ГНРНПК - HNRNPK

ГНРНПК
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 1J5K, 1ХМ, 1ZZI, 1ZZJ, 1ZZK
Идентификаторы
Псевдонимы	ГНРНПК, CSBP, HNRPK, TUNP, AUKS, гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин K
Внешние идентификаторы	OMIM: 600712 MGI: 99894 ГомолоГен: 81909 Генные карты: ГНРНПК
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 9 (человек)[1] Группа 9q21.32 Начинать 83,968,083 бп[1] Конец 83,980,616 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 13 (мышь)[2] Группа 13 | 13 B1 Начинать 58,391,142 бп[2] Конец 58,403,343 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • GO: 0001077, GO: 0001212, GO: 0001213, GO: 0001211, GO: 0001205 Активность ДНК-связывающего активатора транскрипции, специфично для РНК-полимеразы II • GO: 0000980 Связывание ДНК, специфичное для последовательности цис-регуляторной области РНК-полимеразы II • GO: 0001948 связывание с белками • связывание нуклеиновой кислоты • Связывание ДНК • связывание одноцепочечной ДНК • Связывание РНК • связывание кадгерина • специфическое связывание белкового домена • идентичное связывание с белками Сотовый компонент • цитоплазма • мембрана • очаговая адгезия • ядро клетки • каталитическая стадия 2 сплайсосомы • проекция клетки • ядерный хроматин • внеклеточная экзосома • подосомы • сплайсосомальный комплекс • соединение клеток • внеклеточный матрикс • нуклеоплазма • Гранула стресса Биологический процесс • положительная регуляция рецепторно-опосредованного эндоцитоза • регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • отрицательная регуляция сплайсинга мРНК через сплайсосомы • регуляция внутреннего апоптотического сигнального пути в ответ на повреждение ДНК медиатором класса p53 • регуляция транскрипции, ДНК-шаблон • транскрипция, ДНК-шаблон • GO: 0022415 вирусный процесс • Обработка РНК • обработка мРНК • регулирование клиренса частиц липопротеинов низкой плотности • Сплайсинг мРНК через сплайсосомы • преобразование сигнала • положительная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • отрицательная регуляция апоптотического процесса • Сплайсинг РНК • транскрипция с промотора РНК-полимеразы II • Метаболический процесс РНК Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	3190	15387
Ансамбль	ENSG00000165119	ENSMUSG00000021546
UniProt	P61978	P61979
RefSeq (мРНК)	NM_002140 NM_031262 NM_031263 NM_001318186 NM_001318187 NM_001318188	NM_001301340 NM_001301341 NM_001301343 NM_001301344 NM_001301345 NM_025279
RefSeq (белок)	NP_001305115 NP_001305116 NP_001305117 NP_002131 NP_112552 NP_112553	NP_001288269 NP_001288270 NP_001288272 NP_001288273 NP_001288274 NP_079555 NP_001347419 NP_001347420 NP_001347422 NP_001347423 NP_001347424
Расположение (UCSC)	Chr 9: 83.97 - 83.98 Мб	Chr 13: 58.39 - 58.4 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин К (также белок К) это белок что у людей кодируется ГНРНПК ген.^[5] Он находится в ядро клетки это связано с предварительныминформационная РНК (мРНК) как компонент гетерогенные рибонуклеопротеиновые частицы. В обезьяна гомолог известен как белок H16. Оба белка связываются с одноцепочечными ДНК а также РНК и может стимулировать активность РНК-полимераза II, белок, ответственный за большинство транскрипция гена. Относительное сродство белков к ДНК и РНК варьируется в зависимости от условий раствора и обратно коррелирует, так что условия, способствующие сильному связыванию ДНК, приводят к слабому связыванию РНК.^[6]

Домены связывающего РНК белка в других белках, которые подобны домену связывания РНК белка K, называются K-гомологии или же KH домены.

