Гликопротеин альфа-1-B - Alpha-1-B glycoprotein

A1BG
Идентификаторы
ПсевдонимыA1BG, A1B, ABG, GAB, HYST2477, гликопротеин альфа-1-B
Внешние идентификаторыOMIM: 138670 MGI: 2152878 ГомолоГен: 11167 Генные карты: A1BG
Расположение гена (человек)
Хромосома 19 (человек)
Chr.Хромосома 19 (человек)[1]
Хромосома 19 (человек)
Геномное расположение A1BG
Геномное расположение A1BG
Группа19q13.43Начните58,345,178 бп[1]
Конец58,353,492 бп[1]
Ортологи
ВидыЧеловекМышь
Entrez

1

117586

Ансамбль

ENSG00000121410

ENSMUSG00000022347

UniProt

P04217

Q19LI2

RefSeq (мРНК)

NM_130786

NM_001081067

RefSeq (белок)

NP_570602

NP_001074536

Расположение (UCSC)Chr 19: 58.35 - 58.35 МбChr 15: 60.9 - 60.92 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Гликопротеин альфа-1-B составляет 54,3 кДа белок у человека, который кодируется A1BG ген.[5] Белок, кодируемый этим геном, представляет собой гликопротеин плазмы неизвестной функции. Белок показывает сходство последовательностей с вариабельными участками некоторых семейство супергенных иммуноглобулинов белки-члены. Пациенты с панкреатическим протоком аденокарцинома показать чрезмерное выражение A1BG в панкреатический сок.[6]

Ген

окрестности

A1BG расположен на отрицательной цепи ДНК хромосома 19 с 58,858,172 - 58,864,865.[7] Кроме того, A1BG расположен непосредственно рядом с геном ZSCAN22 (58,838,385-58,853,712)) на положительной цепи ДНК, а также ZNF837 (58 878 990 - 58 892 389, комплемент) и ZNF497 (58865723 - 58 874 214, комплемент) на отрицательной цепи.[7]

Выражение

GEO Профиль экспрессии ткани A1BG.jpg

A1BG экспрессируется на высоком уровне у взрослых и плода. печень.[8] Кроме того, молочная железа проявляет примерно половину экспрессии, чем печень.[8] Следы экспрессии A1BG можно найти в кровь, мозг, легкое, лимфатический узел, яичник, яичко, поджелудочная железа, и поджелудочная железа.[8] Печень опухоли демонстрируют повышенные уровни транскриптов A1BG.[8]

мРНК

структура мРНК

Ген содержит 20 различных интроны.[9] Транскрипция производит 15 различных мРНК, 10 альтернативно сращенный варианты и 5 разрозненных форм.[9] Есть 4 возможных альтернативы промоутеры, 4 неперекрывающиеся альтернативы последняя экзоны и 7 проверенных альтернатив полиаденилирование места.[9] МРНК, по-видимому, различаются усечением 5'-конца, усечением 3'-конца, наличием или отсутствием 4 экзонов кассеты, перекрытием экзонов с разными границами, сплайсингом по сравнению с сохранением 3 интронов.[9]

Протеин

Свойства

Программа статистического анализа белков (SAPS), разработанная San Diego Super Computer, определила, что гликопротеин альфа-1B имеет 495 аминокислотных остатков, изоэлектрическую точку 5,47 и молекулярную массу 54,3 кДа. Кроме того, он предположил, что в гликопротеине альфа-1B не существует трансмембранных доменов.[10] Согласно NCBI, аминокислотная последовательность MLVVFLLLWGVTWGPVTEA представляет собой сигнальный пептид на N-конце белка, который может функционировать как сигнал импорта в эндоплазматический ретикулум.[10]

Посттрансляционные модификации

Программа NetAcet 1.0 подсчитала, что первые пять аминокислотных остатков служат сайтом N-ацетилирования.[11] Программа NetGlycate 1.0 предсказала, что лизины, расположенные в остатках 78, 114 и 227, служат точками гликирования.[12] Программа NetNES 1.1 предсказала, что лейцин в остатке 47 является сигналом ядерного экспорта.[13] Программа NetNGlyc 1.0 предсказала четыре сайта N-гликозилирования, два из которых являются высококонсервативными внутренне повторяющимися последовательностями.[14][15] Программа NetCGlyc1.0 предсказала, что ни один из остатков триптофана не служит сайтами C-маннозилирования.[16]

Белковые взаимодействия

В исследовании Udby et al. показали, что богатый цистеином секреторный белок 3 является лигандом гликопротеина альфа-1B в плазме человека, и они предполагают, что комплекс A1BG-CRISP-3 выполняет аналогичную функцию в защите кровообращения от потенциально вредного воздействия свободного CRISP-3.[17]

Гомология

Ортологи

Помимо приведенной ниже таблицы, гликопротеин альфа-1B также сохраняется в белощёкий хохлатый гиббон, бабуин, боливийская белка обезьяна, овец, собака, дикий кабан, Китайская землеройка, Китайский хомяк, черная летучая лисица, кролик, морская свинка, большая панда, корова, крыса, а голый землекоп.[18] Кроме того, очень вероятно, что A1BG в дальнейшем сохраняется у млекопитающих. клады.

