ГАБАРАП - GABARAP

ГАБАРАП
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 1ГНУ, 1KLV, 1КМ7, 1КОТ, 3D32, 3DOW, 3WIM, 4XC2
Идентификаторы
Псевдонимы	ГАБАРАП, ATG8A, GABARAP-a, MM46, белок, связанный с рецептором GABA типа A
Внешние идентификаторы	OMIM: 605125 MGI: 1861742 ГомолоГен: 134119 Генные карты: ГАБАРАП
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 17 (человек)[1] Группа 17p13.1 Начинать 7,240,008 бп[1] Конец 7,242,449 бп[1]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • связывание микротрубочек • GO: 0001948 связывание с белками • связывание бета-тубулина • связывание убиквитин-протеин-лигазы • Связывание рецептора ГАМК Сотовый компонент • цитоплазма • Тело клетки • аппарат Гольджи • мембрана • Мембрана Гольджи • клеточная мембрана • комплекс, связанный с микротрубочками • гладкая эндоплазматическая сеть • аутофагосома • мембрана аутофагосомы • актиновый цитоскелет • перинуклеарная область цитоплазмы • GO: 0035085 аксонема • лизосома • середина спермы • цитоскелет • микротрубочки • цитоплазматический пузырек • эндомембранная система • цитозоль Биологический процесс • химическая синаптическая передача • нацеливание на белок • аутофагия • транспорт белка • макроавтофагия • организация цитоскелета микротрубочек • внешний апоптотический сигнальный путь через рецепторы домена смерти • апоптотический процесс • GO: 0000046 Созревание аутофагосомы • сборка аутофагосом • аутофагия митохондрии • клеточный ответ на азотное голодание Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	11337	56486
Ансамбль	ENSG00000170296	ENSMUSG00000018567
UniProt	O95166	Q9DCD6
RefSeq (мРНК)	NM_007278	NM_019749
RefSeq (белок)	NP_009209	NP_062723
Расположение (UCSC)	Chr 17: 7.24 - 7.24 Мб	н / д
PubMed поиск	[2]	[3]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Белок, связанный с рецептором гамма-аминомасляной кислоты это белок что у людей кодируется ГАБАРАП ген.^[4]

Функция

Рецепторы гамма-аминомасляной кислоты А [рецепторы ГАМК (А)] представляют собой управляемые лигандами хлоридные каналы, которые опосредуют тормозную нейротрансмиссию. Этот ген кодирует белок, связанный с рецептором ГАМК (А), который имеет высокий положительный заряд на своем N-конце и имеет сходство последовательности с легкой цепью-3 белков 1А и 1В, связанных с микротрубочками. Этот белок объединяет рецепторы нейротрансмиттеров, опосредуя взаимодействие с цитоскелетом.^[5]

Более того, GABARAP выполняет важную функцию в аутофагии, опосредованной аутофагосомами, поскольку он важен для образования аутофагосом и секвестрации цитозольного груза в двухмембранные везикулы, что приводит к последующей деградации после слияния с лизосомами.^[6] Кроме того, GABARAP может опосредовать избирательную аутофагию, поскольку он связывается с так называемыми аутофагическими рецепторами (например, p62, NBr1), которые связывают и рекрутируют определенные грузы.

Взаимодействия

ГАБАРАП был показан взаимодействовать с TFRC,^[7] ULK1^[8][9] и GABRG2.^[4][10][11] Связанная структура для GABARAP с GABRG2, согласующаяся с экспериментальными наблюдениями, была получена расчетным путем.^[12]

