SBP-тег - SBP-tag

В Стрептавидин-связывающий пептид (SBP) -Tag это 38-аминокислота последовательность, которая может быть преобразована в рекомбинантный белки. Рекомбинантные белки, содержащие SBP-Tag, связываются с стрептавидин и это свойство можно использовать в конкретных стратегиях очистки, обнаружения или иммобилизации.[нужна цитата ]

Последовательность тега SBP - MDEKTTGWRGGHVVEGLAGELEQLRARLEHHPQGQREP.[1]

Открытие

Стрептавидин-связывающий пептид был обнаружен в библиотеке из семи триллионов стохастически генерируемых пептидов с использованием метода отбора in vitro Отображение мРНК. Селекцию проводили инкубированием со стрептавидин-агарозой с последующим элюированием биотин.[2] Было показано, что SBP-Tag связывает стрептавидин в равновесном состоянии. константа диссоциации 2,5 нм[1][2] и легко элюируется биотином в естественных условиях.[1][2]

Приложения

Очистка белков

Благодаря мягким условиям элюирования (биотин плюс промывочный буфер) белки, меченные SBP, могут быть получены в относительно чистом состоянии за одну стадию очистки.[1][3][4] Существует несколько относительно распространенных белков млекопитающих, которые по своей природе связаны с IMAC матрицы, которые связываются с наиболее часто используемыми Полигистидин-тег (His-тег). По этой причине протоколы очистки, отличные от IMAC, в том числе с использованием SBP-Tag, часто являются предпочтительными для белков, которые экспрессируются в клетках млекопитающих.[нужна цитата ]

Комплексная очистка белков

Комплексы взаимодействующих белков также могут быть очищены с использованием SBP-Tag, поскольку элюирование биотином позволяет извлекать их в условиях, в которых желаемые комплексы остаются связанными. Например, Конденсин Комплекс очищен Кимом и другие. [2010] и комплексы с ТАЗ коактиватор транскрипции были очищены Zhang и другие. [2009]. SBP-Tag также был включен в несколько Тандемное очищение сродства (TAP) системы, в которых используются последовательные стадии очистки с несколькими метками, например GFP слитые белки и БТК -белковые комплексы очищали с использованием протокола TAP с SBP-Tag и His-Tag,[5][6] HDGF -белковые комплексы очищали с использованием протокола TAP с SBP-Tag и ФЛАГ-тег[7] и Wnt Комплексы очищали с использованием протокола TAP с SBP-Tag и с [Calmodulin-Tag].[8] TAP обычно используется с белковыми комплексами, и в нескольких исследованиях сообщается о значительном улучшении чистоты и выхода при сравнении систем TAP с SBP-Tag с системами без SBP-Tag.[9][10][11] Коммерческие TAP-системы, которые используют SBP-Tag, включают Interplay® Adenoviral и TAP-системы млекопитающих, продаваемые Agilent Technologies, аналогичные товары продаются через Сигма-Олдрич.[12]

Протеомика

Скрининг биологически релевантных белок-белковых взаимодействий был проведен с использованием тандемной аффинной очистки (TAP) с SBP-Tag и Белок А,[10] для взаимодействия протеомики и комплексов факторов транскрипции с SBP-Tag и Белок G,[10][13] для белков, которые взаимодействуют с Вирус денге белок DENV-2 NS4A с SBP-Tag и Calmodulin Tag.[14] и для белков, которые взаимодействуют с протеинфосфатаза 2А (PP2A) с меткой SBP и меткой гемагглютинина (HA).[11]

Изображения

SBP-Tag также будет связываться со стрептавидином или реагентами стрептавидина в растворе. Приложения этих инженерных ассоциаций включают визуализацию конкретных белков в живых клетках,[15] мониторинг кинетики трансляции отдельных белков в системе трансляции in vitro,[16] контроль интеграции многопролетного мембранного белка в эндоплазматический ретикулум путем слияния SBP-Tag с N-концевой транслокационной последовательностью, а затем прекращения интеграции со стрептавидином и возобновления интеграции с биотином.[17][18] Флуоресцентные стрептавидиновые реагенты (например, стрептавидин-HRP) можно использовать для визуализации SBP-метки с помощью иммуноблоттинга SDS-PAGE.[1][19][20] Кроме того, коммерчески доступны антитела к SBP-метке.[нужна цитата ]

