CORO1A - CORO1A

CORO1A
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 2АКФ, 2AQ5, 2B4E
Идентификаторы
Псевдонимы	CORO1A, CLABP, CLIPINA, HCORO1, IMD8, TACO, p57, коронин 1A
Внешние идентификаторы	OMIM: 605000 MGI: 1345961 ГомолоГен: 6545 Генные карты: CORO1A
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 16 (человек)[1] Группа 16p11.2 Начните 30,182,827 бп[1] Конец 30,189,076 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 7 (мышь)[2] Группа 7 69,25 см | 7 F3 Начните 126,699,773 бп[2] Конец 126,707,787 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • GO: 0001948 связывание с белками • связывание с С-концом белка • идентичное связывание с белками • связывание фосфатидилинозитол-3-киназы • активность гомодимеризации белков • связывание мономера актина • связывание тяжелой цепи миозина • связывание с белками цитоскелета • связывание актиновой нити • связывание актина Сотовый компонент • фагоцитарная чашка • внеклеточная экзосома • цитоплазма • актиновый цитоскелет • клеточная кора • ядро клетки • передний край ячейки • аксон • ламеллиподиум • кортикальный актиновый цитоскелет • ранняя эндосома • межклеточное соединение • мембрана • актиновая нить • мембрана фагоцитарных везикул • клеточная мембрана • цитоплазматический пузырек • иммунологический синапс • цитоскелет • фагоцитарный пузырек • цитозоль Биологический процесс • отрицательная регуляция слияния везикул • транспорт ионов кальция • гомеостаз количества клеток в ткани • отрицательная регуляция нуклеации актина • фагоцитоз • ответ на цитокин • сигнальный путь фактора роста нервов • Гомеостаз Т-клеток • положительное регулирование миграции клеток • регуляция организации актинового цитоскелета • положительный хемотаксис • организация актиновых филаментов • положительное регулирование пролиферации Т-клеток • клеточный ответ на интерлейкин-4 • естественная дегрануляция клеток-киллеров • регулирование высвобождения секвестрированного иона кальция в цитозоль • регулирование полимеризации или деполимеризации актина • адгезия клетки к субстрату • регуляция полимеризации актиновых филаментов • отрицательная регуляция апоптотического процесса нейронов • положительная регуляция активации Т-клеток • регулировка формы клеток • врожденная иммунная система • от ранней эндосомы к рециклингу транспорта эндосом • миграция клеток • организация актинового цитоскелета • организация уроподов • движение клетки или субклеточного компонента • формирование иммунологического синапса • хемотаксис лейкоцитов • сборка фаголизосом Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Виды	Человек	Мышь
Entrez	11151	12721
Ансамбль	ENSG00000102879	ENSMUSG00000030707
UniProt	P31146	O89053
RefSeq (мРНК)	NM_001193333 NM_007074	NM_001301374 NM_009898
RefSeq (белок)	NP_001180262 NP_009005	NP_001288303 NP_034028
Расположение (UCSC)	Chr 16: 30.18 - 30.19 Мб	Chr 7: 126,7 - 126,71 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Коронин-1А это белок что у людей кодируется CORO1A ген.^[5][6] Он участвует как в опосредованном Т-клетками иммунитете, так и в митохондриальном апоптоз. В недавнем полногеномном исследовании долголетия было обнаружено, что уровни его экспрессии отрицательно связаны как с возрастом на момент взятия пробы крови, так и со временем выживания после забора крови.^[7]

Открытие

Семейство белков коронина было открыто в 1991 году Эухенио Л. Остосом. Хостос использовал цитоскелетный препарат, названный «сокращенный пропеллер», который эффективно помогал очищать цитоскелетные белки. Этот метод позволил ему осаждать компоненты актомиозина вместе с желаемыми белками.^[8]

Эти белки были названы Corona, что в переводе с латинского означает корона, из-за формы, напоминающей корону, которую он формирует при контакте с поверхностью клетки. Coronin-1a был наиболее изученным из-за его сложности и интересных структурных компонентов. После исследования было определено, что коронин-1a служит посредником связывания актина при взаимодействии с K-глутаматом. Анион K + и глутамат были использованы из-за его сходства с окружающей средой внутри клетки, что позволило коронину-1a связываться с F-актином.

