Изопептаг - Isopeptag

Изопептаг представляет собой пептидную метку из 16 аминокислот (TDKDMTITFTNKKDAE), которая может быть генетически связана с белками, не препятствуя укладке белков.[1] Изопептаг отличается от других пептидных меток тем, что он может связывать свой связывающий белок посредством постоянной и необратимой ковалентной связи. Другие пептидные метки обычно связывают свои мишени посредством слабых нековалентных взаимодействий, что ограничивает их использование в приложениях, где молекулы испытывают экстремальные силы. Ковалентное связывание изопептагов со своей мишенью преодолевает эти барьеры и позволяет изучать целевые белки в более жестких молекулярных условиях.

Развитие

Изопептаг был разработан путем рассечения пилин белок (Spy0128) из Streptococcus pyogenes. Spy0128 содержит два внутримолекулярных изопептидные связи,[2] и для создания изопептага одна из этих связей была расщеплена путем удаления последнего β-слоя в белке.

Способ действия

Когда изопептаг связывается с целевым белком, он спонтанно связывает своего связывающего партнера через изопептидная связь. Реакция является устойчивой и протекает при различных температурах от 4 до 37 ° C, в диапазоне pH от 5 до 8 и в присутствии обычно используемых детергентов. Кроме того, реакция не зависит от окислительно-восстановительного состояния окружающей среды и может одинаково хорошо протекать как в восстановительных, так и в окислительных условиях.[1]

Приложения

Ковалентное связывание изопептага с его партнером по связыванию может быть использовано для постоянного связывания белков в сложной среде бактериальной клетки, для нацеливания на белки, представляющие интерес для визуализации клеток, и для разработки новых белковых структур.[1]

использованная литература

  1. ^ а б c Закери, Биджан; Ховарт, Марк (7 апреля 2010 г.). «Спонтанное образование межмолекулярной амидной связи между боковыми цепями для необратимого нацеливания на пептиды». Журнал Американского химического общества. 132 (13): 4526–4527. Дои:10.1021 / ja910795a. PMID  20235501.
  2. ^ Канг, Х. Дж., Кулибали, Ф., Клоу, Ф., Профт, Т., и Бейкер, Э. (2007). Выявлены стабилизирующие изопептидные связи в структуре ворсинок грамположительных бактерий. Science 318, 1625-1628.