LSM2 - LSM2

LSM2
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 3JCR
Идентификаторы
Псевдонимы	LSM2, C6orf28, G7B, YBL026W, snRNP, гомолог LSM2, малая ядерная РНК U6 и связанная с деградацией мРНК
Внешние идентификаторы	OMIM: 607282 MGI: 90676 ГомолоГен: 48535 Генные карты: LSM2
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 6 (человек)[1] Группа 6п21.33 Начните 31,797,396 бп[1] Конец 31,806,966 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 17 (мышь)[2] Группа 17 B1 | 17 18,52 см Начните 34,981,862 бп[2] Конец 34,985,891 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • Связывание RAL GTPase • GO: 0001948 связывание с белками • Связывание мяРНК U6 • Связывание РНК Сотовый компонент • цитозоль • Три-snRNP комплекс U4 / U6 x U5 • каталитическая стадия 2 сплайсосомы • U6 snRNP • П-боди • нуклеоплазма • Комплекс Лсм1-7-Пат1 • прекаталитическая сплайсосома • сплайсосомальный комплекс • ядро клетки • Предкаталитическая сплайсосома типа U2 • Лсм2-8 комплекс Биологический процесс • Сплайсинг мРНК через сплайсосомы • обработка мРНК • экзонуклеолитическая транскрибируемая ядерной мРНК катаболический процесс, вовлеченный в зависимый от деаденилирования распад • Сплайсинг РНК Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Виды	Человек	Мышь
Entrez	57819	27756
Ансамбль	ENSG00000225998 ENSG00000204392 ENSG00000231502 ENSG00000172850 ENSG00000236826 ENSG00000224979	ENSMUSG00000007050
UniProt	Q9Y333	O35900
RefSeq (мРНК)	NM_021177	NM_001110101 NM_001204273 NM_001204274 NM_030597
RefSeq (белок)	NP_067000	NP_001103571 NP_001191202 NP_001191203 NP_085100
Расположение (UCSC)	Chr 6: 31,8 - 31,81 Мб	Chr 17: 34.98 - 34.99 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

U6 snRNA-ассоциированный Sm-подобный белок LSm2 это белок что у людей кодируется LSM2 ген.^[5][6][7]

Функция

Sm-подобные белки были идентифицированы у различных организмов на основании гомологии последовательностей с семейством белков Sm (см. SNRPD2; MIM 601061). Sm-подобные белки содержат мотив последовательности Sm, который состоит из 2 областей, разделенных линкером переменной длины, который сворачивается в виде петли. Считается, что Sm-подобные белки образуют стабильный гетеромер, присутствующий в частицах три-мяРНП, которые важны для сплайсинга пре-мРНК. [Предоставлено OMIM]^[7]

Взаимодействия

LSM2 был показан взаимодействовать с DDX20,^[8] LSM3,^{[9][10][11][12]} LSM8^[9][10] и LSM7.^[9][10]