Род видыОбщее название организмаДивергенция от человека (MYA) [19]Регистрационный номер белка NCBIИдентичность последовательностиДлина белкаОбщее название гена
Homo sapiens[20]Люди--NP_570602100%495A1BG
Пан троглодиты[21]Обыкновенный шимпанзе6.2XP_00114666997.0%501ПРОГНОЗИРОВАННЫЙ: изоформа 4 альфа-1B-гликопротеина
Пан панискус[22]Бонобо6.3XP_00381667797.0%499A1BG
Горилла горилла горилла [23]Горилла8.8XP_00406165295.0%275ПРОГНОЗ: альфа-1B-гликопротеин
Pongo abelii[24]Суматранский Органутан15.7XP_00282995395.0%495изоформа 1 альфа-1B-гликопротеина
Macaca mulatta[25]Обезьяна-резус29.0XM_00110182188.0%351гипотетический белок EGK_11172, частичный
Каллитрикс Яхус[26]Мартышка42.6XP_00276261983.0%500A1BG
Mus musculus [27]Мышь91.0NP_00107453644.0%512предшественник альфа-1B-гликопротеина
Felis catus[28]Кот94.2XP_00399739962.0%481ПРОГНОЗ: альфа-1B-гликопротеин
Equus caballus[29]Лошадь97.4XP_00149534458.0%568ПРОГНОЗИРОВАННЫЙ: альфа-1B-гликопротеиноподобный
Loxodonta africana [30]Африканский слон104.7XP_00340672261.0%520ПРОГНОЗИРОВАННЫЙ: альфа-1B-гликопротеиноподобный

Паралоги

Нет паралоги были обнаружены для гликопротеина альфа-1B.[31]

Гомологические домены

Первоначальное выравнивание гликопротеина альфа-1B с помощью NCBI Blast показывает, что белок в основном состоит из трех иммуноглобулин домены.[32] Существует большой сегмент аминокислот с 297 по 400, который, как не показано, является доменом иммуноглобулина. Однако выравнивание NCBI BLAST только аминокислот из 297-400 действительно показывает, что последняя последовательность действительно является четвертым доменом иммуноглобулина.[33] В конечном счете, гликопротеин альфа-1В, по-видимому, в основном состоит из четырех иммуноглобулиновых доменов.

Клиническое значение

Стероидорезистентный нефротический синдром

Альфа-1-гликопротеин активируется в 11 раз в моча пациентов, у которых есть стероидрезистентный нефротический синдром.[34] A1BG присутствовал у 7/19 пациентов с SRNS и отсутствовал у всех пациентов со стероид-чувствительным нефротическим синдромом.[34] Фрагмент A1BG 13,8 кДа обладал высокой дискриминирующей способностью в отношении устойчивости к стероидам при педиатрическом нефротическом синдроме, но присутствует только в подгруппе пациентов.[34]