Позже комплементарная ДНК (кДНК) коронина-1a была клонирована в библиотеке экспрессии, что привело к заключению, что коронин-1a имеет очень похожую структуру с бета (β) субъединицами G-белков (Gβ). Таким образом, было установлено, что коронин-1a имеет пять повторов мотива WD, и это повторяется семь раз, образуя пропеллероподобную структуру.^[8]

В клетке коронин-1a служит вспомогательным средством для многих процессов цитоскелета, в которых участвует актин. Был сделан вывод, что коронин-1a, как известно, влияет на «реорганизацию цитоскелета», а также на «динамику актина» вместе с другим белком.^[8]

Филогения

Семейство коронинов состоит из двенадцати подсемейств, включая: семь подсемейств позвоночных и пять подсемейств, состоящих из многоклеточных животных, грибов и амеб.

Эволюционные подсемейства коронинов были сгруппированы по их сходству и отношениям между различными белками. Коронин-1a (также обозначаемый как CORO1A, Coronin 4 и CRN4) был обнаружен у 19 позвоночных.^[9]

Функция

Поверхностное изображение TgCor, визуализация тонкой палочки, показывающая белковые лиганды, ацетат-анион и 2-амино-2-гидроксиметил-проман-1,3-диол, полученные с использованием Molegro Molecular Viewer

Изображение поверхности TgCor, визуализация тонкого карандаша, демонстрирующая 2-амино-2-гидроксиметил-проман-1,3-диол, полученный с использованием Molegro Molecular Viewer

Поверхностное изображение TgCor, визуализация тонкой палочки, показывающая ацетат-анион, полученный с помощью Molegro Molecular Viewer

Коронин-1a был обнаружен в клеточной коре макрофагов, которые представляют собой белые кровяные тельца, помогая в процессе, называемом фагоцитозом. Модель на Рисунке 3 показывает участие коронина-1a в макрофагах. Когда клетка находится в состоянии покоя, Коронин-1a распространяется по цитоплазме и коре клеток. Следовательно, когда патоген проникает в клетку, Coronin-1a связывается с фагосомной мембраной, обеспечивая связывание и активацию кальцинуерина, что приводит к остановке слияния лизосом с фагосомами. Другими словами, если коронин-1a удален, а кальцинуерин ингибирован, то это позволяет инициировать слияние фагосом с лизосомами и уничтожать микобактерии.^[10]

Филогенетическое древо семейства коронинов широкое. Точно так же, как коронин-1a помогает в реорганизации цитоскелета и динамической активности с другими белками у позвоночных, коронин также может быть обнаружен у беспозвоночных, например, у Toxoplasma gondii (также известный как TgCor).^[11]

Коронин Toxoplasma gondii (TgCor) связывается с F-актином и ускоряет процесс полимеризации актина. Это также предотвращает вторжения и выходы. Как и любой другой коронин, TgCor является актин-связывающим белком, он делокализируется на задней стороне вторгающихся паразитов и блокирует их выход.^[11]

Структура

Структура коронина-1A состоит из пяти повторов WD, и эти мотивы повторяются семь раз, образуя пропеллероподобные структуры.

Модель вторичной структуры с использованием программного обеспечения Visual Molecular Dynamics

Новая ленточная визуализация вторичной структуры коронина-1a. В модели A, это вид спереди коронина-1a, вторичная структура позволяет четко видеть параллельные бета-листы, движущиеся к основанию структуры. Модель B представляет собой вид сбоку белка, на котором показаны витки и витки между бета-слоями. Из этих изображений мы можем видеть, что альфа-спираль и спиральные нити сосредоточены в нижней части белка.^[12]

Вторичная структура с использованием базы данных программы вторичной структуры

Coronin-1a был введен в базу данных программы вторичной структуры, куда вошла база данных банка данных протеина, и была разработана панель вторичной структуры, на которой можно четко увидеть семь повторов, составляющих пропеллер. Кроме того, он отображает аминокислотную последовательность коронина-1a. Желтые стрелки означают бета-нити, фиолетовые петли - витки, черные линии означают пустоту, что означает отсутствие назначенной вторичной структуры, светло-розовые - формирование спирали 3/10, королевская синяя линия - изгиб и, наконец, красная спираль обозначает альфа-спирали.

