КАРС (ген) - KARS (gene)

КАРС1
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 3BJU, 4DPG, 4YCU, 4YCW
Идентификаторы
Псевдонимы	КАРС1, CMTRIB, DFNB89, KARS2, KRS, лизил-тРНК синтетаза, KARS, лизил-тРНК синтетаза 1
Внешние идентификаторы	OMIM: 601421 MGI: 1934754 ГомолоГен: 4053 Генные карты: КАРС1
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 16 (человек)[1] Группа 16q23.1 Начните 75,627,474 бп[1] Конец 75,648,643 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 8 (мышь)[2] Группа 8 E1 | 8 58,27 см Начните 111,993,443 бп[2] Конец 112,011,323 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • аминоацил-тРНК лигазная активность • связывание нуклеотидов • связывание аминокислот • связывание тРНК • активность лизин-тРНК лигазы • активность лигазы • GO: 0001948 связывание с белками • связывание нуклеиновой кислоты • Связывание АТФ • Активность аденилилтрансферазы АТФ • активность гомодимеризации белков • трансферазная активность • идентичное связывание с белками Сотовый компонент • мембрана • клеточная мембрана • внеклеточная область • митохондриальный матрикс • митохондрия • внеклеточный • мультиферментный комплекс аминоацил-тРНК синтетазы • ядро клетки • цитоплазма • цитозоль Биологический процесс • биосинтез белка • обработка тРНК • аминоацилирование тРНК для трансляции белков • аминоацилирование лизил-тРНК • GO: 0022415 вирусный процесс • активация активности MAPK • активация базофилов, участвующая в иммунном ответе • отрицательное регулирование пролиферации клеток • положительная регуляция хемотаксиса макрофагов • сигнальный путь, опосредованный фактором некроза опухоли • положительная регуляция активации макрофагов • позитивная регуляция транскрипции, ДНК-шаблон • Каскад ERK1 и ERK2 • положительная регуляция каскада ERK1 и ERK2 • положительное регулирование выработки цитокинов, участвующих в воспалительной реакции • положительная регуляция каскада p38MAPK • положительная регуляция активности металлопептидазы • процесс биосинтеза диаденозинтетрафосфата • ответ на рентген Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Виды	Человек	Мышь
Entrez	3735	85305
Ансамбль	ENSG00000065427	ENSMUSG00000031948
UniProt	Q15046	Q99MN1
RefSeq (мРНК)	NM_005548 NM_001130089 NM_001378148	NM_001130868 NM_001286384 NM_053092 NM_001363429 NM_001363430
RefSeq (белок)	NP_001123561 NP_005539 NP_001365077	NP_001124340 NP_001273313 NP_444322 NP_001350358 NP_001350359
Расположение (UCSC)	Chr 16: 75.63 - 75.65 Мб	Chr 8: 111.99 - 112.01 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Лизил-тРНК синтетаза является фермент что у людей кодируется КАРС ген.^[5][6][7]

Функция

Аминоацил-тРНК синтетазы - это класс ферментов, которые заряжают тРНК родственными им аминокислотами. Лизил-тРНК синтетаза представляет собой гомодимер, локализованный в цитоплазме, который принадлежит к семейству тРНК синтетаз класса II. Было показано, что он является мишенью для аутоантител при аутоиммунных заболеваниях человека, полимиозите или дерматомиозите.^[7]

Помимо своей роли в трансляции, лизил-тРНК синтетаза участвует в сигнальном пути, ведущем к активации гена.^[8] После физиологической стимуляции множества клеток лизил-тРНК синтетаза связывается с факторами транскрипции. MITF^[9] и USF2^[10] и затем могут влиять на их транскрипционную активность. Такая физиологическая стимуляция включает иммунологическую активацию тучных клеток, поэтому этот путь может иметь отношение к аллергической реакции.

Взаимодействия

KARS (ген) показал способность взаимодействовать с участием Вспомогательный компонент мультисинтетазного комплекса р38.^[11][12] Физиологический триггер, такой как иммунологическая активация, приводит к фосфорилированию LysRS по его сериновым остаткам. Он отделяется от мультисинтетазного комплекса и инициирует Ap4A производство.^[8]

