Международный консорциум по фенотипированию мышей - International Mouse Phenotyping Consortium

Международный консорциум по фенотипированию мышей
Международный консорциум по фенотипированию мышей logo.jpg
Содержание
ОписаниеЭнциклопедия фенотипы от нокаутных мышей.
ОрганизмыМышь
Контакт
Основное цитированиеБраун и Мур, 2012[1]
Дата выхода2011
Доступ
Интернет сайтhttp://www.mousephenotype.org

В Международный консорциум по фенотипированию мышей (IMPC) - это международная научная попытка создать и охарактеризовать фенотип из 20 000 нокаутирующая мышь штаммы.[1][2][3] Запущен в сентябре 2011 г.[1] консорциум состоит из более 15 научно-исследовательских институтов на четырех континентах, финансируемых Национальные институты здравоохранения США, Европейские национальные правительства и партнерские учреждения.[4]

Предполагается, что инициатива продлится 10 лет (до 2021 года) и будет сосредоточена на анализе гомозиготный мутант мышей, полученных на изогенных C57BL / 6 N фон Международный консорциум Knockout Mouse. Штаммы мышей характеризуются широким фенотипированием, которое направлено на раскрытие информации о заболеваниях человека путем измерения эмбриональных, нервно-мышечных, сенсорных, сердечно-сосудистых, метаболических, респираторных, гематологических и неврологических параметров.[1][5]Протоколы, используемые для оценки этих фенотипов, стандартизированы партнерами IMPC и доступны в IMPReSS.[5]

Штаммы мышей, созданные партнерами IMPC, хранятся в репозитории КОМП [6] и Европейский архив мышей-мутантов.[7] Во многих случаях штаммы, несущие один из двух типов аллелей, будут заархивированы - нулевой аллель, используемый в первичном конвейере фенотипирования IMPC, и условный готовый аллель, который позволяет нокауты с ограничением ткани через Рекомбинация Cre-Lox и Рекомбинация FLP-FRT системы.

Фенотипические данные записываются в свободно доступный, полностью доступный для поиска онлайн-база данных,[8] создание того, что было описано как «всеобъемлющая энциклопедия функций генов млекопитающих».[1]

IMPReSS

IMPReSS
Содержание
ОписаниеСтандартизированные протоколы фенотипирования мутантных линий мышей.
ОрганизмыМышь
Контакт
Основное цитированиеБраун и Мур, 2012[1]
Дата выхода2012
Доступ
Интернет сайтhttp://www.mousephenotype.org/impress

Международный ресурс стандартизованных экранов по фенотипированию мышей (IMPReSS) координирует и представляет стандартизированные протоколы которые используются клиниками по исследованию мышей для оценки биологических характеристик мутантных линий мышей. IMPReSS был запущен в 2011 году, чтобы помочь IMPC достичь своей цели по характеристике нокаутной линии мышей для каждого гена, и будет продолжать активно развиваться в течение десяти лет существования проекта.[1] IMPReSS, преемник EMPReSS, построен на концепции «фенотипического конвейера»: последовательности отдельных процедур, выполняемых на мыши в определенном возрасте и организованных таким образом, чтобы минимизировать влияние одной процедуры на другую.[9][10][11] Каждая процедура разбита на набор нескольких параметров, которые фиксируют как данные, так и метаданные. Параметры данных связаны с биомедицинскими онтология термины, чтобы облегчить обмен данными и помочь в идентификации фенотипических мышиных моделей болезней человека.[12]

ЭМПРЕСС

Европейский ресурс по фенотипированию мышей для стандартных экранов (EMPReSS),[9] предшественник IMPReSS, разработал более 150 стандартизированных протоколов для характеристики мутантных линий мышей в европейских научно-исследовательских институтах в рамках EUMODIC.[13] и ЭВМОРФИЯ[14] проекты. EMPReSS активно разрабатывался с 2002 г., пока не был заменен IMPReSS в 2011 г. Фенотипические данные, собранные с помощью протоколов EMPReSS, доступны по адресу Еврофеном.

Эмбрионально-летальные нокаутные линии

Около 30% всех нокаутов целевых генов у мышей приводит к эмбриональному или перинатальный смерть.[15] Следовательно, эффекты этих мутаций нельзя изучать на живых взрослых мышах, за исключением гетерозигота мутанты. Однако систематические исследования эмбрионально-летальных нокаутов важны для понимания того, как эти гены влияют на развитие и выживание эмбрионов.

