HLA-B-ассоциированный транскрипт 3 - HLA-B associated transcript 3

BAG6
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 1WX9, 4DWF, 4EEW, 4WWR, 4X86, 2Н9П
Идентификаторы
Псевдонимы	BAG6, BAG-6, BAT3, D6S52E, G3, HLA-B-ассоциированный транскрипт 3, BCL2-ассоциированный атаноген 6, BAG-коаперон 6
Внешние идентификаторы	OMIM: 142590 MGI: 1919439 ГомолоГен: 3409 Генные карты: BAG6
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 6 (человек)[1] Группа 6п21.33 Начните 31,639,028 бп[1] Конец 31,652,705 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 17 (мышь)[2] Группа 17 B1 | 17 18,59 см Начните 35,135,178 бп[2] Конец 35,147,322 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • связывание рибосом • неправильно свернутый белок • Связывание с белком Hsp70 • связывание с белками, зависящее от модификации полиубиквитина • связывание протеасомы • GO: 0001948 связывание с белками • связывание убиквитин-специфической протеазы • связывание убиквитин-протеин-лигазы • рецепторное связывание • идентичное связывание с белками Сотовый компонент • цитоплазма • цитозоль • мембрана • внутриклеточная мембраносвязанная органелла • нуклеоплазма • BAT3 комплекс • ядро клетки • внеклеточная область • внеклеточная экзосома Биологический процесс • регуляция апоптотического процесса • отрицательная регуляция протеолиза • внутренний апоптотический сигнальный путь в ответ на повреждение ДНК медиатором класса p53 • дифференциация клеток • убиквитин-зависимый белковый катаболический процесс • развитие почек • развитие эмбриона • развитие легких • иммунная система • положительная регуляция пути ERAD • стабилизация белка • отрицательная регуляция апоптотического процесса • внутреннее ацетилирование пептидил-лизина • развитие мозга • внутренний апоптотический сигнальный путь в ответ на стресс эндоплазматического ретикулума • регулирование пролиферации клеток • сборка синаптонемного комплекса • сперматогенез • отрицательная регуляция протеасомного убиквитин-зависимого белкового катаболического процесса • локализация белка в цитозольном протеасомном комплексе, участвующем в пути ERAD • поддержание развернутого белка, участвующего в пути ERAD • вставка белка заякоренной мембраны в мембрану ER • ковалентная модификация хроматина • Катаболический процесс неправильно свернутого белка, связанный с ER • сигнальный путь рецептора клеточной поверхности, активирующий иммунный ответ • апоптотический процесс • активация естественных клеток-киллеров • катаболический процесс протеасомного белка • убиквитин-зависимый путь ERAD • Упреждающий контроль качества эндоплазматического ретикулума, вызванный стрессом • транспорт • организация хроматина • протеасомный убиквитин-зависимый белковый катаболический процесс • регуляция эмбрионального развития Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Виды	Человек	Мышь
Entrez	7917	224727
Ансамбль	ENSG00000204463 ENSG00000228760 ENSG00000234651 ENSG00000229524 ENSG00000096155 ENSG00000227761 ENSG00000233348	ENSMUSG00000024392
UniProt	P46379	Q9Z1R2
RefSeq (мРНК)	NM_001098534 NM_001199697 NM_001199698 NM_004639 NM_080702 NM_080703	NM_001252468 NM_001252469 NM_057171
RefSeq (белок)	NP_001092004 NP_001186626 NP_001186627 NP_542433 NP_542434	NP_001239397 NP_001239398 NP_476512 NP_001359189 NP_001359190 NP_001359191 NP_001359194 NP_001359195 NP_001359196 NP_001359197 NP_001359198 NP_001359199 NP_001359200 NP_001359201 NP_001359202 NP_001359203 NP_001359204 NP_001359205 NP_001359206 NP_001359207 NP_001359208 NP_001359209 NP_001359210 NP_001359211 NP_001359212 NP_001359213 NP_001359214 NP_001359215 NP_001359216 NP_001359217 NP_001359218 NP_001359219 NP_001359220
Расположение (UCSC)	Chr 6: 31,64 - 31,65 Мб	Chr 17: 35.14 - 35.15 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Большой протеин BAT3, богатый пролином это белок что у людей кодируется BAT3 ген.^[5][6]

А кластер генов, BAT1-BAT5, был локализован вблизи генов TNF альфа и TNF бета. Все эти гены находятся внутри человека главный комплекс гистосовместимости класс III регион. Белок, кодируемый этим геном, представляет собой ядерный белок. Он был вовлечен в контроль апоптоз и регулирование белок теплового шока. Есть три альтернативно соединенных варианты расшифровки описан для этого гена.^[6]

использованная литература

1. ENSG00000228760, ENSG00000234651, ENSG00000229524, ENSG00000096155, ENSG00000227761, ENSG00000233348 GRCh38: выпуск Ensembl 89: ENSG00000204463, ENSG0000022876000, ENSG00000234G221000, ENSG0000023465002 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000024392 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Банерджи Дж., Сэндс Дж., Строминджер Дж. Л., Шпионы Т. (апрель 1990 г.). «Пара генов из основного комплекса гистосовместимости человека кодирует большие протеины, богатые пролином, с множеством повторяющихся мотивов и одним убиквитиноподобным доменом». Proc Natl Acad Sci U S A. 87 (6): 2374–8. Bibcode:1990PNAS ... 87.2374B. Дои:10.1073 / pnas.87.6.2374. ЧВК  53689. PMID  2156268.
6. «Ген Entrez: транскрипт 3, связанный с HLA-B BAT3».

