C17orf98 - C17orf98

C17orf98
Белок-20180225191330.png
Идентификаторы
ПсевдонимыC17orf98, хромосома 17 открытая рамка считывания 98
Внешние идентификаторыMGI: 1919465 ГомолоГен: 19140 Генные карты: C17orf98
Расположение гена (человек)
Хромосома 17 (человек)
Chr.Хромосома 17 (человек)[1]
Хромосома 17 (человек)
Геномное расположение C17orf98
Геномное расположение C17orf98
Группа17q12Начинать38,835,088 бп[1]
Конец38,841,455 бп[1]
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

388381

72215

Ансамбль

ENSG00000275489
ENSG00000276913

ENSMUSG00000018543

UniProt

A8MV24

Q9DAQ5

RefSeq (мРНК)

NM_001080465

NM_028156

RefSeq (белок)

NP_001073934

NP_082432

Расположение (UCSC)Chr 17: 38,84 - 38,84 МбChr 11: 97.77 - 97.78 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

C17orf98 представляет собой белок, который у человека кодируется геном c17orf98. Белок получен из Homo sapiens хромосома 17.[5] Ген C17orf98 состоит из 6302 нуклеотидных последовательностей. Его мРНК имеет три экзона и не имеет альтернативных сайтов сплайсинга. Белок содержит 154 аминокислоты, без аномальных уровней аминокислот.[6] C17orf98 имеет область неизвестной функции (DUF4542) и весит 17,6 кДа.[7][8] C17orf98 не принадлежит ни к каким другим семействам и не имеет изоформ.[9] Белок имеет ортологи с высоким процентом сходства у млекопитающих и рептилий. У белка есть дополнительные отдаленно связанные ортологи по всему миру. многоклеточный королевство, кульминацией которого стала семья губок.[10]

Известно, что, как и большинство белков, C17orf98 сильно экспрессируется в семенниках.[11] Также известно, что этот белок имеет повышенный уровень при раке.[11] Было показано, что белок экспрессируется вблизи или внутри промежуточные нити и ядрышко.[11] Кроме того, c17orf98 содержит факторы транскрипции, которые также активны в гемопоэтические стволовые клетки, то иммунная система, а сердечно-сосудистая система, среди прочего.[12] Этот ген чрезмерно экспрессируется при многих типах рака, включая почечный светлоклеточный рак и плоскоклеточный рак легкого.[13] Анализ мотивов и факторов транскрипции указывает на то, что c17orf98 играет роль в пролиферации, особенно в пролиферации иммунных клеток.

Ген

Фон

Ген C17orf98 состоит из 6 303 оснований. Он имеет три экзона и два больших интрона. У гена нет альтернативных сайтов сплайсинга.[14] 5 ' UTR последовательность C17orf98 высококонсервативна у приматов. Не удалось определить совпадений 5 'UTR, не относящихся к млекопитающим.[15][16] C17orf98 имеет 11 Алу повторяется.[17]

Усилители

GeneCards определила, что C17orf98 имеет пять усилитель последовательности. Роль последовательностей может дать представление о функции C17orf98. Четыре из пяти энхансеров активны в тимусе. Все пять энхансеров активны в hESC H1. Кроме того, все пять энхансеров активны в iPS DF 19.11, полученном из фибробластов крайней плоти.[18]

Факторы транскрипции

Промотор C17orf98 имеет много сайтов связывания факторов транскрипции.[19] Факторы транскрипции C17orf98 обычно обнаруживаются в гемопоэтических клетках, соединительной ткани, сердечно-сосудистой ткани и иммунной системе. Наличие Krueppel как факторы транскрипции предполагает роль c17orf 98 в пролиферации или апоптозе. Наличие SMAD указывает на участие в пути TGF-β, в то время как присутствие Мой с родственные факторы транскрипции указывают на потенциальную функцию пролиферации белка. Кроме того, другие факторы транскрипции C17orf98, такие как RBPJ-Kappa участвуют в пролиферации и передаче сигналов.

