C1orf185 - C1orf185
C1orf185 | |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||
Псевдонимы | C1orf185, открытая рамка считывания хромосомы 1 185 | ||||||||||||||||||||||||
Внешние идентификаторы | MGI: 1914896 ГомолоГен: 49856 Генные карты: C1orf185 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Ортологи | |||||||||||||||||||||||||
Виды | Человек | Мышь | |||||||||||||||||||||||
Entrez | |||||||||||||||||||||||||
Ансамбль | |||||||||||||||||||||||||
UniProt | |||||||||||||||||||||||||
RefSeq (мРНК) | |||||||||||||||||||||||||
RefSeq (белок) | |||||||||||||||||||||||||
Расположение (UCSC) | Chr 1: 51.1 - 51.15 Мб | Chr 4: 109,51 - 109,53 Мб | |||||||||||||||||||||||
PubMed поиск | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
Викиданные | |||||||||||||||||||||||||
|
Открытая рамка считывания хромосомы 1 185, также известен как C1orf185, это белок что у людей кодируется C1orf185 ген. У людей C1orf185 представляет собой слабоэкспрессируемый белок, который, как было обнаружено, иногда экспрессируется в сердечно-сосудистая система.[5][6]
Ген
C1orf185 расположен на хромосоме 1 у человека на положительной цепи между основаниями 51,102,221 и 51,148,086.[7] В основной изоформе сплайсинга 5 экзонов, однако количество и выбор экзонов варьируются в зависимости от изоформы.[7]
мРНК и изоформы белков
C1orf185 имеет 5 различных сплайсинг изоформ в людях.[7]
Изоформа | присоединение мРНК | Присоединение белка | Длина транскрипта (бит) | Длина белка (AA) |
---|---|---|---|---|
неохарактеризованный белок C1orf185 | NM_001136508.2 | NP_001129980.1 | 921 | 199 |
неохарактеризованный белок C1orf185 изоформа X1 | XM_011541282.2 | XP_011539584.1 | 787 | 195 |
неохарактеризованный белок C1orf185 изоформа X2 | XM_024446525.1 | XP_024302293.1 | 586 | 116 |
нехарактеризованный белок C1orf185 изоформа X3 | XM_024446528.1 | XP_024302296.1 | 420 | 116 |
нехарактеризованный белок C1orf185 изоформа X4 | XM_024446529.1 | XP_024302297.1 | 367 | 107 |
Протеин
C1orf185 является членом семейства белков pfam15842, содержащих домен с неизвестной функцией, DUF4718.[10] Это семейство белков имеет длину от 130 до 224 аминокислот и встречается только у эукариот.
Основная изоформа сплайсинга C1orf185 имеет молекулярную массу 22,4 кДа.[11] и изоэлектрическая точка 7,67.[12] Он содержит трансмембранный домен с 15 по 37.[7] Существует также консервативная богатая серином область от S123 до S142, которая, возможно, может указывать на функцию «активатора сплайсинга».[13]
C1orf185 содержит 3 первичных субклеточных домена: внеклеточный домен, который охватывает аминокислоты с позиций с 1 по 14, трансмембранный домен с позиций 15-37 и большой внутриклеточный домен с позиций 38-199.[14]
Ниже прогнозируются вторичный и высшее структуры C1orf185, смоделированные с помощью Chou-Fasman[15] инструмент прогнозирования вторичной структуры и I-TASSER[16] инструмент для прогнозирования структуры и функции белков. Чжоу-Фасман предсказывает смесь α-спирали, β-листы, и другие структурные витки и катушки, которые можно увидеть смоделированными на основе прогноза I-TASSER.