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000170296 - Ансамбль, Май 2017
2. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
3. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. Ван Х., Бедфорд Ф.К., Брэндон Нью-Джерси, Мосс С.Дж., Олсен Р.В. (январь 1999 г.). «Белок, связанный с ГАМК (А) рецептором, связывает рецепторы ГАМК (А) и цитоскелет». Природа. 397 (6714): 69–72. Дои:10.1038/16264. PMID  9892355. S2CID  204990449.
5. «Ген Entrez: белок, связанный с рецептором GABARAP GABA (A)».
6. Szalai P, Hagen LK, Sætre F, Luhr M, Sponheim M, Øverbye A, Mills IG, Seglen PO, Engedal N (2015). «Аутофагическая массовая секвестрация цитозольного груза не зависит от LC3, но требует GABARAPs». Экспериментальные исследования клеток. 333 (1): 21–38. Дои:10.1016 / j.yexcr.2015.02.003. PMID  25684710.
7. Грин Ф., О'Хара Т., Блэквелл А., Эннс, Калифорния (май 2002 г.). «Ассоциация рецептора трансферрина человека с ГАБАРАП» (PDF). Письма FEBS. 518 (1–3): 101–106. Дои:10.1016 / S0014-5793 (02) 02655-8. PMID  11997026. S2CID  29391940.
8. Юинг Р.М., Чу П., Элизма Ф, Ли Х, Тейлор П., Клими С., МакБрум-Цераевски Л., Робинсон, доктор медицины, О'Коннор Л., Ли М., Тейлор Р., Дхарси М., Хо Й, Хейлбут А., Мур Л., Чжан S, Орнатски O, Бухман YV, Ethier M, Sheng Y, Vasilescu J, Abu-Farha M, Lambert JP, Duewel HS, Stewart II, Kuehl B, Hogue K, Colwill K, Gladwish K, Muskat B, Kinach R, Adams С.Л., Моран М.Ф., Морин Г.Б., Топалоглоу Т., Фигейз Д. (2007). «Крупномасштабное картирование белок-белковых взаимодействий человека с помощью масс-спектрометрии». Молекулярная системная биология. 3 (1): 89. Дои:10.1038 / msb4100134. ЧВК  1847948. PMID  17353931.
9. Окадзаки Н., Ян Дж., Юаса С., Уэно Т., Коминами Э., Масухо И., Кога Х., Мурамацу М. (декабрь 2000 г.). «Взаимодействие Unc-51-подобной киназы и белков, связанных с легкой цепью 3, связанных с микротрубочками, в головном мозге: возможная роль везикулярного транспорта в удлинении аксонов». Исследование мозга. Молекулярное исследование мозга. 85 (1–2): 1–12. Дои:10.1016 / S0169-328X (00) 00218-7. PMID  11146101.
10. Ниманн-Андерсен Дж., Ван Х., Чен Л., Киттлер Дж. Т., Мосс С. Дж., Олсен Р. В. (март 2002 г.). «Субъединичная специфичность и домен взаимодействия между рецептором ГАМК (А) белка (ГАБАРАП) и рецепторами ГАМК (А)». Журнал нейрохимии. 80 (5): 815–823. Дои:10.1046 / j.0022-3042.2002.00762.x. PMID  11948245. S2CID  38049055.
11. Койл Дж. Э., Камар С., Раджашанкар К. Р., Николов Д. Б. (январь 2002 г.). «Структура GABARAP в двух конформациях: значение для локализации рецептора GABA (A) и связывания тубулина». Нейрон. 33 (1): 63–74. Дои:10.1016 / S0896-6273 (01) 00558-X. PMID  11779480. S2CID  14487823.
12. Ирвин Б.В., Вукович С., Пейн М.К., ЭльГамаси М., Чау П.Л. (декабрь 2018 г.). «Прогнозирование взаимодействия GABARAP с рецептором GABA типа A». Белки. 86 (12): 1251–1264. Дои:10.1002 / prot.25589. ЧВК  6492159. PMID  30218455.

