Fam188a - Fam188a
Ген
Fam188a белок, обнаруженный в организме человека. Он также известен как Derp5 (Протеин 5, производный дермальной папиллы,) c10orf97, или белок my042 мозга. Он закодирован Ген Derp5 расположен на хромосома 10p 13.[5][6] Fam188a и его паралоги у других видов все являются членами суперсемейства белковых доменов DUF4205. Fam188a - это высококонсервативный ген, обнаруженный во всех позвоночные. Fam188a - это ген, экспрессирующийся во всем организме.[7]
Предсказанная структура белка Fam188a с помощью I-TASSER
Гомология
Все сравниваемые виды млекопитающих имеют 95-99% гомология сходство с Homo sapiens Fam188a. Причины этого неизвестны, но можно сделать вывод, что Fam188a д. Играть важную роль в правильном функционировании клеток у млекопитающих, поскольку даже небольшие изменения со временем в важных генах могут радикально изменить их функцию.
Эволюционное сравнение различных видов Fam188a
Птицы, рыбы и насекомые также имели сходство в диапазоне 30-40% с Fam188a Homo sapiens. Несмотря на то, что существует несколько сотен миллионов лет отклонения от Люди и насекомых, тот факт, что у насекомых все еще существует 40% -ное сходство, по-видимому, предполагает, что этот ген не претерпел значительных изменений за такие долгие промежутки времени и, должно быть, уже давно был важен для других видов. В сращивание закономерности у этих других видов неизвестны, но у людей существует по крайней мере 19 различных изоформы но только с одним основным паралогом: Fam188b.[8] Этот паралог структурно отличается 3 экзонами с Fam188a.
Древо эволюции между различными видами, имеющими гомологов Fam188a.
Карта интронов / экзонов Fam188a у Homo sapiens
Протеин
Fam188a - это 445-Аминокислота цепь. Структурно он не показывает много интересных областей, которые могли бы легко отличить его от других белков. Fam188a не имеет трансмембранных доменов и повторов последовательности.
Посттрансляционная предсказанная вторичная структура белка Fam188a
Fam188a предсказал сайты связывания факторов транскрипции
Функции и взаимодействующие белки
И-ТАССЕР[9] Результаты сворачивания белка показывают, что белковый продукт Fam188a имеет структуру, аналогичную 1CFF,[10] а Кальмодулин связывающий пептид. Кальмодулин участвует в клеточном апоптоз Кроме того, это может пролить свет на теоретическую функцию Fam188a.
Белковая складка наиболее функционально похожа на 3LEW,[11] «SusD-подобный углевод, связывающий белок из Bacteroides vulgatus»(Объединенный центр структурной геномики). 3LEW на 90% похож на Fam188a, и хотя его недостаточно для создания конкретной связи, этого достаточно, чтобы создать базовое представление о связанных структурах. Еще один функционально подобный белок (81%) - это 3SNX, «предполагаемый SusD-подобный углеводсвязывающий белок из Bacteroides thetaiotaomicron ВПИ-5482 ».[12] Можно предположить, что функция Fam188a играет роль в апоптозе клеток, и это потому, что он имеет структурное сходство с другими белками, которые участвуют в этом процессе. Хотя не существует CARD-домена, который обычно можно найти в апоптотическом пептиде, fam188a действительно выполняет аналогичную функцию с 1cffA, «кальмодулин-связывающим пептидом Са2 + помпы».[10] Поскольку известно, что кальмодулин вызывает апоптоз в различных тканях организма через помпу Ca2 +[13][14] и 1cffA имеет 26% сходство с Fam188a, я могу предположить, что апоптоз действительно является функцией Fam188a. Другие молекулы, подобные Fam188a, - это 1linA,[15] и 1qx7M, которые разделяют 23% и 18% структурного сходства соответственно, и обе эти молекулы также имеют дело либо с Ca2 + -помпой, либо с экспрессией кальмодулина.
Экспрессия Fam188a в различных тканях тела
Расположение экспрессии Fam188a в мозге человека
использованная литература
- ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000148481 - Ансамбль, Май 2017
- ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000026767 - Ансамбль, Май 2017
- ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ GeneCard для fam188a
- ^ HomoloGene: 11478
- ^ "Таблица данных Fam188a" (PDF).
- ^ GeneCard для FAM188B
- ^ Рой А., Кучукурал А., Чжан Ю. (2010). «I-TASSER: единая платформа для автоматизированного прогнозирования структуры и функции белков». Протоколы природы. 5 (4): 725–38. Дои:10.1038 / nprot.2010.5. ЧВК 2849174. PMID 20360767.
- ^ а б PDB: 1CFF; Эльсхорст Б., Хенниг М., Ферстерлинг Х., Динер А., Маурер М, Шульте П., Швальбе Х., Гризингер С., Кребс Дж., Шмид Х., Форхерр Т., Карафоли Е. (1999). «Структура раствора ЯМР комплекса кальмодулина со связывающим пептидом Са2 + помпы». Биохимия. 38 (38): 12320–32. Дои:10.1021 / bi9908235. PMID 10493800.
- ^ PDB: 3lew
- ^ PDB: 3snx
- ^ Ю. В., Нива Т., Миура Ю., Хорио Ф, Терадаира С., Рибар Т. Дж., Средство AR, Хасегава Ю., Сенда Т., Ники И. (2002). «Сверхэкспрессия кальмодулина вызывает Ca (2 +) - зависимый апоптоз бета-клеток поджелудочной железы, который можно предотвратить путем ингибирования синтазы оксида азота». Лабораторные исследования. 82 (9): 1229–39. Дои:10.1097 / 01.lab.0000027921.01548.c5. PMID 12218084.
- ^ Уи-Тей К., Нагано М., Сато С., Мията Ю. (2000). «Кальмодулин-зависимый и -независимый апоптоз в клетке нейрональной клеточной линии дрозофилы». Апоптоз. 5 (2): 133–40. Дои:10.1023 / А: 1009676528805. PMID 11232241. S2CID 33324141.
- ^ PDB: 1лин; Vandonselaar M, Hickie RA, Quail JW, Delbaere LT (1994). «Трифлуоперазин-индуцированное конформационное изменение Ca (2 +) - кальмодулина». Структурная биология природы. 1 (11): 795–801. Дои:10.1038 / nsb1194-795. PMID 7634090. S2CID 13431074.