Регулирование выражения
Регулирование уровня генов
Ниже представлена диаграмма, показывающая расположение предполагаемых сайтов связывания факторов транскрипции в промоторе C1orf185, а также таблица, описывающая атрибуты каждого отдельного сайта связывания. Факторы транскрипции были найдены и проанализированы с помощью инструмента ElDorado от Genomatix.[17]
Фактор транскрипции | Подробная информация о матрице | Матричное сходство | Последовательность | +/- |
VTATA.02 | Коробка LTR TATA млекопитающих типа C | 0.91 | tgtcaTAAAaacattcc | + |
NKX25.05 | Фактор гомеодомена Nkx-2.5 / Csx | 0.986 | tttttTGAGtgaagtcttg | - |
CDX1.01 | Кишечный специфический гомеодоменный фактор CDX-1 | 0.988 | ttgccctTTTAtgaaaaaa | + |
VTATA.02 | Коробка LTR TATA млекопитающих типа C | 0.914 | acttTAAAaataagca | - |
ERG.02 | v-ets гомолог онкогена E26 вируса эритробластоза | 0.942 | gtctcaaaGGAAaataaaaag | - |
SPI1.02 | Протоонкоген SPI-1; фактор гемопоэтической транскрипции PU.1 | 0.992 | attaaagaGGAAgtctcaaag | - |
FHXB.01 | Гомологичный X вилочной головки связывает ДНК со специфичностью двойной последовательности (FHXA и FHXB) | 0.831 | ttctaaATAAcacattt | - |
TGIF.01 | TG-взаимодействующий фактор, относящийся к классу гомеодоменных факторов TALE | 1 | tctataaatGTCAatta | + |
ZNF219.01 | Круппел-подобный белок цинковых пальцев 219 | 0.913 | ctccaCCCCcgtcagcccaaagg | + |
ZBP89.01 | Фактор транскрипции цинкового пальца ZBP-89 | 0.956 | catctccaCCCCcgtcagcccaa | + |
CREB.02 | белок, связывающий цАМФ-чувствительный элемент | 0.922 | cctttgggcTGACgggggtgg | - |
FOXP1_ES.01 | Альтернативный вариант сплайсинга FOXP1, активированный в ESC | 1 | tcataaaAACAttccag | - |
VTATA.02 | Коробка LTR TATA млекопитающих типа C | 0.895 | tgtcaTAAAaacattcc | - |
CREB1.02 | белок 1, связывающий цАМФ-чувствительный элемент | 0.949 | tggaaGTGAtgtcataaaaac | - |
SPI1.02 | Протоонкоген SPI-1; фактор гемопоэтической транскрипции PU.1 | 0.979 | atttgagtGGAAgtgatgtca | - |
NKX25.05 | Фактор гомеодомена Nkx-2.5 / Csx | 0.994 | gaattTGAGtggaagtgat | - |
MESP1_2.01 | Задняя мезодерма 1 и 2 | 0.917 | cagtCATAtggct | + |
MESP1_2.01 | Задняя мезодерма 1 и 2 | 0.929 | aagcCATAtgact | - |
DELTAEF1.01 | deltaEF1 | 0.99 | gcttcACCTaaag | + |
ERG.02 | v-ets гомолог онкогена E26 вируса эритробластоза | 0.93 | gaagaagaGGAAaatatattt | + |
Сходство матрицы коррелирует с уверенностью в предсказании для каждого отдельного сайта связывания. +/- коррелирует с присутствием на положительной или отрицательной цепи. Факторы транскрипции перечислены в порядке появления от начала до конца промотора.
C1orf185 имеет очень низкий паттерн экспрессии, при этом единственным сайтом в организме, демонстрирующим какие-либо признаки экспрессии, является система кровообращения. Два профиля NCBI GEO показали, что C1orf185 постоянно сверхэкспрессируется в образцах цельной крови в группе женщин в постменопаузе,[18] а также несколько сверхэкспрессируется в периферической крови пациентов с болезнью Паркинсона по сравнению с контрольной группой.[19]
Регулирование уровня стенограммы
Ниже приведен рисунок, созданный mfold.[20] показывает предсказанный мРНК структура 3 'НТО C1orf185.
C1orf185 имеет один консервативный сайт связывания miRNA типа 7mer-A1 среди нескольких ортологов.[21] Присутствие сайта связывания 7mer-A1 указывает на то, что C1orf185, вероятно, подвергается посттранскрипционной репрессии.[22]
Регулирование уровня белка
Ниже приведен рисунок и таблица, показывающие прогнозируемые посттрансляционная модификация сайты для C1orf185.
Тип модификации | Орудие труда | Позиции в Homo sapiens |
---|---|---|
Фосфорилирование | NetPhos[23] | S61, S69, S104, S130, S142, S147, S165, S186 |
Гликирование | NetGlycate,[24] NetNGlyc[25] | К5, К50, К98, К113 |
O-GlcNAc | ИноЯН[26] | T121, S122, S130 |
Присутствие нескольких сайтов гликирования лейзина указывает на то, что могут существовать способы сдерживания функции белка, поскольку гликирование связано с потерей функции белка в кровеносных сосудах.[27]
Клиническое значение
C1orf185, как было показано, играет роль в системе кровообращения, вероятно, в более реактивной роли, поскольку он слабо экспрессируется у многих видов. Это появляется в исследованиях, окружающих мерцательная аритмия[6] и ненормальный QRS продолжительность,[5] что означает, что он может играть роль в этих заболеваниях системы кровообращения.