Белок К был предметом исследования, связанного с колоректальный рак, в котором Редактирование РНК событие, вызывающее выражение из изоформа содержащий точечная мутация было обнаружено, что он специфичен для раковых клеток.^[7]

Функция

Этот ген принадлежит к подсемейству повсеместно выраженных гетерогенные ядерные рибонуклеопротеиды (hnRNPs). HnRNPs являются РНК-связывающие белки, и они комплексуются с гетерогенная ядерная РНК (гнРНК). Эти белки связаны с пре-мРНК в ядре и, по-видимому, влияют на процессинг пре-мРНК и другие аспекты мРНК метаболизм и транспорт. В то время как все hnRNP присутствуют в ядре, некоторые, кажется, перемещаются между ядром и цитоплазмой.

Белки hnRNP обладают отчетливыми свойствами связывания нуклеиновых кислот. Белок, кодируемый этим геном, находится в нуклеоплазма и имеет три повтора KH домены который связывается с РНК. Он отличается от других белков hnRNP своим предпочтением связывания; он прочно связывается с поли (С). Считается, что этот белок также играет роль в развитии клеточного цикла. Для этого гена описано множество альтернативно сплайсированных вариантов транскриптов, но полностью описаны только три варианта.^[8]

Мутации в обеих копиях ГНРНПК смертельны для эмбрионов у мышей. Мыши с обеими нокаутированными копиями гена погибают до 14-го дня. эмбриональное развитие.^[9]

Клиническое значение

Синдром Окамото

Мутации в ГНРНПК причина Синдром Окамото, также известный как синдром Ау – Клайна.^[10]

Рак крови

Делеции в регионе, охватывающем ГНРНПК были найдены в камерах острый миелоидный лейкоз примерно в 2% случаев. Кроме того, большинство мышей, у которых была одна из ГНРНПК гены искусственно выбит развитый миелоидный рак, с третьей развивающейся лимфоидный рак и 4% развивающихся гепатоцеллюлярные карциномы. Мыши также были меньше по размеру, имели менее развитые органы и имели более высокую постнатальную смертность (30%). Средняя продолжительность жизни выживших мышей была менее 50% от продолжительности жизни мышей дикого типа. Дефицит HNRNPK, по-видимому, снижает уровень p42. изоформа из CEBPA, что является фактор транскрипции участвует в дифференциации определенных кровяные клетки, а также стр.21 (ингибитор циклинзависимой киназы 1), который участвует в приостановке клеточного развития для Ремонт ДНК.^[11]

ГНРНПК сверхэкспрессия также, по-видимому, способствует развитию рака через другой механизм, включающий перевод скорее, чем транскрипция.^[11]

Взаимодействия

ХНРПК было показано взаимодействовать с:

• ЦСК,^[12]
• DDX1,^[13]
• HNRNPL,^[14]
• KHDRBS1,^[15]
• PCBP2,^[14]
• PRMT1,^[16][17] и
• PTBP1.^[14]

Белки человека, содержащие домен KH

AKAP1; АНХД1; ANKRD17; ASCC1; BICC1; DDX43; DDX53; DPPA5;FMR1; FUBP1; FUBP3; FXR1; FXR2; HDLBP; ГНРПК; IGF2BP1;IGF2BP2; IGF2BP3; KHDRBS1; KHDRBS2; KHDRBS3; ХСРП; KRR1; MEX3A;MEX3B; MEX3C; MEX3D; НОВА1; НОВА2; PCBP1; PCBP2; PCBP3;PCBP4; PNO1; PNPT1; QKI; SF1; ТДРХ;

