Siphoviridae - Siphoviridae

Siphoviridae
Siphoviridae.svg
Типичная структура сифовируса
Классификация вирусов е
(без рейтинга):Вирус
Область:Дуплоднавирия
Королевство:Heunggongvirae
Тип:Уровирикота
Учебный класс:Caudoviricetes
Заказ:Caudovirales
Семья:Siphoviridae
Роды

см текст

Синонимы[1]
  • Styloviridae

Siphoviridae это семья двухцепочечных ДНК вирусы в порядке Caudovirales. Бактерии и археи служат естественными хозяевами. В настоящее время это семейство насчитывает 783 вида, разделенных на 265 родов и 13 подсемейств.[2][3] Характерные особенности строения этого семейства - голова без оболочки и хвост без сокращения.

Структура

Вирусы в Siphoviridae неокутанный, с геометриями икосаэдра и головы-хвоста[2] (морфотип B1) или a вытянутый капсид (морфотип B2) и симметрия T = 7. Диаметр около 60 нм.[2] Члены этого семейства также характеризуются своими нитевидными, поперечно-полосатыми, несокращающимися хвостами, обычно с короткими терминальными и субтерминальными волокнами. Геномы двухцепочечные и линейные, длиной около 50 килобайт,[2] содержащий около 70 гены. В гуанин /цитозин содержание обычно составляет около 52%.

Жизненный цикл

Репликация вируса происходит в цитоплазме. Попадание в хозяйскую клетку достигается путем адсорбции в хозяйской клетке. Репликация следует модели репликативной транспозиции. Транскрипция с использованием ДНК-шаблона - это метод транскрипции. Трансляция происходит за счет -1 сдвига рамки рибосомы и +1 сдвига рамки рибосомы. Вирус покидает клетку-хозяина путем лизиса и белков холина / эндолизина / спанина.[2] Бактерии и археи служат естественным хозяином. Пути передачи - пассивное распространение.[2]

Таксономия

Выделяются следующие подсемейства:[3]

Следующие роды не относятся к подсемейству:[3]

Кроме того, есть один вид, не отнесенный к подсемейству и роду:[3] Вирус родококка RGL3.

Предлагаемые роды

Электронные микрофотографии сифовируса из г. П. угри. Фаги отрицательно окрашивали и подвергали просвечивающей электронной микроскопии. Фаги имеют голову диаметром примерно 55 нм, наполненную генетическим материалом. Их хвосты имеют размер 150 × 10 нм, гибкие и несокращающиеся. На нижней микрофотографии PAD25 прилипает к остаткам бактериальных клеток, и два фага потеряли свои головы. Все фаги были классифицированы как сифовирусы на основании их морфологии.[4]

Следующие роды были предложены, но в настоящее время не ратифицированы Международным комитетом по таксономии вирусов:[5][6][7][8][9][10]

  • Род Cba39unalikevirus; типовой вид: Фаг целлулофага phi39: 1
    • Разновидность:
      • Фаг целлулофага phi39: 1
  • Род Cba46unalikevirus; типовой вид: Фаг целлулофага phi46: 1
    • Разновидность:
      • Фаг целлулофага phi46: 1
  • Род Cba18unalikevirus; типовой вид: Фаг целлулофага phi18: 1
    • Разновидность:
      • Фаг целлулофага phi18: 1
      • Фаг целлулофага phi12: 1
      • Фаг Cellulophaga phi12: 3
      • Фаг целлулофага phi17: 1
      • Фаг целлулофага phi18: 2
  • Род Cba10unalikevirus; типовой вид: Фаг Cellulophaga phi10: 1
    • Разновидность:
      • Фаг Cellulophaga phi10: 1
      • Фаг целлулофага phi19: 1
  • Род Cba13unalikevirus; типовой вид: Фаг Cellulophaga phi13: 1
    • Разновидность:
      • Фаг целлулофага phi13: 1
      • Фаг целлулофага phi19: 2
      • Фаг целлулофага phiST
  • Род Jk06likevirus; типовой вид: Фаг Escherichia Jk06
    • Разновидность
      • Фаг Escherichia Eb49
      • Фаг Escherichia Jk06
      • Фаг Escherichia Rogue1
      • Фаг Escherichia AHP24
      • Фаг Escherichia AHS24
      • Фаг Escherichia AHP42
      • Фаг Escherichia AKS96
      • Энтеробактерии фага phiJLA23
      • Энтеробактерии фаг phiKP26
  • Род Kp36likevirus; типовой вид: Фаг Klebsiella KP36
    • Разновидность
      • Энтеробактерный фаг F20
      • Klebsiella фаг KP36
  • Род R1tlikevirus; типовой вид: Лактококковый фаг r1t
    • Разновидность
      • Лактококковый фаг r1t
  • Род Rtplikevirus; типовой вид: Фаг Escherichia Rtp
    • Разновидность
      • Фаг Escherichia Rtp
      • Фаг энтеробактерий vB_EcoS_ACG-M12
  • Род Tlslikevirus; типовой вид: Фаг Escherichia Tls
    • Разновидность
      • Фаг Escherichia Tls
      • Фаг сальмонеллы FSL SP-126

