C11orf54 - C11orf54
Открытая рамка считывания 54 хромосомы 11 (C11orf54) - это белок что у людей кодируется C11orf54 ген.[5] Ген "Homo sapiens", C11orf54, также известен как PTD012 и PTOD12. C11orf54 экспоната гидролаза действует на п-нитрофенилацетат и действует на сложноэфирные связи, хотя общая функция до сих пор полностью не понята научным сообществом. Белок высококонсервативен с самыми удаленными гомолог найдено в бактериях.[6]
Ген
C11orf54 расположен на хромосома 11 на 11q21. Общие псевдонимы гена - PTD012 и PT0D12. Ген состоит из 13 экзонов и занимает 23730 п.н. C11orf54 фланкируется TAF1D и MED17.[6]
мРНК
Гидролаза сложного эфира протеина c11orf54 существует в виде мономера и состоит из 315 аминокислот. Существует 6 изоформ для C11orf54. См. Таблицу 1.[6]
| Вариант | Изоформа | Длина (п. | Регистрационный номер |
|---|---|---|---|
| 1 | сложноэфирная гидролаза C11orf54 изоформа а | 2726 | NM_001286067.1 |
| 2 | сложноэфирная гидролаза C11orf54 изоформа а | 2589 | NM_001286068.1 |
| 3 | сложноэфирная гидролаза C11orf54 изоформа а | 2594 | NM_001286069.1 |
| 4 | сложноэфирная гидролаза C11orf54 изоформа b | 2444 | NM_014039.3 |
| 5 | сложноэфирная гидролаза C11orf54 изоформа c | 2442 | NM_001286070.1 |
| 6 | сложноэфирная гидролаза C11orf54 изоформа d | 2417 | NM_001286071.1 |
Аминокислотная последовательность содержит область неизвестной функции 1907. В этом транскрипте обнаружен мотив HxHxxxxxxxxxH, который координирует ион цинка, участвующий в активности гидролазы.[7] An Мотив LR гнездо находится в lys262 и Arg263. Мотив гнезда LR образует водородные связи между группами NH и анионами; анион ацетата координирован с гнездом LR.[8]
Протеин
Первичная последовательность
В таблице 2 показаны различные характеристики белковой последовательности у людей и других ортологов.[9]
| Организм | Молекулярный вес (килодальтон) | Изоэлектрическая точка | Аминокислоты с высоким смещением | Повторяется |
|---|---|---|---|---|
| Человек | 35.1 | 5.9 | F | AEFS |
| Мышь | 35.0 | 5.9 | ЧАС | Никто |
| 13 Морщинистый суслик | 35.1 | 6.0 | F, H | PAEF |
| Гигантская панда | 35.2 | 6.5 | F | PAEF |
Вторичная структура
Белок C11orf54 существует в растворе в виде мономера. Белок принимает шарообразную форму размером 20 бета-нити и 4 альфа спирали, содержащий 9 антипараллельных бета-цепей, образующих область бета-винта. Область β-винта C11orf54 имеет структурное сходство с циклическим аденозин-3 ', 5'-монофосфат (цАМФ) связывающим доменом регуляторной субъединицы протеинкиназы А. Ион цинка связан с мотивом HxHxxxxxxxxxH, обнаруженным в последовательности.[7]
Субклеточная локализация
C11orf54, по прогнозам, локализуется на 60,9% в цитоплазме, 21,7% в ядре, 13,0% в митохондриях и 4,3% в аппарате Гольджи.[10]
Выражение и посттрансляционные модификации
Смотрите изображение один.[11][12] Белок высоко экспрессируется в почках и умеренно в надпочечниках, толстой кишке, печени, семенниках и щитовидной железе.[13]
Гомология
Паралоги
Для C11orf54 нет паралогов.[5]
Ортологи
Протеин сложноэфирная гидролаза C11orf54 имеет множество ортологов (см. Таблицу). Она высококонсервативна (идентичность 60–100%) у млекопитающих, рептилий, птиц и рыб. Белок умеренно консервативен (идентичность 30-59,99%) у беспозвоночных, амфибий, Cnidaria, Mollusca, грибов и бактерий. В архее не сохраняется.[9] Самые далекие ортологи - бактерии. На рис. 2 показано неукорененное филогенетическое древо некоторых ортологов C11orf54.[5]
| Разновидность | Распространенное имя | Учебный класс | Регистрационный номер | Процент идентичности | Дивергенция (медиана MYA) |
|---|---|---|---|---|---|
| Микротус охрогастер | Степная полевка | млекопитающие | XP_005346877.1 | 87.0 | 88 |
| Chelonia mydas | Зеленая морская черепаха | рептилии | XP_007069537.1 | 72.8 | 320 |
