная характеристика связанных микросфер с помощью флуоресцентной микроскопии полного внутреннего отражения. Биофизический журнал, 2005. 89: п. 1272-1281.^{[мертвая ссылка ]}
5. Рубинштейн, М. и Колби, Р.Х., Физика полимеров (глава 2.5 - Распределение сквозного вектора), OXFORD University Press (2003).
6. Дитрих, H.R.C. и др., Новый оптический метод описания взаимодействий отдельных молекул на основе микроскопии темного поля. Труды SPIE, 2007. Дои:10.1117/12.699040