Варианты

Многочисленные SNP были обнаружены в 5 'UTR, 3' UTR и кодирующей области c17orf98.[20] Несколько SNP были обнаружены в высококонсервативных регионах. Всего в высококонсервативных аминокислотах было обнаружено четыре SNP. Один SNP был обнаружен в последовательности стартового кодона. Из этих пяти у трех SNP находился на третьей позиции кодона. Из-за гипотеза колебания, три из пяти SNP не будут влиять на общую структуру белка.

мРНК

C17orf98 не имеет сайтов связывания miRNA.[21] Его мРНК имеет низкое содержание (0,44%).[22] Последовательность мРНК имеет три гексалупа, ни один из которых не является значимым.[23]

Протеин

Первичная структура

C17orf98 представляет собой белок 17,6 кДа.[8] Отдаленные ортологи на 5-6 кДа больше, но некоторые расхождения происходят из-за добавленной последовательности NLS, которая Homo sapiens не имеет кластеров положительного или отрицательного заряда. Нет трансмембранных компонентов. Изоэлектрическая точка составляет 9,80 / 17564,67 пИ / МВт.[24] C17orf98 гидрофобен и растворим.

Вторичная структура и сайты фосфорилирования

Вторичная и третичная структура

Вторичная структура c17orf98 состоит как из бета-листов, так и из альфа-спиралей (см. Диаграмму справа). Результаты подтверждаются третичной структурой, однако номера альфа-спиралей и бета-листов немного отличаются (см. Диаграмму справа).

Мотивы и сайты связывания

Нет N-концевых сигнальных пептидов. Мотивов спайности не обнаружено. Нет никаких сигналов удержания мембраны ER, ни пероксисомного сигнала нацеливания. SKL2 отсутствует, следовательно, вторичный пероксисомный сигнал отсутствует. Нет никаких вакуолярных нацеленных сигналов. Отсутствуют мотивы связывания РНК или актинин-связывающие мотивы актининового типа. Нет никаких паттернов N-миристоилирования или пренилирования.[25]

ШВЕЙЦАРСКАЯ МОДЕЛЬ 3D-структура c17orf98

Программа поиска киназ в Cuckoo определила сайты связывания киназ для c17orf98. Существует множество сайтов фосфорилирования серин / треонин и тирозинкиназы.[26] Сайты связывания серин- и треонинкиназ являются наиболее распространенными выше статистически значимого порога. Сайтов SUMOylation нет.[27] Ген C17orf98 имеет шесть сайтов в последовательности возможных Сайты O-GlcNAc.[28] Высококонсервативными аминокислотными сайтами O-GlcNAc являются 24, 32, 117 и 142. Посттрансляционная модификация O-GlcNAc происходит на остатках Ser / Thr, особенно на онкогенах, супрессорах опухолей и белках, участвующих в передаче сигналов фактора роста.[29]

C17orf98 имеет мотив Caspase3 / 7, который может расщепляться либо Caspase 3, либо 7.[30] Это подтверждает идею о том, что C17orf98 участвует в пролиферации, поскольку проапоптотическая каспаза хотела бы разрушить любой белок, управляющий пролиферацией. Белок также имеет мотив, с которым связывается пептидил-пролил цис-транс-изомераза NIMA, взаимодействующая 1 (Pin1).[30] Повышенная регуляция Pin1 участвует в развитии рака и иммунных расстройств.[31] Это подтверждает утверждение, что C17orf98 участвует в раке, иммунных клетках и, возможно, раке иммунной системы. Кроме того, белок C17orf98 имеет сайт IBM, где связываются ингибиторы апоптоза (IAP).[30] Это еще раз подтверждает идею о том, что C17orf98 участвует в подавлении апоптоза и, по логике, вызывает рак. Кроме того, в C17orf98 есть мотивы, в которых GRB2 Связывается домен SH2. GRB2 - это адаптерный белок, участвующий в сигнальном пути RAS, пути, который при нарушении регуляции вызывает неконтролируемую пролиферацию.

