GeneMatcher - GeneMatcher

GeneMatcher
GeneMatcher logo.png
Содержание
ОписаниеОнлайн-сервис и база данных для подходящих врачей на основе интересующих генов
Типы данных
захвачен		Гены, геномные локусы, генетические нарушения, физические симптомы
Контакт
Исследовательский центрЦентр Менделирующей геномики Бэйлора – Хопкинса (BHCMG)
Основное цитированиеPMID  26220891
Дата выходаСентябрь 2013
Доступ
Интернет сайтwww.genematcher.org

GeneMatcher - это онлайн-сервис и база данных, предназначенная для поиска врачей, изучающих пациентов с редким заболеванием, на основании гены, представляющие интерес. Когда два или более врача подают одно и то же ген к базе данных служба сопоставляет их вместе, чтобы они могли сравнивать случаи. Это также позволяет сопоставить гены из животные модели к человеческим случаям. Услуга направлена ​​на установление новых отношений между генами и генетические заболевания по неизвестной причине.

Веб-сайт был запущен в сентябре 2013 года командой из совместного проекта, финансируемого государством, между Больница Джона Хопкинса и Медицинский колледж Бейлора В Соединенных Штатах.[1]

По состоянию на декабрь 2019 г., сайт содержал 11 855 генов от 7 724 авторов из 88 стран, и было найдено 6 609 совпадений.[2] Эта служба помогла генетикам сделать несколько открытий, в том числе установить генетические причины одной из форм расстройство аутистического спектра, синдромы микроцефалия с потерей слуха митохондриальная болезнь, SPONASTRIME дисплазия и Синдром Ау – Клайна.

История

Веб-сайт был запущен в сентябре 2013 года Нара Собрейра, Франсуа Скьеттекат, Ада Хамош и другие.[1] Команда является частью совместных усилий между Больница Джона Хопкинса в Балтимор, Мэриленд и Медицинский колледж Бейлора в Хьюстон, Техас, Соединенные Штаты назвали Центр Менделирующей геномики Бейлора – Хопкинса (BHCMG) одним из трех таких Центров менделевской геномики (CMG), созданных и финансируемых американскими властями. Национальные институты здоровья (NIH) и Национальный институт исследования генома человека (NHGRI) в 2011 году.[3][4]

Функции

Сервис позволяет исследователям вносить гены-кандидаты в базу данных и сопоставлять их на основе общего интересующего гена. Исследователи, поставщики медицинских услуг или пациенты могут создать учетную запись, используя свою электронную почту, имя и адрес. Сделав это, они могут опубликовать ген генный символ, Entrez ID или Ансамбль генный ID. Они также могут определять гены OMIM номер или геномное местоположение. Если идентичный ген уже был опубликован другим пользователем, совпадение выполняется немедленно, и оба пользователя получают электронное письмо с контактными данными другого пользователя. В противном случае ген остается в базе данных, пока другой пользователь не отправит тот же ген. База данных генов недоступна для исследования, и никакие контактные данные пользователя не доступны до тех пор, пока не будет найдено соответствие. Пользователи могут отозвать свой представленный ген или удалить свою учетную запись в любое время.[1]

При желании пользователи также могут запрашивать базу данных по генетическому заболеванию или физическому симптому. Служба также поощряет тех, кто работает с моделями животных, отправлять свои гены-кандидаты и предоставляет возможность указать отправку модельный организм.[1]

использование

По состоянию на декабрь 2019 г.сайт содержал 11 855 генов от 7 724 отправителей из 88 стран, и было найдено 6 609 совпадений.[2] По состоянию на июль 2015 г., примерно 14% генов были связаны с моделями животных, а сам BHCMG представил не менее 180 генов и сгенерировал 69 совпадений, 16 из которых также соответствовали фенотипу. Три из этих совпадений фенотип-ген, включая SPATA5, ГНРНПК и TELO2, было достаточно для публикации новых очерков болезней в медицинских журналах.[1]

Сотрудничество с другими базами данных

GeneMatcher - это часть сотрудничества между несколькими службами сопоставления генов под названием MatchmakerExchange, запущенная в октябре 2013 года. Другие службы, входящие в проект, включают PhenomeCentral и РАСШИФРОВАТЕЛЬ.[5]

Американская компания по генетическому тестированию GeneDx загрузил гены из своей базы данных с вероятными патогенными вариантами, что привело к десяткам совпадений.[1]

