Убиквитин B - Ubiquitin B

UBB
Доступные конструкции PDB Human UniProt search: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 2кВт, 2 МБ, 2MRO, 2MSG, 4UEL, 4UF6, 4WLR, 4WUR, 4ЗПЗ, 5CAW, 3OJ3, 5DK8, 5CRA, 4ZFR, 5CVO, 3ZLZ, 4WHV, 4ZFT, 3ZNH, 5D0M, 2Y5B, 2кВт, 5D0K, 5ДФЛ, 5CVM, 4WZP, 5ЭДВ, 5CVN, 2KWU, 4XOF, 5BNB, 2N13, 4ZUX, 5IFR, 5IBK, 5кгф, 5JG6, 5К9П, 5E6J
Идентификаторы
Псевдонимы	UBB, HEL-S-50, Убиквитин B
Внешние идентификаторы	OMIM: 191339 ГомолоГен: 75104 Генные карты: UBB
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 17 (человек)[1] Группа 17p11.2 Начинать 16,380,798 бп[1] Конец 16,382,745 бп[1]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • GO: 0001948 связывание с белками • белковая метка • связывание убиквитин-протеин-лигазы Сотовый компонент • цитоплазма • мембрана эндоцитарных везикул • цитозоль • митохондрия • проекция нейрона • ядро клетки • внеклеточная экзосома • клеточная мембрана • нуклеоплазма • тело нейрональной клетки • эндосомная мембрана • внеклеточный • митохондриальная наружная мембрана • отделение контроля качества эндоплазматического ретикулума • везикул • мембрана эндоплазматического ретикулума • клетка-хозяин Биологический процесс • Ответ на повреждение ДНК, передача сигнала медиатором класса p53, приводящая к остановке клеточного цикла • отрицательная регуляция сигнального пути рецептора эпидермального фактора роста • ремонт межнитевых сшивок • эксцизионная репарация нуклеотидов, распознавание повреждений ДНК • положительная регуляция канонического сигнального пути Wnt • сигнальный путь, опосредованный фактором некроза опухоли • регулирование выработки интерферона I типа • положительная регуляция моноубиквитинирования белков • TRIF-зависимый сигнальный путь толл-подобных рецепторов • Сигнальный путь рецептора Fc-эпсилон • эндосомный транспорт • глобальная эксцизионная репарация нуклеотидов генома • Сигнализация NIK / NF-kappaB • G2 / M переход митотического клеточного цикла • стресс-активируемый каскад MAPK • трансформирующий сигнальный путь бета-рецептора фактора роста • макроавтофагия • отрицательная регуляция канонического сигнального пути Wnt • Ответ на повреждение ДНК, обнаружение повреждения ДНК • эксцизионная репарация нуклеотидов, заполнение пробелов в ДНК • безошибочный транслезионный синтез • регуляция сигнального пути, опосредованного фактором некроза опухоли • стимулирующий сигнальный путь рецептора лектина С-типа • отрицательная регуляция сигнального пути бета-рецептора трансформирующего фактора роста • Каскад JNK • регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II в ответ на гипоксию • нуклеотидно-эксцизионная репарация, разрез ДНК • I-kappaB киназа / передача сигналов NF-kappaB • врожденная иммунная система • Notch сигнальный путь • морфогенез проекции нейронов • регуляция стабильности мРНК • полиубиквитинирование белков • отрицательная регуляция апоптотического процесса • отрицательная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • сборка вириона • положительная регуляция внутреннего апоптотического сигнального пути медиатором класса p53 • активация активности MAPK • положительная регуляция активности фактора транскрипции NF-kappaB • комплексно-зависимый катаболический процесс, стимулирующий анафазу • отрицательная регуляция выработки интерферона I типа • нуклеотид-связывающий домен олигомеризации, содержащий сигнальный путь • положительная регуляция убиквитинирования белков • GO: 0046795 внутриклеточный транспорт вируса • регуляция катаболического процесса протеасомных белков • GO: 0019067 жизненный цикл вируса • MyD88-зависимый сигнальный путь толл-подобных рецепторов • склонный к ошибкам транслезионный синтез • Каскад MAPK • регуляция митохондриального мембранного потенциала • сигнальный путь рецептора фактора роста фибробластов • трансмембранный перенос ионов • процесс биосинтеза гликогена • регуляция гибели нейронов • положительная регуляция апоптотического процесса • положительная регуляция передачи сигналов I-kappaB киназы / NF-kappaB • транслезионный синтез • транскрипционно-связанная эксцизионная репарация нуклеотидов • транспорт митохондрий по микротрубочкам • Путь передачи сигналов рецептора Т-клеток • MyD88-независимый сигнальный путь толл-подобных рецепторов • положительная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • регуляция передачи сигнала медиатором класса p53 • положительная регуляция сигнального пути рецептора эпидермального фактора роста • Сигнальный путь Wnt • эксцизионная репарация нуклеотидов, раскручивание дуплекса ДНК • эксцизионная репарация нуклеотидов, разрез ДНК, 5'-очаг поражения • Путь передачи сигналов ERBB2 • Путь передачи сигналов Wnt, путь планарной полярности клеток • нуклеотидно-эксцизионная репарация, сборка комплекса до разреза • протеасомный убиквитин-зависимый белковый катаболический процесс • метаболический процесс клеточного белка • сворачивание белка • отрицательная регуляция перехода G2 / M митотического клеточного цикла • убиквитинирование белков • деубиквитинирование белков • SCF-зависимый протеасомный убиквитин-зависимый белковый катаболический процесс • проникновение бактерии в клетку-хозяин • трансмембранный транспорт • регуляция некроптозного процесса • мембранная организация • тримминг маннозы эндоплазматического ретикулума • гомеостаз ионов клеточного железа • регуляция дифференцировки гемопоэтических стволовых клеток • белок нацелен на пероксисому • мужской мейоз I • женский мейоз I • развитие мужских гонад • развитие женских гонад • цитокин-опосредованный сигнальный путь • зависимый от модификации белковый катаболический процесс • развитие нейронов гонадотропин-рилизинг-гормона гипоталамуса • развитие жировой ткани • развитие жировой подушечки • сигнальный путь, опосредованный интерлейкином-1 • развитие семенных канальцев • энергетический гомеостаз Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	7314	н / д
Ансамбль	ENSG00000170315	н / д
UniProt	P0CG47	н / д
RefSeq (мРНК)	NM_018955 NM_001281716 NM_001281717 NM_001281718 NM_001281719 NM_001281720	н / д
RefSeq (белок)	NP_001268645 NP_001268646 NP_001268647 NP_001268648 NP_001268649 NP_061828	н / д
Расположение (UCSC)	Chr 17: 16.38 - 16.38 Мб	н / д
PubMed поиск	[2]	н / д
Викиданные
Просмотр / редактирование человека

