FAM149A - FAM149A - Wikipedia

FAM149A
Идентификаторы
ПсевдонимыFAM149A, MSTP119, MST119, семейство с подобием последовательностей 149 член A
Внешние идентификаторыMGI: 2387177 ГомолоГен: 27540 Генные карты: FAM149A
Расположение гена (человек)
Хромосома 4 (человек)
Chr.Хромосома 4 (человек)[1]
Хромосома 4 (человек)
Геномное расположение FAM149A
Геномное расположение FAM149A
Группа4q35.1Начинать186,104,419 бп[1]
Конец186,172,667 бп[1]
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

25854

212326

Ансамбль

ENSG00000109794

ENSMUSG00000070044

UniProt

A5PLN7

Q8CFV2

RefSeq (мРНК)

NM_001006655
NM_015398
NM_001350178
NM_001350179
NM_001367768

NM_153535

RefSeq (белок)

NP_001006656
NP_056213
NP_001337107
NP_001337108
NP_001354697

NP_705763

Расположение (UCSC)Chr 4: 186,1 - 186,17 МбChr 8: 45.34 - 45.38 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Семейство со сходством последовательностей 149, член A это белок что у людей кодируется FAM149A ген (также известен как MSTP119, MST119 и DKFZP564J102).[5] Хорошо сохраняется в приматы, собака, корова, мышь, крыса, и курица. У него есть один паралог, FAM149B.

Обзор

FAM149A обнаруживается в нормальной сердечной ткани Homo sapiens и был представлен в Центр молекулярной медицины сердечно-сосудистых заболеваний в 1999 году. Таким образом, это указывает на то, что он должен играть важную роль в нормальной регуляции сердца. Однако, по данным NCBI. Согласно основному инструменту поиска локального выравнивания (BLAST), FAM149A похож на кДНК FLJ32604 (98% покрытия запроса), которая обнаруживается в ткани желудка и не имеет известной функции. FAM149A также похож на кДНК FLJ58677 (86% запроса), которая обнаруживается в тканях почек плода, функция которых неизвестна.

Информация получена от:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Ген

FAM149A состоит из 2721 пары оснований и 482 аминокислот и расположен на хромосоме 4q35.1. Он работает на положительной стороне хромосома 4. Другие гены также находятся поблизости на той же хромосоме, включая TLR3, CYP4V2, FLJ38576, ORAOV1P1 и SORBS2.[6]

Расположение FAM149A на хромосоме 4 в 4q35.1 у Homo sapiens

Гомология / эволюция

Паралоги и ортологи

FAM149A обладает одним основным паралог, FAM149B. В настоящее время мало что известно о FAM149B, кроме его принадлежности к общему семейству генов FAM149.

Ортологи FAM149A включают BRTD и его четыре изоформы, ECCHC11 и ALMS1. Все эти гены обнаружены у людей и имеют консервативные области с FAM149A.

РазновидностьРаспространенное имяРегистрационный номерДлинаИдентичность белковСходство белковДата расхождения (миллионы лет)
Homo sapiensЧеловекNP_001073963.1482aa100%100%0
Pongo abeliiОрангутангXP_002815398.2481aa93.2%95.0%15.7
Nomascus leucogenysСеверный белощёкий гиббонXP_004093218.1482aa92.7%95.0%20.4
Equus ferus caballusЛошадьXP_001490414.3480aa72.0%81.0%94.2
Taeniopygia guttataЗебра зябликXP_002193183485aa46.0%62.0%296
Monodelphis domesticaОпоссумXP_001368447.21133aa19.5%61.0%162.6
Xenopus tropicalisЗападная когтистая лягушкаXP_002934449427aa22.0%65.0%371.2

Сохраненный домен

FAM149A имеет консервативный домен неизвестной функции (DUF) 3719. DUF 3719 содержит очень мало информации. Он содержится только в эукариотических организмах и состоит из 70 аминокислот. Существует консервативный мотив последовательности HLR, обнаруженный в DUF 3719. Ниже приведено изображение, показывающее DUF3719 на FAM149A.