использованная литература

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000065427 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000031948 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Николс Р.К., Блиндер Дж., Пай С.И., Ге К., Таргофф И.Н., Плотц П.Х., Лю П. (август 1996 г.). «Присвоение двух аутоантигенных генов человека - изолейцил-тРНК-синтетаза локализует 9q21, а лизил-тРНК-синтетаза - 16q23-q24». Геномика. 36 (1): 210–3. Дои:10.1006 / geno.1996.0449. PMID  8812440.
6. Шиба К., Стелло Т., Мотеги Х, Нода Т., Мюзье-Форсайт К., Шиммель П. (сентябрь 1997 г.). «Человеческая лизил-тРНК синтетаза принимает вариант нуклеотида 73 и спасает мутант с двойным дефектом Escherichia coli». Журнал биологической химии. 272 (36): 22809–16. Дои:10.1074 / jbc.272.36.22809. PMID  9278442.
7. «Энтрез Ген: лизил-тРНК синтетаза KARS».
8. Яннай-Коэн Н., Карми-Леви И., Кей Дж., Ян С.М., Хан Дж. М., Кемени Д. М., Ким С., Нечуштан Х., Разин Е. (июнь 2009 г.). «LysRS служит ключевой сигнальной молекулой в иммунном ответе, регулируя экспрессию генов». Молекулярная клетка. 34 (5): 603–11. Дои:10.1016 / j.molcel.2009.05.019. PMID  19524539.
9. Ли Ю.Н., Нечуштан Х., Фигов Н., Разин Э. (февраль 2004 г.). «Функция лизил-тРНК синтетазы и Ap4A как сигнальных регуляторов активности MITF в тучных клетках, активированных FcepsilonRI». Иммунитет. 20 (2): 145–51. Дои:10.1016 / S1074-7613 (04) 00020-2. PMID  14975237.
10. Ли Ю.Н., Разин Э. (октябрь 2005 г.). «Нетрадиционное участие LysRS в молекулярном механизме транскрипционной активности USF2 в тучных клетках, активированных FcepsilonRI». Молекулярная и клеточная биология. 25 (20): 8904–12. Дои:10.1128 / MCB.25.20.8904-8912.2005. ЧВК  1265770. PMID  16199869.
11. Руал Дж. Ф., Венкатесан К., Хао Т., Хирозане-Кишикава Т., Дрикот А., Ли Н., Беррис Г. Ф., Гиббонс Ф. Д., Дрезе М., Айви-Гедехуссу Н., Клитгорд Н., Саймон К., Боксем М., Мильштейн С., Розенберг Дж., Голдберг DS, Zhang LV, Wong SL, Franklin G, Li S, Albala JS, Lim J, Fraughton C, Llamosas E, Cevik S, Bex C, Lamesch P, Sikorski RS, Vandenhaute J, Zoghbi HY, Smolyar A, Bosak S, Sequerra R, Doucette-Stamm L, Cusick ME, Hill DE, Roth FP, Vidal M (октябрь 2005 г.). «К карте протеомного масштаба сети взаимодействия белка и белка человека». Природа. 437 (7062): 1173–8. Дои:10.1038 / природа04209. PMID  16189514. S2CID  4427026.
12. Quevillon S, Robinson JC, Berthonneau E, Siatecka M, Mirande M (январь 1999 г.). «Сборка макромолекул аминоацил-тРНК синтетаз: идентификация белок-белковых взаимодействий и характеристика основного белка». Журнал молекулярной биологии. 285 (1): 183–95. Дои:10.1006 / jmbi.1998.2316. PMID  9878398.