В 2013 году IMPC опубликовал отчет Bloomsbury о фенотипировании эмбрионов мыши.[15] описание стандартного процесса для скрининга эмбрионально-летальных нокаутов у гомозиготных мутантов. В Великобритании их рекомендации составляют основу проекта DMDD (Расшифровка механизмов нарушений развития).[16]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ а б c d е ж грамм Коричневый SD, Мур М.В. (май 2012 г.). «К энциклопедии функций генов млекопитающих: Международный консорциум по фенотипированию мышей». Dis. Модели Mech. 5 (3): 289–92. Дои:10.1242 / дмм.009878. ЧВК  3339821. PMID  22566555.
  2. ^ Коричневый SD, Мур М.В. (октябрь 2012 г.). «Международный консорциум по фенотипированию мышей: прошлые и будущие перспективы фенотипирования мышей». Мамм. Геном. 23 (9–10): 632–40. Дои:10.1007 / s00335-012-9427-х. ЧВК  3774932. PMID  22940749.
  3. ^ Морган Х., Саймон М., Мэллон А.М. (2012). «Доступ и интеллектуальный анализ данных из крупномасштабных проектов фенотипирования мышей». Int. Преподобный Neurobiol. Международный обзор нейробиологии. 104: 47–70. Дои:10.1016 / B978-0-12-398323-7.00003-3. ISBN  9780123983237. PMID  23195311.
  4. ^ Schofield PN, Hoehndorf R, Gkoutos GV (май 2012 г.). «Генетические и фенотипические ресурсы мышей для генетики человека». Гм. Мутат. 33 (5): 826–36. Дои:10.1002 / humu.22077. ЧВК  3473354. PMID  22422677.
  5. ^ а б "Международный ресурс стандартизированных экранов IMPReSS по фенотипированию мышей". Mousephenotype.org. Получено 2013-08-01.
  6. ^ "Репозиторий проекта Knockout Mouse (КОМП)". КОМП. 2010-08-01. Получено 2013-08-01.
  7. ^ "EMMA - Европейский архив мышиных мутантов". Emmanet.org. Получено 2013-08-01.
  8. ^ "IMPC | Международный консорциум по фенотипированию мышей". Mousephenotype.org. Получено 2013-08-01.
  9. ^ а б "Императрица". Empress.har.mrc.ac.uk. Архивировано из оригинал на 2011-03-20. Получено 2013-08-01.
  10. ^ Браун, С. Д. М .; Chambon, P .; De Angelis, M. H .; Евморфия, К. (2005). «EMPReSS: стандартизированные скрины фенотипа для функциональной аннотации генома мыши». Природа Генетика. 37 (11): 1155. Дои:10.1038 / ng1105-1155. PMID  16254554.
  11. ^ Мэллон, А. -М .; Блейк, А .; Хэнкок, Дж. М. (2007). "EuroPhenome и EMPReSS: Интернет-ресурс по фенотипированию мышей". Исследования нуклеиновых кислот. 36 (Проблема с базой данных): D715 – D718. Дои:10.1093 / нар / гкм728. ЧВК  2238991. PMID  17905814.
  12. ^ Chen, C.K .; Mungall, C.J .; Gkoutos, G.V .; Doelken, S.C .; Köhler, S .; Ruef, B.J .; Smith, C .; Westerfield, M .; Робинсон, П. Н .; Lewis, S.E .; Schofield, P.N .; Смедли, Д. (2012). «MouseFinder: гены-кандидаты болезней по данным фенотипа мышей». Человеческая мутация. 33 (5): 858–866. Дои:10.1002 / humu.22051. ЧВК  3327758. PMID  22331800.
  13. ^ «Эвмодик». Eumodic. Архивировано из оригинал на 2011-07-04. Получено 2013-08-01.
  14. ^ «ЭВМОРФИЯ». Архивировано из оригинал 3 июля 2012 г.. Получено 8 июля, 2013.
  15. ^ а б Адамс, Д.; Baldock, R; Бхаттачарья, S; Копп, Эй Джей; Дикинсон, М; Грин, NDE; Хенкельман, М; Справедливость, M; Mohun, T; Мюррей, SA; Pauws, E; Raess, M; Россант, Дж; Уивер, Т; Запад, Д. (май 2013 г.). «Отчет Bloomsbury о фенотипировании эмбрионов мыши: рекомендации семинара IMPC по скринингу эмбриональной летальности». Модели и механизмы заболеваний. 6 (3): 571–579. Дои:10.1242 / дмм.011833. ЧВК  3634642. PMID  23519032.
  16. ^ Mohun, T; Адамс, диджей; Baldock, R; Бхаттачарья, S; Копп, Эй Джей; Хембергер, М; Houart, C; Hurles, ME; Робертсон, Э; Смит, JC; Уивер, Т; Венингер, W (май 2013 г.). «Расшифровка механизмов нарушений развития (DMDD): новая программа фенотипирования эмбриональных летальных мышей». Модели и механизмы заболеваний. 6 (3): 562–566. Дои:10.1242 / дмм.011957. ЧВК  3634640. PMID  23519034.

внешняя ссылка