Гомология
Ниже представлена таблица, в которой показаны ортологи C1orf185 различных консервативных видов. Ортологи были найдены с помощью NCBI BLAST,[28] даты расхождения были найдены с помощью TimeTree,[29] и глобальные идентичности и сходства последовательностей были обнаружены с использованием инструмента множественного выравнивания последовательностей Clustal Omega.[30]
Род и вид | Распространенное имя | Таксономическая группа | Дата расхождения (MYA) | Регистрационный номер | Длина последовательности (аа) | Идентификация последовательности (глобальная) | Сходство последовательностей (глобальное) |
---|---|---|---|---|---|---|---|
Homo sapiens | Человек | Приматы | 0 | NP_001129980.1 | 199 | 100% | 100% |
Pongo abelii | Суматранский орангутанг | Приматы | 15.76 | PNJ53823.1 | 195 | 93.50% | 95.50% |
Имитатор Cebus capucinus | Капуцин | Приматы | 43.2 | XP_017404303.1 | 229 | 77.00% | 79.60% |
Galeopterus variegatus | Зондский летающий лемур | Dermoptera | 76 | XP_008578352.1 | 203 | 73.70% | 77.90% |
Oryctolagus cuniculus | Кролик | Зайцеобразные | 90 | XP_008263491.1 | 225 | 69.90% | 76.40% |
Dipodomys ordii | Кенгуровая крыса Орда | Rodentia | 90 | XP_012877642.1 | 188 | 52.20% | 59.40% |
Мастомыс куша | Южные мультимамматические мыши | Rodentia | 90 | XP_031234037 | 263 | 51.50% | 61.50% |
Mus musculus | Домовая мышь | Rodentia | 90 | NP_001186019.1 | 226 | 47.40% | 59.50% |
Peromyscus leucopus | Белоногая мышь | Rodentia | 90 | XP_028745885.1 | 295 | 41% | 48.20% |
Обесцвечивание филлостомуса | Бледная копьеносая летучая мышь | Рукокрылые | 96 | XP_028367083.1 | 191 | 73.40% | 80.40% |
Myotis davidii | Миотис Давида | Рукокрылые | 96 | XP_006768446.1 | 196 | 71.40% | 78.40% |
Equus caballus | Лошадь | Периссодактиля | 96 | XP_023485921.1 | 243 | 63.80% | 68.30% |
Muntiacus muntjak | Индийский мунтжак | Парнокопытные | 96 | KAB0362285.1 | 200 | 59.40% | 65.90% |
Hipposideros armiger | Большая круглая летучая мышь | Рукокрылые | 96 | XP_019487867.1 | 157 | 54.90% | 59.20% |
Tursiops truncatus | Бутылконосый Дельфин | Парнокопытные | 96 | XP_033708766.1 | 189 | 54.10% | 59.00% |
Sarcophilus harrisii | Тасманский дьявол | Дасьюроморфия | 159 | XP_031825005.1 | 333 | 18.20% | 27.70% |
Орниторинхус анатинус | Утконос | Монотремата | 180 | XP_028902271 | 309 | 26.80% | 37.40% |
Пелодискус китайский | Китайская черепаха софтшелл | Рептилии | 312 | XP_025042106.1 | 890 | 7.40% | 11.40% |
Gopherus evgoodei | Синалоанская тернистая черепаха | Рептилии | 312 | XP_030429802.1 | 777 | 4.00% | 6.30% |
Chrysemys picta bellii | Западная расписная черепаха | Рептилии | 312 | XP_023960730.1 | 748 | 3.70% | 5.80% |
По сравнению с другими генами, C1orf185, по-видимому, эволюционирует и изменяется относительно быстро, поскольку он сохраняется только у млекопитающих и нескольких черепах, а у более далеких млекопитающих есть довольно отдаленные сходства. Приматы являются единственной таксономической группой, которая в значительной степени сохраняет этот ген по отношению к последовательности человека, в то время как другие млекопитающие и черепахи в значительной степени сохраняют только трансмембранный домен (позиции 15-37). Поскольку приматы и млекопитающие являются теплокровными, это может дополнительно подтвердить данные, показывающие возможную роль в системе кровообращения.
