Halomonadaceae - Halomonadaceae

Halomonadaceae
GFAJ-1 (выращенный на фосфоре) .jpg
GFAJ-1, выращенный на фосфоре.
Научная классификация е
Домен:Бактерии
Тип:Протеобактерии
Класс:Гаммапротеобактерии
Заказ:Океаноспириллы
Семья:Halomonadaceae
Роды

Айдингимонас
Карнимонас
Chromohalobacter
Кобетия
Делея
Halomonas
Halotalea
Halovibrio
Кушнерия
Modicisalibacter
Salicola[1]
Salinicola
Вулканиелла
Zymobacter[2]

Halomonadaceae это семья галофильный Протеобактерии.

История

Семейство было первоначально описано в 1988 году как содержащее роды Halomonas и Делея.[3]

В 1989 г. Chromobacterium marismortui был реклассифицирован как Chromohalobacter marismortui образуя третий род семейства Halomonadaceae.[4]

Впоследствии, в 1990 году, был обнаружен вид, который первоначально предлагалось назвать Вулканиелла эврихалина образуя новый род в Halomonadaceae,[5] но позже (в 1995 г.) был реклассифицирован как представитель рода Halomonas.[6]

Виды Carnimonas nigrificans (единственный представитель рода) не был помещен в семейство из-за отсутствия двух из 15 описательных сигнатурных последовательностей 16S рРНК,[7] но было предложено переквалифицировать его в семейный.[8]

Позднее в 1996 году семья была реорганизована путем объединения родов. Делея, Halomonas и Halovibrio и виды Paracoccus halodenitrificans в Halomonas и размещение Zymobacter в этой семье.[9] Однако позже было обнаружено, что штамм Halovibrio variabilis DSM 3051 и DSM 3050 различались и последний был сделан штаммом типа Halovibrio, который все еще используется.[10][11] и теперь состоит из двух видов (второй - Halovibrio denitrificans)[11]

В 2002, Halomonas marina был переведен в собственный род Кобетия,[12] а в 2009 г. Halomonas marisflavi, Halomonas indalinina. и Halomonas avicenniae были переведены в новый род, названный Кушнерия (5 видов)

Недавно было создано несколько родов-одиночек: в 2007 г. Halotalea alkalilenta был описан,[13] Aidingimonas halophila в 2009,[14] Halospina denitrificans в 2006 г.[11] Modicisalibacter tunisiensis в 2009[15] Salinicola socius в 2009.[16] К последнему роду были переданы два вида. Halomonas salaria так как Salinicola salarius и Chromohalobacter salarius так как Salinicola halophilus.[17]

В семействе также есть недавно обнаруженная, но некультивируемая бактерия "Candidatus Portiera aleyrodidarum »(первичные эндосимбионты белокрылки[18]).

Роды

  • Halomonas, типовой род
    • Halomonas elongata, типовой вид рода,[19] однако самые известные члены семьи Halomonas halodentrificans (1952),[20] Chromohalobacter marismortui (1940)[21] и Chromohalobacter beijerinckii (первоначально Pseudomonas beijerinckii).[22]
    • Halomonas titanicae
  • Aidingimonas halophila [23]
  • Кобетия
  • Карнимонас
  • Chromohalobacter
    • Chromohalobacter marismortui
    • Chromohalobacter beijerinckii
    • Chromohalobacter canadensis и Chromohalobacter israelensis, ранее принадлежавший к роду Halomonas
    • Chromohalobacter japonicus
    • Chromohalobacter nigrandesensis
    • Chromohalobacter salarius
    • Chromohalobacter salexigens
    • Chromohalobacter sarecensis, фитотолерантный
  • Halotalea alkalilenta[26]
  • Кушнерия
    • Kushneria aurantia, типовой вид
    • Кушнерия марисфлави, Кушнерия индалина и Kushneria avicenniae ранее были отнесены к Halomonas[27]
  • Modicisalibacter
  • Портьера
  • Zymobacter, не путать с Zymomonas mobilis, альфа-протеобактерия изучает производство биотоплива - легкая ошибка, которую даже Международный кодекс номенклатуры бактерий сделано в [28] как отмечено в [29]