Поверхностный плазмонный резонанс

SBP-Tag использовался для обратимой иммобилизации рекомбинантных белков на функционализированных стрептавидином поверхностях, что позволяет проводить оценку взаимодействия, например, с помощью поверхностный плазмонный резонанс (SPR) техники с повторным использованием функционализированной поверхности.[21] SPR также использовался для сравнения SBP-Tag с другими пептидами, связывающими стрептавидин, такими как Стреп-тег.[22]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ а б c d е Киф, Энтони Д .; Уилсон, Дэвид С .; Зилиг, Буркхард; Шостак, Джек В. (2001). «Одностадийная очистка рекомбинантных белков с использованием пептида, связывающего стрептавидин с наномолярной аффинностью, SBP-Tag». Экспрессия и очистка белков. 23 (3): 440–6. Дои:10.1006 / преп.2001.1515. PMID  11722181.
  2. ^ а б c Уилсон, Дэвид С .; Киф, Энтони Д .; Шостак, Джек В. (2001). «Использование дисплея мРНК для выбора пептидов, связывающих белок с высоким сродством». Труды Национальной академии наук. 98 (7): 3750–5. Bibcode:2001PNAS ... 98,3750 Вт. Дои:10.1073 / pnas.061028198. ЧВК  31124. PMID  11274392.
  3. ^ Итикава, Мунэёси; Ватанабэ, Юта; Мураяма, Такаши; Тойосима, Йоко Яно (2011). «Рекомбинантная человеческая тяжелая цепь 1 и 2 цитоплазматического динеина: наблюдение за двигательной активностью динеина-2 in vitro». Письма FEBS. 585 (15): 2419–23. Дои:10.1016 / j.febslet.2011.06.026. PMID  21723285. S2CID  27909093.
  4. ^ Ли, Фэн; Эррера, Джереми; Чжоу, Шарлин; Маслов, Дмитрий А .; Симпсон, Ларри (2011). «Трипаносома REH1 представляет собой РНК-геликазу, участвующую в 3'-5'-полярности множественного редактирования РНК-вставки / делеции уридина под управлением гРНК». Труды Национальной академии наук. 108 (9): 3542–7. Bibcode:2011ПНАС..108.3542Л. Дои:10.1073 / pnas.1014152108. ЧВК  3048136. PMID  21321231.
  5. ^ Ли, Ифэн; Франклин, Сара; Чжан, Майкл Дж .; Вондриска, Томас М. (2011). «Высокоэффективная очистка белковых комплексов из клеток млекопитающих с использованием нового стрептавидин-связывающего пептида и системы тандемных тегов гексагистидина: применение к тирозинкиназе Брутона». Белковая наука. 20 (1): 140–9. Дои:10.1002 / pro.546. ЧВК  3047070. PMID  21080425.
  6. ^ Кобаяси, Такуя; Морон, Нобухиро; Кашияма, Таку; Оямада, Хидето; Куребаяши, Нагоми; Мураяма, Такаши (2008). Имхоф, Аксель (ред.). «Разработка новой многофункциональной зеленой флуоресцентной белковой метки для широкого спектра исследований белков». PLOS ONE. 3 (12): e3822. Bibcode:2008PLoSO ... 3,38 22 тыс.. Дои:10.1371 / journal.pone.0003822. ЧВК  2585475. PMID  19048102.
  7. ^ Чжао, Цзянь; Ю, Хунсю; Линь, Линг; Вт, июн; Цай, Лили; Чен, Яньмэй; Чжун, Фань; Линь, Чэнчжао; и другие. (2011). «Интерактомное исследование предполагает множественные клеточные функции фактора роста гепатомы (HDGF)». Журнал протеомики. 75 (2): 588–602. Дои:10.1016 / j.jprot.2011.08.021. PMID  21907836.
  8. ^ Альстрем, Роберт; Ю., Алан С. Л. (2009). «Характеристика киназной активности белкового комплекса WNK4». AJP: почечная физиология. 297 (3): F685–92. Дои:10.1152 / айпренал.00358.2009. ЧВК  2739714. PMID  19587141.
  9. ^ Kyriakakis, Phillip P .; Чаевые, Марла; Абед, Лука; Веракса, Алексей (2008). «Тандемная аффинная очистка у дрозофилы: преимущества системы GS-TAP». Летать. 2 (4): 229–35. Дои:10.4161 / fly.6669. PMID  18719405.
  10. ^ а б c Bürckstümmer, Tilmann; Беннетт, Кейрин Л; Прерадович, Адрияна; Шютце, Грегор; Хантшель, Оливер; Суперти-Фурга, Джулио; Баух, Анджела (2006). «Эффективная процедура тандемной аффинной очистки для протеомики взаимодействия в клетках млекопитающих». Методы природы. 3 (12): 1013–9. Дои:10.1038 / nmeth968. PMID  17060908. S2CID  7069058.