дальнейшее чтение

• Такаяма С., Рид Дж. С. (2001). «Молекулярное нацеливание шаперонов и регуляция белков семейства BAG». Nat. Cell Biol. 3 (10): E237–41. Дои:10.1038 / ncb1001-e237. PMID  11584289. S2CID  24466133.
• Кросс С.Дж., Тонкс С., Троусдейл Дж., Кэмпбелл Р.Д. (1992). «Новое обнаружение полиморфизмов длины рестрикционных фрагментов в главном комплексе гистосовместимости человека». Иммуногенетика. 34 (6): 376–84. Дои:10.1007 / BF01787488. PMID  1684176. S2CID  29262131.
• Шпионы Т., Бреснахан М., Строминджер Дж. Л. (1989). «Главный комплекс гистосовместимости человека содержит минимум 19 генов между кластером комплемента и HLA-B». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 86 (22): 8955–8. Bibcode:1989PNAS ... 86.8955S. Дои:10.1073 / pnas.86.22.8955. ЧВК  298409. PMID  2813433.
• Шпионы Т., Бланк Г., Бреснахан М. и др. (1989). «Новый кластер генов в главном комплексе гистосовместимости человека». Наука. 243 (4888): 214–7. Bibcode:1989Sci ... 243..214S. Дои:10.1126 / science.2911734. PMID  2911734.
• Одзаки Т., Ханаока Э., Нака М. и др. (1999). «Клонирование и характеристика кДНК BAT3 крысы». ДНК клетки биол. 18 (6): 503–12. Дои:10.1089/104454999315222. PMID  10390159.
• Тресс К., Сонг Дж., Моримото Р.И., Корнблут С. (2001). «Обратимое ингибирование функции шаперона Hsp70 с помощью Scythe и Reaper». EMBO J. 20 (5): 1033–41. Дои:10.1093 / emboj / 20.5.1033. ЧВК  145500. PMID  11230127.
• Manchen ST, Hubberstey AV (2001). «Human Scythe содержит функциональную последовательность ядерной локализации и остается в ядре во время апоптоза, вызванного стауроспорином». Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 287 (5): 1075–82. Дои:10.1006 / bbrc.2001.5701. PMID  11587531.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК  139241. PMID  12477932.
• Мунгалл А.Дж., Палмер С.А., Симс С.К. и др. (2003). «Последовательность ДНК и анализ хромосомы 6 человека». Природа. 425 (6960): 805–11. Bibcode:2003Натура.425..805М. Дои:10.1038 / природа02055. PMID  14574404.
• Се Т., Роуэн Л., Агуадо Б. и др. (2004). «Анализ области класса III генно-плотного комплекса гистосовместимости и его сравнение с мышью». Genome Res. 13 (12): 2621–36. Дои:10.1101 / гр.1736803. ЧВК  403804. PMID  14656967.
• Ленер Б., Семпл Дж. И., Браун С. Е. и др. (2004). «Анализ высокопроизводительной двугибридной дрожжевой системы и ее использование для прогнозирования функции внутриклеточных белков, кодируемых в области III класса MHC человека». Геномика. 83 (1): 153–67. Дои:10.1016 / S0888-7543 (03) 00235-0. PMID  14667819.
• Ву Й.Х., Ши С.Ф., Лин Дж.Й. (2004). «Рицин вызывает апоптотические морфологические изменения в результате расщепления BAT3 каспазой-3». J. Biol. Chem. 279 (18): 19264–75. Дои:10.1074 / jbc.M307049200. PMID  14960581.
• Ленер Б, Сандерсон CM (2004). «Структура взаимодействия белков для деградации мРНК человека». Genome Res. 14 (7): 1315–23. Дои:10.1101 / gr.2122004. ЧВК  442147. PMID  15231747.
• Колланд Ф., Жак Х, Труплин В. и др. (2004). «Функциональное протеомное картирование сигнального пути человека». Genome Res. 14 (7): 1324–32. Дои:10.1101 / гр. 2334104. ЧВК  442148. PMID  15231748.
• Босолей С.А., Едриховски М., Шварц Д. и др. (2004). «Широкомасштабная характеристика ядерных фосфопротеинов клеток HeLa». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 101 (33): 12130–5. Bibcode:2004ПНАС..10112130Б. Дои:10.1073 / pnas.0404720101. ЧВК  514446. PMID  15302935.
• Кумар Р., Лутц В., Фрэнк Э., Им Х. Дж. (2004). «Непосредственно ранний ген X-1 взаимодействует с белками, которые модулируют апоптоз». Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 323 (4): 1293–8. Дои:10.1016 / j.bbrc.2004.09.006. ЧВК  2895269. PMID  15451437.
• Герхард Д.С., Вагнер Л., Фейнгольд Е.А. и др. (2004). "Статус, качество и расширение проекта NIH полноразмерной кДНК: Коллекция генов млекопитающих (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. Дои:10.1101 / гр.2596504. ЧВК  528928. PMID  15489334.
• Stelzl U, Worm U, Lalowski M, et al. (2005). «Сеть взаимодействия белок-белок человека: ресурс для аннотирования протеома». Ячейка. 122 (6): 957–68. Дои:10.1016 / j.cell.2005.08.029. HDL:11858 / 00-001M-0000-0010-8592-0. PMID  16169070. S2CID  8235923.