использованная литература

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000102879 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000030707 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Окумура М., Кунг С., Вонг С., Роджерс М., Томас М.Л. (сентябрь 1998 г.). «Определение семейства белков, связанных с коронином, консервативных между людьми и мышами: тесная генетическая связь между коронином-2 и белком, связанным с CD45». ДНК и клеточная биология. 17 (9): 779–87. Дои:10.1089 / dna.1998.17.779. PMID  9778037.
6. «Ген Entrez: коронин CORO1A, актин-связывающий белок, 1A».
7. Кербер Р.А., О'Брайен Э., Коутон Р.М. (июнь 2009 г.). «Профили экспрессии генов, связанные со старением и смертностью у людей». Ячейка старения. 8 (3): 239–50. Дои:10.1111 / j.1474-9726.2009.00467.x. ЧВК  2759984. PMID  19245677.
8. де Hostos EL (2008). «Краткая история семьи коронинов». Семейство белков коронина. Субклеточная биохимия. 48. База данных Madame Curie Bioscience. С. 31–40. Дои:10.1007/978-0-387-09595-0_4. ISBN  978-0-387-09594-3. PMID  18925369.
9. Рыбакин В., Клемен С.С., Эйхингер Л. (2008). Семейство белков коронина (первое изд.). Нью-Йорк, штат Нью-Йорк: Springer. С. 1–5. ISBN  978-0387095943. PMID  18925366.
10. Питерс Дж (2000). «Коронин 1 в врожденном иммунитете». Семейство белков коронина. Субклеточная биохимия. 48. С. 116–23. Дои:10.1007/978-0-387-09595-0_11. ISBN  978-0-387-09594-3. PMID  18925376.
11. Стейнмец М.О., Желесаров И., Матушек В.М., Хоннаппа С., Янке В., Миссимер Дж.Х., Франк С., Александреску А.Т., Каммерер Р.А. (апрель 2007 г.). «Молекулярные основы образования спиралей». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 104 (17): 7062–7. Дои:10.1073 / pnas.0700321104. ЧВК  1855353. PMID  17438295.
12. Макардл Б., Хофманн А. (2000). «Структура коронина и последствия». Семейство белков коронина. Субклеточная биохимия. 48. С. 56–71. Дои:10.1007/978-0-387-09595-0_6. ISBN  978-0-387-09594-3. PMID  18925371.

внешние ссылки

• Человек CORO1A расположение генома и CORO1A страница сведений о генах в Браузер генома UCSC.
• Обзор всей структурной информации, доступной в PDB для UniProt: O89053 (Коронин-1А) на PDBe-KB.

