Док9 - Dock9

DOCK9
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 1WG7, 2WM9, 2WMN, 2WMO
Идентификаторы
Псевдонимы	DOCK9, ZIZ1, ZIZIMIN1, Dock9, выделитель цитокинеза 9
Внешние идентификаторы	OMIM: 607325 MGI: 106321 ГомолоГен: 41026 Генные карты: DOCK9
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 13 (человек)[1] Группа 13q32.3 Начинать 98,793,429 бп[1] Конец 99,086,625 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 14 (мышь)[2] Группа 14 E5 | 14 65,28 см Начинать 121,542,046 бп[2] Конец 121,797,837 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • GO: 0001948 связывание с белками • активность фактора обмена гуанил-нуклеотидов • связывание кадгерина Сотовый компонент • цитозоль • эндомембранная система • мембрана Биологический процесс • коагуляция крови • передача сигнала, опосредованная малой GTPase • GO: 0032320, GO: 0032321, GO: 0032855, GO: 0043089, GO: 0032854 положительная регуляция активности GTPase • биологический процесс Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	23348	105445
Ансамбль	ENSG00000088387	ENSMUSG00000025558
UniProt	Q9BZ29	Q8BIK4
RefSeq (мРНК)	NM_001130048 NM_001130049 NM_001130050 NM_015296 NM_001318849 NM_001366676 NM_001366677 NM_001366678 NM_001366679 NM_001366680 NM_001366681 NM_001366682 NM_001366683 NM_001366684	NM_001081039 NM_001128307 NM_001128308 NM_134074 NM_001347596
RefSeq (белок)	NP_001123520 NP_001123521 NP_001123522 NP_001305778 NP_056111 NP_001353605 NP_001353606 NP_001353607 NP_001353608 NP_001353609 NP_001353610 NP_001353611 NP_001353612 NP_001353613	н / д
Расположение (UCSC)	Chr 13: 98.79 - 99.09 Мб	Chr 14: 121,54 - 121,8 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Док9 (Dнаставник ож cytokинес.9), также известный как Зизимин1, является большим (~ 230 кДа) белок участвует в внутриклеточный сети сигнализации.^[5] Это член подсемейства DOCK-D ДОК семья факторы обмена гуаниновых нуклеотидов которые действуют как активаторы малых G белки. Dock9 активирует малый белок G Cdc42.

Открытие

Dock9 был обнаружен с помощью аффинити протеомный подход, разработанный для идентификации новых активаторов малого G-белка Cdc42 в фибробласты.^[6] Последующий северное пятно Анализ показал, что Dock9 выражается в основном в мозг, сердце, скелетные мышцы, почка, плацента и легкое. Более низкие уровни были обнаружены в двоеточие, вилочковая железа, печень, тонкий кишечник И в лейкоциты из периферической крови.

Структура и функции

Dock9 имеет аналогичную структуру из двух ядер домены (известный как DHR1 и DHR2 ), которые используются всеми членами семейства DOCK. В C-терминал Домен DHR2 функционирует как атипичный домен GEF для малых G-белков (см. Dock180: структура и функции ), а домен DHR1, как известно, в некоторых белках подсемейства DOCK-A / B / C участвует в их привлечении к плазматическая мембрана. В отличие от белков DOCK-A / B / C белки DOCK-D (включая Dock9) содержат N-концевой домен гомологии плекстрина (PH) это опосредует их привлечение к мембране.^[7] Dock9 вместе с другими членами подсемейства DOCK-C / D может активировать Cdc42 in vitro и in vivo через свой домен DHR2.^[6] Однако Dock9 принимает автоматическое запрещение, которое маскирует домен DHR2 в его состоянии покоя.^[7] Механизм, с помощью которого преодолевается это аутоингибирование, все еще неясен, хотя в некоторых других белках DOCK, которые также подвергаются аутоингибированию, требуется взаимодействие с адаптерные белки Такие как ELMO.^[8][9] Dock9 также сообщил димериз, в условиях покоя, через его домены DHR2, и это исследование предполагает, что другие белки семейства DOCK также могут вести себя таким же образом.^[10] Недавний анализ хромосомный регион, связанный с восприимчивостью к биполярное расстройство показал, что однонуклеотидный полиморфизм в DOCK9 ген способствуют риску и серьезности этого состояния.^[11]