| Xenopus tropicalis | Бирманский питон | рептилии | XP_007434894.1 | 70.9 | 320 |
| Питон бивиттатус | Красная джунглевая птица | Пр. | NP_001264206.1 | 73.4 | 320 |
| Gallus gallus | Обыкновенная кукушка | Пр. | XP_009564677.1 | 72.5 | 320 |
| Cuculus canorus | Южный Platyfish | Актиноптеригии | XP_005800827.1 | 65.2 | 432 |
| Xiphophorus maculatus | Данио | Актиноптеригии | NP_997781.1 | 62.4 | 432 |
| Данио Рерио | Желудь червь | Энтеропнеуста | XP_002738479.1 | 55.6 | 627 |
| Saccoglossus kowalevskii | Атлантический краб-подкова | Меростомы | XP_013785734.1 | 56.6 | 758 |
| Лимулус полифем | Западная когтистая лягушка | Амфибия | XP_012812415.1 | 55.1 | 353 |
| Crassostrea gigas | Тихоокеанская устрица | Двустворчатые моллюски | XP_011412414.1 | 50.0 | 758 |
| Tribolium castaneum | Красный мучной жук | Насекомое | XP_968861.1 | 49.0 | 758 |
| Drosophila bipectinata | Плодовая муха | Насекомое | XP_017103988.1 | 46.0 | 758 |
| Megachile rotundata | Пчела-листорезка люцерны | Насекомое | XP_003702672.1 | 44.8 | 758 |
| Zymoseptoria brevis | грибы | Дотидеомицеты | KJX93246.1 | 36.5 | 1150 |
| Cladophialophora carrionii | грибы | Дотидеомицеты | OCT48531.1 | 35.8 | 1150 |
| Альтернативная альтернатива | грибы | Дотидеомицеты | XP_018384285.1 | 36.2 | 1150 |
| Candidatus Pelagibacter ubique | бактерии | Бактерии | WP_075504325.1 | 34.5 | 4090 |
| Бактерия Pelagibacteraceae | бактерии | Бактерии | OCW82973.1 | 34.1 | 4090 |
Функция
Координация C11orf54 с ионом цинка через три гистидина и ацетат-анион, вероятно, указывает на то, что функция белка является ферментативной реакцией как гидролаза сложного эфира. Белок имеет высокое число оборотов при взаимодействии с п-нитрофенилацетат (0,042 с-1) по сравнению со скоростью оборота 1 с-1, обнаруженной в другом ферменте (бычья карбоангидраза II), который реагирует с п-нитрофенилацетат.[7]
Взаимодействующие белки
| Название белка | Сокращение |
|---|---|
| Убиквитин С | UBC |
| Коллаген, тип IV, альфа 3 | COL4A3 |
| Взаимодействие рецепторов гормонов щитовидной железы 13 | TRIP13 |
| Полипептид типа DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) 60-подобный | DDX60L |
| Глутамин-фруктозо-6-фосфаттрансаминаза 2 | GFPT2 |
| Виралицидная активность суперкиллера 2-подобная (S. cerevisiae) | SKIV2L |
| OTU домен, связывание альдегида убиквитина 1 | OTUB1 |
Рекомендации
- ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000182919 - Ансамбль, Май 2017
- ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000031938 - Ансамбль, Май 2017
- ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ а б c "Ген Энтреза: C11orf54 хромосома 11 открытая рамка считывания 54".
- ^ а б c d "C11orf54". NCBI Gene. NCBI (Национальный центр биотехнологической информации).
- ^ а б c Manjasetty BA, Büssow K, Fieber-Erdmann M, Roske Y, Gobom J, Scheich C, Götz F, Niesen FH, Heinemann U (апрель 2006 г.). «Кристаллическая структура Homo sapiens PTD012 показывает цинксодержащую гидролазную складку». Белковая наука. 15 (4): 914–20. Дои:10.1110 / пс. 052037006. ЧВК 2242484. PMID 16522806.
- ^ Лэнгтон MJ, Серпелл CJ, Пивной PD (2016). «Распознавание анионов в воде: последние достижения в супрамолекулярной и макромолекулярной перспективе». Angewandte Chemie International Edition. 55 (6): 1974–87. Дои:10.1002 / anie.201506589. ЧВК 4755225. PMID 26612067.
- ^ а б Субраманиам S (1998). «The Biology Workbench - бесшовная база данных и среда анализа для биолога». Белки. 32 (1): 1–2. Дои:10.1002 / (SICI) 1097-0134 (19980701) 32: 1 <1 :: AID-PROT1> 3.0.CO; 2-Q. PMID 9672036.
- ^ Бриземейстер С., Раненфюрер Дж., Кольбахер О. (2010). «Откуда к зачем - интерпретируемое предсказание субклеточной локализации белка». Биоинформатика. 26 (9): 1232–8. Дои:10.1093 / биоинформатика / btq115. ЧВК 2859129. PMID 20299325.