использованная литература

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000121410 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000022347 - Ансамбль, Май 2017
  3. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ «Ссылка на Mouse PubMed:». Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ^ «Энтрез Ген: гликопротеин альфа-1-В». Получено 2012-11-09.
  6. ^ Тиан М., Цуй Ю.З., Сон Г.Х., Цзун М.Дж., Чжоу XY, Чен И, Хан Дж. Х (2008). «Протеомный анализ идентифицирует MMP-9, DJ-1 и A1BG как сверхэкспрессированные белки в соке поджелудочной железы у пациентов с протоковой аденокарциномой поджелудочной железы». BMC Рак. 8: 241. Дои:10.1186/1471-2407-8-241. ЧВК  2528014. PMID  18706098.
  7. ^ а б «Гликопротеин альфа-1-B A1BG». Получено 10 мая, 2013.
  8. ^ а б c d "Профиль EST - Hs.529161". UniGene. Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США. Получено 2013-05-11.
  9. ^ а б c d «AceView: A1BG». Получено 11 мая, 2013.
  10. ^ а б Брендель В., Бухер П., Нурбахш И. Р., Блейсделл Б. Е., Карлин С. (март 1992 г.). «Методы и алгоритмы статистического анализа белковых последовательностей». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 89 (6): 2002–6. Дои:10.1073 / пнас.89.6.2002. ЧВК  48584. PMID  1549558.
  11. ^ Кимер Л., Бендцен Дж. Д., Блом Н. (апрель 2005 г.). «NetAcet: предсказание сайтов N-концевого ацетилирования». Биоинформатика. 21 (7): 1269–70. Дои:10.1093 / биоинформатика / bti130. PMID  15539450.
  12. ^ Йохансен МБ, Кимер Л., Брунак С. (сентябрь 2006 г.). «Анализ и прогноз гликирования белков млекопитающих». Гликобиология. 16 (9): 844–53. CiteSeerX  10.1.1.128.831. Дои:10.1093 / glycob / cwl009. PMID  16762979.
  13. ^ la Cour T, Kiemer L, Mølgaard A, Gupta R, Skriver K, Brunak S (июнь 2004 г.). «Анализ и прогнозирование сигналов ядерного экспорта, богатого лейцином». Protein Eng. Des. Sel. 17 (6): 527–36. Дои:10.1093 / белок / gzh062. PMID  15314210. Получено 10 мая, 2013.
  14. ^ Гупта, Р. «Прогнозирование сайтов N-гликозилирования в человеческих белках». Получено 10 мая, 2013.
  15. ^ Хиггинс Д.Г., Близби А.Дж., Фукс Р. (апрель 1992 г.). «CLUSTAL V: улучшенное программное обеспечение для множественного выравнивания последовательностей». Comput. Appl. Biosci. 8 (2): 189–91. Дои:10.1093 / биоинформатика / 8.2.189. PMID  1591615.
  16. ^ Юлениус, Карин (2007). "NetCGlyc1.0: Прогнозирование сайтов C-маннозилирования у млекопитающих". Гликобиология. 17 (8): 868–876. Дои:10.1093 / гликоб / cwm050. PMID  17494086. Получено 10 мая, 2013.
  17. ^ Удби Л., Соренсен О. Е., Пасс Дж., Йонсен А. Х., Берендт Н., Боррегаард Н., Кьельдсен Л. (октябрь 2004 г.). «Секреторный белок 3, богатый цистеином, является лигандом альфа1В-гликопротеина в плазме крови человека». Биохимия. 43 (40): 12877–86. Дои:10.1021 / bi048823e. PMID  15461460.
  18. ^ «Результаты NCBI Blast для последовательности белка A1BG». Получено 11 мая, 2013.
  19. ^ «Дерево времени».
  20. ^ «гликопротеин альфа-1-B [Homo sapiens]». Получено 11 мая, 2013.
  21. ^ «ПРОГНОЗИРОВАННЫЙ: изоформа 4 альфа-1B-гликопротеина [Pan troglodytes]». NCBI. Получено 10 мая, 2013.
  22. ^ «ПРОГНОЗИРОВАННЫЙ: альфа-1B-гликопротеин [Pan paniscus]». Получено 11 мая, 2013.
  23. ^ «ПРОГНОЗИРОВАННЫЙ: альфа-1B-гликопротеин». Получено 10 мая, 2013.
  24. ^ «Отправить: ПРОГНОЗ: изоформа 1 альфа-1B-гликопротеина [Pongo abelii]». Получено 11 мая, 2013.
  25. ^ «гипотетический белок EGK_11172, частичный [Macaca mulatta]». Получено 11 мая, 2013.
  26. ^ «ПРОГНОЗИРОВАННЫЙ: альфа-1B-гликопротеин [Callithrix jacchus]». Получено 11 мая, 2013.
  27. ^ "предшественник альфа-1B-гликопротеина [Mus musculus]". Получено 11 мая, 2013.
  28. ^ «ПРОГНОЗИРОВАННЫЙ: альфа-1B-гликопротеин [Felis catus]». Получено 11 мая, 2013.
  29. ^ «ПРОГНОЗИРОВАННЫЙ: альфа-1B-гликопротеиноподобный». Получено 11 мая, 2013.
  30. ^ «ПРОГНОЗИРОВАННЫЙ: альфа-1B-гликопротеин-подобный [Loxodonta africana]».
  31. ^ "Ген A1BG". Институт науки Вайсмана. Получено 10 мая, 2013.
  32. ^ "Поиск сохраненных доменов NCBI". Получено 10 мая, 2013.
  33. ^ "NCBI Blast: последовательность белков". Получено 10 мая, 2013.
  34. ^ а б c Piyaphanee N, Ma Q, Kremen O, Czech K, Greis K, Mitsnefes M, Devarajan P, Bennett MR (июнь 2011 г.). «Открытие и первоначальная проверка фрагментации гликопротеина α 1-B в качестве дифференциального биомаркера в моче при нефротическом синдроме у детей, устойчивом к стероидам». Протеомика: клиническое применение. 5 (5–6): 334–42. Дои:10.1002 / prca.201000110. ЧВК  7039306. PMID  21591266.

внешние ссылки