DDX6 - DDX6 - Wikipedia

DDX6
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 1VEC, 2 ВОСК, 2 ПУТИ, 4CRW, 4CT4, 4CT5, 5ANR
Идентификаторы
Псевдонимы	DDX6, HLR2, P54, RCK, DEAD-бокс-геликаза 6, IDDILF, Rck / p54
Внешние идентификаторы	OMIM: 600326 MGI: 104976 ГомолоГен: 3238 Генные карты: DDX6
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 11 (человек)[1] Группа 11q23.3 Начинать 118,747,763 бп[1] Конец 118,791,164 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 9 (мышь)[2] Группа 9 A5.2 | 9 24,84 см Начинать 44,604,892 бп[2] Конец 44,640,731 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • РНК-геликазная активность • связывание нуклеотидов • GO: 0008026 геликазная активность • специфическое связывание белкового домена • GO: 0001948 связывание с белками • связывание нуклеиновой кислоты • гидролазная активность • Связывание АТФ • Связывание РНК • связывание кадгерина Сотовый компонент • цитоплазма • RISC комплекс • мембрана • П-боди • Гранула стресса • митохондрия • кольцо спермы • Гранула P • внешнее плотное волокно • гетерохроматин • ядро клетки • цитозоль • ядрышко • цитоплазматическая гранула рибонуклеопротеина • хроматоидное тело • перинуклеарная область цитоплазмы • вогнутая сторона головки сперматозоида Биологический процесс • отрицательная регуляция дифференцировки нейронов • поддержание популяции стволовых клеток • Раскрутка вторичной структуры РНК • сборка тела цитоплазматической мРНК • экзонуклеолитическая транскрибируемая ядерной мРНК катаболический процесс, вовлеченный в зависимый от деаденилирования распад • упаковка генома вирусной РНК • регулирование перевода • сперматогенез • дифференциация сперматид Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	1656	13209
Ансамбль	ENSG00000110367	ENSMUSG00000032097
UniProt	P26196	P54823
RefSeq (мРНК)	NM_001257191 NM_004397	NM_001110826 NM_007841 NM_181324 NM_001357702 NM_001357703
RefSeq (белок)	NP_001244120 NP_004388	NP_001104296 NP_031867 NP_851841 NP_001344631 NP_001344632
Расположение (UCSC)	Chr 11: 118.75 - 118.79 Мб	Chr 9: 44,6 - 44,64 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Вероятная АТФ-зависимая РНК-геликаза DDX6 является фермент что у людей кодируется DDX6 ген.^[5][6]

МЕРТВАЯ коробка белки, характеризующиеся консервативным мотивом Asp-Glu-Ala-Asp (DEAD), являются предполагаемыми РНК-геликазами. Они вовлечены в ряд клеточных процессов, связанных с изменением Вторичная структура РНК такие как инициация трансляции, ядерный и митохондриальный сплайсинг и рибосома и сплайсосома сборка. Судя по структуре их распространения, некоторые члены этого семейства участвуют в эмбриогенез, сперматогенез, и рост клеток и деление. Этот ген кодирует белок DEAD-бокса. Это может способствовать распространение клеток и канцерогенез.^[6]

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000110367 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000032097 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. «Ссылка на Mouse PubMed:». Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Лу Д., Юнис Дж. Дж. (Июнь 1992 г.). «Клонирование, экспрессия и локализация гена РНК-геликазы из линии лимфоидных клеток человека с хромосомной точкой разрыва 11q23.3». Нуклеиновые кислоты Res. 20 (8): 1967–72. Дои:10.1093 / nar / 20.8.1967. ЧВК  312313. PMID  1579499.
6. "Ген Entrez: полипептид 6 DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) DDX6".