использованная литература

1. ENSG00000204392, ENSG00000231502, ENSG00000172850, ENSG00000236826, ENSG00000224979 GRCh38: Ensembl версии 89: ENSG00000225998, ENSG00000204392, ENSG00000231502, ENSG002000, ENSG0020001700 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск ансамбля 89: ENSMUSG00000007050 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Ахсель Т., Брамс Х., Кастнер Б., Бачи А., Вильм М., Люрманн Р. (октябрь 1999 г.). «Гетеромер Sm-подобных белков человека в форме пончика связывается с 3'-концом мяРНК U6, тем самым облегчая образование дуплекса U4 / U6 in vitro». Журнал EMBO. 18 (20): 5789–802. Дои:10.1093 / emboj / 18.20.5789. ЧВК  1171645. PMID  10523320.
6. Олавесен М.Г., Снук М., Кэмпбелл Р.Д. (март 1993 г.). «Локализация нового гена, соседнего с генами HSP70 в человеческих и мышиных MHCs». Иммуногенетика. 37 (5): 394–6. Дои:10.1007 / BF00216806. PMID  8428774. S2CID  1809207.
7. «Ген Entrez: LSM2 LSM2 гомолог, связанная с малой ядерной РНК U6 (S. cerevisiae)».
8. Шарру Б., Пеллиццони Л., Перкинсон Р.А., Шевченко А., Манн М., Дрейфус Г. (декабрь 1999 г.). «Gemin3: новый белок DEAD box, который взаимодействует с SMN, продуктом гена мышечной атрофии позвоночника, и является компонентом драгоценных камней». Журнал клеточной биологии. 147 (6): 1181–94. Дои:10.1083 / jcb.147.6.1181. ЧВК  2168095. PMID  10601333.
9. Ленер Б., Сандерсон К.М. (июль 2004 г.). «Структура взаимодействия белков для деградации мРНК человека». Геномные исследования. 14 (7): 1315–23. Дои:10.1101 / gr.2122004. ЧВК  442147. PMID  15231747.
10. Ленер Б., Семпл Д.И., Браун С.Е., Советник Д., Кэмпбелл Р.Д., Сандерсон К.М. (январь 2004 г.). «Анализ высокопроизводительной двугибридной дрожжевой системы и ее использование для прогнозирования функции внутриклеточных белков, кодируемых в области III класса MHC человека». Геномика. 83 (1): 153–67. Дои:10.1016 / S0888-7543 (03) 00235-0. PMID  14667819.
11. Руал Дж. Ф., Венкатесан К., Хао Т., Хирозане-Кишикава Т., Дрикот А., Ли Н., Беррис Г. Ф., Гиббонс Ф. Д., Дрезе М., Айви-Гедехуссу Н., Клитгорд Н., Саймон К., Боксем М., Мильштейн С., Розенберг Дж., Голдберг DS, Zhang LV, Wong SL, Franklin G, Li S, Albala JS, Lim J, Fraughton C, Llamosas E, Cevik S, Bex C, Lamesch P, Sikorski RS, Vandenhaute J, Zoghbi HY, Smolyar A, Bosak S, Sequerra R, Doucette-Stamm L, Cusick ME, Hill DE, Roth FP, Vidal M (октябрь 2005 г.). «К карте протеомного масштаба сети взаимодействия белок-белок человека». Природа. 437 (7062): 1173–8. Bibcode:2005 Натур.437.1173R. Дои:10.1038 / природа04209. PMID  16189514. S2CID  4427026.
12. Stelzl U, Worm U, Lalowski M, Haenig C, Brembeck FH, Goehler H, Stroedicke M, Zenkner M, Schoenherr A, Koeppen S, Timm J, Mintzlaff S, Abraham C, Bock N, Kietzmann S, Goedde A, Toksöz E , Droege A, Krobitsch S, Korn B, Birchmeier W, Lehrach H, Wanker EE (сентябрь 2005 г.). «Сеть белок-белкового взаимодействия человека: ресурс для аннотирования протеома». Ячейка. 122 (6): 957–68. Дои:10.1016 / j.cell.2005.08.029. PMID  16169070.