Аминокислотная последовательность

Дупликация могла произойти в положениях 59–71.

Homo sapiens

MAYLSECRLRLEKGFILDGVAVSTAARAYGRSRPKLWSAIPPYNAQQDYHARSYFQ SHVVPPLLRVVPPLLRKTDQDHGGTGRDGWIVDYIHIFGQGQRYLNRRNWAGTGHSALGYQADLNWAGTGHSALGYQADLNGPLV

Связанные белки

Связанные белки неизвестны.[32][33][34][35]

Выражение

Изобилие белка в Homo sapiens весь организм довольно низкий. По другим видам данных нет.[36] Атлас мозга Аллена не дает атласа мозга для c17orf98.[37]

Субклеточная локализация

Было обнаружено, что белок C17orf98 экспрессируется в промежуточные филаменты и ядрышки.[38] Антитело C17orf98 доступно от Sigma-Aldrich.[39] Кроме того, C17orf98 локализуется в цитоплазме. Дистанционно родственные ортолги c17orf98 в таких организмах, как Macrostomum lignano и Амфимедон королевский проявляют ядерную экспрессию.[40] Сигналы ядерной локализации присутствуют у отдаленно родственных организмов в неконсервативных сайтах. Результатом предсказания k-NN является цитоплазматическая локализация.[41] C17orf98 не является сигнальным пептидом.[42] Белок растворимый.[43]

Ткань

Как и большинство белков, белок C17orf98 сильно экспрессируется в семенниках.[44] Белок экспрессируется в тканях взрослого человека, а также в тканях плода. Было обнаружено, что белок слабо экспрессируется в соединительной ткани.[45] Кроме того, экспрессия наблюдалась в сперме, эпителиальных клетках груди и различных клетках иммунной системы.[46]

Клиническое значение

Рак

Экспрессия белка повышена у многих онкологических больных. В частности, было показано, что экспрессия белка высока в толстой кишке, груди, простате и легких.[47] C17orf98 также экспрессируется при папиллярном раке щитовидной железы.[48] Кроме того, мутации были обнаружены в c17orf98 при раке эндометрия, желудка, колоратуры и почек.[49] Экспрессия C17orf98 повышена у онкологических больных с BRCA. У пациентов со светлоклеточной карциномой почек экспрессия c17orf98 резко снижается по сравнению с незлокачественным состоянием.[13] У 80% пациентов с хромофобным почечно-клеточным раком присутствовала по крайней мере одна дупликация гена c17orf98.[13]

Другие условия

Экспрессия белка ниже у мужчин с тератозооспермия по сравнению с теми, у кого нет.[50] Многие эксперименты с Geo Profile были проведены с C17orf98, однако ни один из них не дал данных, показывающих значительное изменение экспрессии.[51]

Эволюция

C17orf98 - это медленно мутирующий белок. Это напоминает цитохром с в скорости расходимости, определяемой уравнениями молекулярных часов.[52]

Некорневое филогенетическое дерево c17orf98 с 20 ортологами (см. Таблицу ниже)

Паралоги

Нет известных Homo sapiens паралоги для C17orf98.[53]

Ортологи

Белок C17orf98 имеет дополнительные отдаленно связанные ортологи в царстве многоклеточных животных. Самый дальний ее родственник - из семейства губчатых. Нет известного ортолога гребневиков, нематод, бактерий, грибов, растений или рыбок данио.[10] Всего две рыбы с геном C17orf 98. Модельные организмы, такие как Caenorhabditis elegans, и Drosophila melanogaster, нет гена.