дальнейшее чтение

• Канемацу Т., Хирата М. (апрель 2002 г.). «[Анализ белок-белкового взаимодействия со специальной ссылкой на ПРИП-1]». Нихон Якуригаку Засши. Folia Pharmacologica Japonica. 119 (4): 241–6. Дои:10.1254 / fpj.119.241. PMID  11979730.
• Paz Y, Elazar Z, Fass D (август 2000 г.). «Структура GATE-16, модулятора мембранного транспорта и ортолога фактора аутофагоцитоза Aut7p млекопитающих». Журнал биологической химии. 275 (33): 25445–25450. Дои:10.1074 / jbc.C000307200. PMID  10856287.
• Ван Х., Олсен Р.В. (август 2000 г.). «Связывание белка, ассоциированного с рецептором GABA (A) (GABARAP), с микротрубочками и микрофиламентами предполагает участие цитоскелета во взаимодействии с рецептором GABARAPGABA (A)». Журнал нейрохимии. 75 (2): 644–655. Дои:10.1046 / j.1471-4159.2000.0750644.x. PMID  10899939. S2CID  86634862.
• Kneussel M, Haverkamp S, Fuhrmann JC, Wang H, Wässle H, Olsen RW, Betz H (июль 2000 г.). «Белок, ассоциированный с рецептором гамма-аминомасляной кислоты типа A (GABAAR), GABARAP взаимодействует с гефирином, но не участвует в закреплении рецептора в синапсе». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 97 (15): 8594–8599. Дои:10.1073 / пнас.97.15.8594. ЧВК  26993. PMID  10900017.
• Hu RM, Han ZG, Song HD, Peng YD, Huang QH, Ren SX, Gu YJ, Huang CH, Li YB, Jiang CL, Fu G, Zhang QH, Gu BW, Dai M, Mao YF, Gao GF, Rong R , Е М., Чжоу Дж., Сюй Ш., Гу Дж., Ши Дж. Х, Джин В. Р., Чжан К. К., Ву Т. М., Хуан Г. Ю., Чен З, Чен М. Д., Чен Дж. Л. (август 2000 г.). «Профили экспрессии генов в оси гипоталамус-гипофиз-надпочечники человека и клонирование полноразмерной кДНК». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 97 (17): 9543–9548. Дои:10.1073 / pnas.160270997. ЧВК  16901. PMID  10931946.
• Чен Л., Ван Х, Вичини С., Олсен Р. У. (октябрь 2000 г.). «Белок, связанный с рецептором гамма-аминомасляной кислоты типа A (GABAA) (GABARAP), способствует кластеризации рецепторов GABAA и модулирует кинетику канала». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 97 (21): 11557–11562. Дои:10.1073 / пнас.190133497. ЧВК  17239. PMID  10984509.
• Чжан QH, Ye M, Wu XY, Ren SX, Zhao M, Zhao CJ, Fu G, Shen Y, Fan HY, Lu G, Zhong M, Xu XR, Han ZG, Zhang JW, Tao J, Huang QH, Zhou J , Ху GX, Gu J, Chen SJ, Chen Z (октябрь 2000 г.). «Клонирование и функциональный анализ кДНК с открытыми рамками считывания для 300 ранее не определенных генов, экспрессируемых в CD34 + гематопоэтических стволовых / предшественниках». Геномные исследования. 10 (10): 1546–1560. Дои:10.1101 / гр.140200. ЧВК  310934. PMID  11042152.
• Окадзаки Н., Ян Дж., Юаса С., Уэно Т., Коминами Э., Масухо И., Кога Х., Мурамацу М. (декабрь 2000 г.). «Взаимодействие Unc-51-подобной киназы и связанных с микротрубочками белков легкой цепи 3, связанных белков в головном мозге: возможная роль везикулярного транспорта в удлинении аксонов». Исследование мозга. Молекулярное исследование мозга. 85 (1–2): 1–12. Дои:10.1016 / S0169-328X (00) 00218-7. PMID  11146101.
• Xin Y, Yu L, Chen Z, Zheng L, Fu Q, Jiang J, Zhang P, Gong R, Zhao S (июнь 2001 г.). «Клонирование, паттерны экспрессии и хромосомная локализация трех человеческих и двух мышиных гомологов белка, ассоциированного с рецептором ГАМК (А)». Геномика. 74 (3): 408–413. Дои:10.1006 / geno.2001.6555. PMID  11414770.