Влияние

GeneMatcher помог генетикам сделать несколько новых открытий, некоторые из которых включают следующее:

  • В 2015 году служба сопоставила три практики со случаями неизвестного мультисистемного синдрома, вероятно, вызванного мутацией в ГНРНПК. Причина была подтверждена, и синдром был назван синдромом Ау – Клайна в честь двух исследователей, участвовавших в исследовании - Пинг-Йи Билли Ау и Антони Д. Клайн.[5][6] Позже в 2019 году было показано, что синдром идентичен Синдром Окамото, описанный в 1997 году.[7]
  • В 2015 году сервис позволил исследователям связать SPATA5 аутосомно-рецессивному синдрому микроцефалии, судорогам и потере слуха. Они использовали GeneMatcher, чтобы найти 4 из 14 пациентов с синдромом и мутациями.[8]
  • В 2015 году GeneMatcher помог исследователям связать TELO2 аутосомно-рецессивному синдрому микроцефалии, атаксии, тугоухости, врожденным порокам сердца и другим особенностям. Сервис позволил найти четвертую из четырех семей с детьми с заболеванием и мутациями. Синдром был назван синдромом Ю-Гувера-Фонга в честь исследователей Цзин Ю и Джули Гувер-Фонг.[9]
  • В 2016 году исследователи из Нидерландов использовали GeneMatcher для выявления 2 из 4 пациентов с фатальным аутосомно-рецессивным иммунодефицитным состоянием, называемым синдромом LICS, вызванным мутациями в NSMCE3.[10][11]
  • В 2017 году было обнаружено, что мутации в KYNU или же HAAO приводят к аутосомно-рецессивному синдрому аномалий скелета, врожденным порокам сердца, гипоплазия почек, потеря слуха и другие особенности. Исследователи использовали GeneMatcher, чтобы идентифицировать четвертую из четырех семей с детьми с этим заболеванием.[12][13]
  • В 2017 году британские исследователи выявили мутации в ADCY3 как причина аутосомно-рецессивного цилиарное расстройство вызывая ожирение, аносмия и легкая умственная отсталость. GeneMatcher позволил им найти четвертого из четырех пациентов с этим заболеванием.[14][15][16]
  • В 2018 году исследователям удалось связать митохондриальный комплекс I дефицит с мутацией в NDUFA6 используя GeneMatcher. Служба позволила им найти 3 из 4 пациентов с этим заболеванием и мутацией.[17][18]
  • В 2019 году GeneMatcher позволил исследователям связать DEGS1 к аутосомно-рецессивной гипомиелинизации лейкодистрофия. Они обнаружили гомозиготную мутацию в гене у одной пациентки, и служба помогла им найти еще 18 пациентов с аутосомно-рецессивными мутациями в том же гене со схожими симптомами.[19][20][21]
  • В 2019 году исследователи смогли установить с помощью GeneMatcher, что мутация в BRSK1 приводит к аутосомно-доминантному синдрому умственной отсталости и расстройство аутистического спектра. Служба позволила им найти 5 из 9 пациентов с заболеванием и мутацией. Девять пациентов были из когорт общей численностью 3429 человек, что считалось высокораспространенным для редкого расстройства и привело к удивлению, что ген не был связан с задержкой развития раньше.[22][23]

