Институт биокомплексности Технологического института Вирджинии - Biocomplexity Institute of Virginia Tech

Институт биокомплексности
Технологического института Вирджинии
Вирджиния Tech Seal
ДевизУт Просим (латинский )
Девиз на английском языке
Что я могу служить
Учредил2000
Исполнительный директорКрис Барретт
Место расположения
Blacksburg, Арлингтон
,
в Вирджиния
,
Соединенные Штаты
Ежегодный исследовательский портфель68 миллионов долларов[1]
ПринадлежностиТехнологический институт Вирджинии
Интернет сайтbi.vt.edu

Институт биокомплексности Технологического института Вирджинии (ранее Институт биоинформатики Вирджинии) - исследовательская организация, специализирующаяся на биоинформатика, вычислительная биология, и системная биология. В институте работает более 250 человек, в том числе более 50 штатных и научных сотрудников. Исследования в Институте предполагают сотрудничество в различных дисциплинах, таких как математика, информатика, биология, патология растений, биохимия, системная биология, статистика, экономика, синтетическая биология и медицина. Институт разрабатывает атомные и биоинформатические инструменты и базы данных, которые могут быть применены для изучения болезней человека, животных и растений, а также для открытия новых вакцин, лекарств и диагностических целей.

Программы Института поддерживаются множеством государственных и частных агентств, включая Национальные институты здоровья, Национальный фонд науки, Министерство обороны США, Министерство сельского хозяйства США, и Министерство энергетики США. С момента основания Институт биокомплексов получил более 179 миллионов долларов в качестве заочной поддержки. У него есть исследовательский портфель на сумму 68 миллионов долларов в виде грантов и контрактов. Исполнительным директором института был Крис Барретт.

В 2019 году институт был включен в состав Институт наук о жизни Фралина в Технологическом институте Вирджинии после того, как многие преподаватели, включая доктора Барретта, были наняты, чтобы сформировать Институт биокомплексности и инициатива Университета Вирджинии[2]

История

Институт открылся в июле 2000 г. в космосе в г. Центр корпоративных исследований Virginia Tech; на короткое время он размещался в Корпусе XI, затем в Корпусе X, пока в 2002 году он не переехал в Корпус XV, который был предназначен для размещения института.[нужна цитата ] В январе 2005 года он переехал в новое здание на территории главного кампуса Технологического института Вирджинии, названное «Фаза I и II биоинформатики», но сохранило свое существующее пространство в CRC.[нужна цитата ] В 2011 году Институт перенес свой офис в Национальном столичном регионе в здание Технологического института Вирджинии в Арлингтон, Вирджиния.[3] В 2015 году Институт биоинформатики Вирджинии был незаметно переименован и переименован в «Институт биокомплексности».[4] В ноябре 2016 года дом института в главном кампусе Технологического института Вирджинии был посвящен в Стегер-холл в честь бывшего президента Технологического института Вирджинии. Чарльз Стегер.[5]

Основные исследовательские подразделения

Лаборатории передовых вычислений и информатики посвящены "Политической информатике", включая Лабораторию сетевой динамики и моделирования. Он занимается исследованиями и разработками в области моделирования на основе взаимодействия, моделирования и связанного анализа, экспериментального проектирования и инструментов поддержки принятия решений для понимания больших биологических, информационных, социальных и технологических систем. Он включает в себя проект Комплексной национальной системы управления инцидентами по разработке системы для предоставления военным США подробной оперативной информации о населении, пострадавшем от возможного кризиса. Он также включает проект «Моделирование динамики заболеваний в больших, подробных, совместно развивающихся сетях», который поддерживает работу по разработке высокопроизводительных компьютерных моделей для исследования очень больших сетей.

Подразделение киберинфраструктуры разрабатывает методы, инфраструктуру и ресурсы, прежде всего, для исследования инфекционных заболеваний. «Центр интеграции ресурсов патосистем - Центр ресурсов биоинформатики для бактериальных заболеваний» нацелен на объединение информации о патогенах, предоставление ресурсов и инструментов для анализа геномных, протеомных и других данных, полученных в результате исследований инфекционных заболеваний. Он является частью Среднеатлантического регионального центра передового опыта в области биозащиты и исследований возникающих инфекционных заболеваний), который занимается исследованиями, позволяющими обеспечить быструю защиту от биотеррора и новых инфекционные заболевания. В число исследуемых конкретных заболеваний и возбудителей болезней входят: сибирская язва, вирус Западного Нила, оспа, и криптоспоридиоз Подразделение сотрудничает с Джорджтаунский университет и Социальные и научные системы в административном центре Национального института аллергии и инфекционных заболеваний Ресурсный центр исследований протеомики (PRC) для исследовательского проекта Biodefense Proteomics. Команда помогает проектировать, разрабатывать и поддерживать общедоступный веб-сайт, содержащий данные и технологические протоколы, созданные каждым PRC, а также каталог, в котором перечислены реагенты и продукты, доступные для публичного распространения.

Отдел биологических систем разрабатывает вычислительные методы для изучения биохимических сетей с использованием экспериментальных данных. Он разработал COPASI (Complex Pathway Simulator), программный пакет с открытым исходным кодом, который позволяет пользователям с ограниченным опытом в математике создавать модели и симуляции биохимических сетей. Он также разработал GenoCAD, веб-среду компьютерного проектирования для синтетической биологии.