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000165119 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000021546 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. «Ссылка на Mouse PubMed:». Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Дейгаард К., Лефферс Х., Расмуссен Х. Х., Мадсен П., Круз Т.А., Гессер Б. и др. (Февраль 1994). «Идентификация, молекулярное клонирование, экспрессия и картирование хромосом семейства трансформационных белков hnRNP-K, полученных с помощью альтернативного сплайсинга». Журнал молекулярной биологии. 236 (1): 33–48. Дои:10.1006 / jmbi.1994.1116. PMID  8107114.
6. Гайяр С, Кабанн Э, Штраус Ф (октябрь 1994 г.). «Идентичность РНК-связывающего белка K частиц hnRNP с белком H16, специфическим для последовательности одноцепочечным ДНК-связывающим белком». Исследования нуклеиновых кислот. 22 (20): 4183–6. Дои:10.1093 / nar / 22.20.4183. ЧВК  331915. PMID  7524036.
7. Klimek-Tomczak K, Mikula M, Dzwonek A, Paziewska A, Karczmarski J, Hennig E, et al. (Февраль 2006 г.). «Редактирование мРНК белка hnRNP K при колоректальной аденокарциноме и окружающей слизистой оболочке». Британский журнал рака. 94 (4): 586–92. Дои:10.1038 / sj.bjc.6602938. ЧВК  2361188. PMID  16404425.
8. «Ген Entrez: гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин К HNRPK».
9. Gallardo M, Lee HJ, Zhang X, Bueso-Ramos C, Pageon LR, McArthur M, et al. (Октябрь 2015 г.). «hnRNP K является гаплонедостаточным опухолевым супрессором, который регулирует программы пролиферации и дифференцировки при гематологических злокачественных новообразованиях». Раковая клетка. 28 (4): 486–499. Дои:10.1016 / j.ccell.2015.09.001. ЧВК  4652598. PMID  26412324.
10. Справка, Дом генетики. «Синдром Ау-Клайна». Домашний справочник по генетике. Получено 2019-11-30.
11. Gallardo M, Lee HJ, Zhang X, Bueso-Ramos C, Pageon LR, McArthur M, et al. (Октябрь 2015 г.). «hnRNP K является гаплонедостаточным опухолевым супрессором, который регулирует программы пролиферации и дифференцировки при гематологических злокачественных новообразованиях». Раковая клетка. 28 (4): 486–499. Дои:10.1016 / j.ccell.2015.09.001. ЧВК  4652598. PMID  26412324.
12. Ostareck-Lederer A, Ostareck DH, Cans C, Neubauer G, Bomsztyk K, Superti-Furga G, Hentze MW (июль 2002 г.). «c-Src-опосредованное фосфорилирование hnRNP K управляет активацией трансляции специфически подавленных мРНК». Молекулярная и клеточная биология. 22 (13): 4535–43. Дои:10.1128 / mcb.22.13.4535-4543.2002. ЧВК  133888. PMID  12052863.
13. Чен ХК, Лин В.Ч., Цай Ю.Г., Ли СК, Чанг С.Дж. (октябрь 2002 г.). «РНК-геликаза DDX1, взаимодействующая с поли (A) РНК и гетерогенным ядерным рибонуклеопротеином K». Журнал биологической химии. 277 (43): 40403–9. Дои:10.1074 / jbc.M206981200. PMID  12183465.
14. Ким Дж. Х., Хам Б., Ким Ю. К., Чой М., Чан С. К. (май 2000 г.). «Белок-белковое взаимодействие между hnRNPs, перемещающимися между ядром и цитоплазмой». Журнал молекулярной биологии. 298 (3): 395–405. Дои:10.1006 / jmbi.2000.3687. PMID  10772858.
15. Ян Дж. П., Редди Т. Р., Чыонг К. Т., Сухасини М., Вонг-Стаал Ф. (октябрь 2002 г.). «Функциональное взаимодействие Sam68 и гетерогенного ядерного рибонуклеопротеина К». Онкоген. 21 (47): 7187–94. Дои:10.1038 / sj.onc.1205759. PMID  12370808.
16. Côté J, Boisvert FM, Boulanger MC, Bedford MT, Richard S (январь 2003 г.). «РНК-связывающий белок Sam68 является субстратом in vivo для белка аргинин-N-метилтрансферазы 1». Молекулярная биология клетки. 14 (1): 274–87. Дои:10.1091 / mbc.E02-08-0484. ЧВК  140244. PMID  12529443.
17. Вада К., Иноуэ К., Хагивара М. (август 2002 г.). «Идентификация метилированных белков с помощью протеина аргинин N-метилтрансферазы 1, PRMT1, с новой стратегией клонирования экспрессии». Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Исследование молекулярных клеток. 1591 (1–3): 1–10. Дои:10.1016 / s0167-4889 (02) 00202-1. PMID  12183049.