дальнейшее чтение

• Расмуссен Х. Х., ван Дамм Дж., Пуйпе М., Гессер Б., Селис Дж. Э., Вандекеркхов Дж. (Декабрь 1992 г.). «Микропоследовательности 145 белков, записанные в базе данных двумерных гелевых белков нормальных эпидермальных кератиноцитов человека». Электрофорез. 13 (12): 960–9. Дои:10.1002 / elps.11501301199. PMID  1286667. S2CID  41855774.
• Судзуки К., Нишихата Дж., Араи Й, Хонма Н., Ямамото К., Иримура Т., Тойошима С. (май 1995 г.). «Молекулярное клонирование нового актин-связывающего белка p57 с повторением WD и мотивом лейциновой молнии». Письма FEBS. 364 (3): 283–8. Дои:10.1016 / 0014-5793 (95) 00393-Н. PMID  7758584. S2CID  45276555.
• Гроган А., Ривз Э., Кип N, Винджес Ф., Тотти Н.Ф., Бурлингейм А.Л., Сюань Дж.Дж., Сигал А.В. (декабрь 1997 г.). «Цитозольные фокс-белки взаимодействуют и регулируют сборку коронина в нейтрофилах». Журнал клеточной науки. 110. 110 (24): 3071–81. PMID  9365277.
• Ferrari G, Langen H, Naito M, Pieters J (май 1999 г.). «Белок оболочки на фагосомах, участвующих во внутриклеточном выживании микобактерий». Ячейка. 97 (4): 435–47. Дои:10.1016 / S0092-8674 (00) 80754-0. PMID  10338208. S2CID  18159353.
• Вангури В.К., Ван С., Годына С., Ранганатан С., Ляу Г. (апрель 2000 г.). «Тромбоспондин-1 связывается с полигистидином с высоким сродством и специфичностью». Биохимический журнал. 347 (Pt 2): 469–73. Дои:10.1042/0264-6021:3470469. ЧВК  1220979. PMID  10749676.
• Оку Т., Ито С., Окано М., Сузуки А., Сузуки К., Накадзин С., Цудзи Т., Наусиф В. М., Тойосима С. (апрель 2003 г.). «Две области, ответственные за связывание с актином р57, актин-связывающего белка семейства коронинов млекопитающих». Биологический и фармацевтический бюллетень. 26 (4): 409–16. Дои:10.1248 / bpb.26.409. PMID  12673016.
• Фу Г.К., Ван Дж. Т., Ян Дж., Ау-Ён Дж., Стюв Л.Л. (июль 2004 г.). «Циклическая быстрая амплификация концов кДНК для клонирования частичных генов с высокой пропускной способностью». Геномика. 84 (1): 205–10. Дои:10.1016 / j.ygeno.2004.01.011. PMID  15203218.
• Оку Т., Ито С., Исии Р., Сузуки К., Наусиф В. М., Тойошима С., Цудзи Т. (апрель 2005 г.). «Гомотипическая димеризация актин-связывающего белка p57 / коронина-1, опосредованная мотивом лейциновой молнии в С-концевой области». Биохимический журнал. 387 (Pt 2): 325–31. Дои:10.1042 / BJ20041020. ЧВК  1134960. PMID  15601263.
• Гатфилд Дж., Альбрехт И., Занолари Б., Стейнмец М. О., Питерс Дж. (Июнь 2005 г.). «Ассоциация плазматической мембраны лейкоцитов с актиновым цитоскелетом через молекулы тримерного коронина 1, опосредованные спиральной спиралью». Молекулярная биология клетки. 16 (6): 2786–98. Дои:10.1091 / mbc.E05-01-0042. ЧВК  1142424. PMID  15800061.
• Ананд П.К., Каул Д. (сентябрь 2005 г.). «Подавление транскрипции гена TACO ограничивает проникновение / выживание микобактерий в макрофагах человека». Письма о микробиологии FEMS. 250 (1): 137–44. Дои:10.1016 / j.femsle.2005.06.056. PMID  16040207.
• Лю Ч.З., Чен Й., Суй С.Ф. (январь 2006 г.). «Идентификация новой актин-связывающей области в p57». Клеточные исследования. 16 (1): 106–12. Дои:10.1038 / sj.cr.7310014. PMID  16467882.
• Юинг Р.М., Чу П., Элизма Ф, Ли Х, Тейлор П., Клими С., Макбрум-Цераевски Л., Робинсон, доктор медицины, О'Коннор Л., Ли М., Тейлор Р., Дхарси М., Хо Й, Хейлбут А., Мур Л., Чжан S, Орнатски O, Бухман YV, Ethier M, Sheng Y, Vasilescu J, Abu-Farha M, Lambert JP, Duewel HS, Stewart II, Kuehl B, Hogue K, Colwill K, Gladwish K, Muskat B, Kinach R, Adams С.Л., Моран М.Ф., Морин Г.Б., Топалоглоу Т., Фигейз Д. (2007). «Крупномасштабное картирование белок-белковых взаимодействий человека с помощью масс-спектрометрии». Молекулярная системная биология. 3 (1): 89. Дои:10.1038 / msb4100134. ЧВК  1847948. PMID  17353931.
• Ян М., Ди Чиано-Оливейра С., Гринштейн С., Trimble WS (май 2007 г.). «Функция коронина необходима для хемотаксиса и фагоцитоза нейтрофилов человека». Журнал иммунологии. 178 (9): 5769–78. Дои:10.4049 / jimmunol.178.9.5769. PMID  17442961.