C17orf98 Ортологи[10]

Последовательность #Род и видыРаспространенное имяНомер доступаДлина белкаMYA DivSeq IdУверенность
1Homo sapiensЧеловекNP_0010739341540100%на
2Camelus ferusДикий двугорбый верблюдXP_0061764361549683%2.00E-94
3Pteropus alectoЧерная летучая лисицаXP_0069247841549681%1.00E-92
4Lipotes vexiliferДельфин реки ЯнцзыXP_0074652081549681%6.00E-89
5Condylura cristatКрот-звездочкаXP_0046843221549675%5.00E-78
6Myotis brandtiiЛетучая мышь БрандтаEPQ050641719678%6.00E-78
7Мармата мармата марматаАльпийский сурокXP_015362150.11549081%3.00E-94
8Octodon degusЧилийский грызунXP_0046339311539073%1.00E-76
9Аллигатор китайскийКитайский аллигаторXP_00602263015431263%8.00E-68
10Анолис каролиненсисЯщерицаXP_00322255315431262%6.00E-67
11Xenopus laevisАфриканская когтистая лягушкаXP_01809022824435251%4.00E-38
12Ринкодон типКитовая акулаXP_020388051.116447653%5.00E-52
13Acanthaster planciМорская звездаXP_02208646320968448%1.00E-37
14Mizuhopecten yessoensisГребешокXP_02134030127579745%5.00E-06
15Lottia giganteaМорская улиткаXP_00906387617379745%2.00E-37
16Lingula anatineКорпус лампыXP_013388744.121179743%2.00E-35
17Биомфалария глабратаПресноводная улиткаXP_01308831719879741%6.00E-15
18Nematostella vectensisАктинииXP_00162961617382448%2.00E-35
19Stylophora pistillataКоралловыйXP_02279512522682446%3.00E-38
20Macrostonum lignanoПлоский червьPAA7361523582436%4.00E-25
21Амфимедон королевскийГубкаXP_003389909275951.832%2.00E-12

