YjdF РНК-мотив - YjdF RNA motif

Белок неизвестной функции (DUF2992)
Идентификаторы
СимволDUF2992
PfamPF11208
yjdF РНК
Идентификаторы
СимволyjdF
РфамRF01764
Прочие данные
РНК тип Снг;
Домен (ы)Бактерии;
ТАКSO: 0005836
PDB структурыPDBe

В yjdF Мотив РНК консервированный РНК структура идентифицирована с использованием биоинформатика.[1] Наиболее yjdF РНК расположены в бактерии классифицируется в филюм Фирмикуты. А yjdF РНК находится в предполагаемой 5 'непереведенный регион (5 'UTR) из yjdF ген в Bacillus subtilis, и почти все yjdF РНК находятся в 5 'UTRs гомологи этого гена. Функция yjdF ген неизвестен, но белок что предполагается кодировать, классифицируется Pfam База данных как DUF2992.[2]

Умеренно сложный вторичная структура и нуклеотид позиции сохранены в yjdF Мотив РНК и тот факт, что он, вероятно, присутствует в 5 'UTRs, привели к гипотезе, что yjdF РНК функционируют как рибопереключатели. Один yjdF РНК вместо этого находится в предполагаемой 5 'UTR генов, кодирующих ферменты участвует в синтезе никотинамид аденин динуклеотид (НАД+). У этих РНК отсутствует область консервативной в противном случае yjdF Мотив РНК и может быть нефункциональным или соответствовать отдельной структуре, которая выполняет ту же функцию. Если yjdF РНК - это рибопереключатели, эта другая РНК может связывать отдельные малая молекула лиганд.

Эксперименты подтверждают вывод о том, что yjdF РНК в Б. subtilis действительно находится в 5 'UTR yjdF ген, и что yjdF гены записано отдельно от восходящего потока manPA оперон.[1] Биохимическая функция yjdF РНК остается неизвестным.

yjdF РНК, по-видимому, действуют как рибопереключатели, которые воспринимают азаароматические соединения, хотя точное соединение или набор соединений, которые воспринимаются этим рибопереключателем в клетке, остается неясным.[3]

Консенсусная вторичная структура yjdF РНК. Этот рисунок взят из предыдущей публикации.[1]

Рекомендации

  1. ^ а б c Вайнберг З., Ван Дж. Х, Бог Дж. И др. (Март 2010 г.). «Сравнительная геномика обнаруживает 104 кандидата структурированных РНК из бактерий, архей и их метагеномов». Геном Биол. 11 (3): R31. Дои:10.1186 / gb-2010-11-3-r31. ЧВК  2864571. PMID  20230605.
  2. ^ http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF11208.1
  3. ^ Ли С., Хван XY, Став С., Breaker RR (2016). «Кандидат в рибопереключатель yjdF регулирует экспрессию генов, связывая различные азаароматические соединения». РНК. 22 (4): 530–41. Дои:10.1261 / rna.054890.115. ЧВК  4793209. PMID  26843526.

внешняя ссылка