HNRPF - HNRPF

HNRNPF
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 2HGL, 2HGM, 2HGN, 2KFY, 2 кг0, 2 кг1, 3ТФГ
Идентификаторы
Псевдонимы	HNRNPF, HNRPF, OK / SW-cl.23, mcs94-1, гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин F
Внешние идентификаторы	OMIM: 601037 MGI: 2138741 ГомолоГен: 21032 Генные карты: HNRNPF
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 10 (человек)[1] Группа 10q11.21 Начните 43,385,617 бп[1] Конец 43,409,166 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 6 (мышь)[2] Группа 6 | 6 F1 Начните 117,900,324 бп[2] Конец 117,925,622 бп[2]
Генная онтология Молекулярная функция • Связывание с белками класса ТВР • связывание фактора транскрипции • GO: 0001948 связывание с белками • связывание одноцепочечной РНК • связывание нуклеиновой кислоты • Связывание РНК Сотовый компонент • каталитическая стадия 2 сплайсосомы • сплайсосомальный комплекс • мембрана • ядро клетки • нуклеоплазма • цитозоль • клеточная мембрана Биологический процесс • Сплайсинг мРНК через сплайсосомы • регуляция сплайсинга РНК • обработка мРНК • Обработка РНК • сигнальный путь рецептора фактора роста фибробластов • Сплайсинг РНК • Метаболический процесс РНК • сигнальный путь, опосредованный интерлейкином-12 Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Виды	Человек	Мышь
Entrez	3185	98758
Ансамбль	ENSG00000169813	ENSMUSG00000042079
UniProt	P52597	Q9Z2X1
RefSeq (мРНК)	NM_004966 NM_001098204 NM_001098205 NM_001098206 NM_001098207 NM_001098208	NM_001166427 NM_001166428 NM_001166429 NM_001166430 NM_001166431 NM_001166432 NM_133834
RefSeq (белок)	NP_001091674 NP_001091675 NP_001091676 NP_001091677 NP_001091678 NP_004957	NP_001159899 NP_001159900 NP_001159901 NP_001159902 NP_001159903 NP_001159904 NP_598595
Расположение (UCSC)	Chr 10: 43.39 - 43.41 Мб	Chr 6: 117.9 - 117.93 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин F это белок что у людей кодируется HNRNPF ген.^[5][6]

Этот ген принадлежит к подсемейству повсеместно экспрессируемых гетерогенных ядерных рибонуклеопротеидов (hnRNPs ). HnRNPs являются РНК связывающие белки, которые образуют комплекс с гетерогенная ядерная РНК (гяРНК). Эти белки связаны с пре-мРНК в ядре и регулируют альтернативный сплайсинг, полиаденилирование, и другие аспекты мРНК метаболизм и транспорт.

Хотя все hnRNP присутствуют в ядро, некоторые, кажется, курсируют между ядром и цитоплазма. Белки hnRNP имеют различные нуклеиновая кислота обязательные свойства. Белок, кодируемый этим геном, имеет три повтора квази-RRM-доменов, которые связываются с РНК который имеет гуанозин -богатые последовательности. Этот белок очень похож на член семейства hnRPH. Идентифицировано несколько альтернативно сплайсированных вариантов, кодирующих один и тот же белок.^[6]

использованная литература

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000169813 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000042079 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Оноре Б., Расмуссен Х. Х., Ворум Х, Дейгаард К., Лю Х, Громов П., Мадсен П., Гессер Б., Томмеруп Н., Селис Дж. Э. (январь 1996 г.). «Гетерогенные ядерные рибонуклеопротеины H, H 'и F являются членами повсеместно экспрессируемого подсемейства родственных, но различных белков, кодируемых генами, отображаемыми в различных хромосомах». J Biol Chem. 270 (48): 28780–9. Дои:10.1074 / jbc.270.48.28780. PMID  7499401.
6. «Ген Entrez: гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин F HNRPF».