  11. ^ а б Glatter, Тимо; Wepf, Александр; Эберсольд, Руеди; Гштайгер, Маттиас (2009). «Интегрированный рабочий процесс для построения диаграммы протеома взаимодействия с человеком: понимание системы PP2A». Молекулярная системная биология. 5 (1): 237. Дои:10.1038 / msb.2008.75. ЧВК  2644174. PMID  19156129.
  12. ^ Ли, Ифэн (2011). «Технология тандемной аффинной очистки: обзор». Письма о биотехнологии. 33 (8): 1487–99. Дои:10.1007 / s10529-011-0592-х. PMID  21424840. S2CID  157683.
  13. ^ Ван Леен, Джелле; Экхаут, Доминик; Персиу, Герт; Ван Де Слейке, Эвелин; Geerinck, Ян; Ван Истердаэль, Герт; Виттерс, Эрвин; Де Джагер, Герт (2011). «Выделение комплексов факторов транскрипции из суспензионных культур клеток Arabidopsis с помощью тандемной аффинной очистки». В Юань, Линь; Перри, Шарин Э (ред.). Факторы транскрипции растений. Методы молекулярной биологии. 754. С. 195–218. Дои:10.1007/978-1-61779-154-3_11. ISBN  978-1-61779-153-6. PMID  21720954.
  14. ^ Анвар, Азлинда; Леонг, К. М .; Ng, Mary L .; Чу, Джастин Дж. Х .; Гарсия-Бланко, Мариано А. (2009). «Белок, связывающийся с полипиримидиновым трактом, необходим для эффективного распространения вируса денге и связан с механизмом репликации вирусов». Журнал биологической химии. 284 (25): 17021–9. Дои:10.1074 / jbc.M109.006239. ЧВК  2719340. PMID  19380576.
  15. ^ Макканн, Кори М .; Bareyre, Florence M .; Lichtman, Jeff W .; Санес, Джошуа Р. (2005). «Пептидные метки для мечения мембранных белков в живых клетках с помощью нескольких флуорофоров». Биотехнологии. 38 (6): 945–52. Дои:10.2144 / 05386IT02. PMID  16018556.
  16. ^ Такахаши, Шунтаро; Иида, Масааки; Фурусава, Хироюки; Симидзу, Ёсихиро; Уэда, Такуя; Окахата, Йошио (2009). «Мониторинг в реальном времени бесклеточной трансляции на кварцевых микровесах». Журнал Американского химического общества. 131 (26): 9326–32. Дои:10.1021 / ja9019947. PMID  19518055.
  17. ^ Кида, Юичиро; Моримото, Фумико; Сакагути, Масао (2007). «Два транслокационных гидрофильных сегмента растущей цепи охватывают мембрану ER во время многопрочного белкового топогенеза». Журнал клеточной биологии. 179 (7): 1441–52. Дои:10.1083 / jcb.200707050. ЧВК  2373506. PMID  18166653.
  18. ^ Кида, Ю .; Morimoto, F .; Сакагути, М. (2008). «Последовательность якоря сигнала обеспечивает движущую силу для транслокации полипептидной цепи через мембрану эндоплазматической ретикулума». Журнал биологической химии. 284 (5): 2861–6. Дои:10.1074 / jbc.M808020200. PMID  19010775.
  19. ^ Edelmann, Mariola J .; Ифефер, Александр; Акуцу, Масато; Алтун, Микаэль; Ди Глерия, Каталин; Kramer, Holger B .; Фибигер, Эдда; Де-Паганон, Сирано; Кесслер, Бенедикт М. (2009). «Структурные основы и специфичность опосредованного отубаином 1 деубиквитинирования человека». Биохимический журнал. 418 (2): 379–90. Дои:10.1042 / BJ20081318. PMID  18954305.
  20. ^ Хоер, Саймон; Смит, Лоррейн; Ленер, Пол Дж. (2007). «MARCH-IX опосредует убиквитинирование и подавление ICAM-1». Письма FEBS. 581 (1): 45–51. Дои:10.1016 / j.febslet.2006.11.075. PMID  17174307. S2CID  22461058.
  21. ^ Ли, Юн-Джин; Би, Ли-Цзюнь; Чжан, Сиань-Энь; Чжоу Я-Фэн; Чжан, Цзи-Бинь; Чен, юань-юань; Ли, Вэй; Чжан, Чжи-Пин (2006). «Обратимая иммобилизация белков с аффинными метками стрептавидина на чипе биосенсора поверхностного плазмонного резонанса». Аналитическая и биоаналитическая химия. 386 (5): 1321–6. Дои:10.1007 / s00216-006-0794-6. PMID  17006676. S2CID  6074268.
  22. ^ Хуанг, Сюй; Чжан, Сиань-Энь; Чжоу Я-Фэн; Чжан, Чжи-Пин; Кэсс, Энтони Э. Г. (2007). «Создание высокочувствительной репортерной системы щелочной фосфатазы Escherichia coli для скрининга аффинных пептидов». Журнал биохимических и биофизических методов. 70 (3): 435–9. Дои:10.1016 / j.jbbm.2006.10.006. PMID  17156847.

дальнейшее чтение