• Киттлер Дж. Т., Ростаинг П., Скьяво Дж., Фритчи Дж. М., Олсен Р., Триллер А., Мосс С. Дж. (Июль 2001 г.). «Субклеточное распределение GABARAP и его способность взаимодействовать с NSF предполагают роль этого белка во внутриклеточном транспорте рецепторов GABA (A)». Молекулярная и клеточная нейронауки. 18 (1): 13–25. Дои:10.1006 / mcne.2001.1005. PMID  11461150. S2CID  43244403.
• Стэнглер Т., Майр Л.М., Дингли А.Дж., Санный спорт C, Уиллболд Д. (октябрь 2001 г.). «Последовательно-специфические резонансные отнесения 1H, 13C и 15N белка, ассоциированного с рецептором ГАМК человека». Журнал биомолекулярного ЯМР. 21 (2): 183–4. Дои:10.1023 / А: 1012416810974. PMID  11727985. S2CID  31757286.
• Харрис Р., Макалистер М.С., Санкар А., Фелан Дж. П., Мосс С.Дж., Keep NH, Дрисколл, ПК (октябрь 2001 г.). «Резонансные отнесения каркаса 1H, 13C и 15N для белка 14 кДа, белка, ассоциированного с рецептором ГАМК (A) (GABARAP)». Журнал биомолекулярного ЯМР. 21 (2): 185–6. Дои:10.1023 / А: 1012473609468. PMID  11727986. S2CID  82224217.
• Knight D, Harris R, McAlister MS, Phelan JP, Geddes S, Moss SJ, Driscoll PC, Keep NH (февраль 2002 г.). «Рентгеновская кристаллическая структура и предполагаемые свойства связывания пептидов, полученных из лиганда, белка, ассоциированного с рецептором гамма-аминомасляной кислоты типа А». Журнал биологической химии. 277 (7): 5556–5561. Дои:10.1074 / jbc.M109753200. PMID  11729197.
• Койл Дж. Э., Камар С., Раджашанкар К. Р., Николов Д. Б. (январь 2002 г.). «Структура GABARAP в двух конформациях: значение для локализации рецептора GABA (A) и связывания тубулина». Нейрон. 33 (1): 63–74. Дои:10.1016 / S0896-6273 (01) 00558-X. PMID  11779480. S2CID  14487823.
• Танида И., Танида-Мияке Е., Комацу М., Уэно Т., Коминами Е. (апрель 2002 г.). «Гомолог Apg3p / Aut1p человека представляет собой аутентичный фермент E2 для нескольких субстратов, GATE-16, GABARAP и MAP-LC3, и облегчает конъюгацию hApg12p с hApg5p». Журнал биологической химии. 277 (16): 13739–13744. Дои:10.1074 / jbc.M200385200. PMID  11825910.
• Станглер Т., Майр Л.М., Уиллболд Д. (апрель 2002 г.). «Структура раствора человеческого GABA (A) рецептор-ассоциированного белка GABARAP: последствия для биологических функций и их регуляции». Журнал биологической химии. 277 (16): 13363–13366. Дои:10.1074 / jbc.C200050200. PMID  11875056.
• Куно Т., Миура К., Канемацу Т., Сиракава М., Хирата М., Кавано К. (январь 2002 г.). «1H, 13C и '5N резонансные отнесения GABARAP, белка, ассоциированного с рецептором GABAA». Журнал биомолекулярного ЯМР. 22 (1): 97–98. Дои:10.1023 / А: 1013884402033. PMID  11885988. S2CID  82980835.
• Танида И., Танида-Мияке Е., Нишитани Т., Комацу М., Ямазаки Х., Уэно Т., Коминами Е. (март 2002 г.). «Мышиный Apg12p имеет предпочтение субстрата для мышиного Apg7p по сравнению с тремя гомологами Apg8p». Сообщения о биохимических и биофизических исследованиях. 292 (1): 256–262. Дои:10.1006 / bbrc.2002.6645. PMID  11890701.
• Ниманн-Андерсен Дж., Ван Х., Чен Л., Киттлер Дж. Т., Мосс С. Дж., Олсен Р. В. (март 2002 г.). «Субъединичная специфичность и домен взаимодействия между рецептором ГАМК (А) белка (ГАБАРАП) и рецепторами ГАМК (А)». Журнал нейрохимии. 80 (5): 815–823. Дои:10.1046 / j.0022-3042.2002.00762.x. PMID  11948245. S2CID  38049055.