дальнейшее чтение

• Шарру Б., Пеллиццони Л., Перкинсон Р.А., Шевченко А., Манн М., Дрейфус Г. (декабрь 1999 г.). «Gemin3: новый белок DEAD box, который взаимодействует с SMN, продуктом гена мышечной атрофии позвоночника, и является компонентом драгоценных камней». Журнал клеточной биологии. 147 (6): 1181–94. Дои:10.1083 / jcb.147.6.1181. ЧВК  2168095. PMID  10601333.
• Friesen WJ, Dreyfuss G (август 2000 г.). «Конкретные последовательности Sm и Sm-подобных (Lsm) белков опосредуют их взаимодействие с продуктом гена мышечной атрофии позвоночника (SMN)». Журнал биологической химии. 275 (34): 26370–5. Дои:10.1074 / jbc.M003299200. PMID  10851237.
• Hu RM, Han ZG, Song HD, Peng YD, Huang QH, Ren SX, Gu YJ, Huang CH, Li YB, Jiang CL, Fu G, Zhang QH, Gu BW, Dai M, Mao YF, Gao GF, Rong R , Е М., Чжоу Дж., Сюй Ш., Гу Дж., Ши Дж. Х, Джин В. Р., Чжан К. К., Ву Т. М., Хуан Г. Ю., Чен З, Чен М. Д., Чен Дж. Л. (август 2000 г.). «Профили экспрессии генов в оси гипоталамус-гипофиз-надпочечники человека и клонирование полноразмерной кДНК». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 97 (17): 9543–8. Bibcode:2000PNAS ... 97.9543H. Дои:10.1073 / pnas.160270997. ЧВК  16901. PMID  10931946.
• Eystathioy T, Peebles CL, Hamel JC, Vaughn JH, Chan EK (март 2002 г.). «Аутоантитела к hLSm4 и гептамерному комплексу LSm в сыворотке против Sm». Артрит и ревматизм. 46 (3): 726–34. Дои:10.1002 / арт.10220. PMID  11920408.
• Юрица М.С., Ликлайдер Л.Дж., Гиги С.Р., Григорьев Н., Мур М.Дж. (апрель 2002 г.). «Очистка и характеристика нативных сплайсосом, пригодных для трехмерного структурного анализа». РНК. 8 (4): 426–39. Дои:10.1017 / S1355838202021088. ЧВК  1370266. PMID  11991638.
• Ingelfinger D, Arndt-Jovin DJ, Lührmann R, Achsel T. (декабрь 2002 г.). «Белки LSm1-7 человека совместно локализуются с ферментами, разрушающими мРНК Dcp1 / 2 и Xrnl, в отдельных цитоплазматических очагах». РНК. 8 (12): 1489–501. Дои:10.1017 / S1355838202021726 (неактивно 11.10.2020). ЧВК  1370355. PMID  12515382.
• Xie T, Rowen L, Aguado B, Ahearn ME, Madan A, Qin S, Campbell RD, Hood L (декабрь 2003 г.). «Анализ области класса III главного комплекса гистосовместимости с плотным геном и его сравнение с мышью». Геномные исследования. 13 (12): 2621–36. Дои:10.1101 / гр.1736803. ЧВК  403804. PMID  14656967.
• Ленер Б., Семпл Д.И., Браун С.Е., Советник Д., Кэмпбелл Р.Д., Сандерсон К.М. (январь 2004 г.). «Анализ высокопроизводительной двугибридной дрожжевой системы и ее использование для прогнозирования функции внутриклеточных белков, кодируемых в области III класса MHC человека». Геномика. 83 (1): 153–67. Дои:10.1016 / S0888-7543 (03) 00235-0. PMID  14667819.
• Ленер Б., Сандерсон К.М. (июль 2004 г.). «Структура взаимодействия белков для деградации мРНК человека». Геномные исследования. 14 (7): 1315–23. Дои:10.1101 / gr.2122004. ЧВК  442147. PMID  15231747.
• Раш Дж., Мориц А., Ли К.А., Го А., Госс В.Л., Спек Э.Д., Чжан Х., Чжа Х.М., Полакевич Р.Д., Гребень М.Дж. (январь 2005 г.). «Иммуноаффинное профилирование фосфорилирования тирозина в раковых клетках». Природа Биотехнологии. 23 (1): 94–101. Дои:10.1038 / nbt1046. PMID  15592455. S2CID  7200157.
• Stelzl U, Worm U, Lalowski M, Haenig C, Brembeck FH, Goehler H, Stroedicke M, Zenkner M, Schoenherr A, Koeppen S, Timm J, Mintzlaff S, Abraham C, Bock N, Kietzmann S, Goedde A, Toksöz E , Droege A, Krobitsch S, Korn B, Birchmeier W, Lehrach H, Wanker EE (сентябрь 2005 г.). «Сеть белок-белкового взаимодействия человека: ресурс для аннотирования протеома». Ячейка. 122 (6): 957–68. Дои:10.1016 / j.cell.2005.08.029. PMID  16169070.
• Руал Дж. Ф., Венкатесан К., Хао Т., Хирозане-Кишикава Т., Дрикот А., Ли Н., Беррис Г. Ф., Гиббонс Ф. Д., Дрезе М., Айви-Гедехуссу Н., Клитгорд Н., Саймон К., Боксем М., Мильштейн С., Розенберг Дж., Голдберг DS, Zhang LV, Wong SL, Franklin G, Li S, Albala JS, Lim J, Fraughton C, Llamosas E, Cevik S, Bex C, Lamesch P, Sikorski RS, Vandenhaute J, Zoghbi HY, Smolyar A, Bosak S, Sequerra R, Doucette-Stamm L, Cusick ME, Hill DE, Roth FP, Vidal M (октябрь 2005 г.). «К карте протеомного масштаба сети взаимодействия белок-белок человека». Природа. 437 (7062): 1173–8. Bibcode:2005 Натур.437.1173R. Дои:10.1038 / природа04209. PMID  16189514. S2CID  4427026.

внешняя ссылка

• Обзор всей структурной информации, доступной в PDB за UniProt: Q9Y333 (U6 snRNA-ассоциированный Sm-подобный белок LSm2) на PDBe-KB.