Подразделение медицинской информатики и систем специализируется на генетике и заболеваниях человека, особенно раковых и неврологических расстройствах. Сотрудничает с Carilion Clinics, Школа медицины и исследовательский институт Virginia Tech Carilion, и другие университеты и государственные учреждения.

Основные исследовательские лаборатории

Лаборатория сетевой динамики и моделирования в ACDIL[требуется разъяснение ] разрабатывает программы для моделирования на основе взаимодействия, моделирования и связанного анализа, экспериментального проектирования и инструментов поддержки принятия решений для понимания больших и сложных систем. Чрезвычайно подробное многомасштабное компьютерное моделирование с высоким разрешением позволяет проводить формальные и экспериментальные исследования этих систем.

Лаборатория социальной аналитики и аналитики решений фокусируется на использовании и развитии аналитических технологий в областях политики общественного здравоохранения, национальной и международной политики безопасности, а также государственной и социальной политики.

Лаборатория пищевой иммунологии и молекулярной медицины была основана в 2002 году для исследования фундаментальных механизмов кишечного иммунитета, а также определения биомаркеров и терапевтических мишеней для воспалительных и иммуноопосредованных заболеваний. Центр обнаружил механизм действия, лежащий в основе противовоспалительного действия Конъюгированная линолевая кислота при воспалительном заболевании кишечника, а также при сенсибилизирующем и противовоспалительном эффектах инсулина абсцизовая кислота. Его Центр моделирования иммунитета к кишечным патогенам использует высокопроизводительные вычислительные методы для моделирования и моделирования систем иммунологии человека и помогает иммунологам быстро проводить эксперименты in silico, чтобы сузить экспериментальный дизайн, проверить свои гипотезы и значительно сэкономить время и лабораторные затраты. Эта лаборатория также сотрудничает с Центром глобального здравоохранения Университета Вирджинии, Департаментом гастроэнтерологии и Университетом Северной Каролины в Чапел-Хилл и другими медицинскими школами и ведет несколько клинических испытаний на людях по более безопасным методам лечения воспалительных и иммуноопосредованных заболеваний. Недавно он установил партнерские отношения с отделением гастроэнтерологии клиники Карилион для запуска совместной программы трансляционных исследований воспалительных заболеваний кишечника.

Основные объекты и услуги

Институт занимает более 130 000 квадратных футов (12 000 м²).2) в кампусе Технологического института Вирджинии, в том числе более 40 000 квадратных футов (3700 м2) лабораторного пространства, предназначенного для гибкости и размещения вычислительного и лабораторного оборудования. Институт занимает 5 000 квадратных футов (460 м 2).2) в Александрия, Вирджиния, как часть Национальный столичный регион Технологического института Вирджинии. Инфраструктура института включает основные объекты, которые объединяют возможности высокопроизводительного генерирования данных и анализа данных.

Базовый вычислительный комплекс состоит из трех центров обработки данных, занимающих более 3700 квадратных футов (340 м²).2) с более чем 250 серверами с общим объемом оперативной памяти более 10,5 терабайт, распределенными по более чем 2650 ядрам процессора. Он имеет сеть хранения данных, содержащую более 1 петабайта диска и 3 петабайта ленты, с возможностью расширения до 50 петабайт.

Лаборатория геномных исследований: имеет площадь 6500 квадратных футов (600 м2) лабораторного помещения, расположенного в главном корпусе института. Здесь находится ультрасовременный Roche GS-FLX, Секвенсоры генома Illumina и Ion Torent. Он включает Affymetrix Национальный центр нестандартных массивов для индивидуального проектирования микрочипов, обработки проб и аналитических услуг

Ядро анализа данных: предлагает услугу «под ключ» для анализа -омики и других данных от исходных данных до готовых рукописных рисунков и текста. Он также обеспечивает сборку и аннотацию последовательности Nexgen; дизайн, анализ и интерпретация микрочипов; анализ данных масс-спектрометрии; данные QC; генерация гипотез; экспериментальная конструкция; статистический анализ данных

Образование и пропаганда

Программы K – 12 включают «Детский технический университет» (образовательная исследовательская программа для пробуждения интереса к науке, технологиям, инженерным дисциплинам и математике), студенческий саммит по изменению климата для учителей и студентов и летние стажировки в старших классах.

Программы бакалавриата включают исследовательский опыт для студентов по микробиологии и системной биологии, а также Летний научно-исследовательский институт для иностранных и местных студентов.

Институт является домом для программ магистратуры по геномике, биоинформатике и вычислительной биологии в Технологическом институте Вирджинии и принимает студентов различных факультетов Технологического института Вирджинии.

Рекомендации

  1. ^ https://web.archive.org/web/20151024182741/http://www.vbi.vt.edu/about/. Архивировано из оригинал 24 октября 2015 г.. Получено 31 октября, 2015. Отсутствует или пусто | название = (помощь)
  2. ^ ""После ухода директора Институт биокомплексности Технологического института Вирджинии будет закрыт, будет поглощен"". Получено 27 октября, 2020.
  3. ^ https://web.archive.org/web/20151024182741/http://www.vbi.vt.edu/about/. Архивировано из оригинал 24 октября 2015 г.. Получено 31 октября, 2015. Отсутствует или пусто | название = (помощь)
  4. ^ https://vtnews.vt.edu/articles/2015/12/120115-bi-biocomplexity.html. Получено 3 мая, 2017. Отсутствует или пусто | название = (помощь)
  5. ^ https://www.vt.edu/about/buildings/steger.html. Получено 3 мая, 2017. Отсутствует или пусто | название = (помощь)

внешняя ссылка