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000088387 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000025558 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. "Entrez Gene: DOCK9, посвященный цитокинезу 9".
6. Меллер Н., Ирани-Тегерани М., Киоссес В.Б. и др. (Сентябрь 2002 г.). «Зизимин1, новый активатор Cdc42, обнаруживает новый домен GEF для белков Rho». Nat. Cell Biol. 4 (9): 639–47. Дои:10.1038 / ncb835. PMID  12172552.
7. Меллер Н., Уэстбрук М.Дж., Шеннон Д.Д. и др. (Январь 2008 г.). «Функция N-конца зизимина-1: аутоингибирование и нацеливание на мембрану». Biochem. J. 409 (2): 525–33. Дои:10.1042 / BJ20071263. ЧВК  2740492. PMID  17935486.
8. Лу М., Кинчен Дж. М., Россман К. Л. и др. (Август 2004 г.). «Домен PH ELMO функционирует в транс, чтобы регулировать активацию Rac через Dock180». Nat. Struct. Мол. Биол. 11 (8): 756–62. Дои:10.1038 / nsmb800. PMID  15247908.
9. Лу М., Кинчен Дж. М., Россман К. Л. и др. (Февраль 2005 г.). «Модель стерического ингибирования для регуляции обмена нуклеотидов через семейство Dock180 GEF». Curr. Биол. 15 (4): 371–77. Дои:10.1016 / j.cub.2005.01.050. PMID  15723800.
10. Меллер Н., Ирани-Тегерани М., Ратников Б.И. и др. (Сентябрь 2004 г.). «Новый фактор обмена гуаниновых нуклеотидов Cdc42, зизимин1, димеризуется через Cdc42-связывающий домен CZH2». J. Biol. Chem. 279 (36): 37470–76. Дои:10.1074 / jbc.M404535200. PMID  15247287.
11. Detera-Wadleigh SD, Liu CY, Maheshwari M, et al. (Октябрь 2007 г.). «Вариация последовательности в DOCK9 и неоднородность при биполярном расстройстве». Психиатр. Genet. 17 (5): 274–86. Дои:10.1097 / YPG.0b013e328133f352. PMID  17728666.

дальнейшее чтение

• Накадзима Д., Окадзаки Н., Ямакава Н. и др. (2003). «Конструирование готовых к экспрессии клонов кДНК для генов KIAA: ручное культивирование 330 клонов кДНК KIAA». ДНК Res. 9 (3): 99–106. Дои:10.1093 / днарес / 9.3.99. PMID  12168954.
• Квофи М.А., Сковронски Дж. (2008). «Специфическое распознавание Rac2 и Cdc42 факторами обмена гуаниновых нуклеотидов DOCK2 и DOCK9». J. Biol. Chem. 283 (6): 3088–96. Дои:10.1074 / jbc.M705170200. PMID  18056264.
• Меллер Н., Уэстбрук М.Дж., Шеннон Д.Д. и др. (2008). «Функция N-конца зизимина-1: аутоингибирование и нацеливание на мембрану». Biochem. J. 409 (2): 525–33. Дои:10.1042 / BJ20071263. ЧВК  2740492. PMID  17935486.
• Detera-Wadleigh SD, Liu CY, Maheshwari M, et al. (2007). «Вариация последовательности в DOCK9 и неоднородность при биполярном расстройстве». Психиатр. Genet. 17 (5): 274–86. Дои:10.1097 / YPG.0b013e328133f352. PMID  17728666.
• Герхард Д.С., Вагнер Л., Фейнгольд Е.А. и др. (2004). «Статус, качество и расширение проекта NIH полноразмерной кДНК: Коллекция генов млекопитающих (MGC)». Genome Res. 14 (10B): 2121–7. Дои:10.1101 / гр.2596504. ЧВК  528928. PMID  15489334.
• Данэм А., Мэтьюз Л.Х., Бертон Дж. И др. (2004). «Последовательность ДНК и анализ хромосомы 13 человека». Природа. 428 (6982): 522–8. Дои:10.1038 / природа02379. ЧВК  2665288. PMID  15057823.
• Ота Т., Сузуки Ю., Нисикава Т. и др. (2004). «Полное секвенирование и характеристика 21 243 полноразмерных кДНК человека». Nat. Genet. 36 (1): 40–5. Дои:10,1038 / ng1285. PMID  14702039.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК  139241. PMID  12477932.
• Коте Дж. Ф., Вуори К. (2003). «Идентификация эволюционно консервативного суперсемейства DOCK180-родственных белков с активностью обмена гуаниновых нуклеотидов». J. Cell Sci. 115 (Pt 24): 4901–13. Дои:10.1242 / jcs.00219. PMID  12432077.
• Меллер Н., Ирани-Тегерани М., Киоссес В.Б. и др. (2002). «Зизимин1, новый активатор Cdc42, обнаруживает новый домен GEF для белков Rho». Nat. Cell Biol. 4 (9): 639–47. Дои:10.1038 / ncb835. PMID  12172552.
• Кикуно Р., Нагасе Т., Исикава К. и др. (1999). «Прогнозирование кодирующих последовательностей неидентифицированных генов человека. XIV. Полные последовательности 100 новых клонов кДНК из мозга, которые кодируют большие белки in vitro». ДНК Res. 6 (3): 197–205. Дои:10.1093 / днарес / 6.3.197. PMID  10470851.