Флавивирус 5 UTR - Flavivirus 5 UTR - Wikipedia

Флавивирус-5UTR
RF03546.svg
Идентификаторы
СимволФлавивирус-5UTR
РфамRF03546
Прочие данные
РНК тип Снг
ИДТИИДТИ: 0039694
ТАКТАК: 0000205
PDB структурыPDBe

Флавивирус 5 'UTR находятся непереведенные регионы в геноме вирусов рода Флавивирус.

Фон

В Флавивирус позитивно ориентированный, одноцепочечный РНК геном имеет длину 10,000 - 11,000 базы. Род включает человека патогены подобно Вирус Зика, Вирус Западного Нила, Вирус денге, Вирус желтой лихорадки и другие[1].

5 'UTR флавивирусов высоко структурированы, имеют длину примерно 100 нуклеотиды и вмещает два законсервированных Вторичные структуры РНК которые жизненно важны для жизненного цикла вируса[2][3]. Во время репликации 5 'UTR взаимодействует с 3 'UTR генома, чтобы инициировать синтез новых вирусных реплик и вирусного белка перевод. В непосредственной близости к 5 'UTR находится структура cHP, которая важна для репликации вируса.[4][5].

5'SLA

Первый структурный элемент называется 5'SLA и включает три стержня (S1, S2, S3), сложенные в виде Y-образной стержневой структуры, и домен боковой структуры (SSD). Его общая длина составляет около 70 нуклеотидов. Эксперименты по подрыву S1 и S2 привели к остановке вирусного репликация. Кроме того, SLA - это промоутер для синтеза РНК и взаимодействует с вирусным белком NS5 во время циркуляризации вирусного генома[6][7]. После набора NS5 две петлевые области S3 (TL) и SSD (SSL) считаются взаимодействующими с NS5 для продвижения полимераза Мероприятия[4][8]. Несмотря на разнообразие SSD, его стабильная структура важна для заразительность[4].

5'SLB

Второй элемент называется 5'SLB и содержит инициацию трансляции. кодон в верхней части петли стебля. Он также содержит 5'UAR (вышестоящая область AUG), которая необходима для циркуляризации генома.[9]. 5'UAR взаимодействует с 3'UAR, который расположен в 3 'UTR генома, с образованием дальнодействующего взаимодействия РНК-РНК.[9].

cHP

Кодирующая капсид область шпильки (cHP) фактически находится в ORF вирусного генома, за которым следует 5'CS (консервативная последовательность), которая образует еще одно дальнодействующее взаимодействие РНК-РНК с 3 'UTR (3'CS)[5]. CHP помогает в распознавании стартового кодона и вирусной репликации. Исследования показывают, что функция cHP не зависит от последовательности, но зависит от структуры.[10].

Рекомендации

  1. ^ «Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV)». talk.ictvonline.org. Получено 2020-08-14.
  2. ^ Ng, Wy; Сото-Акоста, Рубен; Брэдрик, Шелтон; Гарсия-Бланко, Мариано; Ooi, Eng (06.06.2017). «5 'и 3' нетранслируемые области флавивирусного генома». Вирусы. 9 (6): 137. Дои:10.3390 / v9060137. ISSN  1999-4915. ЧВК  5490814. PMID  28587300.
  3. ^ Гебхард, Леопольдо Дж .; Filomatori, Claudia V .; Гамарник, Андреа В. (2011-09-15). «Функциональные элементы РНК в геноме вируса денге». Вирусы. 3 (9): 1739–1756. Дои:10.3390 / v3091739. ISSN  1999-4915. ЧВК  3187688. PMID  21994804.
  4. ^ а б c Цзэн, Мяо; Дуань, Яньпин; Чжан, Вэй; Ван, Миншу; Цзя, Реньонг; Чжу, Деканг; Лю, Мафенг; Чжао, Синьсинь; Ян, Цяо; У, Инь; Чжан, Шацю (27 марта 2020 г.). "Универсальная информация о вторичной структуре РНК в биологии цис-действующей РНК флавивируса, переносимого комарами (MBFV)". Границы микробиологии. 11: 473. Дои:10.3389 / fmicb.2020.00473. ISSN  1664-302X. ЧВК  7118588. PMID  32292394.
  5. ^ а б Клайд, Карен; Баррера, Хулио; Харрис, Ева (01.09.2008). «Шпилька в области кодирования капсида (cHP) является критическим фактором синтеза РНК вируса денге и вируса Западного Нила». Вирусология. 379 (2): 314–323. Дои:10.1016 / j.virol.2008.06.034. ЧВК  2628549. PMID  18676000.
  6. ^ Филоматори, К. В. (15 августа 2006 г.). «5'-элемент РНК способствует синтезу РНК вируса денге в кольцевом геноме». Гены и развитие. 20 (16): 2238–2249. Дои:10.1101 / gad.1444206. ISSN  0890-9369. ЧВК  1553207. PMID  16882970.
  7. ^ Ю, Ли; Номагути, Масако; Padmanabhan, R .; Маркофф, Льюис (2008-04-01). «Особые требования к элементам 5 'и 3' концевых областей в синтезе РНК флавивируса и репликации вируса». Вирусология. 374 (1): 170–185. Дои:10.1016 / j.virol.2007.12.035. ЧВК  3368002. PMID  18234265.
  8. ^ Filomatori, Claudia V .; Иглесиас, Нестор Дж .; Виллордо, Серджио М .; Альварес, Диего Э .; Гамарник, Андреа В. (2011-03-04). «Последовательности и структуры РНК, необходимые для рекрутирования и активности полимеразы вируса денге». Журнал биологической химии. 286 (9): 6929–6939. Дои:10.1074 / jbc.M110.162289. ISSN  0021-9258. ЧВК  3044948. PMID  21183683.
  9. ^ а б Альварес, Диего Э .; Лодейро, Мария Ф .; Ludueña, Silvio J .; Пьетрасанта, Lía I .; Гамарник, Андреа В. (2005-06-01). «Дальнодействующие взаимодействия РНК-РНК приводят к циркуляции генома вируса денге». Журнал вирусологии. 79 (11): 6631–6643. Дои:10.1128 / JVI.79.11.6631-6643.2005. ISSN  0022-538X. ЧВК  1112138. PMID  15890901.
  10. ^ Клайд, Карен; Харрис, Ева (1 марта 2006 г.). «Вторичная структура РНК в кодирующей области вируса денге типа 2 направляет выбор стартового кодона трансляции и необходима для репликации вируса». Журнал вирусологии. 80 (5): 2170–2182. Дои:10.1128 / JVI.80.5.2170-2182.2006. ISSN  0022-538X. ЧВК  1395379. PMID  16474125.