DHX38 - DHX38

DHX38
Идентификаторы
Псевдонимы	DHX38, DDX38, PRP16, PRPF16, DEAH-box геликаза 38, RP84
Внешние идентификаторы	OMIM: 605584 MGI: 1927617 ГомолоГен: 8512 Генные карты: DHX38
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 16 (человек)[1] Группа 16q22.2 Начните 72,093,613 бп[1] Конец 72,112,912 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 8 (мышь)[2] Группа 8 | 8 D3 Начните 109,548,011 бп[2] Конец 109,565,861 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • связывание нуклеотидов • GO: 0008026 геликазная активность • GO: 0001948 связывание с белками • связывание нуклеиновой кислоты • гидролазная активность • Связывание АТФ • Связывание РНК • GO: 0034459 3'-5 'РНК-геликазная активность Сотовый компонент • каталитическая стадия 2 сплайсосомы • мембрана • нуклеоплазма • сплайсосомальный комплекс • ядро клетки • цитоплазма Биологический процесс • Сплайсинг мРНК через сплайсосомы • прекращение транскрипции РНК-полимеразы II • обработка мРНК • экспорт мРНК из ядра • Обработка 3'-конца мРНК • Сплайсинг РНК • Экспорт РНК из ядра Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	9785	64340
Ансамбль	ENSG00000140829	ENSMUSG00000037993
UniProt	Q92620	Q80X98
RefSeq (мРНК)	NM_014003	NM_178380
RefSeq (белок)	NP_054722	NP_848467
Расположение (UCSC)	Chr 16: 72.09 - 72.11 Мб	Chr 8: 109,55 - 109,57 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Пре-мРНК-фактор сплайсинга АТФ-зависимая РНК-геликаза PRP16 является фермент что у людей кодируется DHX38 ген.^[5][6][7]

МЕРТВАЯ коробка белки, характеризующиеся консервативным мотивом Asp-Glu-Ala-Asp (DEAD), предположительно РНК геликасы. Они вовлечены в ряд клеточных процессов, включающих изменение вторичной структуры РНК, таких как инициация трансляции, ядерная и митохондриальный сращивание, и рибосома и сборка сплайсосом. Судя по структуре распространения, некоторые члены этой семьи участвуют в эмбриогенез, сперматогенез, а также рост и деление клеток. Белок, кодируемый этим геном, является членом семейства факторов сплайсинга DEAD / H box. Этот белок больше похож на дрожжевой Prp16, чем другие члены семейства DEAD / H. Это АТФаза, необходимая для каталитический шаг II в процессе сплайсинга пре-мРНК.^[7]

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000140829 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000037993 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. «Ссылка на Mouse PubMed:». Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Чжоу З., Рид Р. (июнь 1998 г.). «Человеческие гомологи дрожжевых prp16 и prp17 демонстрируют сохранение механизма каталитического этапа II сплайсинга пре-мРНК». EMBO J. 17 (7): 2095–106. Дои:10.1093 / emboj / 17.7.2095. ЧВК  1170554. PMID  9524131.
6. Нагасе Т., Секи Н., Исикава К., Охира М., Каварабаяси И., Охара О, Танака А., Котани Х., Миядзима Н., Номура Н. (май 1997 г.). «Прогнозирование кодирующих последовательностей неидентифицированных генов человека. VI. Кодирующие последовательности 80 новых генов (KIAA0201-KIAA0280), выведенные путем анализа клонов кДНК из линии клеток KG-1 и мозга». ДНК Res. 3 (5): 321–9, 341–54. Дои:10.1093 / днарес / 3.5.321. PMID  9039502.
7. «Ген Entrez: полипептид 38 DHX38 DEAH (Asp-Glu-Ala-His)».

дальнейшее чтение

• Швер Б., Гатри С. (1991). «PRP16 - это РНК-зависимая АТФаза, которая временно взаимодействует со сплайсосомой». Природа. 349 (6309): 494–9. Дои:10.1038 / 349494a0. PMID  1825134. S2CID  4281489.
• Боналдо М.Ф., Леннон Г., Соарес МБ (1997). «Нормализация и вычитание: два подхода для облегчения открытия генов». Genome Res. 6 (9): 791–806. Дои:10.1101 / гр.6.9.791. PMID  8889548.
• Хиллер Л.Д., Леннон Г., Беккер М. и др. (1997). «Создание и анализ 280 000 тегов последовательности, экспрессируемых человеком». Genome Res. 6 (9): 807–28. Дои:10.1101 / гр.6.9.807. PMID  8889549.
• Джи С., Краусс С.В., Миллер Э. и др. (1997). «Клонирование mDEAH9, предполагаемой РНК-геликазы и гомолога млекопитающих фактора сплайсинга Saccharomyces cerevisiae Prp43». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 94 (22): 11803–7. Дои:10.1073 / пнас.94.22.11803. ЧВК  23596. PMID  9342318.
• Ван И, Гатри С. (1998). «PRP16, DEAH-бокс-РНК-геликаза, рекрутируется в сплайсосому в основном через ее неконсервативный N-концевой домен». РНК. 4 (10): 1216–29. Дои:10.1017 / S1355838298980992. ЧВК  1369694. PMID  9769096.
• Orphanides G, Wu WH, Lane WS, et al. (1999). «Хроматин-специфический фактор элонгации транскрипции FACT включает человеческие белки SPT16 и SSRP1». Природа. 400 (6741): 284–8. Дои:10.1038/22350. PMID  10421373. S2CID  4300397.
• Лофтус Б.Дж., Ким Ю.Дж., Снеддон В.П. и др. (1999). «Дупликации генома и другие особенности в 12 Mb последовательности ДНК из хромосомы 16p и 16q человека». Геномика. 60 (3): 295–308. Дои:10.1006 / geno.1999.5927. PMID  10493829.
• Юрица М.С., Ликлидер Л.Дж., Гиги С.Р. и др. (2002). «Очистка и характеристика нативных сплайсосом, пригодных для трехмерного структурного анализа». РНК. 8 (4): 426–39. Дои:10.1017 / S1355838202021088. ЧВК  1370266. PMID  11991638.
• Шаньон П., Мишо Дж., Митчелл Дж. И др. (2003). «Миссенс-мутация (R565W) цирроза печени (FLJ14728) при циррозе у детей в Северной Америке». Являюсь. J. Hum. Genet. 71 (6): 1443–9. Дои:10.1086/344580. ЧВК  378590. PMID  12417987.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК  139241. PMID  12477932.
• Обусе С., Ян Х., Нозаки Н. и др. (2004). «Протеомический анализ центромерного комплекса из интерфазных клеток HeLa: поврежденный УФ излучением ДНК-связывающий белок 1 (DDB-1) является компонентом CEN-комплекса, в то время как BMI-1 временно совмещен с центромерной областью в интерфазе». Гены Клетки. 9 (2): 105–20. Дои:10.1111 / j.1365-2443.2004.00705.x. PMID  15009096. S2CID  21813024.
• Герхард Д.С., Вагнер Л., Фейнгольд Е.А. и др. (2004). «Статус, качество и расширение проекта NIH полноразмерной кДНК: Коллекция генов млекопитающих (MGC)». Genome Res. 14 (10B): 2121–7. Дои:10.1101 / гр.2596504. ЧВК  528928. PMID  15489334.
• Юинг Р.М., Чу П., Элизма Ф. и др. (2007). «Крупномасштабное картирование белок-белковых взаимодействий человека с помощью масс-спектрометрии». Мол. Syst. Биол. 3 (1): 89. Дои:10.1038 / msb4100134. ЧВК  1847948. PMID  17353931.