TRDMT1 - TRDMT1

TRDMT1
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 1G55
Идентификаторы
Псевдонимы	TRDMT1, DMNT2, DNMT2, MHSAIIP, PUMET, RNMT1, тРНК метилтрансфераза аспарагиновой кислоты 1
Внешние идентификаторы	OMIM: 602478 MGI: 1274787 ГомолоГен: 3249 Генные карты: TRDMT1
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 10 (человек)[1] Группа 10п13 Начните 17,137,336 бп[1] Конец 17,202,054 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 2 (мышь)[2] Группа 2 | 2 A1 Начните 13,509,014 бп[2] Конец 13,544,668 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • активность метилтрансферазы • трансферазная активность • активность тРНК метилтрансферазы • Связывание РНК • тРНК (цитозин-5 -) - метилтрансферазная активность Сотовый компонент • цитоплазма • ядро клетки • нуклеоплазма Биологический процесс • ответ на амфетамин • метилирование • метилирование тРНК • модификация тРНК • обработка тРНК Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	1787	13434
Ансамбль	ENSG00000107614	ENSMUSG00000026723
UniProt	O14717	O55055
RefSeq (мРНК)	NM_004412 NM_176081 NM_176083 NM_176084 NM_176085 NM_176086 NM_001321006 NM_001321007 NM_001351219 NM_001351220 NM_001351221 NM_001351222 NM_001351223	NM_010067
RefSeq (белок)	NP_001307935 NP_001307936 NP_004403 NP_001338148 NP_001338149 NP_001338150 NP_001338151 NP_001338152	NP_034197
Расположение (UCSC)	Chr 10: 17.14 - 17,2 Мб	Chr 2: 13,51 - 13,54 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

тРНК (цитозин-5 -) - метилтрансфераза является фермент что у людей кодируется TRDMT1 ген.^[5][6][7][8]

CpG-метилирование - это эпигенетическая модификация, которая важна для эмбрионального развития, импринтинга и инактивации Х-хромосомы. Исследования на мышах показали, что метилирование ДНК необходимо для развития млекопитающих. Этот ген кодирует белок, похожий на ДНК-метилтрансферазы, но этот белок не проявляет активности метилтрансферазы. Белок прочно связывает ДНК, предполагая, что он может маркировать определенные последовательности в геноме. Альтернативный сплайсинг приводит к множеству вариантов транскриптов, кодирующих разные изоформы.^[8]

Было показано, что DNMT2 человека не метилирует ДНК, а вместо этого метилирует цитозин 38 в антикодоновой петле РНК-переносчика аспарагиновой кислоты (тРНК (Asp) ).^[9]

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000107614 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000026723 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. «Ссылка на Mouse PubMed:». Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Йодер JA, Bestor TH (март 1998 г.). «Кандидат ДНК-метилтрансфераза млекопитающих, родственная pmt1p делящихся дрожжей». Хум Мол Генет. 7 (2): 279–84. Дои:10.1093 / hmg / 7.2.279. PMID  9425235.
6. Vilain A, Apiou F, Dutrillaux B, Malfoy B (ноябрь 1998 г.). «Присвоение кандидатного гена ДНК-метилтрансферазы (DNMT2) полосе хромосомы человека 10p15.1 путем гибридизации in situ». Cytogenet Cell Genet. 82 (1–2): 120. Дои:10.1159/000015083. PMID  9763678. S2CID  46803768.
7. Голл М.Г., Кирпекар Ф., Маггерт К.А., Йодер Дж.А., Шей К.Л., Чжан Икс, Голич К.Г., Якобсен С.Е., Bestor TH (январь 2006 г.). «Метилирование тРНКАсп гомологом ДНК-метилтрансферазы Dnmt2». Наука. 311 (5759): 395–8. Дои:10.1126 / наука.1120976. PMID  16424344. S2CID  39089541.
8. «Ген Entrez: TRDMT1 тРНК метилтрансфераза 1 аспарагиновой кислоты».
9. Голл М.Г., Кирпекар Ф., Маггерт К.А. и др. (2006). «Метилирование тРНКАсп гомологом ДНК-метилтрансферазы Dnmt2». Наука. 311 (5759): 395–8. Дои:10.1126 / наука.1120976. PMID  16424344. S2CID  39089541.

дальнейшее чтение

• Окано М., Се С, Ли Э ​​(1998). «Dnmt2 не требуется для de novo и поддерживающего метилирования вирусной ДНК в эмбриональных стволовых клетках». Нуклеиновые кислоты Res. 26 (11): 2536–40. Дои:10.1093 / nar / 26.11.2536. ЧВК  147598. PMID  9592134.
• Van den Wyngaert I, Sprengel J, Kass SU, Luyten WH (1998). «Клонирование и анализ новой человеческой предполагаемой метилтрансферазы ДНК». FEBS Lett. 426 (2): 283–9. Дои:10.1016 / S0014-5793 (98) 00362-7. PMID  9599025. S2CID  7887099.
• Dong A, Yoder JA, Zhang X и др. (2001). «Структура человеческого DNMT2, загадочного гомолога ДНК-метилтрансферазы, который демонстрирует устойчивое к денатуранту связывание с ДНК». Нуклеиновые кислоты Res. 29 (2): 439–48. Дои:10.1093 / nar / 29.2.439. ЧВК  29660. PMID  11139614.
• Франчина М, Хупер Дж, Кей PH (2001). «Пять новых альтернативно сплайсированных транскриптов ДНК (цитозин-5) метилтрансферазы 2 в лейкоцитах периферической крови человека». Int. J. Biochem. Cell Biol. 33 (11): 1104–15. Дои:10.1016 / S1357-2725 (01) 00074-7. PMID  11551826.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК  139241. PMID  12477932.
• Германн А., Шмитт С., Ельч А. (2003). «Человеческий Dnmt2 обладает остаточной ДНК- (цитозин-C5) метилтрансферазной активностью». J. Biol. Chem. 278 (34): 31717–21. Дои:10.1074 / jbc.M305448200. PMID  12794065.
• Делукас П., Earthrowl ME, Grafham DV, et al. (2004). «Последовательность ДНК и сравнительный анализ хромосомы 10 человека». Природа. 429 (6990): 375–81. Дои:10.1038 / природа02462. PMID  15164054.
• Xiong Y, Dowdy SC, Xue A, et al. (2005). «Противоположные изменения экспрессии гена ДНК-метилтрансферазы при эндометриоидном и серозном раке эндометрия». Гинеколь. Онкол. 96 (3): 601–9. Дои:10.1016 / j.ygyno.2004.11.047. PMID  15721400.
• Stelzl U, Worm U, Lalowski M, et al. (2005). «Сеть белок-белкового взаимодействия человека: ресурс для аннотирования протеома». Клетка. 122 (6): 957–68. Дои:10.1016 / j.cell.2005.08.029. HDL:11858 / 00-001M-0000-0010-8592-0. PMID  16169070. S2CID  8235923.
• Пан С.Т., Венг У.Х., Флорес-Моралес А. и др. (2006). «Цитогенетические профили и профили экспрессии, связанные с преобразованием в устойчивый к андрогенам рак простаты». Предстательная железа. 66 (2): 157–72. Дои:10.1002 / pros.20328. PMID  16173030. S2CID  26023143.