Убиквитин это белок что у людей кодируется UBB ген.^[3]

Функция

Убиквитин является одним из наиболее консервативных белков, известных в эукариотических организмах. Убиквитин необходим для АТФ -зависимый, не-лизосомный внутриклеточная деградация аномальных белков и нормальных белков с быстрым обменом. Убиквитин ковалентно связан с белками, подлежащими деградации, и, предположительно, маркирует эти белки для разложения. Убиквитин также связывается с гистон H2A в активно транскрибируемых областях, но не вызывает деградацию гистона H2A, что позволяет предположить, что убиквитин также участвует в регуляции экспрессии генов. Этот ген состоит из трех прямых повторов кодирующей последовательности убиквитина без спейсерной последовательности. Следовательно, белок экспрессируется как предшественник полиубиквитина с конечной аминокислотой после последнего повтора. Аберрантная форма этого белка (УББ + 1 ) был замечен у пациентов с Болезнь Альцгеймера, Синдром Дауна, Другой таупатии (например. Болезнь Пика ) и полиглутаминовая болезнь (например. болезнь Хантингтона ).^[4][5]

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000170315 - Ансамбль, Май 2017
2. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
3. Webb GC, Baker RT, Fagan K, Board PG (март 1990 г.). «Локализация гена полиубиквитина UbB человека в полосе хромосомы 17p11.1-17p12». Am J Hum Genet. 46 (2): 308–15. ЧВК  1684968. PMID  2154095.
4. Фишер Д.Ф., Де Вос Р.А., Ван Дейк Р., Де Вридж Ф.М., Пропер Е.А., Соннеманс М.А., Верхаге М.С., Слуйс Дж.А., Хобо Б., Зуамбия М., Стер Э.Н., Камфорст В., Хол Э.М., Ван Леувен Ф.В. (ноябрь 2003 г.). «Заболевание-специфическое накопление мутантного убиквитина в качестве маркера протеасомной дисфункции в головном мозге». FASEB J. 17 (14): 2014–2024. Дои:10.1096 / fj.03-0205com. PMID  14597671. S2CID  10932825.
5. "Entrez Gene: убиквитин B UBB".