дальнейшее чтение

• Макдональд Х., Смаилус Д., Дженкинс Х. и др. (1992). «Идентификация и характеристика гена D10S94 в регионе MEN2A». Геномика. 13 (2): 344–8. Дои:10.1016 / 0888-7543 (92) 90251-М. PMID  1351868.
• Матунис MJ, Xing J, Dreyfuss G (1994). «Белок hnRNP F: уникальная первичная структура, свойства связывания нуклеиновых кислот и субклеточная локализация». Нуклеиновые кислоты Res. 22 (6): 1059–67. Дои:10.1093 / nar / 22.6.1059. ЧВК  307930. PMID  7512260.
• Гамбери С., Изаурральде Э, Бейзель С., Маттай И. В. (1997). «Взаимодействие между человеческим ядерным белковым комплексом, связывающим кепку, и hnRNP F.» Мол. Cell. Биол. 17 (5): 2587–97. Дои:10.1128 / MCB.17.5.2587. ЧВК  232108. PMID  9111328.
• Чоу М.Ю., Ладья N, Турк CW, Черный DL (1999). «hnRNP H является компонентом комплекса энхансера сплайсинга, который активирует альтернативный экзон c-src в нейрональных клетках». Мол. Cell. Биол. 19 (1): 69–77. Дои:10.1128 / MCB.19.1.69. ЧВК  83866. PMID  9858532.
• Оноре Б., Ворум Х, Баандруп У. (1999). «hnRNPs H, H 'и F ведут себя по-разному в отношении посттрансляционного расщепления и субклеточной локализации». FEBS Lett. 456 (2): 274–80. Дои:10.1016 / S0014-5793 (99) 00911-4. PMID  10456323. S2CID  7617501.
• Йошида Т., Кокура К., Макино Ю. и др. (2000). «Гетерогенная ядерная РНК-рибонуклеопротеин F связывается с ДНК через олиго (dG) -мотив и связывается с РНК-полимеразой II». Гены Клетки. 4 (12): 707–19. Дои:10.1046 / j.1365-2443.1999.00295.x. PMID  10620016. S2CID  31210778.
• Марковцов В., Николич Ю.М., Гольдман Ю.А. и др. (2000). «Совместная сборка комплекса hnRNP, индуцированная тканеспецифическим гомологом белка, связывающего полипиримидиновый тракт». Мол. Cell. Биол. 20 (20): 7463–79. Дои:10.1128 / MCB.20.20.7463-7479.2000. ЧВК  86300. PMID  11003644.
• Чжан Ю., Линдблом Т., Чанг А. и др. (2001). «Доказательства того, что dim1 связывается с белками, участвующими в сплайсинге пре-мРНК, и определение остатков, необходимых для взаимодействий dim1 с hnRNP F и Npw38 / PQBP-1». Ген. 257 (1): 33–43. Дои:10.1016 / S0378-1119 (00) 00372-3. PMID  11054566.
• Веральди К.Л., Архин Г.К., Мартинчич К. и др. (2001). «hnRNP F влияет на связывание 64-килодальтонной субъединицы фактора стимуляции расщепления с предшественниками мРНК в B-клетках мыши». Мол. Cell. Биол. 21 (4): 1228–38. Дои:10.1128 / MCB.21.4.1228-1238.2001. ЧВК  99576. PMID  11158309.
• Цзя Л., Янг М.Ф., Пауэлл Дж и др. (2002). «Профиль экспрессии генов стромальных клеток костного мозга человека: высокопроизводительный анализ секвенирования экспрессируемых последовательностей». Геномика. 79 (1): 7–17. Дои:10.1006 / geno.2001.6683. PMID  11827452.
• Юрица М.С., Ликлидер Л.Дж., Гиги С.Р. и др. (2002). «Очистка и характеристика нативных сплайсосом, пригодных для трехмерного структурного анализа». РНК. 8 (4): 426–39. Дои:10.1017 / S1355838202021088. ЧВК  1370266. PMID  11991638.
• Angenstein F, Evans AM, Settlage RE et al. (2002). «Рецептор активированной С-киназы является частью комплексов мессенджеров рибонуклеопротеидов, связанных с полиА-мРНК в нейронах». J. Neurosci. 22 (20): 8827–37. Дои:10.1523 / JNEUROSCI.22-20-08827.2002. ЧВК  6757688. PMID  12388589.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК  139241. PMID  12477932.
• Ота Т., Сузуки Ю., Нисикава Т. и др. (2004). «Полное секвенирование и характеристика 21 243 полноразмерных кДНК человека». Nat. Genet. 36 (1): 40–5. Дои:10,1038 / ng1285. PMID  14702039.
• Оноре Б., Баандруп Ю., Ворум Х (2004). «Гетерогенные ядерные рибонуклеопротеины F и H / H 'демонстрируют дифференциальную экспрессию в нормальных и выбранных раковых тканях». Exp. Cell Res. 294 (1): 199–209. Дои:10.1016 / j.yexcr.2003.11.011. PMID  14980514.
• Делукас П., Earthrowl ME, Grafham DV, et al. (2004). «Последовательность ДНК и сравнительный анализ хромосомы 10 человека». Природа. 429 (6990): 375–81. Дои:10.1038 / природа02462. PMID  15164054.
• Босолей С.А., Едриховски М., Шварц Д. и др. (2004). «Широкомасштабная характеристика ядерных фосфопротеинов клеток HeLa». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 101 (33): 12130–5. Дои:10.1073 / pnas.0404720101. ЧВК  514446. PMID  15302935.
• Герхард Д.С., Вагнер Л., Фейнгольд Е.А. и др. (2004). «Статус, качество и расширение проекта NIH полноразмерной кДНК: Коллекция генов млекопитающих (MGC)». Genome Res. 14 (10B): 2121–7. Дои:10.1101 / гр.2596504. ЧВК  528928. PMID  15489334.
• Раш Дж., Мориц А., Ли К.А. и др. (2005). «Иммуноаффинное профилирование фосфорилирования тирозина в раковых клетках». Nat. Биотехнология. 23 (1): 94–101. Дои:10.1038 / nbt1046. PMID  15592455. S2CID  7200157.