- ^ Блом Н., Гаммельтофт С., Брунак С. (1999). «Последовательность и предсказание на основе структуры сайтов фосфорилирования эукариотических белков». Журнал молекулярной биологии. 294 (5): 1351–62. Дои:10.1006 / jmbi.1999.3310. PMID 10600390.
- ^ Гупта Р., Брунак С. (2002). «Прогнозирование гликозилирования протеома человека и корреляция с функцией белка». Тихоокеанский симпозиум по биокомпьютингу. Тихоокеанский симпозиум по биокомпьютингу: 310–22. Дои:10.1142/9789812799623_0029. ISBN 978-981-02-4777-5. PMID 11928486.
- ^ Улен М., Фагерберг Л., Халльстрём Б.М., Линдског С., Оксволд П., Мардиноглу А. и др. (Январь 2015 г.). «Протеомика. Тканевая карта протеома человека». Наука. 347 (6220): 1260419. Дои:10.1126 / science.1260419. PMID 25613900. S2CID 802377.
- ^ Франческини А., Шкларчик Д., Франкильд С., Кун М., Симонович М., Рот А., Лин Дж., Мингез П., Борк П., фон Меринг С., Йенсен Л. Дж. (2013). «STRING v9.1: сети белок-белкового взаимодействия с расширенным охватом и интеграцией». Исследования нуклеиновых кислот. 41 (Выпуск базы данных): D808–15. Дои:10.1093 / нар / гкс1094. ЧВК 3531103. PMID 23203871.
дальнейшее чтение
- Маруяма К., Сугано С. (январь 1994 г.). «Олиго-кэппинг: простой метод замены кэп-структуры эукариотических мРНК олигорибонуклеотидами». Ген. 138 (1–2): 171–4. Дои:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID 8125298.
- Судзуки Ю., Ёситомо-Накагава К., Маруяма К., Суяма А., Сугано С. (октябрь 1997 г.). «Создание и характеристика полноразмерной библиотеки кДНК, обогащенной по 5'-концу». Ген. 200 (1–2): 149–56. Дои:10.1016 / S0378-1119 (97) 00411-3. PMID 9373149.
- Wiemann S, Weil B, Wellenreuther R, Gassenhuber J, Glassl S, Ansorge W, Böcher M, Blöcker H, Bauersachs S, Blum H, Lauber J, Düsterhöft A, Beyer A, Köhrer K, Strack N, Mewes HW, Ottenwälder B , Обермайер Б., Тампе Дж., Хойбнер Д., Вамбутт Р., Корн Б., Кляйн М., Поустка А. (март 2001 г.). «К каталогу генов и белков человека: секвенирование и анализ 500 новых полных белков, кодирующих кДНК человека». Геномные исследования. 11 (3): 422–35. Дои:10.1101 / гр. GR1547R. ЧВК 311072. PMID 11230166.
- Simpson JC, Wellenreuther R, Poustka A, Pepperkok R, Wiemann S (сентябрь 2000 г.). «Систематическая субклеточная локализация новых белков, идентифицированных с помощью крупномасштабного секвенирования кДНК». Отчеты EMBO. 1 (3): 287–92. Дои:10.1093 / embo-reports / kvd058. ЧВК 1083732. PMID 11256614.
- Ван Д, Гун И, Цинь В, Чжан П, Ли Дж, Вэй Л, Чжоу Х, Ли Х, Цю Х, Чжун Ф, Хэ Л, Ю Дж, Яо Г, Цзян Х, Цянь Л, Ю Й, Шу Х , Чен X, Сюй Х, Го М, Пан З, Чен И, Ге Ц, Ян С., Гу Дж (ноябрь 2004 г.). «Крупномасштабный скрининг трансфекции кДНК генов, связанных с развитием и прогрессированием рака». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 101 (44): 15724–9. Bibcode:2004PNAS..10115724W. Дои:10.1073 / pnas.0404089101. ЧВК 524842. PMID 15498874.
- Руал Дж. Ф., Венкатесан К., Хао Т., Хирозане-Кишикава Т., Дрикот А., Ли Н., Беррис Г. Ф., Гиббонс Ф. Д., Дрезе М., Айви-Гедехуссу Н., Клитгорд Н., Саймон К., Боксем М., Мильштейн С., Розенберг Дж., Голдберг DS, Zhang LV, Wong SL, Franklin G, Li S, Albala JS, Lim J, Fraughton C, Llamosas E, Cevik S, Bex C, Lamesch P, Sikorski RS, Vandenhaute J, Zoghbi HY, Smolyar A, Bosak S, Sequerra R, Doucette-Stamm L, Cusick ME, Hill DE, Roth FP, Vidal M (октябрь 2005 г.). «К карте протеомного масштаба сети взаимодействия белок-белок человека». Природа. 437 (7062): 1173–8. Bibcode:2005 Натур.437.1173R. Дои:10.1038 / природа04209. PMID 16189514. S2CID 4427026.