дальнейшее чтение

• Яннай-Коэн Н., Разин Э. (октябрь 2006 г.). «Трансляция и транскрипция: двойная функциональность LysRS в тучных клетках». Молекулы и клетки. 22 (2): 127–32. PMID  17085962.
• Карми-Леви И., Яннай-Коэн Н., Кей Г., Разин Е., Нечуштан Х. (сентябрь 2008 г.). «Диаденозинтетрафосфатгидролаза является частью сети регуляции транскрипции в иммунологически активированных тучных клетках». Молекулярная и клеточная биология. 28 (18): 5777–84. Дои:10.1128 / MCB.00106-08. ЧВК  2546939. PMID  18644867.
• Карми-Леви И., Моцик А., Офир-Бирин Ю., Ягил З., Ян С.М., Кемени Д.М., Хан Дж. М., Ким С., Кей Г., Нечуштан Х., Сузуки Р., Ривера Дж., Разин Е. (май 2011 г.). «Импортин бета играет важную роль в регуляции пути LysRS-Ap (4) A в иммунологически активированных тучных клетках». Молекулярная и клеточная биология. 31 (10): 2111–21. Дои:10.1128 / MCB.01159-10. ЧВК  3133347. PMID  21402779.
• Клейман Л., Халвани Р., Джаванбахт Х. (апрель 2004 г.). «Селективная упаковка и отжиг праймера tRNALys3 в ВИЧ-1». Текущие исследования ВИЧ. 2 (2): 163–75. Дои:10.2174/1570162043484988. PMID  15078180.
• Кино Т., Павлакис Г.Н. (апрель 2004 г.). «Молекулы-партнеры вспомогательного белка Vpr вируса иммунодефицита человека 1 типа». ДНК и клеточная биология. 23 (4): 193–205. Дои:10.1089/104454904773819789. PMID  15142377.
• Kleiman L, Cen S (сентябрь 2004 г.). «Упаковочный комплекс tRNALys в ВИЧ-1». Международный журнал биохимии и клеточной биологии. 36 (9): 1776–86. Дои:10.1016 / j.biocel.2004.02.022. PMID  15183344.
• Norcum MT (август 1991 г.). «Структурный анализ высокомолекулярного комплекса аминоацил-тРНК синтетазы. Действие нейтральных солей и детергентов». Журнал биологической химии. 266 (23): 15398–405. PMID  1651330.
• Номура Н., Нагасе Т., Миядзима Н., Сазука Т., Танака А., Сато С., Секи Н., Каварабаяси И., Исикава К., Табата С. (1995). «Прогнозирование кодирующих последовательностей неидентифицированных генов человека. II. Кодирующие последовательности 40 новых генов (KIAA0041-KIAA0080), полученные путем анализа клонов кДНК из линии клеток человека KG-1». ДНК исследования. 1 (5): 223–9. Дои:10.1093 / днарес / 1.5.223. PMID  7584044.
• Старк Л.А., Хэй RT (апрель 1998 г.). «Вирусный белок R (Vpr) вируса иммунодефицита человека типа 1 (ВИЧ-1) взаимодействует с Lys-тРНК-синтетазой: последствия для примирования обратной транскрипции ВИЧ-1». Журнал вирусологии. 72 (4): 3037–44. Дои:10.1128 / JVI.72.4.3037-3044.1998. ЧВК  109751. PMID  9525626.
• Quevillon S, Robinson JC, Berthonneau E, Siatecka M, Mirande M (январь 1999 г.). «Сборка макромолекул аминоацил-тРНК синтетаз: идентификация белок-белковых взаимодействий и характеристика основного белка». Журнал молекулярной биологии. 285 (1): 183–95. Дои:10.1006 / jmbi.1998.2316. PMID  9878398.
• Толкунова Е., Пак Х., Ся Дж., Кинг М.П., ​​Дэвидсон Е. (ноябрь 2000 г.). «Ген лизил-тРНК синтетазы человека кодирует как цитоплазматические, так и митохондриальные ферменты посредством необычного альтернативного сплайсинга первичного транскрипта». Журнал биологической химии. 275 (45): 35063–9. Дои:10.1074 / jbc.M006265200. PMID  10952987.
• Сен С., Хорчид А., Джаванбахт Х., Габор Дж., Стелло Т, Шиба К., Мюзье-Форсайт К., Клейман Л. (июнь 2001 г.). «Включение лизил-тРНК синтетазы в вирус иммунодефицита человека 1 типа». Журнал вирусологии. 75 (11): 5043–8. Дои:10.1128 / JVI.75.11.5043-5048.2001. ЧВК  114908. PMID  11333884.
• Сан Ли Дж, Гю Пак С., Пак Х, Соль В., Ли С., Ким С. (февраль 2002 г.). «Сеть взаимодействия человеческих аминоацил-тРНК синтетаз и субъединиц комплекса фактора элонгации 1». Сообщения о биохимических и биофизических исследованиях. 291 (1): 158–64. Дои:10.1006 / bbrc.2002.6398. PMID  11829477.
• Ан Х., Ким С., Ли Би Джей (май 2003 г.). «Структура раствора и связывание p43 мотива лейциновой молнии p38: взаимодействия спиральной спирали опосредуют ассоциацию между p38 и p43». Письма FEBS. 542 (1–3): 119–24. Дои:10.1016 / S0014-5793 (03) 00362-4. PMID  12729910. S2CID  39222196.
• Джаванбахт Х., Халвани Р., Сен С., Саадатманд Дж., Мюзьер-Форсайт К., Готтлингер Х., Клейман Л. (июль 2003 г.). «Взаимодействие между Gag ВИЧ-1 и лизил-тРНК синтетазой человека во время сборки вируса». Журнал биологической химии. 278 (30): 27644–51. Дои:10.1074 / jbc.M301840200. PMID  12756246.
• Kim MJ, Park BJ, Kang YS, Kim HJ, Park JH, Kang JW, Lee SW, Han JM, Lee HW, Kim S. (июль 2003 г.). «Подавление FUSE-связывающего белка и c-myc кофактором тРНК-синтетазы p38 требуется для дифференцировки клеток легких». Природа Генетика. 34 (3): 330–6. Дои:10.1038 / ng1182. PMID  12819782. S2CID  41006480.
• Ди И, Ли Дж, Чжан И, Хе Х, Лу Х, Сюй Д, Лин Дж, Хо К., Ван Д., Ли Й., Гу Дж (июнь 2003 г.). «HCC-ассоциированный белок HCAP1, вариант GEMIN4, взаимодействует с белками цинкового пальца». Журнал биохимии. 133 (6): 713–8. Дои:10.1093 / jb / mvg091. PMID  12869526.