Рекомендации

  1. ^ а б c ENSG00000276913 GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000275489, ENSG00000276913 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000018543 - Ансамбль, Май 2017
  3. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ^ Зоди М.С., Гарбер М., Адамс Д.Д., Шарп Т., Харроу Дж., Лупски Дж. Р. и др. (Апрель 2006 г.). «Последовательность ДНК хромосомы 17 человека и анализ реаранжировки в человеческой линии». Природа. 440 (7087): 1045–9. Bibcode:2006 Натур.440.1045Z. Дои:10.1038 / природа04689. ЧВК  2610434. PMID  16625196.
  6. ^ Запись PSORT II на c17orf98 https://psort.hgc.jp/form2.html
  7. ^ Запись консервативных доменов NCBI C17orf98
  8. ^ а б ENMBL-EBI SAPS запись на c17orf98
  9. ^ "BLAST: Базовый инструмент поиска местного выравнивания". blast.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2 мая 2018.
  10. ^ а б c «Protein BLAST: поиск в базах данных белков с помощью белкового запроса». blast.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2 мая 2018.
  11. ^ а б c Запись в атласе белков человека на c17orf98
  12. ^ Genomatix El Derado etnry на c17orf98
  13. ^ а б c Запись TissGDB на c17orf98
  14. ^ Запись acieview на c17orf98
  15. ^ Запись ClustalW на c17orf98 5 ’UTR
  16. ^ Запись NCBI Blast на c17orf98 5 ’UTRhttps://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastn&PAGE_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blastho мне
  17. ^ Genomatix El Derado etnry на c17orf98[постоянная мертвая ссылка ]
  18. ^ База данных, генокарты Human Gene. «Ген C17orf98 - Генные карты - Белок CQ098 - Антитело CQ098». www.genecards.org. Получено 2 мая 2018.
  19. ^ "Genomatix El Derado etnry на c17orf98".[постоянная мертвая ссылка ]
  20. ^ Средство просмотра данных генома NCBI
  21. ^ Запись сканирования цели на c17orf98 http://www.targetscan.org/cgibin/targetscan/vert_71/view_gene.cgi?rs=ENST00000398575.4&taxid=9606&showcnc=0&shownc=0&shownc_nc=&showncf1=&showncf2=&subset=1[постоянная мертвая ссылка ]
  22. ^ Запись pax-db на c17orf98
  23. ^ "Запись mFold на c17orf98 5 'UTR".[постоянная мертвая ссылка ]
  24. ^ ExPASy pI / mW entry на c17orf98 https://web.expasy.org/cgi-bin/compute_pi/pi_tool[постоянная мертвая ссылка ]
  25. ^ Запись PSort II на C17orf98[постоянная мертвая ссылка ]
  26. ^ GPS-запись Bio Cockoo на C17orf98 http: //gps.biocu[постоянная мертвая ссылка ]
  27. ^ Запись GPS Sumo на c17orf98
  28. ^ Запись YinOyang на c17orf98http://www.cbs.dtu.dk/services/YinOYang/
  29. ^ Ганновер, Джон А .; Краузе, Майкл В .; С любовью, Дона К. (2010). «Путь передачи сигналов гексозамина: цикл O-GlcNAc во время застолья или голода». Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Общие предметы. 1800 (2): 80–95. Дои:10.1016 / j.bbagen.2009.07.017. ЧВК  2815088. PMID  19647043.
  30. ^ а б c Поиск эукариотических линейных мотивов по аминокислотной последовательности c17orf98
  31. ^ Эсно С., Браун Р.К., Шен З.Дж., Сян З., Хенингер Э., Лав Р.Б., Сандор М., Мальтер Дж.С. (февраль 2007 г.). «Pin1 модулирует иммунный ответ 1 типа». PLOS ONE. 2 (2): e226. Bibcode:2007PLoSO ... 2..226E. Дои:10.1371 / journal.pone.0000226. ЧВК  1790862. PMID  17311089.
  32. ^ Запись BioGrid на c17orf98
  33. ^ Запись MINT на c17orf98
  34. ^ STRING запись на C17orf98
  35. ^ PSICQUIC Просмотреть запись на c17orf98
  36. ^ запись pax-db на c17orf98 https://pax-db.org/protein/1858623#
  37. ^ "Данные микромассивов :: Атлас мозга Аллена: мозг человека". human.brain-map.org. Получено 2018-05-06.
  38. ^ Атлас белков человека (сигма), запись на c17orf98 https://www.proteinatlas.org/ENSG00000275489‐C17orf98/cell[постоянная мертвая ссылка ]
  39. ^ Запись Sigma Aldrich на c17orf98 https://www.sigmaaldrich.com/catalog/product/sigma/hpa051696?lang=en®ion=US
  40. ^ Запись PSORT II в аминокислотной последовательности c17orf98 https://psort.hgc.jp/form2.html
  41. ^ Запись PSort II на C17orf98 https://psort.hgc.jp/cgi-bin/runpsort.pl[постоянная мертвая ссылка ]
  42. ^ Запись DTU Bioinformatics на c17orf98
  43. ^ Вход Expasy Sosui на C17orf98
  44. ^ Запись Protein Atlas на c17orf98
  45. ^ NCBI Unigene запись на c17orf98 www.ncbi.nlm.nih.gov/UniGene/clust.cgi?UGID=169593&TAXID=9606&SEARCH=c17orf98
  46. ^ "Биографическая запись GPS на c17orf98".
  47. ^ Атлас белков человека (сигма), запись на c17orf98 https://www.proteinatlas.org/ENSG00000275489-C17orf98/cell
  48. ^ NCBI GeoProfiles запись на c17orf98https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geoprofiles
  49. ^ Запись фосфосита на c17orf98 https://www.phosphosite.org/proteinAction.action?id=5156341&showAllSites=true
  50. ^ «C17orf98 - Тератозооспермия (HG-U133 2.0)».
  51. ^ "Запись NCBI GeoProfiles на c17orf98".
  52. ^ "Молекулярные часы и оценка дивергенции видов - изучение науки в Scitable". www.nature.com. Получено 2 мая 2018.
  53. ^ Взрывная запись на c17orf98 https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE=Proteins