Примечание: виды Делея и Halovibrio есть сейчас Halomonas

Этимология

Название происходит от Halomonas, типового рода семейства, плюс суффикс -aceae, оканчивающийся на обозначение семейства.[30]

Исследование

Геомикробиолог Фелиса Вульф-Саймон с командой, финансируемой НАСА, исследует особый штамм семейства Halomonadaceae, названный GFAJ-1, выделенные и культивируемые из отложений, собранных на берегу Mono Lake, недалеко от национального парка Йосемити на востоке Калифорния.[31][32] Этот штамм GFAJ-1 Halomonadaceae может расти в присутствии высоких концентраций мышьяк.[33]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ "Саликола". www.uniprot.org.
  2. ^ «Список родов, входящих в семейства: Halomonadaceae». Список прокариотических имен, стоящих в номенклатуре. Получено 25 июн 2016.
  3. ^ Franzmann, P.D .; Wehmeyer, U .; Штакебрандт, Э. (1988). «Halomonadaceae fam. Nov., Новое семейство класса Proteobacteria, подходящее для родов Halomonas и Deleya». Syst. Appl. Микробиол. 11: 16–19. Дои:10.1016 / s0723-2020 (88) 80043-2.
  4. ^ Ventosa, A .; Gutierrez, M.C .; Garcia, M.T .; Руис-Берракеро, Ф. (1989). «Классификация« Chromobacterium marismortui »в новый род Chromohalobacter gen. Nov., Как Chromohalobacter marismortui comb. Nov., Nom. Rev». Int. J. Syst. Бактериол. 39 (4): 382–386. Дои:10.1099/00207713-39-4-382.
  5. ^ КЕСАДА (E.), ВАЛЬДЕРРАМА (M.J.), БЕЖАР (V.), ВЕНТОСА (A.), ГУТЬЕРРЕС (M.C.), RUIZ-BERRAQUERO (F.) и RAMOS-CORMENZANA (A.): Volcaniella eurihalina gen. nov., sp. nov., умеренно галофильный неподвижный грамотрицательный стержень. Int. J. Syst. Бактериол., 1990, 40, 261-267
  6. ^ Mellado, E .; Moore, E.R.B .; Nieto, J. J .; Ventosa, A. (1995). «Филогенетические выводы и таксономические последствия сравнения 16S. Рибосомной последовательности ДНК Chromohalobacter marismortui, Volcaniella eurihalina и Deleya salina и реклассификация V. eurihalina как Halomonas eurihalina comb. Nov.». Int J Syst Bacteriol. 45 (4): 712–716. Дои:10.1099/00207713-45-4-712. PMID  7547290.
  7. ^ Гаррига, М .; Эрманн, М. А .; Arnau, J .; Hugas, M .; Фогель, Р. Ф. (1998). «Carnimonas nigrificans gen. Nov., Sp. Nov., Бактериальный агент, вызывающий образование черных пятен на вяленых мясных продуктах». Международный журнал систематической бактериологии. 48 (3): 677–86. Дои:10.1099/00207713-48-3-677. PMID  9734022.
  8. ^ Д. Р. Арахал, В. Людвиг, К. Х. Шлейфер и А. Вентоза Филогения семейства Halomonadaceae на основе анализа последовательностей 23S и 16S рДНК. Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии, Том 52, 241-249
  9. ^ Добсон, С.Дж .; Franzmann, P.D. (1996). «Объединение родов Делея (Бауманн и другие. 1983), Halomonas (Вриланд и другие. 1980), и Halovibrio (Fendrich 1988) и виды Paracoccus halodenitrificans (Робинсон и Гиббонс 1952) в один род, Halomonas, и размещение рода Zymobacter в семействе Halomonadaceae ". Int. J. Syst. Бактериол. 46 (2): 550–558. Дои:10.1099/00207713-46-2-550.
  10. ^ Сорокин, Д.Ю .; Тиндалл, Б. Дж. (2006). «Статус названия рода Halovibrio Fendrich 1989 и идентичность штаммов Pseudomonas halophila DSM 3050 и Halomonas variabilis DSM 3051. Запрос заключения». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. 56 (2): 487–489. Дои:10.1099 / ijs.0.63965-0. PMID  16449462.