Рекомендации

  1. ^ а б c d е ж Собрейра, Нара; Schiettecatte, François; Валле, Дэвид; Хамош, Ада (2015). «GeneMatcher: инструмент сопоставления для подключения исследователей, заинтересованных в одном и том же гене». Человеческая мутация. 36 (10): 928–930. Дои:10.1002 / humu.22844. ISSN  1098-1004. ЧВК  4833888. PMID  26220891.
  2. ^ а б "GeneMatcher (GM)". 2019-12-28. Архивировано из оригинал на 2019-12-28. Получено 2019-12-28.
  3. ^ Бамшад, Майкл Дж .; Shendure, Jay A .; Ридер, Марк Дж .; Валле, Дэвид; Хамош, Ада; Лупски, Джеймс Р .; Гиббс, Ричард А .; Бурвинкль, Эрик; Лифтон, Рик П .; Герштейн, Марк; Гюнель, Мурат (июль 2012 г.). «Центры менделевской геномики: новая крупномасштабная инициатива по выявлению генов, лежащих в основе редких менделевских состояний». Американский журнал медицинской генетики, часть A. 0 (7): 1523–1525. Дои:10.1002 / ajmg.a.35470. ISSN  1552-4825. ЧВК  3702263. PMID  22628075.
  4. ^ «Центры менделевской геномики». Genome.gov. Получено 2019-12-28.
  5. ^ а б Карина Сторрс, Специально для. «Сват: новые краудсорсинговые сайты по редким заболеваниям». CNN. Получено 2019-12-28.
  6. ^ Ау, П.Я. Билли; Ты, Цзин; Калусериу, Оана; Шварцентрубер, Джереми; Маевский, Яцек; Bernier, Francois P .; Фергюсон, Марсия; Валле, Дэвид; Parboosingh, Jillian S .; Собрейра, Нара; Иннес, А. Мишель (октябрь 2015 г.). «GeneMatcher помогает в выявлении нового синдрома пороков развития с умственной отсталостью, уникальными лицевыми дисморфизмами и аномалиями скелетной и соединительной ткани, вызванными вариантами De Novo в HNRNPK». Человеческая мутация. 36 (10): 1009–1014. Дои:10.1002 / humu.22837. ISSN  1059-7794. ЧВК  4589226. PMID  26173930.
  7. ^ Окамото, Нобухико (май 2019 г.). «Синдром Окамото имеет особенности, совпадающие с синдромом Ау-Кляйна, и вызван мутацией HNRNPK». Американский журнал медицинской генетики, часть A. 179 (5): 822–826. Дои:10.1002 / ajmg.a.61079. ISSN  1552-4833. PMID  30793470. S2CID  73496854.
  8. ^ Tanaka, Akemi J .; Чо, Меган Т .; Миллан, Франциска; Юусола, Джейн; Реттерер, Кайл; Джоши, Чарута; Ниязов Дмитрий; Гарника, Адольфо; Грац, Эдвард; Дирдорф, Мэтью; Уилкинс, Алиша (2015-09-03). «Мутации в SPATA5 связаны с микроцефалией, умственной отсталостью, судорогами и потерей слуха». Американский журнал генетики человека. 97 (3): 457–464. Дои:10.1016 / j.ajhg.2015.07.014. ISSN  0002-9297. ЧВК  4564988. PMID  26299366.
  9. ^ Ты, Цзин; Sobreira, Nara L .; Гейбл, Дастин Л .; Юргенс, Джули; Грейндж, Дороти К .; Белнап, Ньюэлл; Синиард, Эшли; Селингер, Сабольч; Шраувен, Изабель; Richholt, Ryan F .; Валле, Стефани Э. (05.05.2016). «Синдромное нарушение умственной отсталости, вызванное вариантами TELO2, гена, кодирующего компонент комплекса TTT». Американский журнал генетики человека. 98 (5): 909–918. Дои:10.1016 / j.ajhg.2016.03.014. ISSN  0002-9297. ЧВК  4863664. PMID  27132593.
  10. ^ Стейджерт, Микки (07.07.2017). "Na negen jaar een диагностировать: dit gebeurde in de tussentijd". de Volkskrant (на голландском). Получено 2019-12-29.
  11. ^ van der Crabben, Saskia N .; Hennus, Marije P .; McGregor, Grant A .; Риттер, Дебора I .; Nagamani, Sandesh C.S .; Wells, Owen S .; Хараклова, Магдалена; Чинн, Иван К .; Альт, Аарон; Вондрова, Люси; Хохстенбах, Рон (2016). «Дестабилизированный комплекс SMC5 / 6 приводит к синдрому разрыва хромосом с тяжелым заболеванием легких». Журнал клинических исследований. 126 (8): 2881–2892. Дои:10.1172 / JCI82890. ISSN  0021-9738. ЧВК  4966312. PMID  27427983.