дальнейшее чтение

• Бомштык К., Денисенко О., Островский Дж. (Июнь 2004 г.). «hnRNP K: один белок - несколько процессов». BioEssays. 26 (6): 629–38. Дои:10.1002 / bies.20048. PMID  15170860. S2CID  22108788.
• Матунис MJ, Майкл WM, Dreyfuss G (январь 1992 г.). «Характеристика и первичная структура поли (C) -связывающего гетерогенного ядерного рибонуклеопротеинового комплекса K белка». Молекулярная и клеточная биология. 12 (1): 164–71. Дои:10.1128 / MCB.12.1.164. ЧВК  364080. PMID  1729596.
• Weng Z, Thomas SM, Rickles RJ, Taylor JA, Brauer AW, Seidel-Dugan C, et al. (Июль 1994 г.). «Идентификация SH3-связывающих белков Src, Fyn и Lyn: значение для функции SH3-доменов». Молекулярная и клеточная биология. 14 (7): 4509–21. Дои:10.1128 / MCB.14.7.4509. ЧВК  358823. PMID  7516469.
• Bustelo XR, Suen KL, Майкл WM, Dreyfuss G, Barbacid M (март 1995). «Ассоциация протоонкогенного продукта vav с поли (rC) -специфическими РНК-связывающими белками». Молекулярная и клеточная биология. 15 (3): 1324–32. Дои:10.1128 / MCB.15.3.1324. ЧВК  230356. PMID  7862126.
• Хоберт О., Джаллал Б., Шлессингер Дж., Ульрих А. (август 1994 г.). «Новый сигнальный путь, предложенный опосредованным доменом SH3 взаимодействием p95vav / гетерогенного рибонуклеопротеина К». Журнал биологической химии. 269 (32): 20225–8. PMID  8051112.
• Aasheim HC, Loukianova T, Deggerdal A, Smeland EB (март 1994). «Тканеспецифическая экспрессия и структура кДНК человеческого транскрипта, кодирующего связывающий нуклеиновую кислоту [олиго (dC)] белок, родственный пре-мРНК-связывающему белку K». Исследования нуклеиновых кислот. 22 (6): 959–64. Дои:10.1093 / nar / 22.6.959. ЧВК  307915. PMID  8152927.
• Буканович Р. Дж., Познер Дж. Б., Дарнелл РБ (октябрь 1993 г.). «Nova, паранеопластический антиген Ri, гомологичен РНК-связывающему белку и специфически экспрессируется в развивающейся двигательной системе». Нейрон. 11 (4): 657–72. Дои:10.1016/0896-6273(93)90077-5. PMID  8398153. S2CID  22554933.
• Микелотти Э. Ф., Микелотти Г. А., Аронсон А. И., Левенс Д. (май 1996 г.). «Гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин К - фактор транскрипции». Молекулярная и клеточная биология. 16 (5): 2350–60. Дои:10.1128 / MCB.16.5.2350. ЧВК  231223. PMID  8628302.
• Баннелл С.К., Генри П.А., Коллури Р., Кирххаузен Т., Риклс Р.Дж., Берг Л.Дж. (октябрь 1996 г.). «Идентификация лигандов 3 домена гомологии Itk / Tsk Src». Журнал биологической химии. 271 (41): 25646–56. Дои:10.1074 / jbc.271.41.25646. PMID  8810341.
• Томмеруп Н., Лефферс Х (март 1996 г.). «Назначение генов, содержащих KH-бокс человека, путем гибридизации in situ: HNRNPK картируется с 9q21.32-q21.33, PCBP1 с 2p12-p13, а PCBP2 с 12q13.12-q13.13, дистальнее FRA12A». Геномика. 32 (2): 297–8. Дои:10.1006 / geno.1996.0121. PMID  8833161.