  11. ^ а б c Сорокин, Д.Ю .; Турова, Т.П .; Галински, Э. А .; Belloch, C .; Тиндалл, Б. Дж. (2006). "Чрезвычайно галофильные денитрифицирующие бактерии из гиперсоленых внутренних озер, Halovibrio denitrificans sp. ноя И Halospina denitrificans ген. nov., sp. nov., и доказательства того, что название рода Halovibrio Fendrich 1989 с типовым видом Halovibrio variabilis должно быть связано с DSM 3050 ". Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. 56 (2): 379–88. Дои:10.1099 / ijs.0.63964-0. PMID  16449444.
  12. ^ АРАХАЛ (Д.Р.), КАСТИЛЬО (А.М.), ЛЮДВИГ (В.), ШЛЕЙФЕР (К.Х.) и ВЕНТОЗА (А.): Предложение Cobetia marina gen. нов., греб. nov., в семействе Halomonadaceae, включая вид Halomonas marina. Syst. Appl. Microbiol., 2002, 25, 207-211.
  13. ^ Ntougias, S .; Zervakis, G.I .; Фассеас, К. (2007). "Halotalea alkalilenta gen. Nov., sp. Nov., новая осмотолерантная и алкалитолерантная бактерия из щелочных отходов оливковых заводов, и исправленное описание семейства Halomonadaceae Franzmann et al. 1989, исправлено. Dobson and Franzmann 1996". Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. 57 (9): 1975–1983. Дои:10.1099 / ijs.0.65078-0. PMID  17766858.
  14. ^ Wang, Y .; Тан, С. -К .; Lou, K .; Lee, J. -C .; Jeon, C.O .; Xu, L. -H .; Kim, C. -J .; Ли, В. -Дж. (2009). «Aidingimonas halophila gen. Nov., sp. Nov., умеренно галофильная бактерия, выделенная из соленого озера». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. 59 (12): 3088–3094. Дои:10.1099 / ijs.0.010264-0. PMID  19643876.
  15. ^ Бен Али Гам, З .; Абделькафи, С .; Casalot, L .; Tholozan, J. L .; Oueslati, R .; Лабат, М. (2007). "Modicisalibacter tunisiensis ген. nov., sp. nov., аэробная умеренно галофильная бактерия, выделенная из пробы воды, закачиваемой на месторождениях, и исправленное описание семейства Halomonadaceae Franzmann et al. 1989 исправление Добсона и Францманна 1996 исправление. Ntougias et al. 2007 ". Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. 57 (10): 2307–13. Дои:10.1099 / ijs.0.65088-0. PMID  17911302.
  16. ^ Ананьина, Л.Н .; Плотникова, Э.Г .; Gavrish, E.Y .; Демаков, В.А .; Евтушенко, Л. (2007). «Salinicola socius gen. Nov., Sp. Nov., Умеренно галофильная бактерия из ассоциации микроорганизмов, использующих нафталин». Микробиология. 76 (3): 324–330. Дои:10.1134 / s0026261707030095. (перевод Микробиология, 2007, 76, 369-376)
  17. ^ De La Haba, R. R .; Sanchez-Porro, C .; Marquez, M.C .; Ventosa, A. (2009). «Таксономическое исследование рода Salinicola: перенос Halomonas salaria и Chromohalobacter salarius в род Salinicola как Salinicola salarius comb. Ноябрь и Salinicola halophilus nom. Ноябрь, соответственно».. Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. 60 (4): 963–971. Дои:10.1099 / ijs.0.014480-0. PMID  19661506.
  18. ^ Thao, M. L .; Бауманн, П. (2004). «Эволюционные взаимоотношения первичных прокариотических эндосимбионтов белокрылки и их хозяев». Прикладная и экологическая микробиология. 70 (6): 3401–3406. Дои:10.1128 / AEM.70.6.3401-3406.2004. ЧВК  427722. PMID  15184137.