  12. ^ «Подпишитесь на The Australian | Доставка газет на дом, веб-сайт, приложения для iPad, iPhone и Android». www.theaustralian.com.au. Получено 2019-12-29.
  13. ^ Ши, Хунцзюнь; Энрикес, Аннабель; Рападас, Мелисса; Martin, Ella M.M.A .; Ван, Рони; Моро, Жюли; Lim, Chai K .; Szot, Джастин O .; Ип, Эдди; Хьюз, Джеймс Н .; Сугимото, Котаро (10.08.2017). «Дефицит НАД, врожденные пороки развития и добавка ниацина». Медицинский журнал Новой Англии. 377 (6): 544–552. Дои:10.1056 / NEJMoa1616361. ISSN  0028-4793. PMID  28792876.
  14. ^ AGERPRES. "Asocierea dintre obezitate şi mutaţiile genetice, dovada că această boală nu înseamnă. "www.agerpres.ro (на румынском). Получено 2019-12-29.
  15. ^ Саид, Садия; Боннефонд, Амели; Таманини, Филиппо; Мирза, Мухаммад Усман; Манзур, Джайда; Janjua, Qasim M .; Din, Sadia M .; Гайтан, Жюльен; Милохау, Александра; Дюран, Эммануэль; Вайлан, Эммануэль (февраль 2018 г.). «Мутации потери функции в ADCY3 вызывают тяжелое моногенное ожирение». Природа Генетика. 50 (2): 175–179. Дои:10.1038 / s41588-017-0023-6. HDL:10044/1/59066. ISSN  1546-1718. PMID  29311637. S2CID  4967389.
  16. ^ Граруп, Нильс; Мольтке, Ида; Андерсен, Метте К .; Долби, Мария; Виттинг-Провидец, Кристоффер; Керн, Тимо; Махендран, Юварадж; Jørsboe, Эмиль; Ларсен, Кристина В. Л .; Даль-Петерсен, Ингер К .; Гилли, Артур (февраль 2018 г.). «Варианты с потерей функции в ADCY3 увеличивают риск ожирения и диабета 2 типа». Природа Генетика. 50 (2): 172–174. Дои:10.1038 / s41588-017-0022-7. ISSN  1546-1718. ЧВК  5828106. PMID  29311636.
  17. ^ Уолш, Фергус (10.06.2019). «Генная« революция »в диагностике больных детей». Получено 2019-12-29.
  18. ^ Олстон, Шарлотта Л .; Хайдлер, Юлиана; Дибли, Маррис Дж .; Kremer, Laura S .; Тейлор, Люси С .; Фраттер, Карл; Френч, Кортни Э .; Глазго, Рут I.C .; Feichtinger, René G .; Делон, Изабель; Пагнамента, Алистер Т. (2018-10-04). «Биаллельные мутации в NDUFA6 определяют его роль в изолированном дефиците митохондриального комплекса I с ранним началом». Американский журнал генетики человека. 103 (4): 592–601. Дои:10.1016 / j.ajhg.2018.08.013. ISSN  0002-9297. ЧВК  6174280. PMID  30245030.
  19. ^ «Недавно обнаруженная лейкодистрофия у детей: возможное излечение: ген, вызывающий заболевание, называется DEGS1, и его дефект можно нейтрализовать с помощью финголимода». ScienceDaily. Получено 2019-12-29.
  20. ^ «Запись OMIM - * 615843 - ДЕЛЬТА (4) -ДЕСАТУРАЗА, СФИНГОЛИПИД, 1; DEGS1». omim.org. Получено 2019-12-29.
  21. ^ Pant, Devesh C .; Дорбоз, Имэн; Шлютер, Агата; Фуркад, Стефан; Лоне, Натали; Джойя, Хавьер; Агилера-Альбеса, Серджио; Йолди, Мария Евгения; Казасновас, Карлос; Уиллис, Мэри Дж .; Руис, Монтсеррат (2019). «Потеря сфинголипидной десатуразы DEGS1 вызывает гипомиелинизирующую лейкодистрофию». Журнал клинических исследований. 129 (3): 1240–1256. Дои:10.1172 / JCI123959. ISSN  0021-9738. ЧВК  6391109. PMID  30620337.
  22. ^ "Сайт поиска генов приводит ученых к кандидату аутизма". Спектр | Новости исследований аутизма. 2019-05-06. Получено 2019-12-29.
  23. ^ Hiatt, Susan M .; Томпсон, Мишель Л .; Прокоп, Джереми У .; Лоулор, Джеймс М.Дж .; Грей, Дэвид Э .; Бебин, Э. Мартина; Ринне, Туула; Кемперс, Марлис; Пфундт, Рольф; ван Бон, Брегье В .; Миньо, Кирилл (04.04.2019). «Вредная вариация в BRSK2, ассоциированная с расстройством нервного развития». Американский журнал генетики человека. 104 (4): 701–708. Дои:10.1016 / j.ajhg.2019.02.002. ISSN  0002-9297. ЧВК  6451696. PMID  30879638.