DDX23 - DDX23

DDX23
Доступные конструкции PDB Human UniProt search: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 4NHO, 3JCR
Идентификаторы
Псевдонимы	DDX23, PRPF28, SNRNP100, U5-100K, U5-100KD, prp28, DEAD-box геликаза 23
Внешние идентификаторы	OMIM: 612172 MGI: 1921601 ГомолоГен: 3542 Генные карты: DDX23
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 12 (человек)[1] Группа 12q13.12 Начинать 48,829,756 бп[1] Конец 48,852,842 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 15 (мышь)[2] Группа 15 | 15 F1 Начинать 98,645,134 бп[2] Конец 98,662,894 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • связывание нуклеотидов • GO: 0008026 геликазная активность • GO: 0001948 связывание с белками • связывание нуклеиновой кислоты • гидролазная активность • Связывание АТФ • Связывание РНК Сотовый компонент • каталитическая стадия 2 сплайсосомы • U5 snRNP • нуклеоплазма • сплайсосомальный комплекс • внеклеточная экзосома • ядро клетки • ядрышко • цитоплазма Биологический процесс • Сплайсинг мРНК через сплайсосомы • Сплайсинг РНК посредством реакций переэтерификации • обработка мРНК • Раскрутка вторичной структуры РНК • Сплайсинг РНК • цис сборка докаталитической сплайсосомы Источники:Амиго / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	9416	74351
Ансамбль	ENSG00000174243	ENSMUSG00000003360
UniProt	Q9BUQ8	н / д
RefSeq (мРНК)	NM_004818	NM_001080981
RefSeq (белок)	NP_004809	н / д
Расположение (UCSC)	Chr 12: 48,83 - 48,85 Мб	Chr 15: 98.65 - 98.66 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Вероятная АТФ-зависимая РНК-геликаза DDX23 является фермент что у людей кодируется DDX23 ген.^[5][6][7]

Этот ген кодирует член семейства белков DEAD-бокса. Белки DEAD-бокса, характеризующиеся консервативным мотивом Asp-Glu-Ala-Asp (DEAD), являются предполагаемыми РНК-геликазами. Они участвуют в ряде клеточных процессов, связанных с изменением вторичной структуры РНК, таких как инициация трансляции, ядерный и митохондриальный сплайсинг и рибосома и сплайсосома сборка. Судя по структуре их распространения, некоторые члены этого семейства участвуют в эмбриогенез, сперматогенез, а также рост и деление клеток. Белок, кодируемый этим геном, является компонентом комплекса snRNP U5; он может способствовать конформационным изменениям в сплайсосоме во время сплайсинга ядерной пре-мРНК. Альтернативно сплайсированный вариант транскрипта был обнаружен для этого гена, но его биологическая ценность не была определена.^[7]

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000174243 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000003360 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Тейгелькамп С., Мундт С., Ахсель Т., Уилл С.Л., Лурманн Р. (январь 1998 г.). «Человеческий U5 snRNP-специфический белок 100 кДа представляет собой содержащую RS домен предполагаемую РНК-геликазу со значительной гомологией с дрожжевым фактором сплайсинга Prp28p». РНК. 3 (11): 1313–26. ЧВК  1369570. PMID  9409622.
6. Laggerbauer B, Achsel T, Luhrmann R (май 1998 г.). «Белок DEXH-бокса U5-200kD человека раскручивает дубликаты РНК U4 / U6 in vitro». Proc Natl Acad Sci U S A. 95 (8): 4188–92. Дои:10.1073 / пнас.95.8.4188. ЧВК  22463. PMID  9539711.
7. "Ген Entrez: DDX23 DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) полипептид 23".

дальнейшее чтение

• Ахсель Т., Аренс К., Брамс Х. и др. (1998). «Человеческий белок U5-220kD (hPrp8) образует стабильный комплекс без РНК с несколькими U5-специфическими белками, включая РНК-развиндазу, гомолог фактора удлинения рибосом EF-2 и новый белок WD-40». Мол. Клетка. Биол. 18 (11): 6756–66. Дои:10.1128 / mcb.18.11.6756. ЧВК  109259. PMID  9774689.
• Юрица М.С., Ликлидер Л.Дж., Гиги С.Р. и др. (2002). «Очистка и характеристика нативных сплайсосом, пригодных для трехмерного структурного анализа». РНК. 8 (4): 426–39. Дои:10.1017 / S1355838202021088. ЧВК  1370266. PMID  11991638.
• Ироби Дж., Нелис Э., Верховен К. и др. (2002). «Мутационный анализ 12 генов-кандидатов для дистальной наследственной моторной нейропатии II типа (дистальный HMN II), сцепленных с 12q24.3». Дж. Перифер. Nerv. Syst. 7 (2): 87–95. Дои:10.1046 / j.1529-8027.2002.02014.x. PMID  12090300. S2CID  8453412.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК  139241. PMID  12477932.
• Герхард Д.С., Вагнер Л., Фейнгольд Е.А. и др. (2004). «Статус, качество и расширение проекта NIH полноразмерной кДНК: Коллекция генов млекопитающих (MGC)». Genome Res. 14 (10B): 2121–7. Дои:10.1101 / гр.2596504. ЧВК  528928. PMID  15489334.
• Андерсен Дж. С., Лам Ю. В., Леунг А. К. и др. (2005). «Динамика нуклеолярного протеома». Природа. 433 (7021): 77–83. Дои:10.1038 / природа03207. PMID  15635413. S2CID  4344740.
• Олсен Ю.В., Благоев Б., Гнад Ф. и др. (2006). «Глобальная, in vivo и сайт-специфическая динамика фосфорилирования в сигнальных сетях». Клетка. 127 (3): 635–48. Дои:10.1016 / j.cell.2006.09.026. PMID  17081983. S2CID  7827573.
• Юинг Р.М., Чу П., Элизма Ф. и др. (2007). «Крупномасштабное картирование белок-белковых взаимодействий человека с помощью масс-спектрометрии». Мол. Syst. Биол. 3 (1): 89. Дои:10.1038 / msb4100134. ЧВК  1847948. PMID  17353931.