FAM200A - FAM200A
| FAM200A | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 | |||||||||||||||||||||||||
| Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||
| Псевдонимы | FAM200A, C7orf38, семейство со сходством последовательностей 200 член A | ||||||||||||||||||||||||
| Внешние идентификаторы | ГомолоГен: 89159 Генные карты: FAM200A | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ортологи | |||||||||||||||||||||||||
| Разновидность | Человек | Мышь | |||||||||||||||||||||||
| Entrez |
| ||||||||||||||||||||||||
| Ансамбль |
| ||||||||||||||||||||||||
| UniProt |
| ||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (мРНК) |
| ||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (белок) |
| ||||||||||||||||||||||||
| Расположение (UCSC) | Chr 7: 99,55 - 99,56 Мб | н / д | |||||||||||||||||||||||
| PubMed поиск | [2] | н / д | |||||||||||||||||||||||
| Викиданные | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
C7orf38 это ген, расположенный на хромосома 7 в геноме человека.[3] Ген экспрессируется почти во всех типах тканей на очень низком уровне.[4] Эволюционно его можно найти по всему королевству. животное. Хотя функция белка не совсем понятна научному сообществу, биоинформатические инструменты показали, что белок во многом похож на цинковый палец или же транспозаза белки. Многие из его ортологи, паралоги, а соседние гены обладают доменами из цинковых пальцев.[5] Белок содержит домен димеризации hAT, близкий к своему C-конец.[6] Этот домен очень консервативен в транспозаза ферменты.[7]
Ген
C7orf38 находится на хромосоме 7 по адресу q22.1. Его геномная последовательность содержит 5612 п.н. Преобладающая стенограмма содержит два экзоны и имеет длину 2507 п.н.[8] Переведенный белок содержит 573 аминокислоты.[9]
Белковый состав
Белок из 573 аминокислот имеет молекулярную массу 66 280,05.[10] В изоэлектрическая точка было обнаружено, что это происходит при pH 5,775, что примерно на 1,6 pH ниже, чем средний pH человека.[11] Очевидны два отклонения от прототипов человеческих белков. Белок содержит меньше, чем ожидалось, количество глицин остатки, и богат лейцин остатки.[12] Нет разделов сильных гидрофобность или же гидрофильность. Таким образом, это не предсказуемо. трансмембранный белок.
Джин соседство
Четыре гена в непосредственной близости от C7orf38 на хромосоме 7 обладают сходной функцией, многие из которых являются факторами транскрипции.[13]
| Имя | Ориентация | Функция |
|---|---|---|
| ZNF789 | Старт: 98 908 451 п.н. от pter Конец: 98 923 153 п.н. от pter Размер: 14 703 п.о. Ориентация: положительная цепь | Ген кодирует белок 789 цинкового пальца. Предполагается, что функционально ген участвует в регуляции транскрипции. Ожидается использование связывания с ионами цинка. |
| ZNF394 | Старт: 98 928 790 п.н. от pter Конец: 98 935 813 п.н. от pter Размер: 7024 п.о. Ориентация: минус нить | Ген кодирует белок 394 цинкового пальца. Сверхэкспрессия ZNF394 ингибирует транскрипцию c-jun и Ap-1. Предполагается, что это репрессор транскрипции. |
| ZKSCAN5 | Начало: 98 940 209 п.н. от pter Конец: 98 969 381 п.н. от pter Размер: 29 173 п.о. Ориентация: положительная нить | Ген кодирует цинковый палец с доменами KRAB и SCAN 5. Этот ген кодирует белок цинкового пальца семейства Kruppel. Белок содержит SCAN-бокс и домен KRAB A. |
| ZNF655 | Старт: 98 993 981 п.н. от pter Конец: 99 012 012 п.н. от pter Размер: 18 032 п.о. Ориентация: положительная нить | Ген кодирует белок 655 цинкового пальца. Было обнаружено множество альтернативно сплайсированных транскриптов, кодирующих различные изоформы. |
| Михуя | Начало: 99 149 738 п.н. от pter Конец: 99 149 626 п.н. от pter Размер: 112 оснований Ориентация: положительная нить | Ген Mihuya не кодирует большой или известный функциональный белок. Антисмысловая связь с C7orf38 повышает возможность регуляции экспрессии. |
Паралоги
8 паралоги находятся в человеке протеом.[5] Подобно соседним генам, многие паралоги функционируют как цинковые пальцы, или же факторы транскрипции.
| Имя | Регистрационный номер NCBI | Длина (AA) | % Идентичность C7orf38 | % Сходство с C7orf38 |
|---|---|---|---|---|
| гипотетический белок LOC285550 | NP_001138663.1 | 657 | 79 | 91 |
| цинковый палец MYM-типа белок 6 | NP_009098.3 | 1325 | 38 | 60 |
| SCAN-домен, содержащий белок 3 | NP_443155.1 | 1325 | 39 | 60 |
| цинковый палец, содержащий домен BED 5 | NP_067034.2 | 692 | 35 | 57 |
| полученный из транспозона Buster3 транспозазоподобный | NP_071373.2 | 594 | 32 | 53 |
| белок 2B, содержащий домен повтора общего фактора транскрипции II-I | NP_001003795.1 | 949 | 25 | 46 |
| Повторяющийся домен GTF2I, содержащий 2 | NP_775808.2 | 949 | 24 | 45 |
| EPM2A взаимодействующий белок 1 | NP_055620.1 | 607 | 22 | 42 |
Ортологи
Ортологи C7orf38 можно проследить эволюционно через растения.[5] Ниже приводится далеко не полный список ортологов. Он предназначен для обеспечения эволюционного обзора сохранения C7orf38.