Структура белка FAM149A с DUF3719
Распределение видов для DUF3719

На следующем изображении, предоставленном Институтом Сангера, показаны виды, в которых существует это семейство. Фиолетовый цвет указывает на то, что DUF3719 существует только в эукариотических организмах. Цвета, например зеленый, указывают на то, что DUF3719 существует в бактериях. Когда эта диаграмма используется в интерактивном режиме на веб-сайте, она показывает, что 23 вида в Eukaryota имеют домен.[7]

Филогения

FAM149A расходился с амфибии около 400 миллионов лет назад, птицы 300 миллионов лет назад и млекопитающие, не включая приматы 94 миллиона лет назад. Последний раз расхождение от приматов произошло около 5 миллионов лет назад.[8]

Протеин

Первичная последовательность

Как указывалось ранее, FAM149A состоит из 482 аминокислоты. Аминокислоты, которые участвуют в трансляции гена FAM149A в белок FAM149A, показаны ниже вместе с соответствующими парами оснований. Белок расположен между 534 и 1982 п.н.

Аминокислотный состав белка, продуцируемого геном FAM149A.

Посттрансляционные модификации

Есть несколько программ, используемых для определения посттрансляционных модификаций в FAM149A.[9] Ниже перечислены тесты и результаты каждого из них.

NetPhos: Это обеспечит предсказанные сайты фосфорилирования в вашем белке, происходящие на серинах, тирозинах и треонинах. Приведены оценки, указывающие на качество предсказанного сайта. «Хорошая» оценка ближе к 1,0, а низкая оценка ближе к нулю. Результаты: предсказанные сайты фосфорилирования: Ser: 20 Thr: 16 Tyr: 2 Все эти предсказанные сайты имели оценки выше 0,514, большинство из них находится в диапазоне 0,8-0,9.

Результаты FAM149A NetPhos

Сульфинатор: Это используется для прогнозирования сайтов сульфатирования тирозина, образующихся, когда белки проходят секреторный путь. Для FAM149A результатов не было. Следовательно, нет никаких сайтов сульфатирования тирозина.

NetAcet: Предсказывает сайты N-концевого ацетилирования.

Вот результаты:

FAM149A NetAcet результаты

По данным NetAcet, для FAM149A нет сайтов N-концевого ацетилирования.

SUMOplot / SUMOsp: Используется для прогнозирования потенциальных сайтов сумоилирования. Это может объяснить большую молекулярную массу, чем ожидалось для гелей SDS, из-за присоединения белков SUMO.

Результаты можно увидеть ниже:

FAM149A SUMO результаты графика

Вторичная структура

Вторичная структура белка FAM149A основана на локальной трехмерной структуре. Анализируемые структуры включают α-спираль, β-цепь, β-виток и случайную спираль. Результаты были получены с использованием GOR4 и PELE.[10] из Biology WorkBench. GOR4 - это упрощенная версия, и PELE сравнивает предсказанные структуры из других программ.

Вторичная структура FAM149A из GOR4 через Biology WorkBench
Вторичная структура FAM149A из PELE через Biology WorkBench 1.
Вторичная структура FAM149A из PELE через Biology WorkBench 2.

Выражение

Промоутер

Вот промотор для гена FAM149A, предоставленный ElDorado.[11] и последовательность, извлеченная из информации.

СегментМесто началаОстановить местоположениеStrandДлинаНомер ссылкиИнформация
Регион промоутера187065495187066181+687 п.н.GXP_210035Промоутер для GXT_23739713, GXT_23739714, GXT_2803949

Расположение: FAM149A / GXL_175098

Первичная стенограмма187065995187093817+27283 п.н.GXT_2803949, GXL_175098FAM149A

Homo sapiens семейство со сходством последовательностей 149, член A (FAM149A), вариант транскрипта 1, мРНК. GenID: 25854 / NM_015398

Ниже представлена ​​версия промотора FAM149A в формате FASTA.

Промоторная область FAM149A (формат FASTA)

Сохранение генной структуры у разных видов

ECR Browser, демонстрирующий сохранение структуры гена FAM149A у разных видов.

Через веб-сайт NCBI в выбранную область хромосомы 4, содержащую FAM149A, были добавлены дополнительные 1000 пар оснований. Как только начальная и конечная позиции были установлены, позиции были перенесены в браузер ECR для совмещения с другими видами.