• Кай Н., Мишина М., Яги Т. (июнь 1997 г.). «Молекулярное клонирование Fyn-ассоциированных молекул в центральной нервной системе мышей». Журнал неврологических исследований. 48 (5): 407–24. Дои:10.1002 / (SICI) 1097-4547 (19970601) 48: 5 <407 :: AID-JNR3> 3.0.CO; 2-I. PMID  9185665.
• Миау Л.Х., Чанг СиДжей, Шен Б.Дж., Цай У.Х., Ли С.К. (апрель 1998 г.). «Идентификация гетерогенного ядерного рибонуклеопротеина К (hnRNP K) как репрессора активации гена, опосредованного C / EBPbeta». Журнал биологической химии. 273 (17): 10784–91. Дои:10.1074 / jbc.273.17.10784. PMID  9553145.
• Се Т.Ю., Мацумото М., Чжоу Х.С., Шнайдер Р., Хван С.Б., Ли А.С., Лай М.М. (июль 1998 г.). «Корбовой белок вируса гепатита С взаимодействует с гетерогенным ядерным рибонуклеопротеином К». Журнал биологической химии. 273 (28): 17651–9. Дои:10.1074 / jbc.273.28.17651. PMID  9651361.
• Шуллери Д.С., Островски Дж., Денисенко О.Н., Стемпка Л., Шнырева М., Сузуки Н. и др. (Май 1999 г.). «Регулируемое взаимодействие протеинкиназы Cdelta с гетерогенным ядерным белком рибонуклеопротеина К». Журнал биологической химии. 274 (21): 15101–9. Дои:10.1074 / jbc.274.21.15101. PMID  10329716.
• Бабер Дж. Л., Либутти Д., Левенс Д., Тяндра Н. (июнь 1999 г.). «Высокоточная структура решения C-концевого домена KH гетерогенного ядерного рибонуклеопротеина K, фактора транскрипции c-myc». Журнал молекулярной биологии. 289 (4): 949–62. Дои:10.1006 / jmbi.1999.2818. PMID  10369774.
• Wadd S, Bryant H, Filhol O, Scott JE, Hsieh TY, Everett RD, Clements JB (октябрь 1999 г.). «Многофункциональный белок IE63 вируса простого герпеса взаимодействует с гетерогенным рибонуклеопротеином К и с казеинкиназой 2». Журнал биологической химии. 274 (41): 28991–8. Дои:10.1074 / jbc.274.41.28991. PMID  10506147.
• Венейблс Дж. П., Эллиотт Д. Д., Макарова О. В., Макаров Е. М., Кук Х. Дж., Eperon IC (март 2000 г.). «RBMY, вероятный фактор сперматогенеза человека, и другие белки hnRNP G взаимодействуют с Tra2beta и влияют на сплайсинг». Молекулярная генетика человека. 9 (5): 685–94. Дои:10,1093 / hmg / 9,5,685. PMID  10749975.
• Ким Дж. Х., Хам Б., Ким Ю. К., Чой М., Чан С. К. (май 2000 г.). «Белок-белковое взаимодействие между hnRNPs, перемещающимися между ядром и цитоплазмой». Журнал молекулярной биологии. 298 (3): 395–405. Дои:10.1006 / jmbi.2000.3687. PMID  10772858.
• Шнырева М., Шуллери Д.С., Сузуки Х., Хигаки Ю., Бомштык К. (май 2000 г.). «Взаимодействие двух многофункциональных белков. Гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин К и Y-бокс-связывающий белок». Журнал биологической химии. 275 (20): 15498–503. Дои:10.1074 / jbc.275.20.15498. PMID  10809782.

внешняя ссылка

• Обзор всей структурной информации, доступной в PDB за UniProt: P61978 (Гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин К человека (HNRPK)) в PDBe-KB.