| Распространенное имя | Род и виды | Регистрационный номер NCBI | Длина (AA) | % Идентичность C7orf38 | % Сходство с C7orf38 |
|---|---|---|---|---|---|
| Шимпанзе | Пан троглодиты | XP_001139775.1 | 573 | 99 | 99 |
| Обезьяна макака | Macaca fascicularis | BAE01234.1 | 573 | 96 | 98 |
| Лошадь | Equus caballus | XP_001915370.1 | 573 | 81 | 84 |
| Свинья | Sus scrofa | XP_001929194 | 1323 | 39 | 61 |
| Корова | Bos taurus | XP_875656.2 | 1320 | 38 | 61 |
| Мышь | Mus musculus | CAM15594.1 | 1157 | 37 | 60 |
| Домашняя собака | Обыкновенная волчанка | ABF22701.1 | 609 | 37 | 60 |
| Крыса | Раттус раттус | NP_001102151.1 | 1249 | 37 | 59 |
| Опоссум | Monodelphis domestica | XP_001372983.1 | 608 | 37 | 59 |
| Курица | Gallus gallus | XP_424913.2 | 641 | 37 | 58 |
| Лягушка | Xenopus (Silurana) tropicalis | ABF20551.1 | 656 | 37 | 56 |
| Рыба-зебра | Данио Рерио | XP_001340213.1 | 609 | 37 | 56 |
| Гороховая тля | Acyrthosiphon pisum | XP_001943527.1 | 659 | 36 | 54 |
| Битлз | Tribolium castaneum | ABF20545.1 | 599 | 35 | 55 |
| Морской брызг | Циона кишечника | XP_002119512.1 | 524 | 34 | 52 |
| Гидра | Hydra magnipapillata | XP_002165429.1 | 572 | 29 | 52 |
| рыба фугу | Тетраодон нигровиридис | CAF95678.1 | 539 | 28 | 47 |
| Комар | Anopheles gambiae | XP_558399.5 | 591 | 28 | 47 |
| Морской еж | Стронгилоцентротус пурпуратус | ABF20546.1 | 625 | 27 | 47 |
| Травяное растение | Сорго двухцветное | XP_002439156.1 | 524 | 25 | 40 |
| Широколиственное дерево | Populus trichocarpa | XP_002319808.1 | 788 | 21 | 39 |
Структура
Протеин
CBLast был использован для определения структурно родственного белка с экспериментально определенной структурой. Было показано, что белок Hermes ДНК-транспозаза суперсемейства Hermes DBD структурно подобен (оценка: 1E-6).[14]
| Домен димеризации hAT | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||||||||
| Символ | шляпа | ||||||||
| Pfam | PF05699 | ||||||||
| ИнтерПро | IPR008906 | ||||||||
| |||||||||
Домен димеризации hAT находится на C-конец из транспозаза элементы, принадлежащие к суперсемейству Activator (суперсемейство hAT-элементов). Изолированный домен димеризации образует чрезвычайно стабильные димеры in vitro.[7]
мРНК
Программа MFOLD, доступная на Rensselaer BioInformatics Server, использовалась для предсказания вторичной структуры последовательности зрелой мРНК.[15]Первичная последовательность вторичных структур мРНК обнаруживает высокий уровень консервативности в ортологах, что указывает на структурную важность.
Распределение тканей
Ген экспрессируется в большинстве типов тканей.[16] Очень низкие уровни экспрессии наблюдались в профилях est, и никаких отклонений между состояниями здоровья и развития не наблюдалось.
Рекомендации
- ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000221909 - Ансамбль, Май 2017
- ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ «Калифорнийский университет Санта-Крус». Получено 2010-05-10.
- ^ «NCBI UniGene». Получено 2010-05-10.
- ^ а б c "NCBI BLAST". Получено 2010-05-10.
- ^ «КЕГГ». Получено 2010-05-10.
- ^ а б Эссерс Л., Адольфс Р., Кунце Р. (2000). «Высококонсервативный домен транспозазы-активатора кукурузы участвует в димеризации». Растительная клетка. 12 (2): 211–224. Дои:10.2307/3870923. JSTOR 3870923. ЧВК 139759. PMID 10662858.
- ^ «Фам200А». Получено 2010-05-10.
- ^ «Регистрационный номер белка NCBI». Получено 2010-05-10.
- ^ "AAStats. SDSC Biology WorkBench". Получено 2010-05-10.[постоянная мертвая ссылка ]
- ^ "ИП. SDSC Биология WorkBench". Получено 2010-05-10.[постоянная мертвая ссылка ]
- ^ "SAPS. SDSC Biology WorkBench". Получено 2010-05-10.[постоянная мертвая ссылка ]
- ^ «AceView». Получено 2010-05-10.
- ^ «Транспозаза ДНК Гермеса». Получено 2010-05-10.
- ^ «Фам200А». Архивировано из оригинал на 2010-05-22. Получено 2010-05-10.
- ^ «NCBI UniGene». Получено 2010-04-22.