Согласно результатам, в FAM149A имеется 14 экзонов, которые консервативны у обезьяны, собаки, мыши и опоссума. Курица, лягушка и рыба практически не защищаются. В пределах первых 1000 пар оснований до начала транскрипции, по-видимому, не наблюдается заметной консервации между видами. Только собака содержит то, что считается эволюционно законсервированной областью (ECR).[12]

Выражение

Судя по графикам справа, самые высокие уровни выражение возникают в тройничном нерве ганглий, верхний шейный ганглий, атриовентрикулярный узел (сердце) и почка. Однако, по крайней мере, небольшое количество экспрессируется почти во всех тканях человеческого тела. Используя те же микромассивы, которые предоставляет Bio GPS,[13] Было обнаружено, что экспрессия FAM149A варьируется в зависимости от отделения эндометрия во время менструация. Это открывает новые возможности для возможного изучения функции гена.

FAM149A Выражение 1
FAM149A Выражение 2
FAM149A Выражение 3

Поиск был выполнен в Атласе мозга Аллена с использованием FAM149A. Согласно уровням экспрессии, предоставленным Атласом, FAM149A не экспрессируется на заметных уровнях в мозге мыши. Однако при визуальном наблюдении фигуры FAM149A можно было обнаружить в вентрально-заднем комплексе таламус. Это можно увидеть как темную вертикальную линию в центре сагиттального среза мозга на изображении ниже. Для сравнения, экспрессия белка, актин, используется для демонстрации того, как выглядит мозг мыши с высоким уровнем экспрессии.[14]

Экспрессия белка FAM149A в мозге мыши.
Пример экспрессии белка актина бета в мозге мыши.
Уровни экспрессии белка FAM149A в мозге мыши.
Пример уровней экспрессии белка актина-бета в мозге мыши.

EST профиль

Данные на рисунке ниже показывают, что FAM149A высоко экспрессируется в головном мозге, нервах, поджелудочной железе, надпочечниках и почках. В сердце нет выражения. Из информации во второй таблице, общие осложнения, связанные с экспрессией FAM149A, включают опухоли надпочечников, опухоли поджелудочной железы, колоректальные опухоли и опухоли яичников.[15]

Профиль EST для FAM149A.

Варианты транскрипции

FAM149A имеет два варианта транскрипции, вариант транскрипта 1 и вариант транскрипта 2. Оба кодируют один и тот же белок FAM149A. Различия включают дополнительные пары оснований в 5'-нетранслируемой области, а также в 3'-нетранслируемой области. Одно из двух отличий в фактической транслируемой области белка - это G вместо A на 1590 bp в варианте 1 и 1337 bp в варианте 2. Другое отличие состоит в C вместо A на 2214 bp в TV1 и bp. 1961 год на ТВ2.

Сочинение

Как указано выше, FAM149A состоит из 482 аминокислот. Самая распространенная аминокислота - это серин что составляет 9,8% гена. Наименее распространенными аминокислотами являются триптофан и цистеин каждый из которых составляет только 1,2% гена. Единственная повторяющаяся комбинация аминокислот в белке - это SLAS, который происходит из аминокислот 234–237 и 324–327. В дополнение Изоэлектрическая точка FAM149A составляет 9.891999[16]

Взаимодействующие белки

Сайты связывания факторов транскрипции

Ниже приводится анализ промоутер регион для FAM149A. Он показывает ряд транскрипция сайты связывания факторов, которые могут вносить значительный вклад в регуляцию генетической экспрессии. На изображении ниже показано расположение мест привязки. Сайты связывания были проанализированы, чтобы найти любые возможные уникальные функции.

Сайты связывания фактора транскрипции FAM149A

Было получено много результатов, но были выбраны те, которые имеют наибольшее сходство и наибольшую распространенность, поскольку они, скорее всего, будут присутствовать на фактическом гене. Представляющие интерес семейства матриц включают болезнь Хантингтона регуляторная область гена, фактор роста нервов, ядерный респираторный фактор, ген плеоморфной аденомы, факторы транскрипции цинкового пальца и активатор E2F-myc / регулятор клеточного цикла. Многие из них взаимодействовали, вращая комплекс «цинковый палец», что предполагает, что это может быть важно для FAM149A.[17]

Белковые взаимодействия

Белки, взаимодействующие с FAM149A.