  19. ^ Vreeland, R.H .; Litchfield, C.D .; Martin, E.L .; Эллиот, Э. (1980). «Halomonas elongata, новый род и вид чрезвычайно солеустойчивых бактерий». Int. J. Syst. Бактериол. 30 (2): 485–495. Дои:10.1099/00207713-30-2-485.
  20. ^ Робинсон, Дж .; Гиббонс, Н. (1952). «Влияние солей на рост Micrococcus halodentrificans п. sp ". Канадский журнал ботаники. 30 (2): 147–154. Дои:10.1139 / b52-013.
  21. ^ Элазари-вулканы 1940 г.
  22. ^ Хоф 1935
  23. ^ Wang, Y .; Tang, S.K .; ЛОУ, К .; LEE, J.C .; Jeon, C.O .; XU, L.H .; KIM, C.J .; LI, W.J. (2009). «Aidingimonas halophila gen. Nov., Sp. Nov., Умеренно галофильная бактерия, выделенная из соленого озера». Int. J. Syst. Evol. Микробиол. 59 (12): 3088–3094. Дои:10.1099 / ijs.0.010264-0. PMID  19643876.
  24. ^ Cobet, A.B .; Wirsen, C .; Джонс, Г. (1970). «Влияние никеля на морскую бактерию Arthrobacter marinus sp. Nov». Журнал общей микробиологии. 62 (2): 159–169. Дои:10.1099/00221287-62-2-159. PMID  5493594.
  25. ^ KIM, M.S .; ROH, S.W .; BAE, J.W. (2010). «Cobetia crustatorum sp. Nov., Новая слегка галофильная бактерия, выделенная из традиционных ферментированных морепродуктов в Корее». Int. J. Syst. Evol. Микробиол. 60 (3): 620–626. Дои:10.1099 / ijs.0.008847-0. PMID  19654339.
  26. ^ NTOUGIAS (S.), ZERVAKIS (G.I.) и FASSEAS (C.): Halotalea alkalilenta gen. nov., sp. nov., новая осмотолерантная и алкалитолерантная бактерия из щелочных отходов оливковых мельниц, и исправленное описание семейства Halomonadaceae Franzmann et al. 1989 г.
  27. ^ Sanchez-Porro, C .; DE, LA Haba R.R .; Soto-Ramirez, N .; Marquez, M.C .; Montalvo-Rodriguez, R .; Вентоза, А. (2009). "Описание Kushneria aurantia gen. Nov., Sp. Nov., Нового члена семейства Halomonadaceae, и предложение о реклассификации Halomonas marisflavi как Kushneria marisflavi comb. Nov., Halomonas indalinina как Kushneria indalinina comb. Nov. И Halomonas avicenniae как Kushneria avicenniae comb. nov ". Int. J. Syst. Evol. Микробиол. 59 (2): 397–405. Дои:10.1099 / ijs.0.001461-0. PMID  19196785.
  28. ^ Arahal, D. R .; Vreeland, R.H .; Litchfield, C.D .; Mormile, M. R .; Tindall, B.J .; Орен, А .; Bejar, V .; Quesada, E .; Ventosa, A. (2007). «Рекомендуемые минимальные стандарты для описания новых таксонов семейства Halomonadaceae». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. 57 (Пт 10): 2436–2446. Дои:10.1099 / ijs.0.65430-0. PMID  17911321.
  29. ^ Арахал, Д.Р .; Vreeland, RH; Литчфилд, компакт-диск; и другие. (2008). «Исправления. Рекомендуемые минимальные стандарты для описания новых таксонов семейства Halomonadaceae (том 57, стр. 2436, 2007)». Int. J. Syst. Evol. Микробиол. 58 (2673): 2008. Дои:10.1099/00207713-58-11-2673.
  30. ^ «Классификация, систематика и систематика прокариот (бактерий)». Архивировано из оригинал на 2011-05-16.
  31. ^ Бортман, Генри (02.12.2010). «Бактерии, поедающие мышьяк, открывают новые возможности для инопланетной жизни». Space.com. Получено 2010-12-02.
  32. ^ Бортман, Генри (5 октября 2009 г.). «В поисках инопланетной жизни на Земле». Журнал Astrobiology (НАСА). Получено 2010-12-02.
  33. ^ Кацнельсон, Алла (2 декабря 2010 г.). «Микроб, поедающий мышьяк, может изменить химию жизни». Природа. Дои:10.1038 / новости.2010.645. Получено 2010-12-02.

внешняя ссылка