дальнейшее чтение

• Акао Ю., Сето М., Ямамото К. и др. (1992). «Ген RCK, связанный с транслокацией t (11; 14), отличается от гена MLL / ALL-1 с транслокациями t (4; 11) и t (11; 19)». Рак Res. 52 (21): 6083–7. PMID  1394235.
• Акао Ю., Марукава О., Морикава Х. и др. (1995). «Продукт-кандидат в протоонкоген rck / p54 представляет собой 54-килодальтонный белок D-E-A-D-бокса, дифференциально экспрессируемый в тканях человека и мыши». Рак Res. 55 (15): 3444–9. PMID  7614484.
• Чжан WJ, Wu JY (1996). «Функциональные свойства p54, нового белка SR, активного в конститутивном и альтернативном сплайсинге». Мол. Клетка. Биол. 16 (10): 5400–8. Дои:10.1128 / MCB.16.10.5400. ЧВК  231539. PMID  8816452.
• Акияма К., Акао Ю., Ёкояма М. и др. (1999). «Экспрессия двух генов мертвого ящика (DDX1 и DDX6) не зависит от экспрессии MYCN в клеточных линиях нейробластомы человека». Biochem. Мол. Биол. Int. 47 (4): 563–8. Дои:10.1080/15216549900201603. PMID  10319407. S2CID  45609314.
• Накагава Й., Морикава Х., Хирата И. и др. (1999). «Сверхэкспрессия rck / p54, белка DEAD-бокса, в колоректальных опухолях человека». Br. J. Рак. 80 (5–6): 914–7. Дои:10.1038 / sj.bjc.6690441. ЧВК  2362290. PMID  10360675.
• Смилли Д.А., Соммервилл Дж. (2002). «РНК-геликаза p54 (DDX6) представляет собой белок-челнок, участвующий в ядерной сборке хранимых частиц мРНП». J. Cell Sci. 115 (Pt 2): 395–407. PMID  11839790.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК  139241. PMID  12477932.
• Миядзи К., Накагава Ю., Мацумото К. и др. (2003). «Сверхэкспрессия DEAD-бокса / РНК-геликазы, rck / p54, в гепатоцитах человека от пациентов с хроническим гепатитом, связанным с вирусом гепатита С, и его влияние на гепатоцеллюлярный канцерогенез». J. Viral Hepat. 10 (4): 241–8. Дои:10.1046 / j.1365-2893.2003.00447.x. PMID  12823589. S2CID  36830183.
• Мацуи Т., Хогецу К., Акао Ю. и др. (2004). «Кристаллизация и рентгеновский анализ N-концевого основного домена опухоль-ассоциированной человеческой DEAD-бокс-РНК-геликазы, rck / p54». Acta Crystallogr. D. 60 (Пт 1): 156–9. Дои:10.1107 / S0907444903024223. PMID  14684915.
• Ота Т., Сузуки Ю., Нисикава Т. и др. (2004). «Полное секвенирование и характеристика 21 243 полноразмерных кДНК человека». Nat. Genet. 36 (1): 40–5. Дои:10,1038 / ng1285. PMID  14702039.
• Герхард Д.С., Вагнер Л., Фейнгольд Е.А. и др. (2004). "Статус, качество и расширение проекта NIH полноразмерной кДНК: Коллекция генов млекопитающих (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. Дои:10.1101 / гр.2596504. ЧВК  528928. PMID  15489334.
• Fenger-Grøn M, Fillman C, Norrild B, Lykke-Andersen J (2006). «Множественные процессинговые факторы организма и ARE-связывающий белок TTP активируют декапирование мРНК». Мол. Клетка. 20 (6): 905–15. Дои:10.1016 / j.molcel.2005.10.031. PMID  16364915.
• Мацуи Т., Хогецу К., Усукура Дж. И др. (2006). «Структурное понимание человеческого DEAD-бокс-белка rck / p54 в его распознавании субстрата с конформационными изменениями». Гены Клетки. 11 (4): 439–52. Дои:10.1111 / j.1365-2443.2006.00951.x. PMID  16611246. S2CID  29643976.
• Вичроски MJ, Робб GB, Rana TM (2006). "Факторы рестрикции человеческого ретровируса APOBEC3G и APOBEC3F локализуются в телах, обрабатывающих мРНК". PLOS Pathog. 2 (5): e41. Дои:10.1371 / journal.ppat.0020041. ЧВК  1458959. PMID  16699599.
• Чу CY, Rana TM (2006). «Репрессия трансляции в человеческих клетках с помощью гена, индуцированного микроРНК, требует RCK / p54». ПЛОС Биол. 4 (7): e210. Дои:10.1371 / journal.pbio.0040210. ЧВК  1475773. PMID  16756390.
• Юинг Р.М., Чу П., Элизма Ф. и др. (2007). «Крупномасштабное картирование белок-белковых взаимодействий человека с помощью масс-спектрометрии». Мол. Syst. Биол. 3 (1): 89. Дои:10.1038 / msb4100134. ЧВК  1847948. PMID  17353931.
• Нонхофф У., Ралсер М., Вельцель Ф. и др. (2007). «Атаксин-2 взаимодействует с DEAD / H-Box РНК-геликазой DDX6 и вмешивается в Р-тела и стрессовые гранулы». Мол. Биол. Клетка. 18 (4): 1385–96. Дои:10.1091 / mbc.E06-12-1120. ЧВК  1838996. PMID  17392519.