дальнейшее чтение

• Conaway RC, Brower CS, Conaway JW (2002). «Новые роли убиквитина в регуляции транскрипции». Наука. 296 (5571): 1254–1258. Дои:10.1126 / science.1067466. PMID  12016299. S2CID  38822700.
• Мерфи Р.К., Годеншвеге Т.А. (2002). «Новые роли убиквитина в сборке и функции нейронных цепей». Нейрон. 36 (1): 5–8. Дои:10.1016 / S0896-6273 (02) 00943-1. PMID  12367500. S2CID  15764136.
• Mazzé FM, Degrève L (2006). «Роль вирусных и клеточных белков в зарождении вируса иммунодефицита человека». Acta Virol. 50 (2): 75–85. PMID  16808324.
• Шлезингер DH, Гольдштейн G (1975). «Молекулярная консервация 74 аминокислотной последовательности убиквитина крупного рогатого скота и человека». Природа. 255 (5507): 423–4. Дои:10.1038 / 255423a0. PMID  1128706. S2CID  4159096.
• Адамс С.М., Шарп М.Г., Уокер Р.А. и др. (1992). «Дифференциальная экспрессия генов, связанных с трансляцией, в доброкачественных и злокачественных опухолях груди человека». Br. J. Рак. 65 (1): 65–71. Дои:10.1038 / bjc.1992.12. ЧВК  1977345. PMID  1370760.
• Pancré V, Pierce RJ, Fournier F, et al. (1991). «Влияние убиквитина на функции тромбоцитов: возможная идентичность с лимфокином, подавляющим активность тромбоцитов (PASL)». Евро. J. Immunol. 21 (11): 2735–41. Дои:10.1002 / eji.1830211113. PMID  1657614.
• Бейкер RT, Совет PG (1991). «Ген слитого белка убиквитин-52 аминокислоты человека имеет несколько общих структурных особенностей с генами рибосомных белков млекопитающих». Нуклеиновые кислоты Res. 19 (5): 1035–1040. Дои:10.1093 / nar / 19.5.1035. ЧВК  333777. PMID  1850507.
• Форнас А.Дж., Аламо И., Холландер М.С., Ламоро Э. (1989). «МРНК убиквитина является основным индуцированным стрессом транскриптом в клетках млекопитающих». Нуклеиновые кислоты Res. 17 (3): 1215–1230. Дои:10.1093 / nar / 17.3.1215. ЧВК  331738. PMID  2537950.
• Лунд П.К., Моатс-Статс Б.М., Симмонс Дж. Г. и др. (1985). «Анализ нуклеотидной последовательности кДНК, кодирующей человеческий убиквитин, показывает, что убиквитин синтезируется в качестве предшественника». J. Biol. Chem. 260 (12): 7609–13. PMID  2581967.
• Einspanier R, Sharma HS, Scheit KH (1987). «Клонирование и анализ последовательности кДНК, кодирующей полиубиквитин в клетках гранулезы яичников человека». Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 147 (2): 581–587. Дои:10.1016 / 0006-291X (87) 90970-3. PMID  2820408.
• Выборг О., Педерсен М.С., Винд А. и др. (1985). «Мультигенное семейство убиквитина человека: некоторые гены содержат несколько непосредственно повторяющихся кодирующих последовательностей убиквитина». EMBO J. 4 (3): 755–9. Дои:10.1002 / j.1460-2075.1985.tb03693.x. ЧВК  554252. PMID  2988935.
• Бейкер RT, Совет PG (1987). «Семейство генов убиквитина человека: структура гена и псевдогены из подсемейства Ub B». Нуклеиновые кислоты Res. 15 (2): 443–463. Дои:10.1093 / nar / 15.2.443. ЧВК  340445. PMID  3029682.
• Виджай-Кумар С., Багг С.Э., Кук В.Дж. (1987). «Структура убиквитина уточнена при разрешении 1,8 А». J. Mol. Биол. 194 (3): 531–544. Дои:10.1016/0022-2836(87)90679-6. PMID  3041007.
• Буш Х (1984). «[23] Убиквитинирование белков». Убиквитинирование белков. Meth. Энзимол. Методы в энзимологии. 106. С. 238–262. Дои:10.1016/0076-6879(84)06025-0. ISBN  978-0-12-182006-0. PMID  6092831.
• Андерсен М.В., Баллал Н.Р., Голдкнопф И.Л., Буш Х. (1981). «Активность лиазы протеина A24 в ядрышках печени крыс, обработанных тиоацетамидом, высвобождает гистон 2A и убиквитин из конъюгированного протеина A24». Биохимия. 20 (5): 1100–1104. Дои:10.1021 / bi00508a009. PMID  6261785.
• Буш Х., Голдкнопф ИЛ (1982). «Убиквитин - белковые конъюгаты». Мол. Клетка. Биохим. 40 (3): 173–87. Дои:10.1007 / bf00224611. PMID  6275256. S2CID  21101636.
• Treier M, Staszewski LM, Bohmann D (1994). «Убиквитин-зависимая деградация c-Jun in vivo опосредована дельта-доменом». Клетка. 78 (5): 787–798. Дои:10.1016 / S0092-8674 (94) 90502-9. PMID  8087846. S2CID  33344164.
• Кук В.Дж., Джеффри Л.К., Касперек Э., Пикарт С.М. (1994). «Структура тетраубиквитина показывает, как могут образовываться мультиубиквитиновые цепи». J. Mol. Биол. 236 (2): 601–609. Дои:10.1006 / jmbi.1994.1169. PMID  8107144.
• Рэймидж Р., Грин Дж., Мьюир Т.В. и др. (1994). «Синтетические, структурные и биологические исследования убиквитиновой системы: общий химический синтез убиквитина». Biochem. J. 299 (1): 151–8. Дои:10.1042 / bj2990151. ЧВК  1138034. PMID  8166633.