FAM149A потенциально взаимодействует с ZNF385D, C10orf10, PNMAL1, CPN2, C10orf72, VPS13D и RBMS3.[18] Основываясь на предыдущих исследованиях сайтов связывания, многие из них часто были связаны с белками цинковых пальцев. Согласно результатам STRING, вторым по силе связывающим белком является белок цинкового пальца 385D. Однако нельзя сделать вывод, что это единственные взаимодействующие белки, поскольку, похоже, мало что можно не исследовать, касаясь взаимодействий с FAM149A. База данных молекулярных взаимодействий (MINT) использовалась в качестве дополнительного источника для белковых взаимодействий. Однако FAM149A не было в базе данных. Согласно списку функциональных партнеров STRING, топ-5 также не включены в базу данных MINT. Другая база данных взаимодействий, I2D Protein-Protein Interaction[19] показали возможное взаимодействие с белком ПРКАГ1, однако взаимодействие было слабым.

Ниже приведен список белков, которые потенциально могут взаимодействовать с FAM149A.Список потенциальных белков, которые взаимодействуют с FAM149A.

Клиническое значение

Ассоциация болезней

FAM149A, хотя и не имеет окончательной связи, оказался одним из 15 генов-кандидатов, вносящих вклад в развитие рака и диспластических поражений.[20] В той же статье также отмечается снижение регуляции гена при раке полости рта, что дает возможный путь исследования.

Рекомендации

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000109794 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000070044 - Ансамбль, Май 2017
  3. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ «Ссылка на Mouse PubMed:». Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ^ Xu X, Tsumagari K, Sowden J, Tawil R, Boyle AP, Song L, Furey TS, Crawford GE, Ehrlich M (декабрь 2009 г.). «Гиперчувствительность к ДНКазеI при бедном генами, связанном с дистрофией ФСГ 4q35.2». Нуклеиновые кислоты Res. 37 (22): 7381–93. Дои:10.1093 / nar / gkp833. ЧВК  2794184. PMID  19820107.
  6. ^ «FAM149A, семейство со сходством последовательностей 149, член A [Homo sapiens (Human)]». Джин - NCBI.
  7. ^ "DUF3719". Распространение видов из Института Сэнгера. Архивировано из оригинал на 2011-05-06.
  8. ^ "Clustal W". Суперкомпьютерный центр Сан-Диего. Получено 5 марта 2013.[постоянная мертвая ссылка ]
  9. ^ "ExPASy: Портал ресурсов SIB по биоинформатике - Категории". SIB Швейцарский институт биоинформатики.
  10. ^ «Вторичная структура FAM149A». GOR4 и PELE - рабочий стол по биологии.[постоянная мертвая ссылка ]
  11. ^ "Эльдорадо". Геноматикс. Получено 30 апреля 2013.
  12. ^ Овчаренко И., Нобрега М.А., Лутс Г.Г., Стаббс Л. (июль 2004 г.). «Браузер ECR: инструмент для визуализации и доступа к данным сравнения геномов нескольких позвоночных». Нуклеиновые кислоты Res. 32 (Выпуск веб-сервера): W280–6. Дои:10.1093 / нар / гх355. ЧВК  441493. PMID  15215395.
  13. ^ «БиоГПС». Получено 2013-05-14.
  14. ^ "Экспрессия FAM149A". Атлас мозга Аллена.
  15. ^ "Профиль FAM149A EST". Профиль EST от UniGene через NCBI.
  16. ^ "ЧИСЛО ПИ". Верстак биологии. Суперкомпьютерный центр Сан-Диего.[постоянная мертвая ссылка ]
  17. ^ «Программа запуска GEMS: MatInspector: поиск сайтов связывания факторов транскрипции с помощью программного обеспечения Genomatix». Программное обеспечение Genomatix.
  18. ^ «Белок FAM149A (Homo sapiens) - сетевое представление STRING».
  19. ^ «Взаимодействие с белками I2D». Получено 30 апреля 2013.
  20. ^ Сумино Дж., Удзава Н., Окада Н., Миягути К., Могуши К., Такахаши К., Сато Х., Митикава К., Наката И., Танака Х., Амагаса Т. (февраль 2013 г.). «Изменения экспрессии генов в инициации и прогрессировании плоскоклеточного рака полости рта, выявленные с помощью лазерной микродиссекции и анализа олигонуклеотидных микроматриц». Int. J. Рак. 132 (3): 540–8. Дои:10.1002 / ijc.27702. PMID  22740306. S2CID  8895382.