Неклассифицированный

Помимо вышеперечисленных вирусов, многие представители Siphoviridae были сгруппированы в неклассифицированную группу без присвоения родов.[11] В эту группу входят многочисленные фаги, которые, как известно, заражают Лактобациллы, Микобактерии, Стрептококк, и другие бактерии.

Рекомендации

  1. ^ Safferman, R.S .; Cannon, R.E .; Desjardins, P.R .; Громов, Б.В .; Haselkorn, R .; Sherman, L.A .; Шило, М. (1983). «Классификация и номенклатура вирусов цианобактерий». Интервирология. 19 (2): 61–66. Дои:10.1159/000149339. PMID  6408019.
  2. ^ а б c d е ж «Вирусная зона». ExPASy. Получено 1 июля 2015.
  3. ^ а б c d «Таксономия вирусов: выпуск 2019 г.». talk.ictvonline.org. Международный комитет по таксономии вирусов. Получено 5 мая 2020.
  4. ^ Луд Р., Моргелин М., Холмберг А., Расмуссен М., Коллин М. (2008). «Индуцибельные сифовирусы в поверхностных и глубоких тканевых изолятах Propionibacterium acnes». BMC Microbiol. 8: 139. Дои:10.1186/1471-2180-8-139. ЧВК  2533672. PMID  18702830.
  5. ^ Про С, ван Синдерен Д., Суарес Дж, Гарсия П., Ладеро В., Фицджеральд Г. Ф., Дезьер Ф, Брюссов Х (2002). «Дилемма таксономии фагов, проиллюстрированная сравнительной геномикой Sfi21-подобных Siphoviridae в молочнокислых бактериях». J. Bacteriol. 184 (21): 6026–36. Дои:10.1128 / JB.184.21.6026-6036.2002. ЧВК  135392. PMID  12374837.
  6. ^ Gutiérrez, D; Adriaenssens, EM; Мартинес, B; Родригес, А; Lavigne, R; Кропинский, AM; Гарсия, П. (11 сентября 2013 г.). «Три предложенных новых рода бактериофагов стафилококковых фагов:« 3alikevirus »,« 77likevirus »и« Phietalikevirus »."". Архив вирусологии. 159 (2): 389–98. Дои:10.1007 / s00705-013-1833-1. PMID  24022640.
  7. ^ Предложения по таксономии ожидают ратификации на ICTV
  8. ^ Предложения по таксономии, ожидающие рассмотрения на ICTV
  9. ^ Holmfeldt, K .; Солоненко, Н .; Shah, M .; Corrier, K .; Riemann, L .; Verberkmoes, N.C .; Салливан, М. Б. (2013). «Двенадцать ранее неизвестных родов фагов повсеместно распространены в мировом океане». Труды Национальной академии наук. 110 (31): 12798–803. Дои:10.1073 / pnas.1305956110. ЧВК  3732932. PMID  23858439.
  10. ^ Niu, Y. D .; McAllister, T. A .; Nash, J.H.E .; Кропинский, А. М .; Стэнфорд, К. (2014). «Четыре фага Escherichia coli O157: H7: новый род бактериофагов и таксономическая классификация T1-подобных фагов». PLoS ONE. 9 (6): e100426. Дои:10.1371 / journal.pone.0100426. ЧВК  4070988. PMID  24963920.
  11. ^ "неклассифицированные Siphoviridae". NCBI Таксономия.

внешняя ссылка