использованная литература
- ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000204006 - Ансамбль, Май 2017
- ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000060491 - Ансамбль, Май 2017
- ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ а б Sotoodehnia N, Isaacs A, de Bakker PI, Dörr M, Newton-Cheh C, Nolte IM, et al. (Декабрь 2010 г.). «Общие варианты в 22 локусах связаны с продолжительностью QRS и сердечной желудочковой проводимостью». Природа Генетика. 42 (12): 1068–76. Дои:10,1038 / нг.716. ЧВК 3338195. PMID 21076409.
- ^ а б Roselli C, Chaffin MD, Weng LC, Aeschbacher S, Ahlberg G, Albert CM и др. (Июнь 2018). «Исследование мультиэтнической полногеномной ассоциации фибрилляции предсердий». Природа Генетика. 50 (9): 1225–1233. Дои:10.1038 / s41588-018-0133-9. ЧВК 6136836. PMID 29892015.
- ^ а б c d "Открытая рамка считывания 185 C1orf185 хромосомы 1 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-05-01.
- ^ «Средство просмотра геномных данных». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-05-01.
- ^ «Главная | Программа просмотра интегративной геномики». software.broadinstitute.org. Получено 2020-05-01.
- ^ "Семейство консервативных белковых доменов CDD: DUF4718". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-05-01.
- ^ «SAPS <Статистика последовательностей
. www.ebi.ac.uk. Получено 2020-05-01. - ^ «ExPASy - инструмент вычисления pI / Mw». web.expasy.org. Получено 2020-05-01.
- ^ Грейвли Б.Р., Маниатис Т. (апрель 1998 г.). «Богатые аргинином / серином домены белков SR могут функционировать как активаторы сплайсинга пре-мРНК». Молекулярная клетка. 1 (5): 765–71. Дои:10.1016 / с1097-2765 (00) 80076-3. PMID 9660960.
- ^ "Сервер ТМХММ, версия 2.0". www.cbs.dtu.dk. Получено 2020-05-01.
- ^ а б "CFSSP: Сервер прогнозирования вторичной структуры Chou & Fasman". www.biogem.org. Получено 2020-05-01.
- ^ а б «Сервер I-TASSER для предсказания структуры и функции белков». zhanglab.ccmb.med.umich.edu. Получено 2020-05-01.
- ^ «Genomatix - Анализ данных NGS и персонализированная медицина». www.genomatix.de. Получено 2020-05-01.
- ^ «13889230 - Профили GEO - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-05-01.
- ^ «129780050 - Профили GEO - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-05-01.
- ^ а б "Веб-сервер Mfold | mfold.rit.albany.edu". unafold.rna.albany.edu. Получено 2020-05-01.
- ^ а б "TargetScanHuman 7.2". www.targetscan.org. Получено 2020-05-01.
- ^ Гримсон А., Фар К.К., Джонстон В.К., Гарретт-Энджеле П., Лим LP, Бартель Д.П. (июль 2007 г.). «Специфичность нацеливания микроРНК у млекопитающих: детерминанты, выходящие за рамки спаривания семян». Молекулярная клетка. 27 (1): 91–105. Дои:10.1016 / j.molcel.2007.06.017. ЧВК 3800283. PMID 17612493.
- ^ "Сервер NetPhos 3.1". www.cbs.dtu.dk. Получено 2020-05-01.
- ^ "Сервер NetGlycate 1.0". www.cbs.dtu.dk. Получено 2020-05-01.
- ^ "Сервер NetNGlyc 1.0". www.cbs.dtu.dk. Получено 2020-05-01.
- ^ "Сервер YinOYang 1.2". www.cbs.dtu.dk. Получено 2020-05-01.
- ^ Ким С.С., Пак С., Ким Дж. (Сентябрь 2017 г.). «Роль гликирования в патогенезе старения и его предотвращении с помощью растительных продуктов и физических упражнений». Журнал диетического питания и биохимии. 21 (3): 55–61. Дои:10.20463 / jenb.2017.0027. ЧВК 5643203. PMID 29036767.
- ^ "BLAST: Базовый инструмент поиска местного выравнивания". blast.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-05-01.
- ^ «Дерево времени :: Шкала времени жизни». www.timetree.org. Получено 2020-05-01.
- ^ "Clustal Omega <Выравнивание множественных последовательностей
. www.ebi.ac.uk. Получено 2020-05-01.